Шаповалов Петр Яковлевич в 1989 году окончил Тюменский медицинский институт по специальности «Лечебное дело». В том же году поступил в ординатуру на кафедру СГ и ОЗО, которую окончил в 1991 году.
С сентября 1991 г. принят на работу в качестве ассистента кафедры гигиены с основами экологии. С 1993 г. заочный аспирант кафедры биохимии. Кандидат медицинских наук с 1995 г. защита в специализированном совете № Д-084.04.01 при Челябинском государственном медицинском институте. Общий стаж работы в ТюмГМА 17 лет.
Работая на кафедре гигиены с основами экологии ТюмГМА с 1991 г. прошел путь от ассистента до заведующего кафедрой. В период становления кафедры был главным исполнителем и инициатором технического оснащения и оформления научно-исследовательской лаборатории. Очень много занимался экспериментальной и научной деятельностью и в 2001 г. успешно защитил докторскую диссертацию по теме «Коагуляционный и тромбоцитарный гемостаз, толерантность к тромбину при введении этинилэстрадиола и левоноргестрела, коррекция сдвигов антиоксидантами (экспериментальное исследование)». В 2005 г. присвоено ученое звание профессора.
С 1991 г. активно и плодотворно занимается учебно-методической деятельностью. Ему принадлежит приоритет внедрения многих методов преподавания, он соавтор 20 методических пособий для аудиторной и внеаудиторной работы студентов, 10 методических разработок для преподавателей. Петр Яковлевич читает полный курс лекций по курсу гигиены с основами экологии для студентов лечебного, педиатрического, высшего сестринского, стоматологического и фармацевтического факультетов. На протяжении последних лет участвует в составлении и рецензировании экзаменационных билетов, руководит курсовыми работами студентов, кружком Студенческого Научного Общества, входит в состав Государственной экзаменационной комиссии педиатрического факультета.
Основное направление Шаповалова Петра Яковлевича «Витаминология» и «Свертываемость крови». Под руководством Шаповалова Перта Яковлевича выполнено 1 докторская и 7 кандидатских диссертаций, все диссертации утверждены Советом ВАК РФ :
Аптекарь Игорь Александрович, «Тромбоцитарное звено и постоянное внутрисосудистое свертывание крови при активации и угнетении липопероксидации» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Бродер Аркадий Израилевич, «Интенсивность взаимодействия тромбин-фибриноген и толерантность к тромбину в зависимости от липопероксидации и антиоксидантного потенциала» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Согрин Эдуард Алексеевич, «Продукты взаимодействия тромбин-фибриноген и перекисное окисление липидов при аденоме предстательной железы» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Миневцев Сергей Васильевич, «Влияние витаминов А, Е, С и Р на липидпероксидацию, плазменное содержание маркеров взаимодействия тромбин-фибриноген и толерантность к тромбину (экспериментальное исследование)» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Багумян Эдуард Врежевич, «Внутрисосудистое свертывание крови и толерантность к тромбину в зависимости от С-витаминной обеспеченности организма (экспериментальное исследование)» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Шидин Александр Владимирович, «Влияние витамина Е на интенсивность взаимодействия тромбин-фибриноген, толерант-ность к тромбину и липидпероксидацию (экспериментальное исследование)» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Пустынников Александр Викторович, «Влияние ретинола на липидпероксидацию, антиоксидантный потенциал тромбоцитов, уровень взаимодействия тромбин-фибриноген в плазме и толерантность к тромбину (экспериментальное исследование)» - диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
Сулкарнаева Гульнур Ахмеровна, «Внутрисосудистое свертывание крови, толерантность к тромбину, активность тромбоцитов и интенсивность липидпероксидации при гипер- и гипотиреозе» - диссертация ни соискание ученой степени доктора медицинских наук по специальности 03.00.04 – биохимия.
По результатам исследований оформлены и опубликованы 130 научных работ, рац. предложения и 1 патент («Способ определения толерантности животных к тромбину» №2219546, зарегестрирован 20.12.2003 г. Бюллетень № 35, ч.3, стр. 555).
Шаповалов П.Я. соавтор 3 монографий: «О роли щитовидной железы в регуляции гемостаза», Москва 2006 г.; «Витамины, внутрисосудистое свертывание крови и липидпероксидация» Москва 2006 г.; «Зависимость гемостаза от С-витаминной обеспеченности организма», Москва 2007 г.
Петр Яковлевич является членом Ученого Совета ТюмГМА, диссертационного Совета ДМ 212.274.07 при ГОУ ВПО ТюмГУ, а так же возглавляет Общество гигиенистов Тюменской Области.
Руководством ВУЗа многократно отмечался почетными грамотами и благодарностями. Награжден Грамотой Городской Думы «За большой вклад в развитие здравоохранения г. Тюмени».