Пругло Владимир Владимирович. Течение реовирусного теносиновита кур в ассоциации с кокковыми инфекциями. Санкт-Петербург, 2005, по специальности 16.00.03.
Маслов Дмитрий Владимирович. Серологическая диагностика вирусного энтерита гусей методом иммуноферментного анализа. Санкт-Петербург, 2006, по специальности 16.00.03.
Михайлов Александр Олегович. Иммунобиологические свойства инактивированной вакцины против вирусного энтерита гусей. Санкт-Петербург, 2010, по специальности 06.02.02.
Дмитриев Денис Валерьевич. Непрямой метод иммуноферментного анализа в диагностике метапневмовирусной инфекции птиц. Санкт-Петербург, 2011, по специальности 06.02.02.
Данко Леонид Юрьевич. Культуральные и антигенные свойства метапневмовируса птиц. Санкт-Петербург, 2011, по специальности 06.02.02.
Бочкарев Владимир Сергеевич. Иммунобиологические свойства вакцинных штаммов метапневмовируса птиц. Санкт-Петербург, 2013, по специальности 06.02.02.
Лисенкова Анастасия Сергеевна. Экспресс-метод диагностики метапневмовирусной инфекции птиц на основе иммуноферментного анализа. Санкт-Петербург, 2013, по специальности 06.02.02.
Опубликовано более 150 научных работ, из них наиболее значимые:
1. Трефилов, Б.Б., Коровин Р.Н. Основы профилактики вирусных болезней // Птицеводство. – М., 2004 - № 8. – с. 5-9.
2. Трефилов, Б.Б., Никитина Н.В., Михайлов А.О. Новое в профилактике парвовирусной инфекции гусей // Современные проблемы диагностики, лечения и профилактики болезней животных и птиц: сборник научных трудов ведущих ученых России и Зарубежья. – Екатеринбург, 2010. – С.243-246.
3. Трефилов, Б.Б., Данко Л.Ю. Чувствительность клеточных культур к метапневмовирусу птиц // Вопросы нормативно-правового регулирования в ветеринарии. – 2010.- №1.- С.44-46.
4. Трефилов, Б.Б., Никитина Н.В., Данко Л.Ю., Бочкарев В.С. Антигенная специфичность и степень нейтрализации вакцинных штаммов метапневмовируса птиц// Ветеринарная практика. – СПб, 2011. - № 1(52). – С. 35 – 37.
5. Никитина, Н.В., Трефилов Б.Б., Лисенкова А.С. Влияние физико-химических факторов на чувствительность и специфичность иммуноферментного анализа // Ветеринарная практика. – СПб, 2012. - № 2 (57). – С. 36 – 39.
Изданы монографии «Профилактика наиболее опасных вирусных болезней птиц». - Кишинев, 1985 и «Парвовирусная инфекция гусей». - СПб, 2013. Обзор « Болезни опорно-двигательной системы у птиц».- СПб, 2004,
Докторская диссертация на тему: «Разработка и внедрение средств диагностики и специфической профилактики наиболее опасных вирусных болезней птиц (инфекционный ларинготрахеит, вирусный энтерит гусей, реовирусный теносиновит)»: по специальности 16.00.03 – СПб., 2000.
Научную работу Б.Б.Трефилов успешно сочетает с педагогической деятельностью. Под его руководством выполнены и защищены 9 кандидатских диссертаций и выполняет научную работу 1 аспирант. Ведет занятия на курсах повышения квалификации, оппонирует работы по кандидатским и докторским диссертациям. Б.Б.Трефилов принимает активное участие в работе симпозиумов и конференций в нашей стране и за рубежом.
Б.Б.Трефилов является председателем Методического совета, членом Ученого совета института и ВНАП.
Патенты:
Трефилов, Б.Б., Малушко В.В., Щеглова И.В., Пожалова Р. Штамм Goosa parvovirus для приготовления вакцинных препаратов против вирусного энтерита гусей. № 1499917, 1993.
Трефилов, Б.Б. Вакцина против вирусного энтерита гусей и способ профилактики вирусного энтерита гусей. № 2118539, 1998.
Трефилов, Б.Б. Штамм «ВНИВИП-ДЕП» для получения вакцины против реовирусного теносиновита кур. № 2158304, 2000.
Трефилов, Б.Б., Коровин Р.Н., Никитина Н.В., Явдошак Л.И., Горецкая Т.И. Сухая вакцина против реовирусного теносиновита кур. № 2166328, 2000.
Трефилов, Б.Б., Коровин Р.Н., Никитина Н.В., Явдошак Л.И. Способ определения антител к антигену реовирусного теносиновита кур. № 2192012, 2002.
Придыбайло Н.Д., Шанская А.И., Шорников В.В., Белкина И.В., Трефилов, Б.Б. Защитная среда для изготовления вирусвакцины в птицеводстве. № 2306949, 2007.
Трефилов, Б.Б., Джавадов Э.Д., Никитина Н.В., Явдошак Л.И. Способ определения специфических антител к вирусу энтерита гусей ИФА. № 2323743, 2009.
Трефилов, Б.Б., Никитина Н.В., Михайлов А.О., Явдошак Л.И. Вакцина и способ вакцинации против парвовирусной инфекции гусей. № 2420571, 2010.
Награды: Серебряная медаль,1968; Бронзовая медаль,1981; Серебряная медаль1990; Медаль «Лауреат ВВЦ»,1999; Нагрудный знак «Участник ВВЦ», 2001; Диплом и Золотая медаль, 2009. Диплом и Золотая медаль, 2010; Диплом РАСХН за лучшую научную разработку, 2011; Диплом и Золотая медаль салона инноваций и инвестиций, 2012; Диплом и Золотая медаль за инновационную биотехнологическую разработку, 2012.