Борис Владимирович родился в 1870 году. Окончил курс на историко-филологическом факультете Новороссийского университета. В 1898 - 1900 годах состоял ученым секретарем русского археологического института в Константинополе. Производил раскопки близ Патели (в Македонии). Состоял приват-доцентом СПб. университета. В 1901 году был назначен членом Императорской археологической комиссии и с этого года непрерывно занимается расследованием Ольвии, которые являются образцом археологического исследования античного города. Им была установлена основная территория города, система планирования и обороны, устройство построек. Также Борис Владимирович проводил археологические исследования в Киеве, Евпатории и ряде других городов. В ""Arch. Anzeiger"" дает с 1903 года ежегодно обзор археологических находок в России.
Фармаковский Борис Владимирович в 1914 году был избран членом-корреспондентом Петербургской академии наук (с 1917 г. РАН, с 1925 г. АН СССР).
Из прочих ученых работ Ф. более важны: ""Аттическая вазовая живопись"" (СПб., 1902, магистерская диссертация); ""Стенная живопись микенской эпохи"" (СПб., 1897); ""Вакхилид и аттическое искусство V века"" (""Журнал Министерства Народного Просвещения"", 1898); ""Гера Поликлета"" (СПб., 1901).