2. Малахова М.В., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Шутько С.А., Дудина К.Р., Знойко О.О., Климова Е.А., Ющук Н.Д. Масс-спектрометрическое генотипирование вируса гепатита В. // Бюлл. Экспер. Биол. мед. – 2009. – Т. 147. – № 2. – С. 181 - 187.
3. Ильина Е.Н., Говорун В.М. Масс-спектрометрия нуклеиновых кислот в молекулярной меди-цине. // Биоорганическая химия. – 2009. – Т. 35. – №. 2. – C. 149 - 164.
4. Владимиров Г.Н., Кононихин А.С., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Николаев Е.Н. Точное изме-рение масс продуктов полимеразно-цепной реакции как метод генотипирования. // Труды МФТИ. – 2009. – Т. 1. - № 1. – C. 36 – 40.
5. Ilina EN, Borovskaya AD, Malakhova MM, Vereshchagin VA, Kubanova AA, Kruglov AN, Svistu-nova TS, Gazarian AO, Maier T, Kostrzewa M, Govorun VM. Direct bacterial profiling by matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry for identification of pathogenic Neisseria. // J Mol Diagn. – 2009. – V. 11 – No 1. – P. 75 - 86.
6. Ilina E., Shitikov E., Borovskaya A., Maier T., Kostrzewa M., Govorun V. Comparative application of modern molecular methods for Neisseria gonorrhoeae typing. // P135 in Abst. book of 16th Inter-national Pathogenic Neisseria Conference. – 2008. – Rotterdam – P. 203.
7. Ilina E., Borovskaya S., Sidorenko S., Kubanova A., Maier T., Kostrzewa M., Govorun V. A mass spectrometry based approach for Neisseria gonorrhoeae species identification. // Abst. 18th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases and 26th International Congress of Che-motherapy. – 2008. – Barselona.– O. 178.
8. Afanas`ev MV, Ilina EN, Smirnova TG, Larionova EE, Kuz’min AV, Andreevskaya SN, Chernou-sova LN, Govorun VM. MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis strains from Cen-tral region of Russia. // Abst. 18th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Dis-eases and 26th International Congress of Chemotherapy. – 2008. – Barselona. – P. 1559.
9. Ikryannikova LN, Shitikov EA, Zhivankova DG, Il´ina EN, Edelstein MV, Govorun VM. A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae. // J Microb Meth. – 2008. – V. 75 – No 3. – P. 385-91.
10. Ilina E.N., Vereshchagin V.A., Borovskaya A.D., Malakhova M.V., Sidorenko S.V., Al-Khafaji N.C., Kubanova A.A., Govorun V.M. Relation between Genetic Markers of Drug Resistance and Susceptibility Profile of Clinical Neisseria gonorrhoeae Strains. // Antimicrob Agents Chemother. – 2008. – V. 52. – No. 6 – P. 2175-2182.
11. Reinert RR, Filimonova OY, Al-Lahham A, Grudinina SA, Ilina EN, Weigel LM, Sidorenko SV. Mechanisms of macrolide resistance among Streptococcus pneumoniae isolates from Russia. // An-timicrob Agents Chemother. – 2008. – V. 52. – No. 6 – P. 2260 - 2262.
12. Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Филимонова О.Ю., Грудинина С.А., Сидоренко С.В. Применение метода MALDI-TоF масс-спектрометрии для анализа гене-тически детерминированной устойчивости S.pneumoniae к фторхинолонам. //Антибиот. Хи-миотер. – 2007.- Т. 52. – № 1 - 2. – С. 10 – 17.
13. Мудрак Д.Е., Икрянникова Л.Н., Сидоренко С.В., Ильина Е.Н. Изучение распространенности и молекулярных механизмов антибактериальной резистентности у грамотрицательных возбу-дителей нозокомиальных инфекций в стационарах Москвы и Перми. // Антибиот. Химиотер. - 2007.- Т. 52. – № 7 - 8. – С. 10-16.
14. Afanas´ev MV, Ikryannikova LN, Il´ina EN, Sidorenko SV, Kuz´min AV, Larionova EE, Smirnova TG, Chernousova LN, Kamaev EY, Skorniakov SN, Kinsht VN, Cherednichenko AG, Govorun VM. Molecular characteristics of rifampicin- and isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Russian Federation. // J Antimicrob Chemother. – 2007. – V. 59. – No. 6. – P. 1057 - 1064.
15. Vereshchagin V., Ilina E., Atroshkina M., Serebryakova M., Maier T., Kostrzewa M., Govorun V. A new mass-spectrometric approach to antibacterial susceptibility testing. // Abst. 17th European Con-gress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases and 25th International Congress of Chemo-therapy. – 2007. – Munich – P. 1648.
16. Ikryannikova LN, Afanas´ev MV, Akopian TA, Il´ina EN, Kuz´min AV, Larionova EE, Smirnova TG, Chernousova LN, Govorun VM. Mass-spectrometry based minisequencing method for the rapid detection of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. // J Microb Meth. – 2007. – V. 70. – No. 3. – P. 395 - 405.
17. Ильина Е.Н., М.В. Малахова, В.А. Верещагин, В.М. Говорун, Т.В. Припутневич, А.А. Куба-нова. Прямая оценка параметров лекарственной устойчивости гонококка. // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. – 2007. – Т. 144, - № 8. – C. 194 - 197.
18. Афанасьев М.В., Икрянникова Л.Н., Ильина Е.Н., Смирнова Т.Г., Ларионова Е.Е., Кузьмин А.В., Черноусова Л.Н., Камаев Е.Ю., Скорняков С.Н., Киншт В.Н., Чередниченко А.Г., Гово-рун В.М. Применение реакции мини-секвенирования с последующим MALDI-TOF масс-спектрометрическим анализом для оценки устойчивости к рифампицину и изониазиду штам-мов Mycobacterium tuberculosis // Пробл. Тубер. Болезн. Легких. - 2007. - № 7. - C. 37 - 42.
19. Плахова К.И., Гомберг М.А., Атрошкина M.E., Ильина Е.Н., Говорун В.М. Идентификация микробного состава выделений из влагалища методами генодиагностики. // Вест. Дермат. Ве-нерол. – 2007. – № 6. – C. 9 - 13.
20. Плахова К.И., Гомберг М.А., Атрошкина М.Е., Ильина Е.Н., Говорун В.М. Роль Atopobium vaginae при рецидивировании бактериального вагиноза // Вест. Дермат. Венерол. - 2007. – № 5. – C. 10 - 13.
21. Боровская А.Д., Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Припутневич Т.В., Аль-Хафаджи Н., Кубанова А.А. Анализ вклада молекулярных механизмов в формирование устойчивости гонококка к тетрациклину. // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. – 2007. – Т. 144. – № 3. – С. 432 - 437.
22. Малахова М.В., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М., Зубков М.М., Припутневич Т.В., Кисина В.И., Кубанова А.А. Анализ генетических маркеров резистентности N. gonorrhoeae к -лактамным антибиотикам. // Бюлл. Экспер. Биол. Мед. – 2006. – Т. 141. – № 5. – С. 549 - 554.
23. Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.А. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N.gonorrhoeae. // Вест. Дермат. Венерол. – 2006. – № 5. – C. 25 - 29.
24. Ильина Е.Н., Малахова М.В., Генерозов Э.В., Говорун В.М., Арчаков А.И., Покровский В.И. Масс-спектрометрический анализ для типирования вируса гепатита C. // Биомед. химия. – 2005. – Т. 51. – № 1. – С. 41 - 47.
25. Момыналиев К.Т., Cелезнева О.В., Козлова А.А., Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Говорун В.М.. А2144G – основная мутация в гене 23S rRNA Helicobacter pylori, ассоциированная с ус-тойчивостью к кларитромицину // Генетика. – 2005. – Т.41. – №10. – С. 1338 - 1344.
26. Ильина Е.Н., Малахова М.В., Степанова Ю.Н., Кубанова A.A., Говорун В.М. Идентификация бактериальной флоры c применением технологии днк-макрополей. // Мол. Медицина. – 2005. – № 2. – C. 41 - 45.
27. Ilina EN, Malakhova MV, Generozov EV, Nikolaev EN, Govorun VM. Matrix-Assisted Laser De-sorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry for Hepatitis C Virus Genotyping. // J Clin. Microbiol. – 2005. – Vol. 43. – No. 6. – P. 2810 – 2815.
28. Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Зубков М.М., Припутневич Т.В., Кубанова А.А., Говорун В.М. Использование MALDI-TOF масс-спектрометрии для выявления в генах gyrA и parC Neisseria gonorrhoeae однонуклеотидных замен, определяющих формирование устойчивости к фторхи-нолонам // Мол. Биол. – 2005. – Т. 39. - № 6. – С. 923 - 932.
29. Верещагин В.А., Ильина Е.Н., Малахова М.В., Зубков М.М., Сидоренко С.В., Кубанова А.А., Говорун В.М. Устойчивость к фторхинолонам среди Российских изолятов Neisseria gonorrhoeae // Мол. Ген. Микробиол. Вир. – 2005 – № 1. – С. 23 - 27.
30. Vereshchagin V.A., Ilina E.N., Malakhova M.V., Zubkov M.M., Sidorenko S.V., Kubanova A.A., Govorun V.M. Fluoroquinolone-resistant Neisseria gonorrhoeae isolates from Russia: molecular mechanisms implicated // J. Antimicrob. Chem. – 2004. – Vol. 53. – P. 653 – 656.
31. А.А. Кубанова, М.М. Васильев, В.М. Говорун, О.А. Терман, Е.Н. Ильина, Т.В. Припутневич. Современные подходы к типированию штаммов N.gonorrhoeae. // Вест. Дермат. Венерол. – 2004. – № 1. – C. 4 - 8.
32. Ильина Е.Н. Особенности генодиагностики трансфузионных вирусных гепатитов. // Гепатология, приложение к журналу Экспер. Клин. Гастроэнтер. – 2003. – № 1. – C. 28 – 36.
33. Ильина Е.Н., Малахова М.В., Верещагин В.А., Говорун В.М., Сергиенко В.И., Зубков М.М., Васильев М.М., Кубанова А.А. Молекулярное типирование штаммов N. gonorrhoeae, распро-страненных на территории РФ // Бюлл. экспер. биол. мед. – 2003. – Т. 136. – № 8. – С. 205-208.
34. Ильина Е.Н., Говорун В.М., Иваников И.О. Некоторые аспекты лабораторной диагностики вирусных гепатитов В и С. Обзор. // Тер. архив. – 2003. – T. 75. – № 4. – C. 84 - 86.
35. Ильина Е.Н., Говорун В.М., Климова Е.А., Гаджикулиева М.М., Ющук Н.Д. Изменчивость ге-нома вируса гепатита С при лабораторном мониторинге больных острым вирусным гепати-том. // Росс. Журн. Гастроэнтер. Гепат. Колопроктол. – 2002. – № 1. – C. 30 – 37.
36. Ильина Е.Н., Артемов Е.К., Говорун В.М., Иванова Л.М., Иваников И.О. Генотипирование РНК вируса гепатита С аллельспецифичной амплификацией. // Кремлевская Медицина. Кли-нический вестник. – 2002. – № 1. – C. 38 – 41.
37. Ющук Н.Д., Знойко О.О., Климова Е.А., Огиенко О.Л., Говорун В.М., Гущин А.Е., Ильина Е.Н. Роль персистенции HCV в плазме и лейкоцитах при хронической HCV инфекции. // Росс. Журн. Гастроэнтер. Гепат. Колопроктол. – 2000. – № 4. – C. 59 - 64.
38. Ильина Е.Н., Гущин А.Г., Говорун В.М., Знойко О.О., Климова Е.А., Ющук Н.Д. Новый под-ход в генотипировании вируса гепатита С. // Эпидем. Инфекц. Болезни. – 1999. – № 5. – C. 23-26.
39. Ющук Н.Д., Климова Е.А., Гаджикулиева М.М., Кареткина Г.Н., Говорун В.М., Гущин А.Е., Ильина Е.Н., Соколова М.В., Елисеева И.Я., Чешик Д.С., Малышев Н.А. Распространенность маркеров герпесвирусных инфекций у больных парентеральными гепатитами. // Росс. Журн. Гастроэнтер. Гепат. Колопроктол. – 1999. – № 5. – C. 36 - 41.