1. Ранняя амплификация фрагментов генома вируса гриппа, кодирующих нуклеопротеин и неструктурный белок NS1, связана с действием белка NS1, а поздняя амплификация фрагментов, кодирующих гемагглютинин, нейраминидазу и матриксный белок, обусловлена действием белка NS2.
2. В основе индукции экспрессии гена интерферона лежит антирепрессорная модель, согласно которой лимитирующей стадией индукции промотора интерферона является удаление конститутивных репрессоров.
3. Интерферон и вирус вызывают синергическое повышение регуляции экспрессии белка Мх1, что является важным фактором противовирусной резистентности.
4. Рациональный дизайн вакцин должен учитывать как механизмы иммунитета, так и механизмы иммунопатогенеза ВИЧ-инфекции, поскольку проблемы создания вакцины против ВИЧ-1 обусловлены как высокой изменчивостью ВИЧ-1, так и его иммунопатагенными свойствами.
5. Обеспечение высоких уровней CD8+ CTL ответов можно достигнуть путем оптимизации основных стадий процессинга целевого поли-CTL-эпитопного иммуногена и представления полученных эпитопов иммунной системе.
1. Бажан С.И., Кашеварова Н.А., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А., Колчанов
Н.А. Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа.
Биофизика, 2008, т.53, №1.
2. Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан С.И. Методы моделирования динамики
молекулярно-генетических систем. В монографии: «Системная компьютерная
биология» (Отв. Ред. Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.В.
Иванисенко), Н: Изд. СО РАН, 2008, с. 333-393.
3. Bazhan S.I., Karpenko L.I., Lebedev L.R., Uzhachenko R.V., Belavin P.A., Eroshkin
A.M., Ilyichev A.A. A synergistic effect of a combined bivalent DNA-protein anti-
HIV-1 vaccine containing multiple T- and B-cell epitopes of HIV-1 proteins. Mol.
Immunol., 2008, V.45, No.3, P.661-669.
4. Karpenko L.I., Ilyichev A.A., Eroshkin A.M., Lebedev L.R., Uzhachenko R.V.,
Nekrasova N.A., Plyasunova O.A., Belavin P.A., Seregin S.V., Danilyuk N.K.,
Zaitsev B.N., Danilenko E.D., Masycheva V.I., Bazhan S.I. Combined virus-like
particle-based polyepitope DNA/protein HIV-1 vaccine design, immunogenicity and
toxicity studies. Vaccine, 2007, V.25, No.21, P.4312-4323.
5. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Ерошкин А.М., Лебедев Л.Р., Ужаченко Р.В.,
Некрасова Н.А., Плясунова О.А., Белавин П.А., Серегин С.В., Данилюк Н.К.,
Даниленко Е.Д., Зайцев Б.Н., Масычева В.И., Ильичев А.А., Сандахчиев Л.С.
Вакцина «КомбиВИЧвак», содержащая полиэпитопные В- и Т-клеточные
иммуногены ВИЧ-1 Доклады Академии наук РАН (раздел «Биохимия,
биофизика, молекулярная биология»), 2007, Т.413, №4, С.553–556.
6. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Ужаченко Р.В., Некрасова Н.А., Лебедев Л.Р.,
Агафонов А.П., Веремейко Т.А., Левагина Г.М., Даниленко Е.Д., Масычева
В.И., Богрянцева М.П., Плясунова О.А., Ильичев А.А. Различные формы
кандидатных вакцин против ВИЧ-1, несущих полиэпитопные иммуногены.
Биопрепараты. – 2006. №4. – С.8-11.
7. Бажан С.И., Карпенко Л.И., Ужаченко Р.В., Ильичев А.А. Новые направления
конструирования вакцин против ВИЧ-1. Биопрепараты, 2007, №1, С.29-31.
8. Бажан С.И. Математические модели и информационные системы в
вирусологии и иммунологии. Вестник ВОГиС. 2006, Том 9, №2, стр. 209-220.
9. Чеканова Т.А., Карпенко Л.И., Плясунова О.А., Воробьева М.С., Некрасова
Н.А., Расщепкина М.Н., Бектимиров Т.А., Бажан С.И., Ильичев А.А. Изучение
показателей индукции иммунного ответа у мышей при введении первых
отечественных экспериментальных вакцин против ВИЧ/СПИД. Физиология и
патология иммунной системы. – 2006. - №4. – С.15-19.
10. Ильичев А.А., Карпенко Л.И., Некрасова Н.А., Лебедев Л.Р., Игнатьев Г.М.,
Агафонов А.П., Белавин П.А., Серегин С.С., Данилюк Н.К., Бажан С.И.
Использование различных систем доставки ВИЧ-1 ДНК-вакцины, кодирующей
поли-ЦТЛ -эпитопный иммуноген. Вестник РАМН, 2005, №1, 41-44.
11. Bazhan S.I., Belavin P.A., Seregin S.V., Danilyuk N.K., Babkina I.N., Karpenko L.I.,
Nekrasova N.A., Lebedev L.R., Ignatyev G.M., Agafonov A.P., Poryvaeva V.A.,
Aborneva I.V., Ilyichev A.A. Designing and engineering of DNA-vaccine
construction encoding multiple CTL epitopes of major HIV-1 antigens. Vaccine,
2004, V. 22, P. 1672-1682.
12. Karpenko L.I., Nekrasova N.A., Ilyichev A.A., Lebedev L.R., Ignatyev G.M.,
Agafonov A.P., Zaitsev B.N., Belavin P.A., Seregin S.V., Danilyuk N.K., Babkina
I.N., Bazhan S.I., Comparative analysis of the immunogenicity of artificial VLP and
attenuated Salmonella strain carrying a DNA-vaccine encoding HIV-1 polyepitope
CTL-immunogen. Vaccine, 2004, V. 22, P. 1692-1699.
13. Бажан С.И., Белавин П.А., Серегин С.В., Данилюк Н.К., Бабкина И.Н.,
Карпенко Л.И., Некрасова Н.А., Лебедев Л.Р., Агафонов А.П., Игнатьев Г.М.,
Ильичев А.А., академик РАН Сандахчиев Л.С. Конструирование
искусственного иммуногена, кандидата ДНК-вакцины, кодирующей
множественные CTL-эпитопы ВИЧ-1. Доклады Академии наук, 2004, Т. 395,
№6, С. 108-110.
14. Maksyutov A.Z., Bachinskii A.G., Bazhan S.I., Ryzhikov E.A., Maksyutov Z.A.
Exclusion of HIV epitopes shared with human proteins is prerequisite for designing
safer AIDS vaccines. J. Clin. Virol., 2004, V.31 Suppl 1, P. S26-38.
15. Maksyutov A.Z., Bachinsky, Bazhan S.I., Ryzhikov E.A. Design of safe AIDS
vaccines based on the search for local similarities between HIV-1 and human
proteins. AIDS Vaccines and Related Topics (Editor: Aldar S. Bourinbaiar), Research
Singpost, 37/661 (2), Fort P.O., Trivandrum-695 023, Kerala, India, 2004, p. 47-62.
16. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Игнатьев Г.М., Лебедев Л.Р., Ильичев А.А.,
Сандахчиев Л.С. Искусственные анти-ВИЧ иммуногены и способы их доставки.
Вестник РАМН, 2003, №1, С.24-30.
17. Максютов А.З., Бачинский А.Г., Бажан С.И. Поиск в белках ВИЧ-1 районов,
локально сходных с белками человека. Применение к вакцинам. Молекулярная
биология, 2002, Т. 36, № 3, C. 447-459
18. Бажан С.И., Белова О.Е. Современные подходы к созданию вакцины против
HIV. Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы, 2000, Т.1, №2, С.
25-28.
19. Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Vatolin Yu.N., Bazhan S.I. A Generalized
chemical kinetic method for simulating complex biological systems. A computer
model of λ phage ontogenesis. Computational Technologies, 2000, Vol.5, p.87-99.
20. Bazhan S.I., Belova O.E. Interferon-induced Antiviral Resistance. A Mathematical
Model of Regulation of MX1 Protein Induction and Action. J. Theor. Biol., 1999,
Vol.198, p.375-393.
21. Климов Н.А., Ерошкин А.М., Поздняков С.Г., Веревочкин С.В., Мурашев Б.В.,
Котов А.Ю., Пигарева Н.В., Симбирцев А.С., Романович А.Э., Бажан С.И.,
Щелкунов С.Н., Козлов А.П. Сравнительные испытания новых иммуногенов и
способов их доставки на мелких лабораторных животных. Аллергия, астма и
клиническая иммунология, 1999, №9, с.110-113.
22. Бажан С.И., Белова О.Е. Молекулярно-генетические аспекты индукции и
противовирусного действия интерферона. Вестник РАМН, 1998, №3, с. 18-24.
23. Бажан С.И., Белова О.Е. Математическое моделирование регуляции синтеза и
противовирусного действия интерферонстимулируемого белка Мх1.
Молекулярная биология, 1997, Том 31, №6, с.1071-1081.
24. Ананько Е.А., Бажан С.И., Белова О.Е., Кель А.Э. Механизмы регуляции
транскрипции интерферон-индуцируемых генов: Описание в информационной
системе IIG-TRRD. Молекулярная биология, 1997, Том 31, №4, с.701-713.
25. Bazhan S.I., Likhoshvay V.A., Belova O.E. Theoretical analysis of the regulation of
interferon expression during priming and blocking. Journal of Theoretical Biology,
1995, V.175, P.149-160.
26. Belova O.E., Likhoshvai V.A., Bazhan S.I., Kulichkov V.A. Computer system for
investigation and integrated description of molecular-genetic system regulation of
interferon induction and action. 1995, Comput. Appl. Biosci. V.11, N.2, P.213-218.
27. Belova, O.E., Likhoshvai, V.A., Bazhan, S.I., Kulichkov, V.A. Integrated
Knowledge Base for Description and Investigation of Biological Systems. In:
Proceedings of Japan-CIS Symposium on Knowledge Based Software
Engineering´94. (Ueno, H. & Stefanuk, V.L., eds), Japan: ISSHINSHA, Ltd, 1994,
P.221-224.
28. Belova, O.E., Likhoshvai, V.A., Bazhan, S.I. The Knowledge-Base System for
Investigation of Regulation and Functioning of Molecular-Genetic Systems In:
Proceedings of EWHCI´94 (The East-West International Conference on Human-
Computer Interaction, St. Petersburg, 2-6 August, 1994), V.2, P.115-118.
29. Бажан С.И., Лихошвай В.А., Белова О.Е. Теоретический анализ возможных
механизмов индукции интерферона при прайминге и блокинге. Бюллетень
экспериментальной биологии и медицины, 1993, Т.116(CXVI), №9, С.279-283.
30. Likhoshvai V.A., Bazhan S.I., Belova O.E. Mathematical modelling of molecular
genetic system regulation of the interferon induction and antiviral action. In
"Modelling and computer methods in molecular biology and genetics" (Reports of
International Conference, Novosibirsk, August 28-September, 1990), Ed. by
V.A.Ratner and N.A.Kolchanov, Nova Science Publishers, Inc., New York, 1992, p.
293-299.
31. Чуйков В.В., Бажан С.И., Куличков В.А. Математическая модель регуляции
системы противовирусного иммунитета. Кибернетика и системный анализ,
1992, №2, С.154-164.
32. Chuykov V.V., Bazhan S.I., Kulichkov V.A. AIDS and AIDS vaccine. Analisys of
vaccination perspective for struggle against infection induced by human
immunodeficiency virus (HIV): Mathematical model. "Modelling and computer
methods in molecular biology and genetics" (Reports of International Conference,
Novosibirsk, August 28-September, 1990), Ed. by V.A.Ratner and N.A.Kolchanov,
Nova Science Publishers, Inc., New York, 1992, p. 301-308.
33. Chuykov V.V., Bazhan S.I., Kulichkov V.A. Mathematical modelling of antiviral
immune response regulation. I. Conceptual description of the modelled processes.
Folia Biologica (Praga), 1991, V.37, P.1-9.
34. Chuykov V.V., Bazhan S.I., Kulichkov V.A. Mathematical modelling of antiviral
immune response regulation. II. Mathematical formalization of the modelled
processes. Imitation of acute course of hepatitis B. Folia Biologica (Praga), 1991,
V.37, P.10-20.
Патенты
1. Бажан С.И., Белавин П.А., Серегин С.В., Бабкина И.Н., Данилюк Н.К.,
Сандахчиев Л.С. Искусственный белок-иммуноген TCI, содержащий
множественные CTL-эпитопы основных антигенов ВИЧ-1, искусственный ген
TCI, кодирующий полиэпитопный белок-иммуноген TCI. Патент РФ №2238946.
Заявка на изобретение №2002110800. Приоритет от 22.04.02 г.
2. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Некрасова Н.А., Белавин П.А., Данилюк Н.К.,
Серегин С.В., Бабкина И.Н., Игнатьев Г.М., Агафонов А.П., Бойченко М.Н.,
Воробьев А.А., Ильичев А.А., Сандахчиев Л.С. Рекомбинантная плазмидная
ДНК pcDNA-TCI, обеспечивающая экспрессию искусственного гена TCI в
клетках эукариот, и рекомбинантный аттенуированный штамм бактерий
Salmonella enteritidis E-23/pcDNA-TCI как кандидат для конструирования живой
ДНК-вакцины против вируса иммунодефицита человека. Патент РФ № 2248396.
Заявка на изобретение №2003111095. Приоритет от 17.04.03 г.
3. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Лебедев Л.Л., Некрасова Н.А., Белавин П.А.,
Серегин С.С., Данилюк Н.К., Ерошкин А.М., Ильичев А.А.. Рекомбинантная
вакцина против вируса иммунодефицита человека 1 типа. Патент РФ №2317107.
Заявка на изобретение №2006100808. Приоритет от 10.01.06 г.