kinetic method for simulating complex biological systems. A computer model of λ phage
ontogenesis // Comput. Technologies, 2000, v.5(2), p.87-99.
2. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ратушный А.В., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В.,
Подколодная О.А. Обобщенный химико-кинетический метод моделирования генных
сетей // Мол. Биол., 2001a, т.35(6), с.1072-1079.
3. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И. О связи графа генной сети с
качественными режимами ее функционирования //Мол. Биол., 2001b, т.35(6), с.1080-1087.
4. Голубятников В.П., Лихошвай В.А. Одномерная модель развития популяции
земноводных. // Сибирский журнал индустриальной математики, 2002, т.V(1), с.53-60.
5. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A.
Computer modeling of Gene Netework: the Action of Mutation. // Brasler Memoriel Lectures.
Molecular Genenics Biophisiks and Medicine to-day. St.Peterburg, 2002, с.169-217.
6. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И. Задачи теории функционирования
генных сетей. // Сиб. Жур. Индустр. Мат., 2003, т.6; с.64-80.
7. Zagoruiko N.G., Kolchanov N.A., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A.,
Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhoshvai V.A., and Ratushny A.V. Data
Mining Techniques in Bioinformatics. // Pattern Recogn. and Image Analysis, 2003,V.13(4),
p.550–555.
8. Ратушный, А. В. Лихошвай В. А., Игнатьева Е. В., Матушкин Ю. Г., Горянин И.
И., Колчанов Н. А.. Компьютерная модель генной сети регуляции биосинтеза
холестерина в клетке: анализ влияния мутаций. //ДАН, 2003, Т.389(2), С.90–93
9. Ratushny A.V., Likhoshvai, V.A., Ignatieva, E.V., Goryanin, I.I., Kolchanov, N.A.,
Resilience of Cholesterol Concentration to a Wide Range of Mutations in the Cell. //
Complexus, 2003; v.1, p.142-148.
10. Фадеев С.И., Лихошвай В.А. О гипотетических генных сетях. // Сиб.жур. индустр.
Мат., 2003, т.6(3), c.134-153.
11. Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Демиденко Г.В., Матушкин Ю.Г. Моделирование
многостадийного синтеза вещества без ветвления уравнением с запаздывающим
аргументом // Сиб. Жур. Индустр. Мат., 2004, т.7(1), с.73-94.
12. Демиденко Г.В., Колчанов Н.А, Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И.
Математическое моделирование регулярных контуров генных сетей.// Ж. Выч. Мат. и
Математ. Физ., 2004, т.44(10), с.1921–1940.
13. Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. Sporadic Emergence Of Latent Phenotype During
Evolution // In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N.Kolchanov and R.
Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, p. 231-244
14. Likhoshvai V.A., Fadeev S.I.. Matushkin Yu.G., The Global Operation Modes Of Gene
Networks Determined By The Structure Of Negative Feedbacks // In: Bioinformatics of genome
regulation and structure. Ed. by N.Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers,
Boston/Dordrecht/London, 2004, p. 319-330.
15. Ratushny A.V., Ignatieva E.V., Likhoshvai V.A. Computer Dynamic Modeling Of The
Gene Network Controlling Intracellular Cholesterol Homeostasis // In: Bioinformatics of
genome regulation and structure. Ed. by N.Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic
Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, p. 293-301.
16. Golubyatnikov V., Likhoshvai V. and Ratushny A. Existence of Closed Trajectories in
3-D Gene Networks // J. of three dimensional images 3D forum, 2004, V.18, p.96- 101
17. Фадеев С.И., Гайнова И.А., Березин А.Ю., Ратушный А. В.,Матушкин Ю. Г.,
Лихошвай В.А. Исследование стационарных решений в моделях генных сетей методом
гомотопии // Сиб. Электр. Мат. Изв. (SEMR), 2004, T.1, c. 64-75. http://semr.math.nsc.ru/
18. Когай В.В., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. О численном исследовании авто-
колебаний в гипотетических генных сетях.// Журн. Выч. Технол., 2005, т.10(3), c.56-71.
19. Колчанов Н.А., Латыпов А.Ф., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Никуличев Ю.В.,
Ратушный А.В. Задачи оптимального управления в динамике генных сетей и методы их
решения // Изв. РАН. Теория и системы управления, 2004, №6, с.36-45
20. Демиденко Г.В., Лихошвай В.А. О дифференциальных уравнениях с
запаздывающим аргументом// Сиб. Мат. Журн., 2005, V. 46(3), p. 538–552.
21. Евдокимов А.А., Комаров А.В., Лихошвай В.А. О восстановлении структуры
дискретных моделей функционирования генных сетей // Вестник ТГУ, 2005, № 14, с. 213-
217.
22. Григоренко Е.Д., Евдокимов А.А., Лихошвай В.А., Лобарева И.А. Неподвижные
точки и циклы автоматных отображений, моделирующих функционирование генных
сетей. // Вестник ТГУ, 2005, № 14, с. 206-212.
23. Фадеев С.И., Лихошвай В.А., Штокало Д.Н. Исследование модели синтеза
линейных биомолекул с учетом обратимости процессов// Сиб. Журн. Инд. Мат., 2005,
т.8(3), c.149-162.
24. Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Ананько Е.А., Владимиров Н.В., Гунбин К.В.,
Лашин С.А., Недосекина Е.А., Николаев С.В., Омельянчук Л.В., Матушкин Ю.Г.,
Колчанов Н.А. Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический
экскурс и перспективы развития.// Инф. Вест. ВОГиС, 2005, т.9, с.232-261.
25. Likhoshvai V.A., Kogai V.V., Fadeev S.I. Self-oscillations in hypothetical gene
networks. // In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R.
Hofestaedt and L. Milanesi. Springer Science+Business Media, Inc., 2006, p. 391-404.
26. Golubyatnikov V.P., Likhoshvai V.A., Volokitin E.P., Gaidov Yu.A., Osipov A.F.
Periodic trajectories and andronov-hopf bifurcations in models of gene networks. // In:
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt and L.
Milanesi) Springer Science+Business Media, Inc., 2006, p. 405-414.
27. Likhoshvai V.A. On the problem of search for stationary points in regulatory circuits of
gene networks. // In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov,
R. Hofestaedt and L. Milanesi. Springer Science+Business Media, Inc., 2006, p. 415-420.
28. Likhoshvai V.A., Demidenko G.V., Fadeev S.I. Modeling of gene expression by the
delay equation. // In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov,
R. Hofestaedt and L. Milanesi. Springer Science+Business Media, Inc. 2006, p. 421-431.
29. Демиденко Г.В., Лихошвай В.А., Котова Т.В., Хропова Ю.Е. Об одном классе
систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом // Сиб. Мат. Журн.,
2006, т.47(1б), c.58-68.
30. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. Молекулярно-эпигенетические механизмы
возникновения биоразнообразия. // В: «Биоразнообразие и динамика экосистем:
информационные технологии и моделирование». Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин,
Н.А.Колчанов. Н: Изд. СО РАН, 2006, с. 401-411.
31. Лихошвай В.А., Северцов А.С. Групповой отбор в популяции с многолетним
жизненным циклом развития: разработка технологии построения портретных моделей на
примере популяции земноводных. // В: «Биоразнообразие и динамика экосистем:
информационные технологии и моделирование». Редакторы: В.К.Шумный, Ю.И.Шокин,
Н.А.Колчанов. Н: Изд. СО РАН, 2006, с. 368-374.
32. Ратушный А.В., Недосекина Е.А., Лашин С.А., Турнаев И.И., Владимиров Н.В.,
Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. База математических моделей молекулярно-
генетических процессов (ModelER) // Авторское свидетельство №2006620196, 2006.
33. Ратушный А.В., Лихошвай В.А. Математическое моделирование
внутриклеточного мембранного транспорта: рецептор-опосредованный эндоцитоз и
деградация липопротеинов низкой плотности // Биофизика, 2006, v.51, № 1(доп), c. 95-99.
34. Oshchepkova-Nedosekina E.A., Likhoshvai V.A. A mathematical model for the
adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis.// Theor. Biol. Med.
Model., 2007, v.4:11.
35. Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Фадеев С.И., Мелснесс Э.Д.,
Колчанов Н.А. Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне
растения. // Онтогенез, 2007, Т. 38,(6), с. 446-456.
36. Fadeev S.I., Likhoshvai V.A., Shtokalo D.N., Study of a Model of Linear Biomolecular
Synthesis with Reversible Processes. // J. Appl. Indust. Math., 2007, v.1(2), p. 178-189.
37. Likhoshvai V. and Ratushny A. Generalized Hill function method for modeling
molecular processes.// J. Bioinf. Comput. Biol., 2007, V.5(2(b)), p.521-531.
38. Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. О математическом
моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений // Сиб. Электрон. Мат.
Изв., 2008, т.5, 25-41
39. Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Исследование математической
модели авторегуляции синтеза белка Hes7. // Сиб. Ж. Инд. Мат., 2008, т.XI(1), с.131-140.
40. Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко, Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева
И.И., Фадеев С.И. Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология» (Отв.
ред. Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко), Н: Изд. СО РАН,
2008, с. 397-480.
41. Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан С.И., Недосекина-Ощепкова Е.А., Фадеев
С.И., Хлебодарова Т.М., Колчанов В.А. Методы моделирования динамики молекулярно-
генетических систем. В: «Системная компьютерная биология» (Отв. ред. Н.А.Колчанов,
С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко), Н: Изд. СО РАН, 2008a, с.333-393.
42. Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Программа
автоматической генерации математических моделей генных сетей (MGSgenerator).
Авторское свидетельство №2008611941, 2008b.
43. Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.Л., Пономарев
Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко
A.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А. Морфогенез растений: реконструкция
в базах данных и моделирование. В: «Системная компьютерная биология» (Отв. ред.
Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко). Н: Изд. СО РАН, 2008,
539-588.
44. Демиденко Г.В., Лихошвай В.А., Мудров А.В. О связи между решениями
дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных
систем дифференциальных уравнений. // Диф. Уравн., 2008, принята в печать.