- Заботина Наталья Николаевна "Разработка метода идентификации многосвязного объекта на примере исследования лесных массивов". 05.13.01 – Управление в технических системах. 1998 г.
- Минеева Наталья Владимировна "Разработка принципов моделирования лесными экосистемами и управления ими в условиях антропогенного воздействия" 05.13.01 – Управление в технических системах. 1999 г.
- Чжан Светлана Анатольевна "Лесоводственно-экологическая оценка состояния сосняков в зоне влияния промышленных эмиссий г. Братска". 06.03.03 – Лесоведение и лесоводство; лесные пожары и борьба с ними. 1999 г.
- Домаренко Софья Александровна "Разработка алгоритма управления устойчивым лесопользованием". 05.13.01 - Управление в технических системах. 2003 г.
- Шихранов Олег Геннадьевич "Влияние фторидов на древесную растительность в санитарно-защитной зоне Братского алюминиевого завода". 03.00.16 – Экология. 2004 г.
- Пузанова Ольга Анатольевна "Экологическая оценка длительного техногенного воздействия на хвойные древостои Приангарья". 03.00.16 – Экология. 2005 г.
- Савченкова Вера Александровна "Совершенствование технологии лесосечных работ с сохранением подроста при машинной заготовке леса в условиях Среднего Приангарья". 05.21.01 - Технология и машины лесозаготовок и лесного хозяйства. 2005 г.
- Сухих Александр Николаевич "Повышение эффективности технологии переработки древесины с учетом производства радиальных пиломатериалов на лесосеке". 05.21.01 - Технология и машины лесозаготовок и лесного хозяйства. 2005 г.
- Михайлов Юрий Зиновьевич "Влияние экологических факторов на формирование лесных фитоценозов Приангарья". 03.00.16 – Экология. 2008 г.
- Сорокин Дмитрий Александрович Создание специализированных лесохозяйственных предприятий и их адаптация к системе управления лесным кластером среднего Приангарья". 08.00.05 – Экономика и управление народным хозяйством (экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами – промышленность). 2008 г.
- Костромина Оксана Анатольевна "Экологическая оценка состояния лиственных древостоев в зонах техногенного воздействия". 03.00.16 – Экология. 2009 г.
- Гаранина Инна Анатольевна "Математическое моделирование вертикальной составляющей напряженности квазистационарного электрического поля приземного слоя атмосферы". 05.13.18 – Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ. 2009 г.
- Гребенюк Андрей Леонидович " Экологическое обоснование выделения лесов высокой природоохранной ценности в эксплуатационных лесах Приангарья". 03.00.16 – Экология. 2009 г.
Общее количество опубликованных научных работ- более 350. Наиболее значимые работы:
- С.Н. Смехов, Е.М. Рунова, С.А. Чжан "Сохранность лесной среды при лесосечных работах". Учебное пособие. Братск, 2006 г.
- Е.М. Рунова, О.А. Костромина Оценка состояния лиственных древостоев в зонах техногенного воздействия. Вестник КрасГАУ. Выпуск 6.- Красноярск, 2007. – с. 121-127.
- Е.М. Рунова, В.А. Савченкова Обоснование экологически безопасных технологий рубок главного пользования с целью максимального сохранения подроста. Вестник Московского государственного университета леса «Лесной вестник» № 6.- М.: МГУЛ, 2007. – с. 64-68.
- Е.М. Рунова, С.А. Чжан, О.А. Пузанова Воздействие загрязняющих веществ на почву в районе города Братска. Вестник Московского государственного университета леса «Лесной вестник» № 1.- М.: МГУЛ, 2008. – с. 148-151.
- И.Б. Ведерников, Е.М. Рунова Использование нечетко-кластерных алгоритмов при установлении экологической ценности лесных земель. Вестник КрасГАУ. Выпуск 12.- Красноярск, 2010. – с. 63-69.
Названия монографий Руновой Е.М.
- Е.М. Рунова "Влияние техногенного загрязнения на леса Приангарья". Братск, 1999 г.
- Е.М. Рунова, В.А. Савченкова "Совершенствование технологии лесосечных работ в условиях Среднего Приангарья". Братск, 2007 г.
- С.А. Чжан, Е.М. Рунова, О.А. Пузанова "Пространственно-временной характер лесных сукцессий Приангарья". Братск, 2008 г.
2000 год защиты докторской диссертации на тему: "Влияние техногенного загрязнения на состояние хвойных древостоев".
С1985г. Рунова Е.М. прошла путь в Братском государственном университете от ассистента до декана лесопромышленного факультета и заведующего кафедрой «Лесоинженерное дело». За период работы в качестве заведующего кафедрой активно занимается вопросами развития кафедры, кадрового состава и материальной базы, организацией учебной, учебно-методической и исследовательской работы на кафедре и в университете.
Рунова Е.М. руководит научной школой ГОУ ВПО «Братский государственный университет» «Экология и рациональное лесопользование Северных территорий». Рунова Е.М. является научным руководителем аспирантов по следующим научным специальностям: 03.02.08–«Экология», 06.03.02–«Лесоведение, лесоводство, лесная таксация и лесоустройство», которые были открыты при непосредственном участии Руновой Е.М., под ее руководством защитились 13 аспирантов, готовятся к защите 2 аспиранта и 3 докторанта.
При непосредственном участии Елены Михайловны в 2003 году открыто новое направление подготовки бакалавров «Лесное дело» и магистерской подготовки «Лесоведение, лесоводство и лесная пирология», а также специальность «Садово-парковое и ландшафтное строительство».
В списке научных и учебно-методических трудов Е.М. Руновой более 350 работ, из которых 3 монографии, 5 учебных пособий с грифом учебно-методического объединения по образованию в области лесного дела, 10 авторских свидетельств и патентов.
С 2002 года является членом и председателем диссертационных советов при «БрГУ. Является членом-корреспондентом Сибирской Академии наук высшей школы (САН ВШ), академиком Российской академии Естествознания, членом координационного совета по современным проблемам древесиноведения, членом международной Академии Естественных наук.
Рунова Е.М. принимает активное участи в жизни университета, г. Братска и Иркутской области. За многолетнюю научно-педагогическую деятельность, большой вклад в дело подготовки специалистов для лесной отрасти Иркутской области, внедрение в образовательный и воспитательный процессы новых технологий, форм и методов обучения Рунова Е.М. награждена Почетной грамотой Министерства образования и науки РФ и нагрудным знаком «Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации".