1.Некрылов С.А. Роль Императорского Томского университета в становлении медицинского образования и науки в Сибири: К 120-летию Томского государственного университета / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, А.И. Карзилов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 1998. Т. 13, № 3–4. С. 7–20 (0,9/0,3 п.л.).
2.Некрылов С.А. Международные контакты ученых Томского университета в дореволюционный период / С.А. Некрылов // Вестн. Том. гос. пед. ун-та. Сер. историческая. 2000. № 4 (20). С. 64–68 (0,2 п.л).
2.Некрылов С.А. Система подготовки специалистов высшей квалификации и профессорско-преподавательских кадров в классических университетах дореволюционной России (на примере Томского университета) / С.А. Некрылов // Вестн. Том. гос. пед. ун-та. 2000. № 9. С. 74–77 (0,2 п.л.).
3.Некрылов С.А. Императорский Томский университет конца XIX века глазами студента / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2000. Т.15, № 4. С. 90–104 (0,9/1,85 п.л.); То же. 2001. Т.16, № 2. С. 126–134 (1,1/0,55 п.л.).
4.Некрылов С.А. Томский период деятельности профессора А.С. Догеля / С.В. Логвинов, С.А. Некрылов, А.И. Рыжов, И.С. Малиновская // Морфология : научно-теоретический медицинский журнал / РАМН. Международная ассоциация морфологов. 2002. № 5. С. 12–14 (0,5/0,2 п.л.).
5.Некрылов С.А. Профессор Иван Николаевич Грамматикати – организатор акушерско-гинекологической помощи в г. Томске в конце XIX – начале XX в. / С.А. Некрылов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2002. № 4. С. 102–106 (0,5 п.л.).
6.Некрылов С.А. 125 лет Томскому университету, медицинскому образованию и науке в Сибири. Ч. 1 / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, А.В. Литвинов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2003. № 4. С. 98–107 (0,8/0,3 п.л.).
7.Некрылов С.А. Областники и первый Сибирский университет / С.А. Некрылов // Вестн. Том. гос. ун-та. 2007. № 295. С. 141–148 (1,2 п.л.).
8.Некрылов С.А. Организация и финансирование научных экскурсий и экспедиций по Сибири в Императорском Томском университете (1885 – февраль 1917 гг.) / С.А. Некрылов // Вестн. Том. гос. ун-та. 2009. № 318. С. 117–124 (1,1 п.л.).
Монографии и учебные пособия
10.Некрылов С.А. Научное наследие профессора Э.Г. Салищева / В.Ф. Байтингер, С.А. Некрылов, А.Ю. Коломийцев, В.Е. Чернявский. Томск : Сибирский издательский дом, 2001. Т. 1. 343 с. (20/6 п.л.).
11.Некрылов С.А. История становления и развития научных школ и направлений в Томском университете в дореволюционный период: учеб. пособие / под ред. С.Ф. Фоминых. Томск : Изд-во Том. ун-та, 2001. 124 с. (7,7 п.л.).
12.Некрылов С.А. Страницы истории лечебного (медицинского) факультета Сибирского государственного медицинского университета (1888-2008) / под ред. С.В. Логвинова, И.С. Малиновской, С.А. Некрылова. Томск : Иван Федоров, 2008. 288 с. (18/3,5 п.л.).
13.Некрылов С.А. Очерки по истории психиатрической помощи в городе Томске / А.И. Потапов, А.П. Агарков, М.В. Грибовский, С.А. Некрылов. Томск : Милон, 2008. 342 с. (21,38/4 п.л.).
Биографические словари и энциклопедические издания
14.Некрылов С.А. Профессора Томского университета: биогр. словарь. Вып. 1: 1888–1917 / отв. ред. С.Ф. Фоминых. Томск : Изд-во Том. ун-та, 1996. 288 с. (14/2,1 п. л.).
15.Некрылов С.А. Профессора Томского университета: биогр. словарь / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, Л.Л. Берцун, А.В. Литвинов. Томск : Изд-во Том. ун-та,1998.Т. 2. 544 с. (28,5/4 п.л.)
16.Профессора медицинского факультета Императорского (государственного) Томского университета – Томского медицинского института – Сибирского государственного медицинского университета (1878–2003) : биогр. словарь / С.Ф. Фоминых, М.В. Грибовский, Г.И. Мендрина, А.И. Венгеровский, В.В. Новицкий. Томск : Изд-во Том. ун-та, 2004. Т. 1. 378 с. (23,62/ 4,1 п.л.); Т. 2. 404 с. (25,25/4,5 п.л.).
17.Некрылов С.А. Почетные члены и доктора Томского университета (1891–2007 гг.) / С.А. Некрылов, С.Ф. Фоминых, И.Б. Делич, С.Б. Иванов и др.; под ред. Г.В. Майера, С.Ф. Фоминых. Томск : Изд-во Том. ун-та, 2008. 116 с. (14,75/4,6 п.л.).
18.Некрылов С.А. Энциклопедия Томской области : в 2 т. / Н.М. Дмитриенко, В.П. Зиновьев, Н.С. Ларьков, С.Ф. Фоминых, Э.И. Черняк, С.А. Некрылов и др. Томск : Изд-во Том. ун-та, 2008. Т. 1 : А–М. 480 с. (50,4/3,5 п.л.); 2009. Т. 2 : Н–Я. С. 465–1000 (99/4 п.л.)
Публикации в других научных изданиях
19.Некрылов С.А. Открытие юридического факультета и его деятельность в 1898– 1922 гг. / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, А.В. Литвинов, Е.В. Луков, Е.В. Акутин // Юридическое образование в Томском государственном университете : очерк истории (1898–1998 гг.). Томск, 1998. С. 6–71 (5/1 п.л.).
20.Некрылов С.А. С.И. Гессен в Томске (1917-1921 гг.) / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов // Сибирь. Философия. Образование : альманах-приложение к журналу «Образование в Сибири». Кемерово. 1998. № 2. С. 54–58 (0,4/0,2 п.л.).
21.Некрылов С.А. Материально-бытовое положение и культурная среда дореволюционной томской профессуры (на примере Императорского Томского университета) / С.А. Некрылов // Вопросы отечественной и всеобщей истории. Томск,
1999.С. 32–49 (1,2 п.л.)
22.Некрылов С.А. Формирование и развитие научных школ и направлений в Томском университете в дореволюционный период / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов // Историческая наука на рубеже веков : материалы Всерос. конф. Томск, 1999. Т. 1. С. 27– 37 (0,9/0,4 п.л.).
23.Некрылов С.А. Письма как источник по истории науки и высшего образования в Императорском Томском университете (1878-1917 гг.) / С.А. Некрылов // Историческое знание и интеллектуальная культура : материалы науч. конф., Москва, 4–6 дек. 2001 г. М., 2001. Ч. 2. С. 88–90 (0,2 п.л.).
24.Некрылов С.А. К истории издания труда П.Н. Крылова «Флора Западной Сибири» / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, А.В. Литвинов, К.В. Зленко // Krylovia : Сибирский ботанический журнал. 2001. № 1. С. 117–125 (1/0,35 п.л.)
25.Некрылов С.А. Международные связи ученых Томского университета в дореволюционный период / С.А. Некрылов // Наука и власть: научные школы и профессиональные сообщества в историческом измерении : материалы науч. конф., М., 2002. С. 35–36 (0,2 п.л.).
26.Некрылов С.А. Первый Сибирский университет / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов // Слово о земле Томской. 2002. № 1. С. 15–20 (1,2/0,6 п.л.).
27.Некрылов С.А. Первый заведующий кафедрой гистологии Императорского Томского университета Александр Станиславович Догель : (к 150-летию со дня рождения) / С.В. Логвинов, И.С. Малиновская, С.А. Некрылов, А.И. Рыжов, Д.Н. Синичев, И.Б. Павлова / Актуальные вопр. экспериментальной и клинической морфологии. Томск, 2002. Вып. 2. С. 3–10 (1,5/0,3 п.л.).
28.Некрылов С.А. Формулярные списки как источник по истории отечественной профессуры конца XIX – начала XX вв. / С.А. Некрылов // Документ в меняющемся мире : материалы Первой Всерос. науч.-практ. конф., Томск, 27–28 нояб. 2003 г. Томск, 2004. С. 253–256 (0,3 п.л.).
29.Некрылов С.А. Томск – университетский центр Азиатской России / С.А. Некрылов // Труды Том. гос. ун-та (Судьба регионального центра в России : к 400-летию г. Томска). 2005. Т. 267. С. 28–32 (0,3 п.л.).
30.Некрылов С.А. Организация учебного процесса в классическом университете: история и современность / С.А. Некрылов // Изменения в обществе и классический университет: история и современность / отв. ред. О.М. Краснорядцева, С.Ф. Фоминых. Томск, 2005. С. 10–29 (1 п.л.).
31.Некрылов С.А. Профессор кафедры финансового права Императорского Томского университета М.И. Боголепов / С.А. Некрылов, С.Ф. Фоминых // Проблемы финансов и учета : ежеквартальный научно-практический журнал. Томск. 2006. № 1. С. 68–71 (0,3/0,2 п.л.).
32.Некрылов С.А. Высшее женское образование в Сибири в начале XX века / Е.Ф. Кузьминова, С.А. Некрылов // Вопросы образования. Москва. 2006. № 3. С. 122–140 (0,5/0,2 п.л.).
33.Некрылов С.А. К истории медицинских обществ в России / А.Ю. Коломийцев, С.А. Некрылов, А.В. Недоступ // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2007. Т. 22, № 1. С. 118–122 (0,4/0,2 п.л.).
34.Некрылов С.А. Кафедра акушерства и гинекологии СибГМУ: 115 лет педагогической, научной и практической деятельности / И.Д. Евтушенко, С.А. Некрылов, В.П. Болотова, А.Ш. Махмутходжаев // Бюллетень сибирской медицины. Томск. 2007. Т. 6, № 1. С. 144–154 (1/0,3 п.л.).
35.Некрылов С.А. Профессора и студенты Императорского Томского университета в борьбе с холерной эпидемией в Томске летом 1892 г. / С.Ф. Фоминых, А.А. Иванов, С.А. Некрылов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2007. Т. 22, № 3. С. 116–119 (0,4/0,2 п.л.).
36.Некрылов С.А. Из истории Института исследования Сибири / С.А. Некрылов, С.Ф. Фоминых, Н.Г. Маркевич, С.А. Меркулов // Журналы заседаний совета Института исследования Сибири (13 ноября 1919 г. – 16 сентября 1920 г.) / сост. С.А. Некрылов, Н.Г. Маркевич, С.А. Меркулов; отв. ред. С.Ф. Фоминых. Томск, 2008. С. 5-43. (2,5/0,6 п.л.).
37.Некрылов С.А. Журналы совета Императорского Томского университета как источник по истории организации научных исследований в Томском университете (1888–1917 гг.) / С.А. Некрылов // Документ в системе социальных коммуникаций : сборник материалов III Всерос. науч.-практ. конф. с международным участием, г. Томск, 25–26 октября 2007 г. Томск, 2008. С. 230–234 (0,25 п.л.).
38.Некрылов С.А. Ординарный профессор по кафедре акушерства и гинекологии Императорского Томского университета Иван Николаевич Грамматикати и акушерско-гинекологическое общество при Императорском Томском университете / С.А. Некрылов // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2008. Т. 23, № 4, вып. 1. С. 86–88 (0,25 п.л.)
39.Некрылов С.А. Краткий очерк истории исторического факультета ТГУ / В.П. Зиновьев, С.Ф. Фоминых, Д.В. Хаминов, С.А. Некрылов // Историческому образованию в Сибири 90 лет: исторический факультет Томского государственного университета в воспоминаниях и документах / сост. Д.В. Хаминов, С.А. Некрылов. Томск, 2008. С. 8–36 (1,2/0,3 п.л.).
40.Некрылов С.А. К истории создания и деятельности музея кафедры анатомии человека Сибирского государственного медицинского университета (1888–2008 гг.) / С.А. Некрылов, Ф.В. Алябьев // Сибирский медицинский журнал. Томск. 2009. Т. 24, № 1. С. 139–144 (0,6/0,3 п.л.).