Перечень кандидатских диссертаций:
1. Филатов В.Б. Стратегическое планирование в управлении здравоохранением сельского района (1993).
2. Томчук А.Л. Стратегическое планирование в управлении лечебно-профилактическим учреждением областного уровня (1999).
3. Берштейн М.С. Стратегическое планирование в управлении дорожной больницей (на примере ДКБ ст.Новосибирск) (1999).
4. Джурабаева М.К. Социально-гигиенические аспекты планирования в системе охраны репродуктивного здоровья женщин на территориальном уровне (1999).
5. Чащин Д.А. Организация судебно-медицинской экспертизы крупного промышленного района.(1999).
6. Сыстерова А.А. Формирование репродуктивного потенциала в современных условиях профессиональной подготовки молодежи (на примере отрасли здравоохранения) (2000).
7. Безнощенко А.Б. Медико-социальная оценка состояния репродуктивной функции у женщин и здоровье детей первого года жизни (на примере крупного города Западной Сибири) (2000).
8. Пушкарев О.В. Медико-экономическая модель оценки эффективности многопрофильной муниципальной больницы (2001)
9. Барский В.Б. Социально-гигиенические оценка функционирования клиники научного медицинского центра (2002)
10. Черба А.Р. Социально-гигиеническая оценка здоровья работников плавсостава Обь-Иртышского бассейна (2002)
11. Романенко М.Г. Социально-гигиеническая оценка планирования территориального здравоохранения в условиях малой плотности расселения жителей на примере Мирнинского района Республики Саха (Якутия) (2003)
12. Нечаева И.В. Социально-гигиеническая оценка формирования и сохранения репродуктивного потенциала у женщин начального фертильного возраста (по материалам исследований учащихся колледжей в Новосибирской области) (2004)
13. Копасов Е.А. Управление деятельностью и развитием коммерческих стоматологических клиник (2004)
14. Горбань Б.А. Модель оптимизации системы планирования мероприятий по охране здоровья работников Западно-Сибирской железной дороги (2005)
15. Зенкин Н.Г. Социально-гигиеническая оценка модели организации службы скорой медицинской помощи городскому населению Сибири (на примере города Томска) (2005)
16. Радченко Л.П. Система планирования стратегии медицинского центра с расположением подразделений на разных территориях (2005)
17. Татаурова Е.А. Социально-гигиеническая оценка формирования здорового образа жизни у детей как элемента реализации воспитательной функции семьи (2006)
18. Калинин К.Э. Социально-гигиеническая оценка репродуктивного потенциала населения крупного промышленного центра Заполярья (на примере муниципального образования г.Норильск) (2007)
19. Коваленко Т.С. Социально-гигиеническая оценка и технологические элементы планирования санаторно-курортной помощи в условиях юга Сибири (на примере санаториев ЗАО «Курорт Белокуриха») (2007)
20. Пилипенко И.И. Стратегическое планирование здравоохранения в районах с высокой плотностью расселения сельских жителей (на примере Красноармейского района Краснодарского края) (2008)
21. Тоцкая Е.Г. Новые медико-организационные технологии взаимодействия элементов стационарного и амбулаторного этапов при совершенствовании специализированной медицинской помощи населению (на примере Новосибирской клинической больницы Сибирского окружного медицинского центра) (2008)
22. Курнявкин В.Н. Социально-гигиеническая оценка как элемент регионального планирования стратегии санаторно-курортных организаций (на примере ОАО «Санаторий Краснозерский» Новосибирской области) (2008)
23. Куулар Л.Ы. Модель и технологические этапы планирования стратегии территориального здравоохранения Республики Тыва (2009)
24. Маюнова Т.Н. Социально-гигиеническая оценка реализации лечебно-оздоровительных технологий санаторно-курортными организациями (на примере санатория «Россия» курорта Белокуриха Алтайского края) (2009).
Перечень докторских диссертаций
1. Ивочкин А.М. Технологические этапы организационно-функционального взаимодействия при оказании хирургической помощи в службе медицины катастроф Сибирского федерального округа (2002)
2. Берштейн М.С. Организация деятельности многопрофильной клинической больницы и реализация хирургических технологий в новых экономических условиях (2002)
3. Кайдакова Н.Н. Система медико-экономического управления медицинскими предприятиями Республики Казахстан (2004)
4. Орехова Г.Г. Роль организационных технологий в оказании медицинской помощи больным с последствиями черепно-мозговой травмы (2008)
5. Пушкарев О.В. Человеческий капитал и моделирование медико-экономической эффективности в здравоохранении (2009).
Опубликовано более 330 научных и методических работ, среди них:
1. Бабенко А.И. Медико-демографические проблемы оздоровления населения Сибири (потери здоровья населения) // Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. — 2002. — №3. — С. 24–27.
2. Бабенко А.И. Методология разработки стратегии охраны здоровья населения //Бюлл. СО РАМН. — 2002. — №1. — С. 48–53.
3. Бабенко А.И. Программа «Здоровый город»: концепция, стратегия, методология формирования, критерии // Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. — 2004. — №5. — С.29–34.
4. Бабенко А.И. Человеческий капитал в аспекте социально-гигиенического познания /А.И.Бабенко //Бюлл. СО РАМН. — 2004. — №2 (112). — С. 176– 180.
5. Бабенко А.И. Комплексная оценка эффективности здравоохранения: методологический подход и критерии /А.И.Бабенко, О.В.Пушкарев // Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. — 2007. — №6. — С. 3–5.
Монографии:
1. Бабенко А.И. Стратегические аспекты планирования в системе охраны репродуктивного здоровья женщин /А.И. Бабенко, М.К. Джурабаева / Отв.редактор член-корр. РАМН В.Н.Денисов. — Новосибирск: ЦЭРИС, 2000. — 104с.
2. Бабенко А.И. Планирование стратегии дорожной больницы /А.И. Бабенко, М.С Берштейн / Отв.редактор член-корр. РАМН В.Н.Денисов. — Новосибирск, 2000. — 110 с.
3. Денисов В.Н. Методология стратегического планирования в здравоохранении / В.Н.Денисов, А.И. Бабенко. — Новосибирск: ЦЭРИС, 2001. — 353с.
4. Бабенко А.И. Формирование и планирование деятельности негосударственной некоммерческой медицинской организации /А.И. Бабенко, М.С. Любарский, Г.З. Рот, Е.Е.Шульман /Под общей ред. чл.-корр.РАМН В.Н.Денисова. — Новосибирск: Изд. центр ОИИ СО РАН, 2001. — 84 с.
5. Денисов В.Н. Медико-профилактическая помощь несовершеннолетним с инфекциями, передаваемыми половым путем / В.Н. Денисов, А.И. Бабенко, Н.В. Лузан — Новосибирск: Сибирский хронограф, 2001. — 244 с.
6. Бабенко А.И. Модели развития злокачественных новообразований /А.И. Бабенко, Р.М. Тахауов, В.Н. Денисов — С.112-146; Бабенко А.И. Модель и элементы социально-гигиенической оценки онкологической заболеваемости. — С.244–252 (Главы в кн.: Тахауов Р.М. Комплексная оценка заболеваемости злокачественными новообразованиями населения Сибирского федерального округа. — Новосибирск: Наука, 2005. — 287с.)
7. Бабенко А.И. Стратегическое планирование и социально-гигиеническая оценка функционирования медицинских организаций /А.И.Бабенко /Под ред. академика РАМН В.А. Труфакина. — Новосибирск: Сибмедиздат, 2006. — 403с.
8. Фундаментальные и прикладные аспекты экологической реабилитации. / А.И. Бабенко, О.Ю. Верба, Е.Л. Галичин и др. / Под ред. В.А. Шкурупия. — Новосибирск: ООО «Редакционно-издательский центр», 2007. — 212 с.
Докторская диссертация
«Потери здоровья населения Сибири и стратегия его охраны» (1995 г.). Ученое звание профессора было присвоено в 2000 г.
Патент РФ: Программа для ЭВМ «Система оценки качества жизни и здоровья населения в индексах функции дожития когорты с параметрами повозрастной смертности реального населения» (Когорта-Дожитие) / А.И. Бабенко, Я.В. Поляков, В.Б.Бериков, И.А. Шарина, В.Я. Поляков, А.И. Арустамян. — Дата регистрации 5.06.2002г. регистрационный №№2002610981 Свидетельство № 2002611754 от 11.10.2002г.
Бабенко А.И. в 2000–2004 гг. был заместителем председателя, а с 2005 по 2007 г. — председателем диссертационного совета Д 001.048.02 при ГУ Научном центре клинической и экспериментальной медицины СО РАМН по специальности 14.00.33 — «Общественное здоровье и здравоохранение». С 2008 г. профессор А.И. Бабенко является заместителем председателя диссертационного совета Д 001.056.01 при ГУ Научно-исследовательский институт комплексных проблем гигиены и профессиональных заболеваний СО РАМН по специальности 14.00.33 — «Общественное здоровье и здравоохранение».
С 1996 г. Бабенко А.И. является профессором кафедры социальной гигиены и организации здравоохранения факультета повышения квалификации Новосибирского государственного медицинского университета.
Бабенко А.И. входит в состав Проблемной комиссии №56.01 «Гигиена и профпатология. Общественное здоровье и здравоохранение» при МНС №53 СО РАМН, редакционной коллегии журнала «Медицинская диагностика. Управление и качество», с 2003 г. является Главным специалистом по общественному здоровью и здравоохранению Сибирского федерального округа.