Под руководством Ю.П. Чугаева защищено 9 диссертаций (утвержденных ВАК) на соискание ученой степени кандидата медицинских наук, 3 из которых:
1. «Дифференциальная диагностика оститов туберкулезной и БЦЖ-этиологии у детей», 2010г., автор Камаева Н.Г., место защиты – г. Москва, ЦНИИ туберкулеза РАМН
2. «Влияние факторов риска на заболеваемость детей в очагах туберкулезной инфекции и разработка алгоритма противотуберкулезных мероприятий», 2007г., автор Моисеева О.В., место защиты – г. Екатеринбург, институт иммунологии и физиологии УрОРАН.
3. «Атопический дерматит у детей раннего и дошкольного возрастов и его влияние на туберкулиновую чувствительность», 2005г., автор Козлова О.Ф., место защиты ГОУ ВПО "Уральская государственная медицинская академия"
Ю.П. Чугаевым проводилось научное консультирование следующих утвержденных ВАК докторских диссертаций:
1. «Адаптационно-компенсаторные иммунные реакции у детей при хроническом описторхозе, первичной туберкулезной инфекции и их сочетанном течении», 2004г., автор Кашуба Е.В., место зашиты ГОУ ВПО «Тюменская государственная медицинская академия».
2. «Совершенствование диагностики и профилактики туберкулезной инфекции у детей старшего возраста и подростков», 2010г. автор Тюлькова Т.Е., место защиты – г. Москва, ЦНИИ туберкулеза РАМН.
Кроме того, в настоящее время выполняются 3 докторские диссертации.
Ю.П. Чугаев является автором 190 печатных работ, из которых наиболее значимые:
1. Изменение иммунной системы детей старшей возрастной группы при первичных и вторичных формах туберкулезной инфекции // Проблемы туберкулеза и болезней легких. -2009.-№1.-С.51-56.
2. Прогнозирование основных эпидемиологических показателей по туберкулезу среди детей Удмуртской республики // Проблемы туберкулеза и болезней легких. -2009.-№6.-С.5-7.
3. Клинико-иммунологические особенности у детей с виражом туберкулиновых проб в зависимости от установленного контакта с бактериовыделителями // Туберкулез и болезни легких. -2010.-№1.-С.25-30.
4. Особенности иммунного ответа на туберкулин у детей с высокой туберкулиновой чувствительностью к нему // Вопросы современной педиатрии. -2010.-№4.-С.22-26.
5. Состояние здоровья детского населения и перспективы развития педиатрической службы Удмуртской республики // Уральский медицинский журнал. -№1 (Т.71).-С.17-21.
Монографии:
1. Глава в монографии «Клиника локального туберкулеза у детей раннего возраста и состояние клеточного и гуморального иммунитета», Свердловск, 1988, 203с.
2. «Лечебное применение физических факторов в комплексной терапии туберкулеза легких», Екатеринбург, 1998, 126с.
3. Глава «Туберкулез» в издании «Детские инфекционные болезни», Екатеринбург, 2001, с.148-190.
4. Глава «Туберкулез у детей раннего возраста» в издании «Туберкулез у детей», Москва, 2004, 196с.
5. Монография «Иммунологические особенности туберкулезной инфекции на разных этапах ее развития», Тюмень, 2008, 60с.
Докторская диссертация на тему «Диагностика и лечение туберкулеза у детей раннего возраста» (346с.) защищена в Центральном НИИ туберкулеза РАМН в 1987 году, г.Москва.
В течение 50 лет работы в ГОУ ВПО «Уральская государственная медицинская академия» в течение 12 лет избирался на должность декана педиатрического факультета, 9 лет на должность декана факультета повышения квалификации и профессиональной подготовки врачей, 9 лет работал проректором по лечебной и последипломной подготовке специалистов. В течение 39 лет исполнял обязанности Главного внештатного детского фтизиатра Министерства здравоохранения Свердловской области. Избирался председателем общества фтизиатров стран СНГ (1995-1997), а в 1997 году был Президентом означенного общества.
В 1999 году избран членом-корреспондентом РАЕ, а в 2002 году было присвоено почетное звание «Заслуженный работник Высшей школы РФ», является членом редколлегий и редакционных советов ряда профильных журналов.
Патент на изобретение «Способ экспресс диагностики туберкулезной инфекции», №2367925 от 20.09.2009г.