Под его руководством защищены и утверждены ВАК СССР и РФ 7 кандидатских и 2 докторские диссертации, успешно работают над кандидатскими и докторскими диссертациями 2 аспиранта и 1 докторант.
Перечень кандидатских и докторских диссертаций, выполненных под руководством профессора Ахмедова М.М.:
а) кандидатские диссертации:
1. Кабардиев С.Ш. «Новые препараты для лечения больных и санации организма животных-лептоспироносителей», 1987
2. Кайтмазова М.Г. «Сальмонеллез кур в условиях промышленного птицеводства Дагестана», 2004
3. Баратов М.О. «Эпизоотические особенности и совершенствование методов диагностики туберкулеза крупного рогатого скота в условиях Дагестана», 2006 г.
б) докторские:
1. Джамбулатов З.М. «Сальмонеллез овец в южных регионах России», 2004
2. Мусиев Д.Г. «Иммунобиологические особенности эпизоотических штаммов вируса и методы ретроспективной диагностики ящура», 2005.
Им опубликовано в центральных и зарубежных изданиях более 212 научных работ. Изданы 3 монографии.
Статьи:
1. Этиологическая структура лептоспироза животных в Юго-восточном Предкавказье. Ветеринарная патология, Москва, 2008, №3.
2. Усовершенствованный метод обследования животных, зараженных возбудителем бруцеллеза. Ветеринарная медицина, Москва, 2009, №4
3. Сезонность и цикличность эпизоотий бешенства в республике Дагестан. Научно-практический журнал «Проблемы развития АПК региона», № 4 (8), 2011.
Монографии:
1. Профилактика инфекционных болезней овец, Дагкнигаиздат, 1965.
2. Лептоспироз сельскохозяйственных животных и меры борьбы с ними. Дагкнигаиздат, 1972.
3. Коринебактерии. 2011.
Научную деятельность профессор Ахмедов М.М. начал в 1965 году. Докторскую диссертацию на тему: «Лептоспироз сельскохозяйственных животных в Южных регионах страны» защитил в 1988 году. Имеет 8 авторских свидетельств на изобретения и патент.
Он принимает активное участие в жизни республики, университета и факультета ветеринарной медицины: является помощником депутата Народного Собрания республики Дагестан, членом ученых советов университета и факультета и двух диссертационных советов, председателем методической и экспертной комиссий факультета и членом методсовета университета, членом редколлегии журнала «Проблемы развития АПК региона».
Он награждён юбилейной медалью «К 100-летию со дня рождения В.В. Ленина» и Почетной грамотой Министерства образования и науки, присуждено Почетное звание «Заслуженного деятеля науки республики Дагестан».
Профессор Ахмедов М.М. пользуется большим уважением и признанием среди ученых микробиологов и иммунологов страны.