В 2002 г. под научное направление, которым занимается С.А.Афанасьев, в структуре НИИ кардиологии СО РАМН была организована новая лаборатория — молекулярно-клеточной патологии и генодиагностики.
В 2008г. Афанасьеву С.А. решением ВАК РФ присвоено ученое звание — профессор по специальности — патологическая физиология.
Перечень кандидатских диссертаций
1. Варламова Ирина Борисовна — «Осцилляции содержания цГМФ при различных состояниях изолированного сердца морской свинки» 1993 г.
2. Пономаренко Игорь Валерьевич — «Влияние антиоксидантов эмоксипина и гистохрома на биохимические показатели крови и электрофизиологическое состояние миокарда в периоперационном периоде аортокоронарного шунтирования» 2000 г.
3. Тимофеев Валерий Юрьевич — «Теоретическое и экспериментальное исследование
кинетики сократительного ответа мышечных препаратов сердца в изометрических условиях» 2001 г.
4. Лукавская Ирина Анатольевна — «Функциональное состояние саркоплазматического ретикулума кардиомиоцитов на фоне действия амиодарона и нибентана» 2003 г.
5. Писклова Анна Викторовна — «Немедикаментозная коррекция желудочковой экстрасистолии» 2006 г.
Научные исследования, в которых принимал участие Афанасьев С.А., не однократно поддерживались грантами РФФИ и ФЦНТП. Афанасьев С.А. является автором 7 изобретений защищенных патентами РФ, им опубликовано 228 научных работ, из них 96 статей в журналах списка ВАК РФ и 14 статей в рубежных журналах, изданы методические рекомендации Минздрава РФ.
Афанасьев С.А. является автором 3-х глав коллективной монографий «Коронарная сердечная недостаточность» изданной в 2005г под редакцией академика РАМН, Р.С. Карпова и автором главы руководства для врачей «Аутологичные стволовые клетки: экспериментальные исследования и перспективы клинического применения» изданного в 2009г. под редакцией академика РАМН, В.А. Ткачука.
Докторская диссертация
В 1998г. им была защищена диссертации «Патогенез и коррекция нарушений инотропной функции изолированного миокарда при ишемической болезни сердца и острой ишемии в эксперименте» с присуждением ученой степени доктора медицинских наук по специальности 14.00.16 — патологическая физиология (копия диплома прилагается).