Разработка новых методов и направлений селекции осуществляется через выявление новых генов растений, в частности, открытие доминантных и неполно доминантных генов устойчивости к инфекционным и физиологическим болезням — заразихе египетской, альтернариозу, растрескиванию плодов, вершинной гнили томатов, идентификацию группы новых генов огурца, обнаружение хозяйственно—ценных рецессивных признаков безалкалоидности и белоснежной мякоти баклажана и других, обусловленных моногенно.
Созданные новые методики ускоряют, упрощают и удешевляют селекционный процесс и в конечном итоге реализуются в многочисленных выведенных сортах с.х. растений.
По методам и направлениям научной школы Авдеева Ю.И в настоящее время работают многие селекционеры. Под руководством доктора с.х наук Авдеева Ю.И. защищены кандидатские диссертации по специальности «селекция и семеноводство».
Перечень кандидатских диссертаций:
1. Алексеева В.С. «Хозяственно-ценные признаки и селекция огурца и баклажана в условиях Нижнего Поволжья», М. 1989;
2. Перевалов С.Н. Эколого-морфологические и биологические особенности заразих Астраханской области и источники устойчивости томата к цветковым паразитам». М.2002;
3. Кигашпаева О.П. «Селекция баклажана для аридной зоны Нижнего Поволжъя».Астрахань, 2007;
4. «Оценка коллекционных образцов, подбор доноров для селекции и создание сортов перца сладкого и баклажана для Нижнего Поволжья». Астрахань,2009; — Бажмаева Ф.К.
5. Дедова Ю.И. «Скрещиваемость географически-удаленных форм хлопчатника и создание доноров для селекции». Астрахань, 2009.
Опубликовано 320 научных работ, среди них:
1. Авдеев Ю.И., Иванова Л. М., Кигашпаева О.П. Сорта овощных культур селекции ВНИИОБ. Ж. Картофель и овощи , №1, 2001. 0,15п. л ;
2. Авдеев Ю.И. Развитие новых направлений и методов селекции пасленовых культур, удешевляющих производство и улучшающих качество продукции. Материалы международной научно-практической конференции по пасленовым культурам. 2004. 1,5 п. л.;
3. Авдеев Ю.И. Результаты четырех-летних селекционных работ на устойчивость томата к заразихе египетской. Ж. Вестник академии сельскохозяйственных наук, №5, 2006. 0,4 п. л.;
4. Авдеев Ю.И., Авдеев А.Ю., Иванова Л.М. Создание сортов томата для выращивания в открытом грунте в орошаемых условиях. Ж. Аграрный вестник Урала, №5, 2007. 0,3 п. л.
Монографии:
1. Селекция томатов . Издательство Штиинца, Кишинев, 1981. 18 п. л. ;
2. Исследование и практическое использование устойчивости томата к видам заразиховых семейства Orobanhaceae. Учебное пособие по курсу «Генетический анализ и селекция растений». Издание АГУ. Астрахань, 1998. 5 п.л.
3. Генетический анализ количественных признаков растений. Издание ВНИИ орошаемого овощеводства и бахчеводства. Астрахань, 2003. 12 п. л. ;
4. Теоретические и прикладнве исследования по овощным культурам. Издание ВНИИОБ — Астраханский Государственный Университет. Астрахань, 2004. 22 п. л. ;
5. Генетический анализ растений. Издание АГУ-ВНИИОБ, Астрахань, 2004. 40 п. .л.
5. Ресурсосберегающие основы оршаемого земледелия. Издание РАСХН — ВНИИОБ — АРОФ им. А.Т. Болотова. Астрахань, 2003. 19,5 п. л. (коллективная монография).
Докторская диссертация
«Разработка научных основ селекции томата на пригодность к индустриальному возделыванию, устойчивость к болезням и гетерозис в условиях Нижнего Поволжья» защищена Авдеевым Ю.И. в 1985 году.
В астраханском Государственном Университете Авдеев Ю.И. работает в течение 12 лет, в т. ч. на должности заведующего кафедрой агрономии 5 лет. Является первым председателем диссертационного совета АГУ по защите диссертаций по сельскохозяйственным специальностям. Под его председательством защитили диссертации первые десять астраханских ученых.
В сфере науки Ю.И. Авдеев работает 45 лет. Занимается генетикой, селекцией и биотехнологией овощных культур во Всероссийском НИИ орошаемого овощеводства и бахчеводства, совмещая преподавательскую работу с должностью заведующего отдела селекции и биотехнологии овощных культур. Им разработаны и изданы более десяти методических указаний и рекомендаций по созданию новых сортов и гибридов овощных культур с отдельными новыми и комплексом хозяйственно-ценных признаков, разработано 8 изобретений — новых способов и устройств для селекции, на которые получены авторские свидетельства. Авдеевым Ю.И, вместе с руководимым им коллективом создано 53 сорта овоще-бахчевых культур, вошедших в Госреестр селекционных достижений РФ и возделываемых в стране и зарубежье, в т.ч. 30 томата, 9 баклажана, 7 перца сладкого, 3 огурца, 3 дыни, 2 арбуза, на которые получены авторские свидетельства. На более чем 40 сортов выданы патенты.
За выведенные сорта и научные разработки награжден дипломами, серебряными и золотыми медалями всероссийских выставок и форумов инноваций , золотой медалью РАЕ им. В.И. Вернадского. Является активным участником проведения первого и второго Всероссийского фестиваля «Синьор помидор».