Научно-организационная деятельность Лебедева В.И. связана со становлением академической науки в Туве. Его личный вклад в развитие фундаментальной науки заключается в выявлении закономерностей размещения и локализации эндогенного кобальтового и благородно-редкометального оруденения в складчато-глыбовых структурах Центральной Азии, в геоэкологическом прогнозе последствий антропогенного воздействия на природную среду в процессе промышленного освоения минерально-сырьевых ресурсов Республики Тыва, в исследовании новейшего вулканизма Тувы и сопредельных регионов Монголии. В монографиях “Рудномагматические системы эталонных арсенидно-кобальтовых месторождений” (1998) и “Ore-magmatic systems of Arsenide-cobalt Deposits” (2003) он обобщил результаты своих многолетних исследований и сравнительного анализа условий образования уникальных кобальтоносных рудообразующих систем Центральной Азии и Северной Африки, рассмотрев природу источников рудного вещества и рудообразующих флюидов месторождений никель-кобальтовой арсенидной (пятиэлементной) рудной формации. При непосредственном участии и научном руководстве В.И.Лебедева исследована фундаментальная научная проблема – магматизм и оруденение как индикаторы глубинных геодинамических процессов и, в частности, возрастные и геодинамические закономерности проявления постколлизионного ранне-среднепалеозойского и позднепалеозойско-мезозойского магматизма Тувы и сопредельных регионов Монголии: геохронология, состав, источники и обстановки формирования, металлогеническая специализация. Завершено изучение кайнозойских вулканических построек Тувы. Результаты исследований обобщены в монографии “Кайнозойский вулканизм Тувы” (2003). В монографических обзорах и научных статьях в рецензируемых изданиях опубликованы новые данные: о геохронологии проявления магматических, метаморфических и рудообразующих процессов в Центральной Азии; о новейшей геодинамике и современной геотермике в сейсмически активных районах Тувы и на сопредельных территориях Монголии; о состоянии и перспективах освоения минерально-сырьевого потенциала Тувы и Западной Монголии; о разработке эффективных технологий и оборудования для экологически безопасной комплексной переработки мышьяковых кобальтовых руд, техногенных отходов кобальтового и асбестового производства, извлечения золота из окисленных руд, аллювиальных россыпей и техногенных отходов старательской золотодобычи, получения топливных брикетов, углеродных адсорбентов и других продуктов комплексной переработки каменных углей Улугхемского бассейна; обоснование вариантов структурного реформирования хозяйственного комплекса Республики Тыва с приоритетным развитием горнодобывающей отрасли; геоэкологический прогноз последствий антропогенного воздействия на окружающую среду в процессе промышленного освоения минерально-сырьевых ресурсов Тувы.
Кандидатские диссертации, написанные под руководством В.И. Лебедева:
1. Гречищева Валентина Николаевна – Ртутная рудная формация Тувы (1982).
2. Павлова Галина Геннадьевна – Минеральный состав руд и некоторые вопросы генезиса серебро-сульфосольного оруденения Юстыдского прогиба (1988).
3. Четвертаков Иван Васильевич – Закономерности размещения медно-молибденового оруденения на северо-востоке Тувы (1991).
4. Ойдуп Чойганмаа Кыргысовна – Метасоматиты гипербазитовых массивов Тувы (1991).
5. Боровиков Андрей Александрович – Физико-химические условия и главные факторы формирования серебро-сурьмяного и олово-вольфрамового оруденения Базардаринского рудного узла (1995).
6. Гречищев Олег Константинович – Геология, закономерности локализации и критерии оценки редкометальных руд Улуг-Танзекского месторождения (1995).
7. Сугоракова Амина Мидхатовна – Геология позднекайнозойских вулканических образований (2001).
8. Монгуш Андрей Александрович – Петрография и минералогия раннепалеозойских ультрамафит-мафитовых массивов Восточ. Тувы (2002).
9. Прудников Сергей Григорьевич – Закономерности размещения россыпей золота в морфоструктурах Тувы и Западного Саяна (2004).
10. Дабиев Давид Федорович – Экономическая оценка эффективности освоения минеральных ресурсов региона (на примере Республики Тыва) – 2009 г.
Докторские диссертации, при написании которых Лебедев В.И. был консультантом:
1. Логинов Валерий Михайлович – Статистическое описание динамических систем в поле цветных шумов (1998).
2. Курбатская Светлана Суруновна – Степные экосистемы Убсунурской котловины. Функционально-экологический анализ (2002).
3. Рогов Николай Владимирович – Структурная упорядоченность в ареалах плутонических комплексов: методика выявления, аспекты использования (2002).
4. Кара-Сал Борис Комбуй-оолович. – Керамические строительные материалы, полученные обжигом при пониженном давлении (2007).
Лебедев В.И. – автор 44 и соавтор 298 публикаций. За последние 5 лет опубликовал 173 работы, в том числе: 6 монографий; 4 патента на изобретения; 15 публикаций в рецензируемых изданиях, из них 3 – в зарубежных издательствах; 8 учебно-методических пособий и 3 курса лекций для студентов Тывинского госуниверситета; ответственный редактор 12-ти сборников научных трудов и 4-х монографических обзоров о результатах фундаментальных исследований.
Лебедев В.И. активно участвует в подготовке научных и преподавательских кадров для Республики Тыва и Монголии. Является членом Диссертационного Совета Д.002.50.05 и заведующим кафедрой «Экономической географии и ГИС» Тывинского государственного университета, преподает курсы «Методология научных исследований в географии», «ГИС в управлении природопользованием», «Природно-ресурсный потенциал Республики Тыва», проводит полевые практики для преподавателей и аспирантов Ховдского национального университета. Среди его учеников 5 кандидатов и 3 соискателя ученой степени кандидата геолого-минералогических наук. В период с 1994 г. по 2008 г. он консультировал соискателей 4 докторских и 12 кандидатских диссертаций.
Лебедев В.И. является членом: Объединенного ученого совета наук о Земле СО РАН с 1987 г., Научного совета по проблеме "Тектоника Сибири и Дальнего Востока" и Научного совета по проблемам рудообразования и металлогении Сибири – с 1984 г. В 1995 г. он избран членом-корреспон-дентом Академии инвестиций и экономики строительства Российской Федерации, а в 2001 г. – членом-корреспондентом Международной академии инвестиций и экономики строительства. В 2001 году ему присвоено звание «Соросовский профессор».
Указом Президента Республики Тыва за заслуги и большой вклад в развитие академической науки республики Лебедеву В.И. присвоено Почетное звание «Заслуженный деятель науки Республики Тыва» (1995). Президиумом СО РАН присвоено звание «Заслуженный ветеран Сибирского отделения РАН» (1997) и вручен Почетный знак «Серебряная сигма» (2007). Указами Президента Российской Федерации награжден Медалью Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени (1999) и присвоено звание "Заслуженный деятель науки Российской Федерации" (2005). В.И. Лебедев также награжден: золотой медалью «Лауреат ВВЦ» (2005); Памятной медалью энциклопедии «Лучшие люди России» (2006); Дипломом лауреата конкурса «Рациональное природопользование и охрана окружающей среды – Стратегия устойчивого развития России в XXI веке» Минприроды России (2006); Почетным знаком Международного форума «Мировой опыт и экономика России» и Свидетельством «Золотой щит экономики России» (2008). За всемерное содействие в изучении природы и минеральных месторождений Монголии Министерство природных ресурсов Монголии наградило его Дипломом Почёта (2003).