1. Ведущую роль в формировании пространственной неоднородности протозооценозов играют уровень увлажнения, соленость, тип биотопа (субстрата) определяющие специфику видового состава, обилия, структуры таксоценозов по горизонтальной оси и окислительно-восстановительные характеристики, связанные с гравитацией и светом, - по вертикальной. В соответствии с изменением этих факторов происходит смена типов сообществ.
2. Пространственная организация протозооценозов включает несколько иерархических уровней (масштабов), в которых действуют принципиально различные структуроопределяющие процессы: микробиотопический, биогеоценотический/региональный, географический. Протозооценозы - системы, контролируемые в наименьшем масштабе - биологически, в среднем - физически, в максимальном - сукцессионно.
3. Динамика протозооценозов проявляется в разных временных масштабах. Флуктуации измеряются часами и сутками и связаны с популяционными процессами, а также периодическими и стохастическими изменениями среды. Сукцессии (циклические и направленные) длятся недели, месяцы и годы и связаны с процессами самоорганизации и разрушения сообщества. Общесукцессионные изменения наблюдаются в более длительном временном интервале и обусловлены крупномасштабными изменениями биогеоценозов (сукцессией и эволюцией экосистем).
4. Динамические процессы в протозооценозах реализуются двумя принципиально различными механизмами: а) быстрыми, приводящими, с одной стороны, к нарушениям стабильного состояния сообщества, а, с другой, к развертыванию процессов самоорганизации (весной в ходе сезонной сукцессии, в процессе колонизации свободных участков, при разложении органических веществ); б) медленными, обеспечивающими стабильность организации нишевой структуры, видового состава и обилия организмов, как в течение сезона, так и в многолетнем ряду.
5. Таксоценозы различных групп простейших различаются по способам организации в пространстве и времени. Мелкие гетеротрофные жгутиконосцы формируют более тонкую гетерогенность ценозов по сравнению с более крупными раковинными амебами и инфузориями. Вдоль градиентов солености и влажности, протозооценозы разных таксономических групп изменяются сходным образом. Влияние остальных факторов связано со спецификой их восприятия разными размерноэкологическими группами простейших.