- Изучение структуры и термодинамики природной бинарной системы, дифференциального узнавания различных РНК рибосомным белком S7 прокариот.
- Создание плазмидных конструкций для получения фрагментов рибосомной и матричной РНК, проведение делеционного анализа межцистронного фрагмента мРНК E.coli, отработка метода SELEX при создании аптамерных РНК к термофильному рибосомному белку;
- Изучение структуры и термодинамики искусственной бинарной системы тромбин - аптамерная ДНК. Получение различных 31-звенных ДНК-аптамеров и их модифицированных аналогов;
- Изучение динамики и оптимальных условий сборки и стабильности базовых и модифицированных G-квартетов ДНК-аптамеров, которые ингибируют фибриноген-гидролитическую активность тромбина;
- Исследование ингибирующего воздействия аптамеров на две прокоагулянтные реакции тромбина - свертывание фибриногена и активацию PAR-1 рецепторов;
- Изучение аптамерных ДНК в качестве ингибиторов внутрисосудистого тромбообразования на модельных клеточных системах (тромбоцитах), а также на животных моделях.
1.Спиридонова В.А. Аффинная хроматография, основанная на нуклеиново-белковых взаимодействиях // Итоги науки и техники, серия Молекулярная биология, Москва, 1975. Т. 4, С. 176-217; ISSN 0202-7070
2.Копылов А.М., Спиридонова В.А., Парк К-Х. Применение аптамеров в медицинской диагностике и терапии // Российский Химический Журнал. 1998. Т. 42, С. 89-96; ВАК
3.Копылов АМ, Спиридонова ВА. Комбинаторная химия нуклеиновых кислот: SELEX //Молекулярная биология. 2000. Т. 34, С. 1097-1113; ВАК
4. Спиридонова В.А. Молекулярные узнающие элементы - ДНК/РНК аптамеры к бекам // Биомедицинская химия. 2010. Т. 56 (6), 639-656; ВАК
Статьи:
5.Spiridonova V.A., Gyenge L., Bogdanov A.A. RNA-protein interactions in the ribosomes III. Complexing of ribosomal RNA with sepharose-bound ribosomal proteins // FEBS Lett. 1972. V. 20, Р.209-212; (IF- 3,54)
6.Спиридонова В.А., Дьенге Л., Богданов А.А. Связывание рибосомных РНК с белками рибосом, ковалентно закрепленными на полимерных носителях // Биохимия. 1975. T. 40, С.83-88; ВАК
7.Спиридонова В.А., Каграманова В.К., Баратова Л.А., Голова Ю.Б., Чекулаева Л.Н., Манькин А.С. Клонирование гена рибосомного белка HS4 архебактерии Halobacterium halobium // Биоорганическая химия. 1988. T. 14, С.16-118; ВАК
8.Spiridonova V.A., Akhmanova A.S., Kagramanova V.K., Kopke A.K.E., Mankin A.S.Ribosomal prоtein gene cluster Halobacterium halobum: nuclеotide sequence of the genes coding for S3 and L29 equivalent ribosomal proteins // Canadian J. of Biochemistry and Cell Biology. 1989. V. 35, Р.153-159.
9.Karginov A.V., Karginova O.A., Spiridonova V.A., Kopylov A.M. In vivo assembly of plasmid-expressed ribosomal protein S7 of Thermus thermophilus into Echerichia coli ribosomes and conditions of its overexpression // FEBS Lett. 1995. V. 369, Р.158-160; (IF- 3,54)
10.Исаева Л.В., Спиридонова В.А., Люмович Д., Ковалева И.Е., Черноголов A.A., Усанов A.С., Лузиков В.Н., Синтез в Escherichia coli и свойства некоторых гибридных белков, составленных из модифицированного предшественника адренодоксинредуктазы и укороченного предшественника адренодоксина // Биохимия 1996. T. 61, С.1026-1033; ВАК
11.Spiridonova V.A., Golovin A.V., Drygin D.Yu., Kopylov A.M. An extremly high conservation of RNA-protein interactions during prokariotic str operon regulation // Biochem.Mol.Biol.Internat. 1998. V. 44, Р.1141-1146; (IF- 3,58)
12.Птицин Л.Р., Котельников М.А., Спиридонова В.А., Копылов А.М., Егоров А. М. Селекция олигодезоксирибонуклеотидов, связывающих тироксин // Докл. РАН 1999. T/ 364, С.260-63; ВАК
13.Рождественский Т.С., Рассохин Т.И., Анохина М.М., Головин А.В., Спиридонова В.А., Копылов А.М., Делеционный анализ межцистронного района S12-S7 str mRNA E.coli для связывания термофильного рибосомного белка S7 // Вестн. Моск. Ун-та. 1999. T. 40, С.375-380; ВАК
14.Белякова М.М., Петрова Е.В., Спиридонова В.А., Добров Е.Н., Копылов А.М., Егоров Ц.А., Витман-Лейбольд Б., Сангер В., Фотоаффинная модификация тетрациклинового репрессора TetRD тетрациклином // Вестн. Моск. Ун-та. 1999. T. 40, С.380-384; ВАК
15.Spiridonova V.A., Rozhdestvensky T.S., Kopylov A.M. A study of the thermophilic ribosomal protein S7 binding to the truncated S12-S7 intercistronic region provides more insight for a mechanism of regulation of str operon of E.coli // FEBS Lett. 1999. V. 460, С.353-356; (IF- 3,54)
16.Beliakova M.M., Anokhina M.M., Spiridonova V.A., Dobrov E.N., Egorov T.A., Wittmann-Liebold B., Orth P., Saenger W., Kopylov A.M. A direct photo-activated affinity modification of tetracycline transcription repressor protein TetR(D) with tetracycline // FEBS Lett. 2000. V. 477. Р.263-267; (IF- 3,54)
17.Рассохин Т.И., Головин А.В., Петрова Е.В., Спиридонова В.А., Каргинова О.А., Т.С. Рождественский, Брозиус Ю., Копылов А.М. Изучение связывания белка S7 с фрагментом 926-986/1219-1393 16S рРНК – ключевого этапа сборки малой субчастицы прокариотических рибосом // Mолекулярная биология. 2001. T. 35, С.617-627; ВАК
18.Spiridonova V., Rassokhin T., Golovin A., Petrova E., Rohzdestvensky T., Pakhomova Ju., Kopylov A., A comparative thermodynamic study for both natural and artificial RNA/DNA-protein binary complexes // Bioelectrochim. 2002. V. 55, Р.95-97. (IF- 2,65)
19.Спиридонова В.А., Копылов А.М., Аптамерные ДНК-принципиально новые узнающие элементы для биосенсоров // Биохимия, 2002. T. 67, С.850-854; ВАК
20.Спиридонова В.А., Копылов А.М., Аптамеры как узнающие элементы для создания биосенсоров // Наукоемкие технологии. 2003. T. 3, С.34-40; ВАК
21.Спиридонова В.А., Рог Е.В., Дугина Т.Н., Струкова С.М., Копылов А.М., Аптамерные ДНК - ингибиторы тромбина нового типа // Биоорган. химия. 2003. T. 29, С.495-498; ВАК
22.Anokhina MM, Barta A, Nierhaus KH, Spiridonova VA, Kopylov AM, Mapping of the second tetracycline binding site on the ribosomal small subunit of E.coli // Nucleic Acids Res. 2004. V. 32, Р.2594-2597; (IF- 6,88)
23.Golovin AV, Spiridonova VA, Kraal B, Kopylov AM, Mapping of contact of S12 – S7 intercistronic region of E. coli streptomycin mRNA with recombinant ribosomal protein S7 // FEBS Lett. 2006. V. 580, Р.5858-5862; (IF- 3,54)
24.Спиридонова В.А., Лыгина А.С., Анохина М.М., Тупицын Н.Н., Получение функционально активного рекомбинантного интерлейкина-6 человека // Биохимия. 2007. T. 72, С.525-532; ВАК
25.Спиридонова В.А., Бессонов С.И., Тупицын Н.Н., Широков Д.А., Копылов А.М. Перспективы антицитокинотерапии. Получение РНК-аптамеров к интерлейкину-6 человека методом SELEX, 2007, Иммунология гемопоэза, 2, С.54-71; ISSN 1818-4820
26.Сурдина А.В., Рассохин Т.И., Головин А.В., Спиридонова В.А., Крааль Б., Копылов А.М., Селекция случайных фрагментов РНК (SERF) как метод поиска участка регуляции трансляции стрептомициновой мРНК E. coli рибосомным белком S7 // Биохимия. 2008. T. 73, С652-659; ВАК
27.Добровольский А.Б., Титаева Е.В., Хаспекова С.Г., Спиридонова В.А., Копылов А.М., МазуровА.В. Ингибирование активности тромбина аптамерами ДНК // Бюллетень экспериментальной биологической медицины. 2009. T. 148 (7), С.41-45; ВАК
28.Reshetnikov R., Golovin A., Spiridonova V., Kopylov A., Sponer J., Structural dynamics of thrombin-binding DNA aptamer d(GGTTGGTGGTTGG) quadruplex DNA studied by large-scale explicit solvent simulations // J Chem.Theory Comput. 2010. V. 6, Р.3003-3014; (IF- 4,8)
29.Сурдина А.В., Рассохин Т.И., Головин А.В., Спиридонова В.А, Копылов А.М., Картирование регуляторного участка связывания рибосомного белка S7 со стрептомициновой мРНК E.coli // Биохимия. 2010. T. 75 (7), С.841-850; ВАК
30.Мазуров А.В., ТитаеваЕ.В., Хаспекова С.Г., Сторожилова А.Н., Спиридонова В.А., Копылов А.М., Добровольский А.Б., Свойства нового ДНК аптамера — прямого ингибитора тромбина // Бюллетень экспериментальной биологической медицины. 2010. T. 150 (10), С.394-397 ВАК
31.Спиридонова В.А., Головин А.В., Копылов А.М., Добровольский А.Б., Мазуров А.В., ДНК аптамеры – ингибиторы тромбина, патент № 2401306, дата приоритета 17 декабря 2008 г
32.Спиридонова В.А., Головин А.В., Копылов А.М., Добровольский А.Б., Мазуров А.В., Модифицированные ДНК аптамеры, ингибирующие активность тромбина, патент РФ № 2410432, дата приоритета 23 ноября 2009 г.