Перечень кандидатских диссертаций:
1. Фаунистический обзор и биоэкология важнейших экто- и эндопаразитов грызунов в условиях вертикальной поясности Дагестана.
2. Биоэкологические особенности и оценка пастбищ Дагестана по Muellirius capillaries (Mueller, 1889)
3. Фаунистический обзор и биоэкология важнейших гельминтов воробьиных птиц на территории Дагестана
4. Фаунистический обзор и биоэкология важнейших гельминтов озерной лягушки (Rana ridibunda Pall.) на территории Северо-Восточного Кавказа
5. Эколого-эпизоотологическая оценка нотокотилидозов водоплавающих птиц в регионе Центрального Кавказа и разработка методов регуляции численности трематод
6. Гельминтофаунистический обзор и особенности биологии возбудителей наиболее распространенных гельминтозов птиц в условиях Низменного Дагестана
7. Фаунистический обзор и биоэкологические особенности эктопаразитов птиц Южного Дагестана
8. Кровепаразиты воробьиных птиц Каспийского направления миграций
9. Фауна, биология, экология гельминтов собак в равнинном поясе Дагестана, совершенствование мер борьбы
10. Эколого-эпизоотологическая и эпидемиологическая характеристика гельминтов диких псовых (Семейство Canidae) в Республике Дагестан
11. Фаунистический обзор, биология, экология гельминтов овец пород «Лезгинская», «Андийская» в горном поясе Дагестана и совершенствование мер борьбы
12. Фауна, биология, экология зоофильных мух в предгорном, горном Дагестане и меры борьбы с ними
Опубликовано 142 научные работы, среди них:
1. Экологические особенности распространения Notocotylus attenuatus, N. chionis и Catatropis verrucosa у гусеобразных на Северном Кавказе // Труды Всероссийского института гельминтологии имени К. И. Скрябина. — М., 2006. — Т. 42. — С. 31-39.
2. Нозологический профиль смешанных макро- и микропаразитоценозов охотничье-промысловых птиц Дагестана // Птицеводство. — М., 2006. — № 4. — С. 44-46.
3. Влияние абиотических факторов Восточного Кавказа на эмбриогенез яиц нотокотилид N. attenuatus, N. chionis и C. Verrucosa // Вестник Ставропольского государственного университета. — Ставрополь, 2006. — № 47. — С. 23-27.
4. Экологические особенности распространения эхиностоматид у водоплавающих птиц Северо-Восточного Кавказа // Ветеринария Кубани. — Краснодар, 2007. — № 1. — С. 21-23.
5. Паразитофауна грызунов Северо-Восточного Кавказа // Российский паразитологический журнал. — М., 2008. — №.1. — С. 5-11.
6. Биоразнообразие промежуточных хозяев эхиностоматид и нотокотилид в плоскостной зоне и динамика зараженности домашних гусей и уток личинками трематод // Российский паразитологический журнал. — М., 2009. — №.1. — С. 15-19.
7. Особенности эпизоотологии простогонимоза кур-несушек в приусадебных хозяйствах // Российский паразитологический журнал. — М., 2009. — №.2. — С. 55-59.
Монографии
1. Гельминты воробьиных птиц Дагестана
2. Гельминты охотничье-промысловых птиц фауны Дагестана.
3. Усовершенствованные методы регуляции численности стронгилят и аноплоцефалят в организме лошадей.
Докторская диссертация
В 2006 году защищена диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук «Эколого-фаунистическая и эпизоотологическая характеристика охотничье-промысловых птиц Северо-Восточного Кавказа»
На протяжении многих лет руководит научно- исследовательскими работами, как магистрантов, так и аспирантов и соискателей. Алиев Ш.К. внес огромный вклад в исследование морфолого-систематических и фаунистических проблем паразитологии; много работ проведено по вопросам биологии, эпидемиологии и эпизоотологии гельминтозов. Лично им выявлены и описаны подавляющее большинство экто- и эндопаразитов птиц Северо-Восточного Кавказа. Под его руководством выполнены и блестяще защищены двенадцать кандидатских и пять магистерских диссертаций.
Работы по изучению гельминтофауны дали возможность медицинским и ветеринарным специалистам научно и обоснованно планировать и проводить на всей территории Северного Кавказа противогельминтозные мероприятия. Разработанные профессором Алиевым Ш.К. и его учениками рекомендации и инструкции используются в практике борьбы с паразитарными инвазиями. Основные научные разработки автора вошли в 6 нормативных документов.
В ГОУ ВПО «ДГПУ» читает курс лекций: «Зоология позвоночных животных», «Орнитология», «Паразитология», «Животный мир Дагестана». Автор и руководитель магистерской программы (естественно-научное образование) реализуемой в ГОУ ВПО «ДГПУ». Автор мултимедийных учебно-познавательных пособий — «Амфибии Дагестана», «Рептилии Дагестана», «Птицы Дагестана» и «Млекопитающие Дагестана».
В 1997 году избран председателем «Регионального фонда охраны дикой фауны», утвержденный при Министерстве юстиции Республики Дагестан. Он является также сопредседателем Всероссийского общества гельминтологов по РД.
За научные достижения профессор Алиев Ш.К. награжден орденом «Элита отечественной науки», «серебряной» медалью имени В.И. Вернадского.