Под научным руководством Н.А. Томилова защищено 34 диссертации на соискание ученой степени кандидата исторических наук.
Бетхер А.Р. Традиционное хозяйство немцев Западной Сибири в конце – XIX - первой трети ХХ вв. – Омск, 2003. – 25 с.
Волохина И.В. Народная медицина русских Омского Прииртышья конца XIX – XX в. – Новосибирск, 2005. – 22 с.
Курманова С.Р. Пища немцев Западной Сибири во второй половине XX – начале XXI века. - Омск, 2010. – 26 с.
Назаров И.И. Традиционное хозяйство и культура жизнеобеспечения кумандинцев во второй половине XIX – первой половине XX в. - Омск, 2004. – 22 с.
Перечень утвержденных ВАК СССР, ВАК РФ докторских диссертаций, при выполнении которых соискатель являлся научным консультантом.
Коровушкин Д.Г. Диаспоры в Западной Сибири: особенности этнокультурного развития сельских сообществ в конце XIX – начале XXI в. – Новосибирск, 2009. – 46 с.
Кривоногов В.П. Современные этнические процессы у малочисленных коренных народов Средней Сибири. – Новосибирск, 2000. – 45 с.
Смирнова Т.Б. Немецкое население Западной Сибири в конце XIX - начале XXI века: формирование и развитие диаспорной группы. – Омск, 2009. – 49 с.
Количество опубликованных научных работ 1042 научные публикации.
Названия опубликованных монографии.
Томилов Н.А. Современные этнические процессы среди сибирских татар /Отв. ред. И.С. Гурвич. – Томск: Изд-во Томск. ун-та, 1978. – 209 с.
Н.А. Томилов Этнография тюркоязычного населения Томского Приобья (хозяйство и материальная культура) / Отв. ред. В.И. Матющенко. - Томск: Изд-во Томск. ун-та, 1980. - 200 с.
Томилов Н.А. Тюркоязычное население Западно-Сибирской равнины в конце XVI - первой четверти XIX вв. / Отв. ред. В.И. Матющенко. - Томск: Изд-во Томск. ун-та, 1981. - 276 с.
Томилов Н.А. Очерки этнографии тюркского населения Томско¬го Приобья (этническая история, быт и духовная культура) / Отв. ред. В.И. Матющенко. - Томск: Изд-во Томск. ун-та, 1983. - 216 с.
Томилов Н.А. Этническая история тюркоязычного населения Западно-Сибирской равнины в конце XVI - начале XX в. / Отв. ред. В.И. Васильев, Р.С. Васильевский. - Новосибирск: Изд-во Новоси¬бирск. ун-та, 1992. - 271 с.
Томилов Н.А. Проблемы этнической истории (По материалам Западной Сибири) / Отв. ред. В.И. Васильев. ~ Томск: Изд-во Томск. ун-та, 1993.- 222 с.
Валеев Ф.Т., Томилов Н.А. Татары Западной Сибири: история и культура / Отв. ред. А.Г. Селезнев, В.И. Соболев. - Новосибирск: Нау¬ка, 1996. - 224 с. - (Культура народов России. Т. 2).
Малиновский В.Г., Томилов Н.А. Томские татары и чулымские тюрки в первой четверти XVIII века: хозяйство и культура (по мате¬риалам Первой подушной переписи населения России 1720 года) / Отв. ред. А.П. Толочко. - Новосибирск: Наука, 1999. - 536 с. - (Культура народов России. Т.З).
Томилов Н.А. Русские Нижнего Притомья (конец XIX – первая четверть XX в.) /Отв.ред. Ф.Ф. Болонев. – Омск: Изд-во Омск. педагогическ. ун-та, 2001. – 198 с.
Жук А.В., Тихонов С.С., Томилов Н.А. Введение в этноархеологию /Отв. ред. В.И. Молодин. – Омск: Издательск. дом «Наука», 2003. – 72 с.
Бутанаев В.Я., Валеев Ф.Т., Томилов Н.А. и др. Тюркские народы Сибири /Отв. ред. Д.А. Функ, Н.А. Томилов. – М.: Наука, 2006. – 678 с. – (Народы и культуры).
Захарова И.В., Томилов Н.А. Этнографические научные центры Западной Сибири середины XIX - начала XXI века. Омский этнографический центр /Отв. ред. В.П. Корзун, В.И. Матющенко. – Омск: Издательск. дом «Наука», 2007. – 400 с.
Казанник А.И., Татауров С.Ф., Тихомиров К.Н., Томилов Н.А. Традиционно-бытовая природно-средовая культура народов Сибири, ее место в этнологии и этнической экологии /Отв. ред. Д.А. Алисов, С.С. Тихонов. – Омск: Изд-во Омск. педагогическ. ун-та, Издательск. дом «Наука», 2008. – 214 с.
Томилов Н.А. Народная культура городского населения Сибири: Очерки историографии и теории историко-этнографических исследований / Отв. ред. В.П. Корзун. – Омск: Издательск. дом «Наука», 2010. – 164 с.
Томилов Н.А. Этнокультурные процессы у татар Западной Сибири XVIII –XIX веках / Отв. ред. В.И. Молодин. – Омск: Издательск. дом «Наука», 2011. – 224 с.
Томилов Н.А. Музеология как отрасль знаний: избранные лекции для студентов высших учебных заведений /Отв. ред. В.Г. Рыженко. – Омск: Издательск. дом «Наука», 2012. – 100 с.