В годы первой мировой войны работал в различных комиссиях Особого совещания по продовольствию, в продовольственных организациях Всероссийского земского союза и экономического отдела Всероссийского Союза городов, участвуя, в частности, в составлении Общего плана обеспечения продовольствием населения (1916).
В 1915 г. с группой видных кооператоров создает Центральное товарищество льноводов. Чаянов назначен заместителем министра земледелия в последнем составе Временного правительства. В 1918 г. при Петровской академии был создан Высший экономический семинарий по аграрным вопросам, руководителем которого становится А.В. Чаянов.
После Октябрьской революции ученый приступил к разработке самостоятельной теории кооперации. В 1919г. была опубликована фундаментальная работа А.В. Чаянова «Основные идеи и формы организации крестьянской кооперации», в которой получил дальнейшее развитие его анализ практики кооперативного движения. Одной из важнейших составляющих кооперативной теории А.В. Чаянова является принцип дифференциальных оптимумов. Во-первых, это вопрос оптимальных размеров тех или иных конкретных предприятий и, во-вторых, вопрос об оптимуме различных отраслей сельского хозяйства. Чаянов был выдающимся экономистом-математиком. Он в целом ряде работ обосновывал рациональные границы землеустройства и оптимальные размеры земледельческих хозяйств. Выдвинув принцип дифференциальных оптимумов, ученый показал, что в различных отраслях сельского хозяйства и в разных регионах могут быть свои оптимальные размеры земледельческих хозяйств, но общим принципом является достижение минимальной себестоимости по каждому виду производимой продукции.
В центре научных интересов А.В. Чаянова находилась также разработка проблем аграрного строительства. В ряду последних отметим аграрный вопрос, общественную агрономию, экономику водного хозяйства, учет (таксация) в сельском хозяйстве, организация совхозов и агрокомбинатов, развитие отдельных регионов, в частности Нечерноземья и т.д.
Уже с 1919 г. Чаянов весьма активно работает в Народном комиссариате земледелия, готовит план восстановления сельского хозяйства, возглавляет научный семинарий по сельскохозяйственной экономии и политике. В 1922 г. на базе семинария организуется крупный научно-исследовательский институт, руководство которым поручается А. В. Чаянову.
После дискуссии о дифференциации крестьянства (1927) и в связи с начавшейся политикой свертывания нэпа на Чаянова обрушиваются первые несправедливые гонения. Он обвиняется в стремлении увековечить неэффективное мелкое крестьянское хозяйство, позднее его назовут “неонародником” и идеологом кулачества. В 1928 г. ученый был вынужден покинуть пост директора института сельскохозяйственной экономии.
21 июня 1930 Чаянов был арестован, 26 января 1932 Коллегией ОГПУ осуждён по сфабрикованному делу "Трудовой крестьянской партии" к 5 годам заключения в лагерь; 3 октября 1937 Военной коллегией Верховного суда СССР приговорён к расстрелу. Реабилитирован в 1987.
Работы: 1. Чаянов А.В. К вопросу теории некапиталистических систем хозяйства // Чаянов А.В. Крестьянское хозяйство. М.: Экономика, 1989.; 2. Чаянов А.В. Краткий курс кооперации. Барнаул : Алт. книж. изд-во, 1989-; 3. Чаянов А.В. Крестьянское хозяйство. М.: Экономика, 1989-(Серия «Экономическое наследие»),; 4. Чаянов А.В. Основные идеи и формы организации крестьянской кооперации // Чаянов А.В. Избранные произведения. М.: Московский рабочий, 1989.; 5. Чаянов А.В. Основные идеи и формы организации сельскохозяйственной кооперации // Чаянов А.В. Избранные труды. М.: Колос.