- Сконструированая плазмида pPhoA-frame позволяет с помощью простого хромогенного теста выявлять целостность рамок трансляции клонированных в этой плазмиде фрагментов ДНК. Данная плазмида может быть использована для анализа целостности рамок трансляции во фрагментах гена BRCA1.
- Разработанные методы анализа мутаций в генах BRCA1, BRCA2, BARD1 и BRIP1 на основе аллель-специфичной ПЦР в режиме реального времени с использованием пулирования ДНК позволяют анализировать мутации в крупных выборках.
- Носителями онкологически значимой мутации BRCA1 5382insC в г.Новосибирске являются 0,25% населения, а мутации BRCA1 T300G - 0,05% населения. Среди больных РМЖ мутация BRCA1 5382insC встречается у 2,5% пациентов, а мутация BRCA1 T300G - у 0,35% пациентов.
- Мутации BRCA1 185delAG, 1675delA, 4153delA, 4184del4, BRCA2 6174delT в неселектированной выборки жителей г.Новосибирска встречаются крайне редко - менее, чем у 0,02% населения.
- Разработанный метод анализа амплификации гена HER2/neu в клетках опухоли при РМЖ с использованием ПЦР в режиме реального времени может быть использован для детального анализа амплификации фрагментов ДНК в клетках опухоли.
- В клетках опухолей при раке молочной железы границы амплификации фрагмента ДНК, содержащего ген HER2/neu варьируют, при этом в ряде случаев границы амплификации совпадают с сайтами высокой торсионной напряженности ДНК.
1. Gutkina NI, Varlakhanova NV, Lysova MV, Kovalenko SP Limitations on the recombinant plasmid selection by Lac+/Lac- colony phenotype detection // Biochemical and Biophysical Research communications – 2002. - V.298 -P.37-40.
2. Anisimenko MS, Mitrofanov DV, Chasovnikova OB, Voevoda MI, Kovalenko SP. BRCA1 gene mutations frequency estimation by allele-specific real-time PCR of pooled genomic DNA samples // Breast. – 2013. – V. 22 (4). – P. 532–536.
3. Sokolenko AP, Voskresenskiy DA, Iyevleva AG, Bit-Sava EM, Gutkina NI, Anisimenko MS, Kovalenko SP, Sherina NYu, Mitiushkina NV, Ulibina YuM, Yatsuk OS, Zaitеseva OA, Suspitsin EN, Togo AV, Semiglazov VF, Imyanitov EN. Large family with both parents affected by distinct BRCA1 mutations: implications for genetic testing // Human Hereditary cancer in Clinical Practice – 2009. - V. 7 (2) – P.1 –
4. Iyevleva AG, Suspitsin EN, Kroeze K, Gorodnova TV, Sokolenko AP, Buslov KG, Voskresenskiy DA, Togo AV, Kovalenko SP, Stoep NV, Devilee P, Imyanitov EN. Non-founder BRCA1 mutations in Russian breast cancer patients// Cancer Letters – 2010. - V. 298(2) - P.258-263.
5.Гуткина Н.И., Гайдамакова Е.К., Варлаханова Н.В., Коваленко С.П. Возможность использования слитых белков для детекции мутаций сдвига рамки в гене BRCA1 // Молекулярная генетика, микробиология, вирусология – 2002. - Т.1 - C.31-36.
6.В.В. Ляхович, В.А. Вавилин, А.Ю. Гришанова, Л.Ф. Гуляева, Коваленко С.П. Геномная медицина и новые подходы к диагностике и лечению онкозаболеваний // Бюллетень Сибирского отделения РАМН - 2004. - № 2. – С. 20-26.
7.Ляхович В.В., Вавилин В.А., Гришанова А.Ю., Макарова С.И., Коваленко С.П. Фармакогенетика и современная медицина // Вестник РАМН. – 2004. - № 10. – С. 40-45.
8.Васильева С.В., Красноусова Е.Е., Донина А.А., Абрамова Т.В., Жданова Л.Г., Коваленко С.П., Сильников В.Н. Синтез флюоресцентно меченных олигонуклеотидов, несущих метку в положении 2 модифицированных аденозина и арабиноаденозина // Известия Российской Академии Наук, серия химическая – 2006. - №9. - C. 1618 – 1624.
9.Маценко Н.Ю., Коваленко С.П. Анализ дозы гена her2 методом ПЦР с использованием внутреннего стандарта в образцах ткани опухоли молочной железы человека // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология – 2006. - №1 - C.34-38.
10.Маценко Н.Ю., Рыжикова В.С., Коваленко С.П. Сравнение SYBR Green I и TaqMan форматов ПЦР в реальном времени для анализа дозы гена her2 в опухолях молочной железы человека // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины – 2008. - Т. 145, №2 - C. 201-205.
11.Митрофанов Д.В., Часовникова О.Б., Королева Л.С., Сильников В.Н., Жданова Л.Г., Коваленко С.П. Оценка частоты встречаемости мутации 735G→A в сайте сплайсинга интрона 14 гена дигидропиримидиндегидрогеназы (DPYD) с помощью флуоресцентно-меченных олигонуклеотидов среди жителей Новосибирской области // Генетика – 2008. – Т. 44, №12. - С. 1-8.
12. Часовникова О.Б., Коваленко С.П., Митрофанов Д.В., Маценко Н.Ю., Сидоров С.В., Францкевич О.З., Ляхович В.В. Молекулярно-генетический анализ как инструмент современной онкологии // Бюллетень Сибирского отделения РАМН – 2008. - №4 (132). - C. 29-35.
13.Соколенко А.П., Розанов М.Е., Митюшкина Н.В., Шерина Н.Ю., Иевлева А.Г., Чекмарева Е.В., Буслов К.Г., Шилов Е.С., Того А.В., Бит-Сава Е.М., Воскресенский Д.А., Чагунава О.Л., Коваленко С.П., Трофимов Д.Ю., Devilee Р., Cornelisse С., Семиглазов В.Ф., Имянитов Е.Н. Наследственные мутации при ранних, семейных и билатеральных формах рака молочной железы у пациенток из России // Сибирский онкологический журнал – 2008. - №3, С. 43- 49.
14.Митрофанов Д.В., Часовникова О.Б., Коваленко С.П., Ляхович В.В. Метод выявления мутации 5382insC в гене BRCA1 человека с помощью флуоресцентно меченных олигонуклеотидов // Молекулярная биология – 2009. - Т. 43, №6. - C. 999- 1005.
15.Часовникова О.Б., Митрофанов Д.В., Коваленко С.П., Демченко Д.О., Сидоров С.В., Францкевич О.З. Анализ встречаемости девяти мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 у больных раком молочной железы в Сибирском регионе // Сибирский онкологический журнал - 2010. - №5 (41). - C. 31-35.
16.Коростышевская А.М., Коваленко С.П., Гуляева Л.Ф. Возможности магнитно-резонансной томографии в наблюдении за носителями BRCA мутаций и диагностике рака молочной железы // Сибирский онкологический журнал - 2011. - №3 (45) - C. 58-63.
17.Максютов А.З., Бакулина А.Ю., Гуткина Н.И., Коваленко С.П. Введение чужеродных пептидов в поверхностные петли щелочной фосфатазы // Молекулярная биология – 2012. - Т.46 №2. - C. 1-9.
18.Гуткина Н. И., Богачев В. В., Коваленко С.П. Выявление нонсенс мутаций и мутаций сдвига рамки считывания в гене BRCA1 с использованием нового плазмидного вектора pPhoA frame // Молекулярная биология – 2012. - Т.46, №4. - C. 1-7.
19.Часовникова О. Б., Митрофанов Д. В., Анисименко М. C., Воевода М. И., Коваленко С.П., Ляхович В. В. Анализ распространенности мутаций BRCA1 5382insC и CHEK2 1100delC у жителей сибирского региона // Генетика – 2012. - Т. 48, № 6 - C. 768 – 772.
20.Маценко Н. Ю., Коваленко С.П. Cтруктурные особенности ДНК на границах ампликонов при амплификации гена ERBB2 в клетках опухоли рака молочной железы // Молекулярная биология – 2013.- Т.47, №5. - C.818-827.
Статьи в сборниках
1.Коваленко С.П., Масленников А.Б. Наследственные формы рака молочной железы // Актуальные вопросы современной медицины: Сб. научн. трудов – Новосибирск. – 2001. - C. 43-44.
2.Коваленко С.П. Молекулярно-биологические подходы в диагностике и лечении рака молочной железы Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике: Сб. научн. трудов – Новосибирск. – 2002. - С. 53-58.
3.Коваленко С.П. Персонифицированный подбор лекарственных препаратов при онкологических заболеваниях Молекулярно-биологические технолоии в медицинской практике: Сб. научн. трудов – Новосибирск. – 2003. - С. 158-165.
4.Коваленко С.П. Молекулярно-биологические технологии в современной онкологии Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике: Сб. научн. трудов – Новосибирск. – 2006. - С. 24-28.
5.Маценко Н.Ю. , Коваленко С.П. Амплификация фрагментов, содержащих ген HER2/neu при раке молочной железы. Сб. трудов конференции с международным участием «Молекулярная онкология». – Новосибирск. – 2008. - С. 44-45.
6.Анисименко М.С., Митрофанов Д.В., Воевода М.И., Максимов В.Н., Ромащенко А.Г., Коваленко С.П. Анализ встречаемости мутаций 735 G/A гена DPYD человека методом ПЦР в реальном времени на пулированной ДНК Сб. трудов конференции с международным участием «Молекулярная онкология». – Новосибирск. – 2008. - С. 69-70.
7.Часовникова О.Б., Митрофанов Д.В., Сидоров С.В., Францкевич О.З., Демченко Д.О., Коваленко С.П. Анализ встречаемости девяти основных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 у больных раком молочной железы Сб. трудов конференции с международным участием «Молекулярная онкология». Новосибирск. – 2008. - С. 116-117.
8.Гуткина Н.И. Богачев В.В., Коваленко С.П. Возможность использования слитых белков для анализ непрерывности рамок трансляции во фрагментах гена brca1. Сб. трудов конференции с международным участием «Молекулярная онкология». Новосибирск. – 2008. - С. 114-115.
9.Митрофанов Д.В, Часовникова О.Б., Коваленко С.П. Выявление мутации 5382insC гена BRCA1 помощью анализа флюоресценции в конечной точке ПЦР Сб. трудов. конференции с международным участием «Молекулярная онкология». – Новосибирск.- 2008.- С. 138-139. 10. Маценко Н.Ю., Коваленко С.П. Полиморфизм длин фрагмента хромосомы 17 в районе сайта высокой флексибильности ДНК на границе ампликонов, включающих ген HER2/neu, при раке молочной железы Сб. трудов. конференции с международным участием «Молекулярная онкология». – Новосибирск. – 2008. - С. 132-133.
11.Анисименко М.С. , Часовникова О.Б. , Митрофанов Д.В. , Коваленко С.П., Францкевич О.З. , Демченко Д.О. , Чердынцева Н.В. , Ляхович В.В. Распространенность онкологически значимых мутаций среди жителей г.Новосибирска Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике: Сб. научн. трудов – Новосибирск. – 2010. - С. 143-149.
Учебно-методические пособия
1. Маценко Н.Ю., Коваленко С.П. Гиперэкспрессия онкогена HER2/neu в опухолевых клетках - молекулярные механизмы, технологии анализа, прогностическая значимость. Учебно-методическое пособие 48 стр., Изд. РИЦ НГУ, Новосибирск, 2006.
Тезисы конференций
1.Коваленко С.П., Маценко Н.Ю. Анализ дозы гена her2 методом ПЦР с использованием внутреннего стандарта в образцах ткани опухоли молочной железы человека // Тезисы докл. VIII Российского онкологического конгресса, Москва. – 2004. - С. 198.
2.Коваленко С.П., Маценко Н.Ю. Анализ границ амплификации района, содержащего ген ERBB2, при раке молочной железы // Вопросы онкологии. – 2006. - Т. 52, № 1. – С. 23.
3.Matsenko N.Yu., Kovalenko S.P. Possible participation of fragile sites in her2/neu gene amplification on 17q12-21 chromosome in breast cancer // European Journal of Cancer. – 2007. - Vol.5, No 4, Supplement. - P.102.
4. Маценко Н.Ю., Коваленко С.П. Анализ участия фрагильных сайтов в перестройках хромосомы 17, ведущих к амплификации гена HER2/neu при раке молочной железы // Вопросы онкологии. – 2007. - Т. 53, №1. -С. 19.
5. Маценко Н.Ю., Коваленко С.П. Анализ хромосомных перестроек, приводящих к гиперэкспрессии онкогена HER2/neu при раке молочной железы // Тезисы докл. XI Российского онкологического конгресса. -Москва. – 2007. - С. 58.
6.Коваленко С.П., Гуткина Н.И., Богачев В.В., Бакулина А.Ю., Максютов А.З. Рациональный дизайн при встройке чужеродных полипептидов в щелочную фосфатазу E.coli // Тезисы докл. IV съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. – Новосибирск. – 2008. - С. 384.
7.Гуткина Н.И. , Коваленко С.П. Анализ непрерывности рамок трансляции во фрагментах гена brca1 с помощью конструирования рекомбинантных плазмид // Вопросы онкологии. – 2008. – Т. 54 (1). – С. 27.
8.Анисименко М.С., Митрофанов Д.В., Коваленко С.П. Использование пулированной ДНК для определения частот встречаемости онкологически значимых мутаций среди жителей г.Новосибирска // Сибирский онкологический журнал. 2009. - № 2. - С. 14.
9.Анисименко М.С., Митрофанов Д.В., Коваленко С.П. Использование пулированной ДНК для определения встречаемости онкологически значимых мутаций // Вопросы онкологии. – 2009. - Т. 55, №2. - С. 3.
10.Маценко Н.Ю. ., Коваленко С.П. Полиморфизм длин фрагментов ДНК на границе HER2/neu ампликона // Вопросы онкологии. – 2009. -Т. 55, №2. - С. 26.
11.Маценко Н.Ю. ., Коваленко С.П. Необычная структура ДНК на границе HER2/neu ампликона // Сибирский онкологический журнал. -2009, приложение №2. - С. 134.
12. Matsenko N., Kovalenko S.P. Prediction and prognostic value of gene amplification in breast cancer cells // 2011 In vitro Diagnostic Technologies and Industry Development Summit Proceedings, June 18-20. - Shanghai, China. – 2011. – P. 34.
Патенты
1.Патент 2506315 РФ. Плазмидный вектор и способ выявления нонсенс-мутаций и мутаций сдвига рамки считывания в гене Brca1/ Н.И. Гуткина, С.П. Коваленко// Бюлл. – 2014. - №4.
2.Патент 2473700 РФ. Способ выявления мутаций Brca1 5382insC и Cнеk2 1100delC / Анисименко М.С., Коваленко С.П. // Бюлл. – 2013. - №3