В 1987, М.Р. Гасанов защитил докторскую диссертацию на тему: «Взаимоотношения народов Дагестан и Грузии в XIX- нач. XX в.»
В 1966-1981гг. он работал научным сотрудником Института ИЯЛ, ученым секретарем Дагестанского филиала АН СССР.
С 1981 г. – декан исторического факультета, доцент, профессор, зав. кафедрой истории Дагестана.
Под научным руководством профессора М.Р. Гасанова защищены десятки кандидатских диссертаций, он является консультантом, оппонентом докторских диссертаций, а также членом диссертационного совета Д М 002.053.01 по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора исторических наук при Институте ИАЭ ДНЦ РАН.
Научные результаты профессора М.Р. Гасанова могут быть сформулированы следующим образом: выдвинута и обоснована концепция разносторонних и многовековых связей народов Дагестана и Кавказа; показана специфика развития Кавказской Албании; определены и осмыслены место и роль Дагестана в истории Кавказа и России; изучены связи Дагестана с иранским миром; освещены различные отрасли промыслов и ремесел дагестанских горцев; раскрыта деятельность малоизученных личностей истории и культуры; извлечены и изданы редкие источники, представляющие значительный интерес для глубокого изучения различных проблем; собраны и обобщены новые историко – этнографические, архивные материалы; на базе исследований изданы десятки учебных и учебно – методических пособий; подготовлены высококвалифицированные специалисты, издано несколько выпусков сборника «История и география Дагестана».
Профессор М.Р. Гасанов – руководитель следующих утвержденных ВАКом диссертаций:
Гаджиев А.М. Антиколониальное движение горцев Дагестана во второй половине XIX в. (60-70 годы);
Дибирова А.И. Взаимоотношения Дагестана и Грузии в XVIII- нач. XIX вв.;
Пирова Р.Н. Причины возникновения имамата и правотворческая деятельность Шамиля.
Ибрагимов И.Г. Агулы XVIII – первой половине XIX в. (проблемы социально – экономического развития и политического устройства);
Магарамов Ш.А. «Взаимоотношения народов Дагестана с государством Ширван – шахов в VI-XVI вв.»;
Гаджиагаев Т.С. Взаимоотношения народов Дагестана и Азербайджана во второй половине – XIX-начале XX вв. и др.
Научные интересы: история народов Дагестана, Кавказа и России, проблемы социально-экономического развития и взаимоотношений дагестанских народов с народами Закавказья и Северного Кавказа, а также вопросы этнической истории народов Дагестана. Научной школой издано более 500 научных и учебно-методических трудов, в том числе, более 40 монографий: «Исторические связи Дагестана и Грузии», «История Дагестана» (курс лекций), «Кавказ и Дон в произведениях античных авторов», «История Дагестана с древности до конца XVIIIв.», «История Дагестана с древнейших времен до наших дней», «Загадки этнонимов Дагестана», «Дагестан и иранский мир», «Очерки истории Табасарана», «Дагестан в составе Кавказской Албании» и «История Дагестана» (ученое пособие), «Дагестан в истории Кавказа и России», «Религиоведение. Юг России: краткий тематический словарь (Соавтор)». Ростов–на-Дону. Издательство СКНЦ ВШ. 2003. Энциклопедия культур народов Юго России. (Соавтор). Ростов–на–Дону. Издательство СКНЦ ВШ. 2005. «Кавказская война: народно-освобо-дительская борьба горцев Северного Кавказа в 20-60х гг. XIXв.» (Соавтор). Махачкала 2006. Дагестан: перекресток цивилизаций. Махачкала. 2007, «Дагестан и народы Кавказа в V-XV вв.» Махачкала. 2008.
Научной школой запланировано написание и издание крупных монографических исследований «История Дагестана XIXв.», «Дагестан в источниках с древнейших времен – начало XIXв.» (сборник документов), издание сборников трудов, проведение научных конференций, сессий и издание материалов конференций, выявление новых архивных источников, сбор историко-этнографи-ческих данных.
Научная школа М.Р.Гасанова получила признание в России, в научном мире. Его исследовательские маршруты определили новое направление в объективном и многомерном осмыслении проблем взаимоотношений народов Кавказа, взаимовлиянии и взаимопроникновении различных цивилизаций.
Сотрудники научной школы запланировали разработку актуальных научных проблем, издание курсов лекций, учебно-методических пособий.
Кроме того, научные сотрудники школы принимают участие в создании крупных научно-исследовательских проектов, выступают с докладами, на актуальные научные проблемы в республиканских, региональных, всероссийских научно-практических конференциях и сессиях, а также в международных симпозиумах.
Коллективом школы ведется и подготовка высококвалифицированных специалистов для научных и образовательных учреждений не только Республики Дагестан, но и Северо-Кавказского региона. Научной школой подготовлено и рекомендовано к защите более 60 кандидатских и докторских диссертаций. Сотрудники научной школы работают над кандидатскими, докторскими диссертациями. Многие из них выступают оппонентами диссертаций, рецензентами монографических исследований, тематических сборников.
Научная школа поддерживает разносторонние связи с высшими учебными заведениями, научно-исследовательскими учреждениями Дагестана, Грозного, Магаса, Владикавказа, Нальчика, Ростова–на–Дону, Москвы, Санкт-Петербурга, стран СНГ, и др.
По результатам экспертизы, проведенной в Санкт-Петербурге в 2002г.научная школа, руководимая проф. М.Р. Гасановым, признана ведущей. А в 2003г. М.Р. Гасанову присужден грант Президента Российской Федерации.
Научная школа получила признание в России и во многих зарубежных странах: Болгарии, Иране, Турции, США, Германии, Сирии, Израиле.
Результаты научно-исследовательской деятельности научной школы «Актуальные проблемы истории Дагестана» неоднократно отмечались ректоратом Даггоспедуниверситета и научной общественностью республики и России.
Научная школа фактически стала еще одним из очагов учебной и научной деятельности республики.
За достигнутые успехи в научной, научно – организационной и учебно-педагогической деятельности М.Р. Гасанову присвоены почетные звания «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» и «Заслуженный деятель науки Республики Дагестан», в 1996 г. избран академиком Международной академии наук высшей школы. В связи с 250 летием АН СССР он награжден Почетной Грамотой АН СССР и памятной медалью.