Под руководством В.И. Якунина выполнено, защищено, утверждено ВАК 55 кандидатских диссертаций. Среди них:
Зубков В.А. Метод геометрического конструирования аэродинамических поверхностей типа «Крыло-оперение» и автоматизация их воспроизведения на оборудовании ЧПУ – 05.01.01, 1977 г.
Григоревская Л.П. Исследование процесса формирования специалиста на примере изучения начертательной геометрии и черчения – 13.00.02, 1996 г.
Шангина Е.И. Геометрическое конструирование многообразий применительно к процессам обогащения полезных ископаемых – 05.01.01, 2000 г.
Горшков Г.Ф. Разработка дидактических системных основ обучения геометро-графическим дисциплинам в ВУЗе в условиях внедрения новых информационных технологий – 13.00.08, 2000 г.
Иванов А.В. Теоретико-конструктивные вопросы построения геометрической модели лопасти смесителя порошковых материалов – 05.01.01, 2004 г.
Семагина Ю.В. Формирование геометрических моделей процесса термической обработки спеченных изделий с применением индукционного нагрева – 05.01.01, 2005 г.
Гвирц М.А. Разработка геометрических моделей формирования поверхностей по результатам анализа и обработки измерения деталей сложной формы – 05.01.01, 2005 г.
Дегтярев М.Ю. Алгоритмы моделирования поверхностей применением методов ориентации твердого тела – 05.13.12, 2006 г.
Егорова М.А. Методические особенности интеграции геометро-графических и профессиональных знаний студентов технических направлений – 13.00.08, 2009 г.
Камчаткина В.М. Формирование компетенции бакалавров-строителей в ходе профессионально-мотивирующего обучения на примере изучения инженерной графики – 13.00.08, 2012 г.
Якунин В.И. научный консультант 20-ти докторских диссертаций, утвержденных ВАК. Среди них:
Нурмаханов Б.Н. Теоретические и прикладные основы проектирования кривых, поверхностей и гиперповерхностей методом моноидальных преобразований–05.01.01, 1993 г.
Калинин В.А. Теоретические основы геометрического моделирования процессов намотки и выкладки конструкций из волокнистых композитных материалов – 05.01.01, 1995 г.
Найханов В.В. Методы и алгоритмы геометрического моделирования процессов очувствления и навигации роботов на базе систем технического зрения – 05.01.01, 1997 г.
Денискин Ю.И. Обобщенные методы геометрического моделирования объектов и управления их формой при параметрическом представлении – 05.01.01, 2000 г.
Турлапов В.Е. Геометрические основы систем моделирования кинематики пространственных рычажных механизмов – 05.01.01, 2002 г.
Притыкин Ф.Н. Геометрическое исследование и синтез малых движений мобильных и стационарных роботов в сложноорганизованных средах – 05.01.01 и 05.02.05, 2004 г.
Григоревская Л.П. Формирование профессиональных качеств специалиста при изучении инженерной графики – 13.00.08, 2007 г.
Иващенко Г.А. Формирование основ гуманизации геометро-графической подготовки инженеров для строительных специальностей – 13.00.08, 2009 г.
Гузненков В.Н. Основы формирования современного геометро-графического образования в техническом университете (на базе системной интеграции с общеинженерными дисциплинами) – 13.00.02 и 13.00.08, 2015 г.
Вячеслав Иванович Якунин автор более 300 печатных научных и методических трудов, в том числе более 30 учебников, учебных пособий, монографий с Грифом Министерства образования и науки Российской Федерации. Из последних:
1. Якунин, В.И. Геометро-графические дисциплины в техническом университете / В.И. Якунин, В.Н. Гузненков // Теория и практика общественного развития. – 2014. – № 17. – С. 191–195.
2. Якунин, В.И. Содержание дисциплины «Инженерная графика» на базе компьютерных технологий / В.И. Якунин, О.И. Филатова // Теория и практика общественного развития. – 2014. – № 3. – С. 171–174.
3. Якунин, В.И. Геометро-графическая подготовки как интегрирующий фактор образовательного процесса / В.Н. Гузненков, В.И. Якунин // Образование и общество. – 2014. – № 2. – С. 26–28.
4. Якунин, В.И. Геометрическое моделирование как обобщение методов прикладной геометрии и ее разделов / В.И. Якунин, В.Н. Гузненков // Интеграл. – 2012. – № 5. – С. 26–27.
Диссертация на соискание ученой степени доктора технических наук Якунина В.И. «Теоретические основы построения интегрированных систем геометрического проектирования сложных поверхностей летательных аппаратов» – 05.07.02, 1982 г.
В 1995 г. Якунин В.И. был избран академиком Международной Академии Информатизации, затем академиком Российской Академии Естественных Наук, Международной Академии Наук и Искусств, Академии Проблем Качества.
Председатель Головного совета по научному направлению «Геометрическое моделирование, инженерная и компьютерная графика». Член докторского специализированного совета в Московском педагогическом государственном университете. Член межведомственного Экспертного совета по государственным образовательным стандартам (ГОС ВПО). Член Координационного совета в области техники и технологий Министерства образования и науки Российской Федерации.
В.И. Якунин успешно выполняет общественные обязанности: председатель и член оргкомитетов многих научных конференций, член Экспертного совета «САПР в машиностроении», участвует в работе комиссий по аттестации вузов России.
Вячеслав Иванович в течение 30 лет являлся председателем Научно-методического совета (НМС) по «Начертательной геометрии, инженерной и компьютерной графике». Председателем Экспертного координационного совета по общеинженерным дисциплинам Министерства общего и профессионального образования России. Был председателем (более 10 лет) докторского специализированного совета по специальности 05.01.01 – «Прикладная геометрия и инженерная графика».
Вячеслав Иванович хороший организатор и руководитель научного коллектива. Руководимые им коллективы часто завоевывали первые места в соцсоревнованиях: «Образцовая кафедра МАИ» и др. За время его заведования (с 1976 года) кафедрой «Прикладная геометрия» МАИ выпущено более 140 кандидатов и 20 докторов наук.
За успехи в подготовке научных кадров В.И. Якунин в 1988 году награжден Почетной Грамотой Президиума Верховного Совета РСФСР.
В 1991 г. стал лауреатом (1-ая премия) конкурса Госкомвуза СССР за научную работу. Дважды награжден Знаком Минвуза СССР «За отличные успехи в работе».
В 1997 г. и в 1999 г. решением Правления Международной Соросовской программы образования в области точных наук (ISSEP) Якунину В.И. присвоено звание «Соросовский Профессор».
Пять лет подряд (2001 – 2005 гг.) был лауреатом конкурса «Гранд Москвы» в области наук и технологий в сфере образования. Три раза был лауреатом конкурса «Гранд клуба выпускников МАИ», проведенного Международной программой образования в области точных наук.