В.П. Шаманин учился в докторантуре во Всероссийском НИИ растениеводства им. Н.И. Вавилова и при ее окончании в 1994 году успешно защитил докторскую диссертацию на тему: «Селекция яровой мягкой пшеницы для засушливых условий Западной Сибири и Южного Урала».
Теоретические работы В.П. Шаманина имеют широкое практическое применение. Он автор 15 сортов, которые включены в Государственный реестр селекционных достижений по четырем регионам России. Площадь их посевов постоянно увеличивается, особенно в засушливых степных зонах целинных земель и составляет более одного миллиона гектаров. Он осуществляет научно-методическое руководство по первичному семеноводству в элитно-семеноводческих хозяйствах Омской области.
В.П. Шаманин является научным руководителем проблемы, финансируемой МСХ РФ и Омской области по теме: «Создать высокоурожайные сорта сильной продовольственной яровой и озимой пшеницы и высокобелкового зимостойкого озимого тритикале устойчивые к болезням, засухе и негативным эдафическим факторам в условиях Западной Сибири и организовать их семеноводство» ( № государственной регистрации 01.2.00102530).
Пофессор В.П. Шаманин руководитель первого в России регионального Международного Центра челночной селекции яровой мягкой пшеницы по созданию адаптивного исходного материала для Западной Сибири и Южного Урала, который был организован по его инициативе в 2009 году по договору между ОмГАУ и Международным Центром улучшения кукурузы и пшеницы (СИММИТ, Мексика).
По проблеме своих исследований В.П. Шаманин опубликовал более 200 научных работ, в том числе:
1. Опыт селекции яровой мягкой пшеницы на устойчивость к неблагоприятным факторам в условиях Западной Сибири и Южного Урала // Алматы: Агромередиан, № 1-2 (11-12)-2009, с.34-40;
2. Шаманин В.П., Моргунов А.И., Манес Я., Зеленский Ю.И., Чурсин А.С., Левшунов М.А. Селекция яровой мягкой пшеницы к местной популяции и к вирулентной расе Ug 99 стеблевой ржавчины в условиях Западной Сибири // Вестник ВОГиС // Том 14, № 1, 2010. С. 659-667;
2. Шаманин В.П. Селекция яровой мягкой пшеницы на устойчивость к стеблевой ржавчине // Перспективы инновационного развития АПК. Сборник материалов международной научно-практической конференции, посвященной 420-летию земледелия Зауралья/ Тюмень, ТГСХА.-2010.- с. 76-83;
3. Morgounov A., Ablova I., Babayants O., Babayants L., Bespalova L., Khudokormov Zh., Litvinenko N., Shamanin V., Syukov V. Genetics protection of wheat from rusts and development of resistant varieties in Russia and Ukraine //BGRI 2010 Technikal Workshop Oral Presentations // Full Papers and Abstracts. May 30-31, 2010.- St Petersburg - Russia. P. 1-21 и др.
В.П. Шаманин опубликовал (в соавторстве) пять монографий - "Растение в опыте"(1999), "Экология пшеницы"(2000), "Изогенные линии пшеницы"(2001), «Использование изогенных линий в моделировании и селекции яровой мягкой пшеницы в условиях Северного Зауралья» (2003), «Стратегия и тактика отбора в селекции растений» (2010) и четыре учебных пособия с грифом УМО - «Курс лекций по частной селекции и генетике зерновых культур (пшеница, ячмень, овес)» (2003) и «Курс лекций по частной селекции и генетике зернобобовых культур (горох, соя, фасоль, вика и бобы» (2003), «Семеноводство зерновых культур в Западной Сибири» (2006) и «Общая селекция и сортоведение полевых культур» (2007), которые рекомендованы для студентов агрономических и агроэкономических специальностей вузов страны.
Теоретические и практические результаты исследований им неоднократно были доложены и одобрены научной общественностью на всероссийских, региональных конференциях и совещаниях по проблемам селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур, а также получили признание на международных конференциях: «1-й Центрально-азиатской конференции по пшенице» (Алматы, Казахстан, 2003 г.), «Второй Центрально-Азиатской конференции по зерновым культурам (Кыргызстан, г. Чолпон-Ата, 13-16 июня 2006 г.), 12-й конференции по устойчивости к болезням (Анталия, Турция 13-16 октября 2009 г.), 8-й Международной конференции по пшенице (г. Санкт-Петербург, 1-4 июня, 2010 г) и др. В составе российско-казахстанской делегации ученых в марте 2008 г. В.П. Шаманин прошел стажировку в СИММИТ.
Профессор В.П.Шаманин возглавляет научную школу селекционеров при кафедре селекции, генетики и физиологии растений ОмГАУ. В 2008 году он был признан «Лучший руководитель научной школы ОмГАУ». Под его руководством защитили шесть кандидатских диссертаций, среди них: Чернакова И.А. на тему: «Полиморфизм проламинкодирующих локусов яровой мягкой пшеницы и ячменя в условиях Западной Сибири в связи с селекцией на адаптивность» (Омск,1999); Потоцкая И.В. « Селекционно-генетическая оценка коллекции CIMMYT и создание исходного материала яровой мягкой пшеницы для селекции в условиях южной лесостепи Западной Сибири» (Омск, 2003); Пушкарев В.И. «Оценка урожайности сортов яровой мягкой пшеницы при различных способах предпосевной обработки семян и сроках сева в степной зоне Омской области» (Тюмень,2009). Был научным консультантом докторских диссертаций Лихенко И.Е. (ныне директор СибНИИРС СО Россельхозакадемии) на тему: «Селекция яровой мягкой пшеницы для условий Северного Зауралья» (Тюмень, 2004), и Тюнина В.А. на тему: «Селекция мягкой яровой пшеницы в условиях Южного Урала» (Омск, 2005).
В.П. Шаманин является заместителем председателя объединенного диссертационного совета ДМ 220.050.01 при ОмГАУ, экспертом Правительства Казахстана по проектам устойчивого развития сельского хозяйства Республики Казахстан. Он активно участвует в общественных научных организациях университета, области и региона: является членом НТС университета, научно-технического совета МСХ Омской области по секции растениеводства, селекции и семеноводства, а также членом Проблемного совета по селекции и семеноводству СО Россельхозакадемии и президиума Союза селекционеров Сибири, председатель Омского филиала Новосибирского отделения ВОГиС им. Н.И. Вавилова.
Профессор В.П. Шаманин в период 1990-2007 гг. был заведующим выпускающей кафедры по специальности 110204 - селекция и генетика сельскохозяйственных культур, с 1996 по 1998 годы - проректором по науке Омского государственного аграрного университета, с1998 по 2007 гг. - директором некоммерческого партнерства "Омский аграрный университетский комплекс".
За успехи в научной работе еще в студенческие годы В. П. Шаманин был награжден медалью Министерства высшего и среднего специального образования СССР "За лучшую научную студенческую работу" (1976). Он лауреат премии Омского комсомола (1983) и Главы администрации (губернатора) Курганской области (1997) в сфере науки и техники. Неоднократно поощрялся грамотами администрации области и университета.
В 2006 году профессору В.П. Шаманину указом Президента присвоено Почетное звание «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации».