- При таксономической идентификации штаммов молочнокислых бактерий, принадлежащих к родам Streptococcus, Lactococcus, Lactobacillus и Enterococcus следует опираться на результаты исследований, полученных с помощью применения молекулярно-биологических методов, основанных на анализе последовательности рибосомальных генов.
- Применение методов геномной рестрикции и PFGE, а так же метода RAPD-PCR дает возможность оценить генетическое разнообразие природных штаммов молочнокислых бактерий и позволяет осуществлять генетическую паспортизацию промышленных штаммов молочнокислых бактерий.
- Необходимо использовать молекулярно-биологические подходы для изучения устойчивости к антибиотикам производственных штаммов молочнокислых бактерий с целью исключения из состава заквасок культур, которые могут служить источником генов трансмиссивной антибиотикорезистентности в микробиоте человека.
- Применение в лабораторной практике молекулярно-биологических подходов при видовой идентификации, молекулярно-генетической паспортизации и определения в составе геномов генов, отвечающих за антибиотикорезистентность, позволяет проводить отбор безопасных производственных культур с целью их последующего использования в составе заквасок при производстве кисломолочных продуктов питания и пробиотических препаратов.
2.Ботина С.Г. Генетическое многообразие штаммов молочнокислых термофильных бактерий на территории стран СНГ / Ботина С. Г., Лобанов А.О., Лысенко А. М., Суходолец В.В. // Биотехнология. - 2004. - Т.2. - С.3-12.
3.Ботина С.Г. Выяснение таксономического положения отечественных штаммов термофильных молочнокислых бактерий по данным секвенирования генов 16S рРНК / Ботина С.Г., Лысенко А. М., Суходолец В.В. // Микробиология. – 2005. - Т.74. - №4. - С.520-525.
4.Ботина С.Г. Отечественные штаммы энтерококков, используемые в качестве заквасок, не содержат генов вирулентности, обычно присутствующих в патогенных штаммах E. faecalis / Ботина С.Г., Суходолец В.В. // Биотехнология. - 2005. - №2. - С.33-37.
5.Суходолец В.В. Молочнокислые энтерококки Enterococcus faecium и Enterococcus durans: разнообразие в последовательностях нуклеотидов в генах 16S рРНК / Суходолец В.В., Ботина С.Г., Лысенко А.М., Тренина М.А. // Микробиология. - 2005. - Т.74. - №6. - С.810-815.
6.Сультимова Т.Д. Скрининг бактериоцин-продуцирующих штаммов Lactococcus lactis subsp. lactis / Сультимова Т.Д., Стоянова Л.Г., Ботина С.Г. // Материалы Всероссийской молодежной школы-конференции «Актуальные проблемы современной микробиологии». - 1-3 ноября 2005, г. Москва. - С.107.
7.Ботина С.Г. Изучение видового и генетического разнообразия термофильных молочнокислых бактерий с применением комплексного подхода к идентификации и оценке свойств штаммов / Ботина С.Г., Корниенко М.А., Пиксасова О.В., Нетрусов А.И., Суходолец В.В. // Материалы Второй Международной Научно-Практической конференции «Перспективы развития биотехнологий в России». - 1-2 декабря 2005. – Пущино. - С.49–51.
8.Ботина С.Г. Изучение видообразования у бактерий при сравнительном анализе генов 16S рРНК у близкородственных видов энтерококков. Материалы научного симпозиума, посвященного памяти Е. Н. Кондратьевой / Ботина С.Г., Суходолец В.В. // 21-24 декабря 2005 года, биологический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова, Москва. - С.84.
9.Ботина С.Г. Видовое и генетическое разнообразие природных штаммов молочнокислых бактерий. / Ботина С.Г., Корниенко М.А., Пиксасова О.В., Нетрусов А.И., Суходолец В.В // Материалы научного симпозиума, посвященного памяти Е. Н. Кондратьевой. - 21-24 декабря 2005 года, биологический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова, Москва. - С.85.
10.Ботина С.Г. Видообразование у бактерий: сравнение генов 16S рРНК у близкородственных видов энтерококков / Ботина С.Г., Суходолец В.В. // Генетика. - 2006. - Т.42. - №3. - С.325-332.
11.Стоянова Л.Г. Выделение и идентификация бактериоцинпродуцирующих штаммов Lactococcus lactis subsp. lactis из свежего молока / Стоянова Л. Г., Сультимова Т. Д., Ботина С. Г., Нетрусов А. И. // Прикладная биохимия и микробиология. - 2006.- Т.42. - № 5.- С.560-568.
12.Ботина С.Г. Идентификация промышленных штаммов молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования / Ботина С.Г., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Генетика. - 2006. - Т. 42. - № 12. - С.1621-1635.
13.Ботина С.Г.. Изучение возможности использования бактерий рода Enterococcus в качестве стартовых культур. / Ботина С.Г., Машенцева Н.Г., Баранова Е.А., Осанова А.А., Корниенко М.А., Пиксасова О.В. // Материалы 10-ой школы-конференции молодых ученых «Биология- наука XXI века». Пущино, 17-21 апрель, 2006. - С. 359.
14.Ботина С.Г. Изучение генетического разнообразия молочнокислых бактерий, выделенных из различных регионов России и Белоруссии / Ботина С.Г., Корниенко М.А., Пиксасова О.В., Н.А. Белясова // Материалы Международной научной конференции: «Современное состояние и перспективы развития микро¬биологии и биотехнологии». - Минск, 1-2 июня 2006 г. - С.92-93.
15.Ботина С.Г. Генотипический анализ молочнокислых бактерий, выделенных из национальных кисломолочных продуктов различных регионов мира / Ботина С.Г., Пиксасова О.В., Корниенко М.А., Нетрусов А.И. // Материалы Международной научной конференции «Успехи биотехнологии» - г. Цахкадзор, Республика Армения, 11-14 июля 2006 года. - С.120.
16.Пиксасова О.В. Изучение внутривидового разнообразия бактерий Streptococcus thermophilus методами PFGE и RAPD-PCR / Пиксасова О.В., Корниенко М.А., Ботина С.Г. // Международная конференция «Микробные биотехнологии». - Одесса, 11-15 сентября 2006 года. - С.90.
17.Ботина С.Г., Суходолец В.В. Изучение генетического разнообразия бактерий вида Streptococcus thermophilus методами молекулярного типирования / Ботина С.Г., Суходолец В.В. // Материалы Российской школы-конференции «Генетика микроорганизмов и биотехнология», посвященной 100-летию со дня рождения С.И.Алиханяна. - 26 ноября – 2 декабря 2006 г. Москва-Пущино. - С.35.
18.Ботина С.Г. Филогенетический анализ типовых штаммов бактерий группы salivarius рода Streptococcus на основании данных о строении генов 16S рРНК / Ботина С.Г., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Микробиология. - 2007. - Т.76. - №3 - С.429-432.
19.Ботина С.Г. Технологические свойства штаммов Streptococcus thermophilus, выделенных из кисломолочных продуктов / Ботина С.Г., Корниенко М.А., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Биотехнология. - 2007. - №3. - С.21-27.
20.Ботина С.Г. Генетическое разнообразие природных штаммов бактерий вида Streptococcus thermophilus / Ботина С.Г., Пиксасова О.В., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Генетика. – 2007. - Т. 43. - № 5. - С.601-608.
21.Ботина С.Г. Сравнительный анализ размеров геномов штаммов Streptococcus thermophilus / Ботина С.Г., Пиксасова О.В., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Генетика. - 2007 - Т.43. - №7. - С.891-897.
22.Ботина С.Г. Сравнение данных генотипических и биохимических характеристик штаммов Streptococcus thermophilus, выделенных из кисломолочных продуктов / Ботина С.Г., Тренина М.А., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. // Прикладная биохимия и микробиология. – 2007. - №6. - С.670-676.
23.Ботина С.Г. Идентификация молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования. / Ботина С.Г., Цыганков Ю.Д., Нетрусов А.И., Хлебников В.С., Харитонов В.Д. // Материалы Международного конгресса по пробиотикам. - Санкт-Петербург, 15–16 мая 2007 г. - С.94.
24.Ботина С.Г. Видовая идентификация и генетическая паспортизация молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования / Ботина С.Г. // Молочная промышленность. - 2008. - №3. - С.50-52.
25.Ботина С.Г. Штаммы Streptococcus thermophilus, ферментрующие галактозу / Ботина С.Г. // Молочная промышленность. - 2008. - №4. - С.54-56.
26.Семенихина В.Ф. Закваски с низкой постокислительной активностью / Семенихина В.Ф., Рожкова И.В., Ботина С.Г., Абрамова А.А. // Молочная промышленность. - 2009. - № 5. - С.61-62.
27.Ивашкина Н.Ю. Оригинальный отечественный пробиотик аципол: молекулярно-биологические и метаболические характеристики / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастероэнтерологии, гепатологии и колипроктологии. - 2009. - №2. - С.72-78.
28.Ботина С.Г. Идентификация подвидов Lactococcus lactis / Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В. // Молочная промышленность. - 2009. - №6. - С.68-69.
29.Ботина С.Г. Генотипические и метаболические характеристики бактерий рода Enterococcus, выделенных из молочных продуктов / Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В. // Молочная промышленность. - 2009. - №8. - С.47-49.
30.Ботина С.Г. Молекулярно-генетическая идентификация, ДНК-генотипирование и паспортизация пробиотических культур микроорганизмов с целью разработки технологий производства бактериальных заквасок для биотехнологической промышленности / Ботина С.Г., Даниленко В.Н. // Материалы Пятого съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров. - Москва, 21 - 27 июня 2009 г. - С.56.
31.Ботина С.Г. ДНК-генотипирование, молекулярно-генетическая идентификация и паспортизация стартовых культур молочнокислых бактерий, используемых в производстве заквасок для молочной промышленности / Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В., Харитонов В.Д. // Материалы Юбилейного Пятого Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития". - 16-20 марта 2009 г. - С.24.
32.Ботина С.Г. ДНК-генотипирование и молекулярно-генетическая идентификация и паспортизация пробиотических культур микроорганизмов, используемых в производстве заквасок прямого внесения для биотехнологической промышленности / Ботина С.Г., Даниленко В.Н. // Материалы 11-й международного славяно-балтийского научного форума "Санкт-Петербург – Гастро-2009". - 20–22 мая 2009 г. - С.44.
33.Ивашкина Н.Ю. Генетические характеристики пробиотических штаммов Lactobacillus acidophilus / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2009. - №1. - С.93.
34.Ивашкина Н.Ю. Устойчивость пробиотических штаммов Lactobacillus acidophilus к воздействию среды верхних отделов желудочно-кишечного тракта / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2009. - №1. - С.93.
35.Ивашкина Н.Ю. Определение способности штаммов лактобактерий продуцировать биогенные амины / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2009. - №5. - С.55.
36.Ивашкина Н.Ю. Определение способности штаммов лактобактерий продуцировать витамины / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2009. - №5. - С.56.
37.Ивашкина Н.Ю. Продуцирование полисахаридов штаммами лактобактерий // Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2009. - №5. - С.56.
38.Ботина С.Г. Генотипическая характеристика и изучение пробиотических свойств культур бактерий рода Lactobacillus / Ботина С.Г., Бабыкин М.М., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. // Материалы XXXII International Congress of the Society for Microbial Ecology and Disease. - Октябрь, 29–30, 2009. – Санкт Петербург. – С.38.
39.Глазова А. А. Изучение технологических характеристик и пробиотических свойств молочнокислых бактерий рода Lactobacillus / Глазова А. А., Климина К. М., Ботина С.Г. // Материалы 13-ой международной Пущинской школы конференция молодых ученых «Биология-наука 21 века». - сентябрь-октябрь, 2009. - С.160.
40.Климина К. М. Генотипическая характеристика молочнокислых бактерий рода Lactobacillus / Климина К. М., Глазова А. А., Ботина С.Г. //Материалы 13-ой международной Пущинской школы конференции молодых ученых «Биология-наука 21 века». - сентябрь-октябрь, 2009. - С.166.
41.Ботина С.Г. Реклассификация отечественных производственных культур бактерий рода Lactobacillus и сравнительная характеристика их технологических свойств / Ботина С.Г., Климина К. М., Глазова А. А., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. // IМатериалы II Международной научно-практической конференции «Актуальные проблемы биологии, нанотехнологий и медицины». - Ростов на Дону, сентябрь, 2009. - С.10.
42.Ботина С.Г. Изучение физиолого-биохимических, фенотипических, генотипических, технологических характеристик и производственно-ценных свойств штаммов из коллекции ВНИМИ видов: Str. thermophilus, L. bulgaricus и создание высокотехнологичных заквасок для производства кисломолочных продуктов: йогурта, ряженки, простокваши / Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В. // Материалы Конференции РАСХН-РФФИ. Ориентированные фундаментальные исследования и их реализация в АПК России. - Сергиев Посад, октябрь, 2009. - С. 168-171.
43.Ботина С.Г. Экзополисахариды молочнокислых бактерий. Использование штаммов, синтезирующих ЭПС в производстве кисломолочных продуктов питания / Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. // Хранение и переработка сельхозсырья. - 2010. - №1. - С.42-45.
44.Ботина С.Г. Штаммы Streptococcus thermophilus, продуцирующие экзополисахариды / Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. // Хранение и переработка сельхозсырья. - 2010. - №2. - C.33-35.
45.Ботина С.Г. Синтез витаминов стартовыми культурами молочнокислых бактерий Streptococcus thermophilus / Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. // Хранение и переработка сельхозсырья, 2010. - №3. - C.54-56.
46.Ботина С.Г. Генетическая идентификация антагонистически активных штаммов лактобацилл, выделенных из полости рта здоровых людей / Ботина С.Г., Червинец Ю.В., Климина К.М., Коробан Н.В., Червинец В.М., Гаврилова О.А., Лебедев Д.В., Миронов А.Ю. // Клиническая лабораторная диагностика. – 2010. - №11. - С.43-46.
47.Ботина С.Г. Реклассификация отечественных пробиотических культур бактерий рода Lactobacillus / Ботина С.Г., Климина К.М., Коробан Н.В., Амерханова А.М., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. // Генетика. - 2010. - Т. 46. - № 11. - С.1306-1313.
48.Ботина С.Г. Генетическое разнообразие бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы людей / Ботина С.Г., Коробан Н.В., Климина К.М., Глазова А.А., Захаревич Н.В., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. // Генетика. – 2010. - Т.46. - №12. - С.1589–1597.
49.Климина К.М. Выделение и молекулярно-генетическая идентификация аэротолерантной бактериальной микрофлоры из грудного молока / Климина К.М., Глазова А.А., Ботина С.Г. // Материалы 14-ой Международной Пущинской школы конференции молодых ученых «Биология-наука 21 века». - 19 – 23 апреля 2010 г. - С.232.
50.Ботина С.Г. Тестирование резистентности потенциальных пробиотических бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы людей к антибактериальным препаратам: определение и способность к переносу генов устойчивости / С.Г. Ботина, А.А. Глазова, К.М. Климина, Н.В. Коробан, О.Г. Жиленкова, Е.У. Полуэктова, В.В. Зинченко, В.Н. Даниленко // Материалы Второго Международного Конгресса-Партнеринга и Выставки по Биотехнологии, Биоэнергетике и Биоэкономике. - 12 - 15 апреля 2010 года в Центре Международной Торговли, Москва. - С.28.
51.Ботина С.Г. Разработка технологий универсального быстропереориентируемого производства заквасок прямого внесения для биотехнологической промышленности / Ботина С.Г., Даниленко В.Н., Бабыкин М.М., Зинченко В.В., Будрик В.Г., Харитонов В.Д. // Материалы Международной конференции «Биотехнология начала III тысячелетия». - Саранск, май, 2010. - С.70.
52.Ботина С.Г. Определение генетических детерминантов, ответственных за проявление технологических свойств у стартовых культур молочнокислых бактерий: тестирование наличия генов синтеза экзополисахаридов у произ-водственных штаммов Lactobacillus helveticus. Научно-инновационный подход при моделировании технологического процесса производства заквасок прямого внесения / Ботина С.Г., Абрамова А.А., Раскошная Т.А., Зинченко В.В. Коробан Н.В., Бабыкин М.М. // Сборник материалов Всероссийской научно-практической конференции «Принципы пищевой комбинаторики – основа моделирования поликомпонентных пищевых продуктов». – Углич, сентябрь, 2010. – С.33-34.
53.МУ 2.3.2.2789-10 «Методические указания по санитарно-эпидемиологической оценке безопасности и функционального потенциала пробиотических микроорганизмов, используемых для производства пищевых продуктов». Методические указания. – М.: Федеральный Центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора. – 2010. – 93 с. Авторский коллектив: В.А.Тутельян, С.А.Шевелёва, С.А.Хотимченко, В.А.Исаков, И.Я.Конь, В.К.Мазо, Н.Р.Ефимочкина, Э.Н.Трушина, С.Ю.Батищева, А.В.Черкашин, А.В.Булахов, Н.К.Янковский, В.Н.Даниленко, С.Г.Ботина, О.В.Аверина, В.А.Алешкин, А.М.Амерханова, О.Г.Жиленкова, М.С.Бляхер, И.М. Федорова, Е.А.Воропаева, Ю.В.Черепанова, А.Л.Гинцбург, Ю.В.Ананьина, Б.С. Народицкий, Н.А.Зигангирова, Л.Н.Нестеренко, И.А.Шагинян, М.Ю.Чернуха, А.А.Ховаев, В.М.Червинец, Ю.В.Червинец, В.В.Зинченко, Е.А.Карбышева, В.Д.Харитонов, В.Ф.Семенихина, И.В.Рожкова, В.Г.Будрик, А.И.Туркин. Рекомендованы Государственной Комиссией по санитарно-эпидемиологическому нормированию при Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, протокол № 2 от 14.10.2010. Утверждены Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации Г.Г. Онищенко 6 декабря 2010.
54.Ботина С.Г. Молекулярно-генетическая характеристика и пробиотический потенциал бактерий рода Lactobacillus / Ботина С.Г., Ивашкина Н.Ю., Маев И.В. // Молекулярная медицина. - 2011. - №1. - С.53-57.
55.Ивашкина Н.Ю. Экспериментальные доказательства пробиотических свойств бактерий рода Lactobacillus / Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г. // Российские медицинские вести. - 2011. - №1. - С.27-32.
56.Червинец Ю.В. Генетическая паспортизация и изучение способности к формированию биопленок лактобациллами, выделенными из полости рта здоровых людей / Червинец Ю.В., Ботина С.Г., Глазова А.А., Коробан Н.В., Червинец В.М., Самоукина А.М., Гаврилова О.А., Лебедев Д.В., Миронов А.Ю. // Клиническая лабораторная диагностика. - 2011. - №2. - С.43-46.
57.Ботина С.Г. Характеристика устойчивости к антибиотикам потенциальных пробиотических бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы человека / Ботина С.Г., Е.У. Полуэктова, А.А. Глазова, Н. В. Захаревич, Н.В. Коробан, М.М. Бабыкин, В.В. Зинченко, О.Г. Жиленкова, А.М. Амерханова, В.Н. Даниленко // Микробиология. - 2011. - Т. 80. - № 2.- С.1-9.
58.Botina S.G. Rearrangement of the RNA genes in closely related Enterococcus Species: new species Enterococcus lactis / Botina S.G. and Sukhodolets V.V. // ASM Conference on Streptococcal Genetics. - France, Sain-Malo 18-21 June, 2006. - Р. 117.
59.Bolotin A. Genomic signatures of food-associated Enterococci / Bolotin A., Barbe V., Botina S., Quinquis B., Weissenbach J., Ehrlich SD // The 3th European Conference on Prokaryotic Genomics, ProkaGENOMICS. - 2007, Gottingen, October 7-10. - Р.27.
60.Bolotin A. Genomic signatures of food-associated Enterococci / Bolotin A., Barbe V., Botina S., Quinquis B., Tanganurat W., Couloux A., Weissenbach J., Ehrlich SD. // Second International Congress of Central Asia Infectious Diseases. - March 27-30, 2008. - Р.32.
Изобретения
61.Патент на изобретение №2337953 Российская Федерация, МПК C12N1/20, A23C9/12, заявка 2007117139/13 от 08.05.2007, публикация патента 11.10.2008 г., бюллетень № 31. Штамм бактерий Streptococcus thermophilus для сквашивания молока в процессе приготовления кисломолочных продуктов, включая йогурты / Тренина М.А., Ботина С.Г., Стоянова Л.Г., Цыганков Ю.Д. Заявитель и патентообладатель ФГУП ГосНИИгенетика.