Шуканов А.А. в 1979 г. защитил кандидатскую, 1990 – докторскую диссертацию на тему «Совершенствование технологии выращивания молодняка крупного рогатого скота с учетом адаптации организма к условиям внешней среды»; в 1983 г. утвержден в ученом звании доцента, 1992 – профессора; в 1998 избран академиком Петровской академии наук и искусств России, 2000 – академиком Международной академии наук педагогического образования, 2007 г. – академиком Академии наук Чувашской Республики.
Профессор А.А. Шуканов успешно сочетает учебно-методическую работу с научно-исследо-вательской. Он на высоком научно-методическом уровне читает лекции, проводит лабораторные и практические занятия по курсам «Физиология сельскохозяйственных животных», «Социальная экология и природопользование», ведет спецкурс «Физиология» для аспирантов и соискателей, руководит научно-исследовательской лабораторией биотехнологии и экспериментальной биологии при университете, сотрудники которой разрабатывают актуальные проблемы по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники. Им опубликовано 339 научных и методических работ, в том числе свыше 160 – в центральных изданиях, среды которых 3 учебника по зоогигиене для вузов страны, 8 монографий, 14 учебных и учебно-методических пособий, 20 нормативных документов, утвержденных НТС Госагропрома СССР, РСФСР, получено 5 патентов на изобретения. Его научные труды цитируются в монографиях, учебниках, учебных пособиях и диссертационных исследованиях коллег, докторантов и аспирантов.
Под руководством А. А. Шуканова успешно защищены 6 докторских и 26 кандидатских диссертаций, под редакцией выпущены 29 сборников научных трудов, является научным консультантом 2 докторантов и научным руководителем 7 аспирантов и соискателей.
Шуканов А.А. является членом экспертного совета Высшей аттестационной комиссии России, Головного научного совета «Биологические науки и технологии» Министерства образования и науки РФ, ряда комиссий при правительстве Чувашской Республики и редколлегии многотомной энциклопедии ЧР; председателем совета ДМ 212.300.03 по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям 03.00.13 – физиология и 03.00.25 – гистология, цитология, клеточная биология (биологические науки) при ЧГПУ имени И.Я. Яковлева и председателем Чувашского отделения физиологического общества России имени И.П. Павлова.
Кандидатские диссертации, защищенные под руководством Шуканова А.А.:
1. Ибрагимов Р.И. Коррекция адаптогенеза телят при пониженных и повышенных температурах среды с использованием биогенных препаратов : дис. … канд. биол. наук : 03.00.13 / Р.И. Ибрагимов. – Казань, 1996. – 156 с.
2. Семенов В.Г. Особенности физиологического статуса телят в условиях адаптивной технологии с применением новых биогенных препаратов : дис. … канд. биол. наук : 03.00.13 / В.Г. Семенов. – Казань, 1999. – 133 с.
3. Панихина А.В. Морфофизиологическая реакция организма телят на воздействие новых иммунокорректоров : дис. … канд. биол. наук : 03.00.13 / А.В. Панихина. – Чебоксары, 2003. – 167 с.
4. Архипова М.Н. Становление и развитие функциональных систем у боровков в биогеохимических условиях Чувашского Центра с назначением биогенных соединений : дис. … канд. биол. наук : 03.00.13 / М.Н. Архипова. – Чебоксары, 2008. – 200 с.
Шуканов А.А. выступал консультантом при написании следующих докторских диссертаций:
1. Кириллов, Н.К. Научное обоснование гигиенических мероприятий по снижению технологических стрессов при получении и выращивании телят на малых и средних фермах : дис. … д-ра вет. наук : 16.00.08 / Н.К. Кириллов. – М., 1995. – 341 с.
2. Воронов, Л.Н. Морфофизиологическое совершенствование органов птиц в связи с развитием их рассудочной деятельности : дис. … д-ра биол. наук : 03.00.25, 03.00.13 / Л.Н. Воронов. – Казань, 2004. – 362 с.
3. Кабиров. И.Ф. Становление физиологических систем крупного рогатого скота в разных условиях адаптивной технологии : дис. … д-ра биол. наук : 03.00.13 / И.Ф. Кабиров. – Казань. 2006. – 240 с.
4. Алексеев, В.В. Морфофизиологическое становление и развитие эндокринных желез у бычков в постнатальном онтогенезе, содержавшихся в разных условиях адаптивной технологии : дис. … д-ра биол. наук : 03.00.25, 03.00.13 / В.В. Алексеев. – Чебоксары. 2008. – 348 с.
Шукановым А.А. опубликовано 339 научных и методических трудов. Среди них наиболее значимые:
1. Шуканов А.А. Практикум по зоогигиене / А.А. Шуканов и соавт. – М. : Колос, 1999. − 208 с.
2. Шуканов, А.А. Гигиена животных/ А.А. Шу-канов, А.Ф. Кузнецов. – М. : Колос, 2001. – 368 с.
3. Шуканов. А.А. Способ получения препарата для повышения неспецифической активности иммунной системы организма / А.А. Шуканов и соавт. – № 2137480 (зарегистр. 20. 09. 1999 г.).
4. Шуканов, А.А. Совершенствование физиологических систем у боровков в биогеохимических условиях Чувашского Центра с применением биогенных веществ / А.А. Шуканов и соавт. – М., 2009. – 14 с. : Деп. в ВИНИТИ РАН 15.01. 09. – № 16.
5. Шуканов. А.А. Особенности морфофизиологических показателей эндокринных желез у боровков в постнатальном онтогенезе при назначении биогенных соединений / А.А. Шуканов, С.Г. Григорьев // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. – 2009. – № 5. – С. 558-560.
Монографии:
1. Шуканов А.А. Морфофизиологическая реакция организма телят на воздействие новых иммунокорректоров / А.А. Шуканов, А.В. Панихина. – Чебоксары: Чуваш. гос. пед. ун-т И.Я. Яковлева, 2005. − 142 с.
2. Шуканов, А.А. Совершенствование функциональных систем крупного рогатого скота, содержащегося в разных режимах адаптивной технологии / А.А. Шуканов, И.Ф. Кабиров. – Чебоксары: Чуваш. гос. пед. ун-т И.Я. Яковлева, 2006. – 124 с.
3. Шуканов. А.А. Становление и развитие функциональных систем у продуктивных животных при использовании биогенных веществ в биогеохимических условиях Приволья и Юго-Востока Чувашии / А.А. Шуканов, С.Г. Григорьев, Р.А. Шуканов, А.О. Муллакаев. – Чебоксары: Чуваш. гос. пед. ун-т им. И.Я. Яковлева, 2008. − 176 с.
4. Шуканов. А.А. Коррекция морфофизиологического состояния у продуктивных животных в биогеохимических условиях Присурья и Засурья Чувашии с назначением биогенных соединений / А.А. Шукаов, В.В. Алексеев, С.Г. Григорьев, И.Ю. Арестова. – Казань: Медок, 2008. − 256 с.
Профессор А.А. Шуканов – лауреат (золотая медаль) Всероссийского выставочного центра (М., 1995), дипломант Всероссийской выставки-ярмарки «Регионы – сотрудничество без границ» (Чебоксары, 2004, 2008); стипендиат Чувашской Республики для выдающихся деятелей науки (2004); обладатель грантов по фундаментальным научным исследованиям Минобрнауки РФ (2006-2009), РГНФ (2007-2009), Минпромэнерго Чувашской Республики (2006, 2008); награжден Почетными грамотами Министерства сельского хозяйства Российской Федерации (2002), Татарской и Башкирской республик (2002). Министерства образования и Министерства экологии Чувашской Республики (2000, 2002); заслуженный деятель науки Чувашской Республики (2001), заслуженный деятель науки Российской Федерации (2008).