Научная тема: «МАТЕМАТИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ И АЛГОРИТМЫ В ИССЛЕДОВАНИЯХ СВЯЗИ МЕЖДУ СТРУКТУРОЙ И СВОЙСТВАМИ ОРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ»
Специальность: 05.13.18
Год: 2007
Отрасль науки: Физико-математические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:
  1. Разработан и обоснован ряд новых методов  построения моделей связи «структура-свойство» в терминах инвариантов молекулярных графов. Эти методы носят общий характер, применимы к произвольным свойствам и к произвольным выборкам химических соединений, представленных произвольно мечеными графами. Методы строго детерминированы и допускают компьютерную реализацию. Проведено тестирование предложенных подходов для моделирования связи «структура-свойство» для разнообразных свойств (физико-химические, биологическая активность, вычисляемые молекулярные параметры) и классов соединений, показавшее их практическую применимость и эффективность.
  2. Разработана интеллектуальная система, предназначенная для автоматического конструирования произвольных наборов инвариантов графов различной природы для построения корреляций «структура-свойство». В этой системе реализовано моделирование действий человека, конструирующего инварианты графа для вышеуказанной задачи. Предполагается, что выбор варианта действий в этом алгоритме в процессе конструирования происходит случайным образом. Использование случайного выбора позволяет освободиться от элементов субъективизма и выйти за рамки стандартного мышления в процессе такой деятельности. Проведено исследование возможностей этой системы. Показано, что основные, известные из литературы инварианты молекулярных графов (называемые в теоретической химии топологическими индексами) могут быть получены в рамках разработанной схемы. В то же соответствующий алгоритм позволяет получить принципиально новые пути построения инвариантов графов, в том числе и такие, которые практически не могут быть разработаны человеком «вручную». Предложенная схема, позволяет строить автоматически сколь угодно много инвариантов графов разного типа. Эти инварианты могут быть использованы при решении различных задач химической информатики, математической и компьютерной химии, в том числе при моделировании связи «структура-свойство». Следует отметить, что аналогов предложенной системы нет.
  3. На основе разработанной схемы конструирования инвариантов графов предложен новый метод построения моделей связи «структура-свойство», а также проведено его тестирование для построения корреляций «структура-свойство» для физико-химических свойств и биологической активности органических соединений различных классов, показавшее его практическую применимость и эффективность.
  4. Проведено исследование задачи определения области применимости  модели связи «структура-свойство» для заданной допустимой погрешности расчета свойств соединений, а также предложен ряд методов ее решения. Проведено тестирование этих методов, показавшее, что использование областей применимости моделей при прогнозировании свойств соединений, определенных  в соответствии с разработанными  подходами, позволяет сократить долю ошибочных прогнозов. 
  5. Разработаны алгоритмизированные методы решения различных обратных задач в исследованиях связи «структура-свойство». Эти методы позволяют провести исчерпывающую генерацию химических структур определенного класса, имеющих заданное значение y0 рассматриваемого свойства (или заданный интервал  (y1, y2) значений свойства), на основе предварительно построенной модели вида y=f(x1,...,xN), связывающей значения рассматриваемого свойства у и некоторые инварианты молекулярных графов x1,...,xN. Рассмотрены базовые корреляционные уравнения, содержащие различные инварианты, широко используемые при моделировании связи «структура-свойство» и допускающие определенную структурную интерпретацию. Проведено тестирование предложенных методов.
  6. Предложены  модели связи «структура-свойство» нового типа, которые отражают широко распространенный в химии постулат «близкие структуры имеют близкие свойства»,  позволяющие в ряде случаев оценивать свойство соединения на основе его сходства с другим соединением, для которого значение изучаемого свойства известно. Эти модели имеют следующий вид: |yi-yj|=d(Gi,Gj), где yi, yj - значения свойств i-ого и j-ого соединений, представленных графами Gi и Gj, а d(Gi,Gj) -  некоторая симметричная функция двух аргументов Gi и Gj, значения которой количественно характеризуют степень подобия Gi и Gj. Предложен метод оптимального подбора меры d(Gi,Gj) в этом соотношении, а также способ оценки свойств соединений на основе такой модели. Проведено тестирование метода, а также его сравнение с двумя другими методами, использующими другие меры подобия. Это сравнение показывает, что предложенный в работе метод дает более точный результат, чем остальные методы.
  7. Разработан алгоритм оптимального подбора меры подобия при прогнозировании свойств соединений по методу «ближайшего соседа».  Предлагаемый подход позволяет построить меру подобия, дающую наилучший результат при вышеуказанном способе прогнозирования свойств соединений, по крайней мере, для исходной выборки соединений. Проведено тестирование метода и его сравнение с другими методами оценки свойств соединений, основанными на других мерах подобия. Это сравнение показывает, что предложенный в работе подход дает более точный результат, чем  остальные методы.
  8. Разработаны новые комбинаторные алгоритмы на графах, используемые при решении различных задач теоретической, компьютерной и математической химии, связанных с кодированием, идентификацией и анализом структурных особенностей графов. Эти алгоритмы позволяют строить каноническую нумерацию вершин графа, находить группу симметрии графа, устанавливать изоморфизм пары графов, находить все подграфы графа, изоморфные заданному подграфу. Алгоритмы математически обоснованы и применимы к  графам произвольного вида, имеющим любые веса вершин и ребер.
  9. Определены три новых класса прикладных задач в теории графов, имеющих практическое применение в области химии, а также предложены методы их решения или исследования. Полученные теоретико-графовые результаты являются основой алгоритмов моделирования связи «структура-свойство», разработанных в диссертации.
  10. o Первый класс задач связан с восстановлением аналитического вида инварианта меченых графов некоторого множества по всем или некоторым его значениям на графах этого множества. Для решения или исследования задач такого типа в работе предложена новая стратегия, основанная на введении и использовании понятия базиса инвариантов меченых графов. Предложены три определения базиса инвариантов графов, доказан ряд теорем о свойствах базисов, дана химическая интерпретация полученных математических результатов, предложены варианты наборов базисных инвариантов.
  11. o Второй класс задач связан с проблемой определения такого набора подграфов меченого графа (названных базисными подграфами), по которому граф восстанавливается однозначно. Предложена стратегия решения этой задачи, основанная на использовании ряда результатов спектральной теории графов. Получены теоретические результаты, позволяющие выявить один из возможных наборов таких подграфов.
  12. o Третий класс задач связан с нахождением аналитического вида произвольной симметричной меры подобия меченых графов. Выведена аналитическая формула для такой меры, из которой получен ряд важных следствий. Найденная формула позволяет строить меры подобия, удовлетворяющие определенным условиям и адаптировать их к конкретным химическим задачам.
  13. Предложена формализация постулата «близкие структуры имеют близкие свойства», являющегося основой некоторых методов прогнозирования свойств соединений, и проведено теоретическое исследование его справедливости. Указаны общие случаи, когда вышеуказанное утверждение будет заведомо верным или заведомо неверным. Актуальность таких исследований связана с широким внедрением компьютеров в химические исследования, что приводит к необходимости формализаций различных понятий  и эмпирических правил, разработанных в химии. Кроме того, анализ этого постулата важен для обоснования методов прогнозирования свойств соединений, которые на нем основаны.
  14. Таким образом, в работе предложен ряд новых математических моделей и алгоритмов в рамках исследований связи между структурой и свойствами органических соединений для случая, когда структура молекул представлена произвольно мечеными графами. Проведено тестирование предложенных методов, показавшее их практическую применимость и эффективность. Предложенные алгоритмы могут быть реализованы в виде компьютерных программ. Эти программы могут использоваться как самостоятельно, так и в составе уже имеющихся комплексов программ, предназначенных для исследования связи «структура-свойство». Следует отметить, что для решения одной и той же задачи (например, построения модели  связи «структура-свойство», определения области ее применимости) в работе предлагается  сразу несколько методов. Их совместное использование позволит повысить достоверность получаемых результатов.
  15. Разработанные методы имеют большое практическое значение для моделирования связи между структурой и свойствами органических веществ, прогнозирования свойств соединений по их структуре, целенаправленного поиска соединений с заданными свойствами в области медицины, сельского хозяйства, промышленности, техники и т. д. Предложенные методы могут быть рекомендованы к внедрению в научно-исследовательских институтах, лабораториях и других организациях, занимающихся поиском  соединений с определенным набором свойств разного профиля.
  16. Полученные результаты могут быть включены в спецкурсы по математическому моделированию в химии, медицинской химии, теории графов, прикладной математике. Ряд приведеных  в работе результатов был использован автором при чтении спецкурса по дисциплине «Теория графов» в МИТХТ им. М. В. Ломоносова.
Список опубликованных работ
1. Зефиров Н.С., Трач С.С., Станкевич (Скворцова) М. И. Алгоритм установления изоморфизма молекулярных графов // Тезисы докладов Всесоюзной конференции «Использование вычислительных машин в химических исследованиях и спектроскопии молекул», Рига, 1986, с.190-192.

2. Станкевич (Скворцова) М. И., Баскин И. И., Зефиров Н.С. Автоматизированный поиск структурных фрагментов. Алгоритм и программа // Журнал структурной химии, 1987, т.28, № 6, с. 136-137.

3. Станкевич (Скворцова) М.И., Баскин И.И., Зефиров Н.С. Комбинаторные модели и алгоритмы в химии. Поиск структурных фрагментов // Деп. ВИНИТИ АН СССР 11.06 1986, № 4288-В86, 27 стр.

4. Станкевич (Скворцова) М.И., Станкевич И.В., Зефиров Н.С. Топологические индексы в органической химии // Успехи химии, 1988, т 57, № 3, с. 337-366.

5. Девдариани Р.О., Станкевич (Скворцова) М.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Оценка с помощью ЭВМ температур плавления для некоторых классов органических соединений // Тезисы докладов Всесоюзной школы-семинара по автоматизации химических исследований, Тбилиси, 1988, с. 39.

6. Баскин И.И., Станкевич (Скворцова) М.И., Девдариани Р.О., Зефиров Н.С. Комплекс программ для нахождения корреляций «структура - свойство» на основе топологических индексов // Журнал структурной химии, 1989, т. 30, № 6, с.145-147.

7. Гордеева Е.В., Баскин И.И., Девдариани Р.О., Зефиров Н.С., Станкевич (Скворцова) М.И. Методология решения обратной задачи в проблеме связи «структура-свойство» для случая топологических индексов // ДАН СССР, 1989, т. 307, № 3, с. 613-616.

8. Станкевич (Скворцова) М. И. , Баскин И. И., Зефиров Н.С., Гордеева Е. В., Палюлин В. А., Девдариани Р. О. О проблеме восстановления химических структур по заданным значениям топологических индексов // Тезисы докладов межреспубликанской научно-практической конференции «Синтез, фармакология и клинические аспекты новых психотропных и сердечно-сосудистых средств», Волгоград, 1989, С. 28.

9. Зефиров Н.С., Скворцова М. И., Станкевич И. В., Томилин О. Б. Об одном способе нумерации вершин молекулярных графов // Тезисы докладов VIII-ой Всесоюзной конференции «Использование вычислительных машин в спектроскопии молекул и химических исследованиях», Новосибирск, 1989, с. 176-177.

10. Скворцова М.И., Баскин И.И., Девдариани Р.О., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. О проблеме генерации структур органических соединений с заданными свойствами // Тезисы докладов VIII-ой Всесоюзной конференции «Использование вычислительных машин в спектроскопии молекул и химических исследованиях», Новосибирск, 1989, с. 250.

11. Девдариани Р.О., Палюлин В. А., Скворцова М. И., Баскин И. И., Зефиров Н.С. Прогнозирование температур плавления ароматических соединений некоторых классов на основе использования взвешенных топологических индексов // Тезисы докладов VIII-ой Всесоюзной конференции «Использование вычислительных машин в спектроскопии молекул и химических исследованиях», Новосибирск, 1989, с. 251.

12. Зефиров Н. С., Скворцова М. И., Станкевич И. В. Генерация структур поликонденсированных бензоидных углеводородов по индексу Рандича // Тезисы докладов VIII-ой Всесоюзной конференции «Использование вычислительных машин в спектроскопии молекул и химических исследованиях», Новосибирск, 1989, с. 252-253.

13. Stankevitch (Skvortsova) M. I., Tratch S. S., Zefirov N. S. Combinatorial Models and Algorithms in Chemistry. Search for Isomorphisms and Automorphisms of Molecular Graphs // J. Comput. Chem.,1988, v.9, N 4, p. 303-314.

14. Скворцова М. И., Станкевич И. В.. Зефиров Н. С. Топологические свойства ката-конденсированных бензоидных углеводородов: индекс Рандича и его связь с химическим строением // Тезисы докладов Межвузовской конференции «Молекулярные графы в химических исследованиях», Калинин, 1990, с. 84.

15. Скворцова М. И., Станкевич И. В., Томилин О. Б., Зефиров Н. С. Проекционные операторы и каноническая нумерация вершин молекулярных графов // Тезисы докладов Межвузовской конференции «Молекулярные графы в химических исследованиях», Калинин, 1990, с. 85-86.

16. Скворцова М. И., Словохотова О. Л., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Решение обратной задачи в проблеме связи «структура-свойство» для топологических индексов, характеризующих молекулярную форму // Тезисы докладов I-ой Всесоюзной конференции по теоретической органической химии (ВАТОХ), Волгоград, 1991, с. 551.

17. Станкевич И. В., Скворцова М. И. Обобщенный индекс Рандича как функционал от p - электронной плотности // Тезисы докладов I-ой Всесоюзной конференции по теоретической органической химии (ВАТОХ), Волгоград, 1991, с. 97.

18. Скворцова М. И., Станкевич И. В., Зефиров Н. С. Генерация молекулярных структур поликонденсированных бензоидных углеводородов по индексу Рандича // Журнал структурной химии, 1992, т. 33, № 3, с. 99-104.

19. Станкевич И. В., Скворцова М. И., Томилин О. Б., Зефиров Н. С. Использование проекционных операторов для нумерации атомов и исследования свойств симметрии молекулярных структур // Журнал структурной химии, 1992, т. 33, № 3, с. 93-98.

20. Скворцова М. И., Баскин И. И., Словохотова О. Л., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в QSAR/QSPR-анализе для случая топологических индексов, харак-теризующих молекулярную форму (индексов Кира) // ДАН, 1992, т. 324, № 2, с. 344-348.

21. Станкевич И. В., Скворцова М. И., Зефиров Н.С. Топологические свойства сопряженных углеводородов: обобщенный индекс Рандича как функционал от p-электронной плотности // ДАН, 1992, т.324, № 1, с.133-137.

22. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Slovokhotova O. L., Palyulin V. A., Zefirov N. S. The Inverse Problem in QSAR/QSPR Studies for the Case of Topological Indices Characterizing Molecular Shape (Kier Indices) // J. Chem. Inform.Comput.Sci., 1993, v.33, N 4, p. 630-634.

23. Stankevich I.V., Galpern E. G., Chistyakov A. L., Baskin I. I., Skvortsova M. I., Zefirov N. S., Tomilin O. B. Spectral Theory of Graphs in Chemistry.1. Projection Operators and Canonical Numeration of Graph Vertices // J. Chem. Inform.Comput.Sci. 1994, v. 34, N 5, p. 1105-1108.

24. Скворцова М. И., Баскин И. И., Словохотова О. Л., Зефиров Н. С. Методология построения общей модели связи «структура-свойство» на топологическом уровне // ДАН, 1994, т. 336, N 4, с. 496-499.

25. Баскин И. И., Скворцова М. И., Станкевич И. В., Зефиров Н. С. О базисе инвариантов помеченных молекулярных графов // ДАН, 1994, т. 339, N 3, с. 346-350.

26. Stankevich I. V., Skvortsova M. I., Kolmykov V. A., Subbotin V. F., Mnukhin V. B. Spectral Graph Theory in Chemistry // In: Mathematical Methods in Contemporary Chemistry. (Ed. Kuchanov S. I.; Gordon and Breath Publishers, Amsterdam), 1996, p.101-141.

27. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Palyulin V. A., Slovokhotova O. L., Zefirov N. S. Structural Design. Inverse Problems for Topological Indices in QSAR/QSPR Studies // In: AIP Conference Proceedings 330, E.C.C.C.1, Computational Chemistry, F.E.C.S. Conference, Nancy, France, May 1994, Eds.: F. Bernardy, J.-L. Rivail; p. 486-499.

28. Baskin I. I., Skvortsova M. I., Stankevich I. V., Zefirov N. S. On the Basis of Invariants of Labeled Molecular Graphs // J. Chem. Inform. Comput. Sci., 1995, v. 35, N. 3, p. 527-531.

29. Stankevich I. V., Skvortsova M. I., Zefirov N. S. On a Quantum-Chemical Interpretation of Molecular Connectivity Indices for Conjugated Hydrocarbons // J. Mol. Strut. (THEOCHEM), 1995, v. 342, p.173-179.

30. Zefirov N. S., Palyulin V. A., Skvortsova M. I., Baskin I. I. Inverse Problem in QSAR // In: QSAR and Molecular Modeling: Concepts, Computational Tools and Biological Applications; Barcelona, Prous Science Publishers, 1995. p. 40.

31. Скворцова М. И., Баскин И. И., Словохотова О. Л., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для случая корреляционного уравнения, содержащего произвольные топологические дескрипторы // ДАН, 1996, т. 346, N 4, с. 497-500.

32. Skvortsova M. I., Stankevich I. V., Baskin I. I., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Analytical Description of a Set of Similarity Measures Defined on Molecular Graphs // In: Proceedings of the 11th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships: Computer-Assisted Lead Finding and Jptimization; Lausanne, September 1-6, 1996, p. 13.B.

33. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Slovokchotova O. L., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Inverse Problems in Quantitative Structure-Property Relationships Studies: Molecular Graph Reconstruction Using Graph Invariants // In: Proceedings of International Conference on Inverse and Ill-Posed Problems (IIPP-96), September 9-14, 1996, Moscow, Russia, p.169.

34. Baskin I. I., Skvortsova M. I., Stankevich I. V., Zefirov N. S. The Basis of Invariants of Labeled Molecular Graphs and Its Applications to Molecular Properties Prediction // In: Book of Abstracts. International Symposium CACR-96; December 17-18; 1996, Moscow, Russia; p. 39.

35. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Stankevich I. V., Zefirov N. S. New Method for Constructing Linear “Structure-Property” Equations // In: Book of Abstracts. International Symposium CACR-96; December 17-18; 1996, Moscow, Russia; p. 60.

36. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Stankevich I. V., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Molecular Similarity in Structure-Property Relationships Studies. Analitical Description of the Complete Set of Graph Similarity Measures // In: Book of Abstracts; International Symposium CACR-96; December 17-18; 1996, Moscow, Russia; p. 67.

37. Skvortsova M.I., Baskin I.I., Stankevich I.V., Zefirov N. S. A New Approach to to the Problem of Defining Applicability Range of QSAR/QSPR Models // In: Book of Abstracts. International Symposium CACR-96; December 17-18; 1996, Moscow, Russia; p. 67-68.

38. Baskin I. I., Skvortsova M. I., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Quantitative Chemical Structure-Property/Activity Studies Using Artifical Neural Networks // Foundations of Computing and Decision Sciences. 1997, v. 22, N 2, p.107-116.

39. Скворцова М. И., Баскин И. И., Станкевич И. В., Зефиров Н. С. Об одном способе по-строения линейных уравнений связи «структура-свойство» // ДАН, 1996, т.351, № 1, с. 78-80.

40. Скворцова М. И., Станкевич И. В., Баскин И.И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Аналитическое описание множества мер подобия молекулярных графов // ДАН, 1996, т.350, № 6, с. 786-788.

41. Зефиров Н. С., Палюлин В. В., Молчанова М. С., Скворцова М. И., Баскин И. И. Структурная генерация и QSAR // Тезисы докладов IV – ого Российского научного конгресса «Человек и лекарство»; Москва, 8-12 апреля 1997г.; с. 261.

42. Скворцова М. И., Словохотова О. Л., Баскин И. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для случая информационных топологических индексов // ДАН, 1997, т. 357, № 1, с. 72-74.

43. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Stankevich I. V., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Molecular Similarity. 1. Analitycal Description of Graph Similarity Measures // J. Chem. Inform. Comput. Sci. 1998, v.38, N 5, p. 785-790.

44. Skvortsova M. I., Baskin I. I., Skvortsov L. A., Palyulin V. A., Zefirov N. S., Stankevich I. V. Chemical Graphs and Their Basis Invariants//J. Mol. Struct. (THEOHEM), 1999, v. 466, p.211-217.

45. Скворцова М. И., Баскин И. И., Станкевич И. В., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Новый метод прогнозирования свойств химических соединений на основе оптимизации меры молекулярного подобия//Тезисы докладов I-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 14-16 апреля 1998г., (РАН, отделение общей и технической химии, Институт геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, Москва, 1998); С. 66.

46. Скворцова М. И., Баскин И. И., Словохотова О. Л., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для случая топологических индексов // Тезисы докладов I-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 14-16 апреля 1998г., (РАН, отделение общей и технической химии, Институт геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, Москва, 1998); С. 67.

47. Станкевич И. В., Чистяков А. Л., Скворцова М. И. Исследование структуры и свойств некоторых эндоэндральных кластеров и обобщение понятия молекулярной топологической формы // Известия РАН, сер. химическая, 1999, № 3, с. 436-440.

48. Скворцова М. И., Станкевич И. В. Теория графов в структурной химии. Молекулярные графы. Часть I. - Изд-во МИТХТ. – 1998. - 88 с.

49. Artemenko N. V., Baskin I. I., Halberstam N. M., Skvortsova M. I., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Combination of Substructural Approach and Neural Networks as a Universal Tool for Predicting Physico-Chemical Properties of Organic Compounds // In: Book of Abstracts. “QSAR 2000. Crosroads to the XXI Century. Ninth International Workshop on Quantitative Structure-Activity Relationships in Environmental Sciences». September 16-20, 2000, Bourgas, Bulgaria, p.66-67.

50. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. О вероятностном подходе к определению области применимости уравнений связи «структура-свойство» // ДАН, 2000, т. 375, № 1, с. 46-49.

51. Пасюков А. В., Скворцова М. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Метод прогнозирования свойств химических соединений, основанный на оптимальном подборе меры молекулярного подобия // ДАН, 2000, т. 374, № 6, с.786-789.

52. Skvortsova M. I., Fedyaev K. S., Palyulin V. A., Zefirov N. S. An Automatic Search for Chemical Structures with Given Properties Correlating Hosoya Index // In: Book of Abstracts of International School-Seminar on Computer Automatization and Information, Moscow, 2000 (Russian Academy of Sciences, Moscow State University, Russian Research Center “Kurchatov Institute”, MC RAS-MS “ELICS”, ACS’2000); p.47-48.

53. Skvortsova M. I., Fedyaev K. S., Palyulin V. A., Zefirov N. S. A Probability Technique for the Construction of the Applicability Range for “Structure-Property” Equation // In: Book of Abstracts of International School-Seminar on Computer Automatization and Information, Moscow, 2000 (Russian Academy of Sciences, Moscow State University, Russian Research Center “Kurchatov Institute”, MC RAS-MS “ELICS”, ACS’2000); p. 45-46.

54. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. О вероятностном подходе к определению области применимости в QSAR // Тезисы докладов II-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 24-26 апреля 2001 г., Москва, 2001 (РАН, Отделение Общей и технической химии, Институт геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, МГУ им. М. В. Ломоносова); с. 36.

55. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для индекса Хосойя // Тезисы докладов II-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 24-26 апреля 2001 г., Москва, 2001 (РАН, Отделение Общей и технической химии, Институт геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, МГУ им. М. В. Ломоносова); с. 99.

56. Скворцова М. И., Станкевич И. В. Теория графов в структурной химии. Спектры графов и их применение в теории сопряженных молекул. Часть II. – Москва. - МИТХТ им. М. В. Ломоносова. – 2001. - 64 с.

57. Скворцова М. И., Федяев К. С., Баскин И. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Структурно-вероятностный подход к определению области применимости линейной модели связи «структура-свойство» // Тезисы докладов II-ого международного симпозиума «Компьютерное обеспечение химических исследований» (Москва, 22-23 мая 2001 г.) и III-ей Всероссийской школы-конференции по квантовой и вычислительной химии им. В. А. Фока (Великий Новгород, 21-25 мая 2001 г.); с. 126.

58. Скворцова М. И., Федяев К. С., Баскин И. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Об одном способе кодирования химических структур в задачах построения математических моделей связи “структура-свойство” // Тезисы докладов II-ого международного симпозиума «Компьютерное обеспечение химических исследований» (Москва, 22-23 мая 2001 г.) и III-ей Всероссийской школы-конференции по квантовой и вычислительной химии им. В. А. Фока (Великий Новгород, 21-25 мая 2001 г.); с. 127.

59. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для случая корреляционного уравнения, содержащего индекс Хосойя // ДАН, 2001, т. 379, № 2, с. 209-213.

60. Скворцова М. И., Федяев К. С., Баскин И.И., Палюлин В. А., Зефиров Н.С. Новый способ кодирования химических структур на основе базисных фрагментов // ДАН, 2002, т. 382, № 5, с. 645-648.

61. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Обратная задача в проблеме связи «структура-свойство» для случая корреляционных уравнений, содержащих базисные топологические дескрипторы//Тезисы докладов III-ей Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 15-17 апреля 2003 г. (Москва, РАН, Отделение химии и наук о материалах, Ин-т геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, МГУ им. М. В. Ломоносова); с. 110.

62. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Базисные топологические дескрипторы и их применение для построения корреляций «структура-свойство» // Тезисы докладов III-ей Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование», 15-17 апреля 2003 г. (Москва, РАН, Отделение химии и наук о материалах, Ин-т геохимии и аналитической химии им. В. И. Вернадского, МГУ им. М. В. Ломоносова); с. 109.

63. Skvortsova M. I., Fedyaev K. S., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Molecular Design of Chemical Compounds with Prescribed Properties from QSAR Models Containing the Hosoya Index // Internet Electron. J. Mol. Des. 2003, N 2, p.70-95; http://www.biochempress.com.

64. Skvortsova M. I., Fedyaev K. S., Palyulin V. A., Zefirov N. S. Inverse Problem in Quantitatve Structure-Property Relationships Studies for Correlations Constructed by Basic Topological Molecular Descriptors // In: Book of Abstracts ”Modern Trends in Organometallic and Catalitic Chemistry. Mark Vol’pin (1923-1996) Memorial International Symposium, Moscow, May 18-23, 2003”, p.181.

65. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Моделирование связи между структурой и свойствами углеводородов на основе базисных топологических дескрипторов // Известия АН (сер. химическая), 2004, № 8, с. 1527-1535.

66. Скворцова М. И., Станкевич И. В. О связи между собственными векторами взвешенных графов и их подграфами // Дискретная математика, 2004, т.16, вып. 4, с. 32-40.

67. Скворцова М. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Компьютерный дизайн топологических индексов в органической химии // Тезисы докладов IV-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование”, 12-15 апреля 2005 г., Москва (РАН – Отделение наук о Земле, ГЕОХИ им. В.И. Вернадского, МГУ им. М.В. Ломоносова); с.93.

68. Скворцова М. И., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Построение моделей связи «структура-свойство» на основе концепции молекулярного подобия путем оптимального подбора меры подобия и молекулярных дескрипторов//Тезисы докладов IV-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование”, 12-15 апреля 2005 г., Москва (РАН - Отделение наук о Земле, ГЕОХИ им. В. И. Вернадского, МГУ им. М. В. Ломоносова), с. 94.

69. Skvortsova M. I., Stankevich I. V. Eigenvectors of Weighted Graphs: Supplement to Sachs’ Theorem // J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 2005, v.719, p. 213-223.

70. Palyulin V. A., Skvortsova M. I., Zotov A. Yu., Zefirov N.S. Computed-Aided Design of Topological Indices // In: Book of Abstracts. Fourth Indo-US Workshop on Mathematical Chemistry (With Applications to Drug Discovery, Environmental Toxicology, Chemoinformatics and Bioinformatics), Yanuary 8-12, 2005, Pune, Maharashtra, India; p.16.

71. Скворцова М. И., Федяев К. С., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Теоретико-графовый подход к моделированию связи между строением и свойствами углеводородов // Сборник научных трудов 11-ой Международной конференции «Математические модели физических процессов», т. 1 (29-30 июня 2005, Россия, Таганрог, ТГПИ); с. 254-259.

72. Скворцова М. И., Станкевич И. В. Система искусственного интеллекта для конструирования инвариантов графов в органической химии // Сборник трудов XIX Международной научной конференции «Математические методы в технике и технологиях», т. 6 (30 мая-2 июня 2006, Россия, Воронеж, ВГТА); с. 62-64.

73. Скворцова М. И., Станкевич И. В., Палюлин В. А., Зефиров Н. С. Концепция молекулярного подобия и ее применение для прогнозирования свойств органических соединений // Успехи химии, 2006, т.75, № 11, 1074-1093.