С 2010 года в Республике Казахстан были отменены защита кандидатских и докторских диссертаций. Поэтому Алмабаевой Айгуль Ыдырысовной подготовлены и защищены 5 магистерских диссертации по медицине.
Под ее руководством готовится 2 докторские диссертации (PhD).
Опубликовано 72 научных работ, 1 учебное пособие, 2 учебника, получено 7 авторских свидетельств на изобретение.
1.Қайназаров А.Қ.,Идрисов Ә.А.,Алмабаев Ы.А.,Алмабаева А.Ы. Клиническая анатомия головы и шеи: учебник на казахском языке/ – Алматы: ТОО издательство «ҚАЗақпарат», 2014. – 347 с. ISBN 978-601-03-0078-1
2.Алмабаева А.Ы. Клиническая анатомия и оперативная хирургия груди: учебник / А.Ы.Алмабаева. – Алматы: ТОО издательство «Альманах», 2015. – 212 с. ISBN 978-5-9620-0166-1
3.Алмабаев Ы.А., Алмабаев Г.Ы., Алмабаева А.Ы.,Фахрадиев И.Р., Куандыков Е.К., Ли С.В.: -Способ наложения кишечного анастомоза (патент на изобретение № 33460)
4.М.Т.Nadyrov, Y.А.Almabayev, А.N.Baimahanov,. R.Fakhradiyev, А.Y.Almabayeva, B.D. Tanabayev, М.B.Kulimbet, А.D.Raimhanov.
Method of Pulmonary arterial Pressure Correction During Pulmonectomy by Forming Intervascular anastomoses (Experimental Study) : article / М.Т.Nadyrov, Y.А.Almabayev, А.N.Baimahanov, I.R.Fakhradiyev, А.Y.Almabayeva, B.D. Tanabayev, М.B. Kulimbet, А.D.Raimhanov.
// Sovremennye tehnologii v medicine 2019; 11 (3): https: // doi.org / 10.17691 / stm 2019.11.3.0
Тема диссертации: «Межорганные структурно-функциональные взаимосвязи при обширных резекциях легких и печени», 2010г.
Получено 7 авторских свидетельств на изобретения, посвященные вопросам коррекции последствий оперативных вмешательств. В педагогической деятельности широко используется интерактивные методы обучение. На кафедре под руководством профессора Алмабаевой А.Ы. функционирует научный студенческий кружок «Manu Armata». Членами студенческого кружка являются студенты 2-6 курсов, которые изучают и отрабатывают технику оперативных вмешательств на биоматериале (кожный шов, кишечный шов, печеночный шов, ушивание ран сердца, сосудистый шов, шов мочеточника, шов нерва) в действующей операционной. 2019 году команда «Manu Armata» заняла первое место в I-ой международной олимпиаде по морфологии и хирургии «CAOSalmaty-2019», где участвовали 13 команд из России, Узбекистана, Киргизии и Казахстана. Многие воспитанники кружка трудятся хирургами в разных уголках Республики Казахстан и за ее пределами.