- Фармакологическая индукция Р450 сопровождается увеличением содержания белковых компонентов монооксигеназной системы; шаперонов, вовлеченных в фолдинг белков монооксигеназной системы; антиоксидантных ферментов (каталаза, СОД, пероксидазы и др.) и белков, выполняющих гомеостатические и метаболические функции клетки.
- В сборке функционально активного холофермента Р450 участвуют эндогенный восстановленный глутатион и шаперон GRP94.
- Увеличение содержания антиоксидантных ферментов в ходе индукции является компенсаторным ответом клетки на повышение концентрации активных форм кислорода (АФК), которые генерируются в результате разобщения монооксигеназных реакций, катализируемых CYP2B.
- В реконструированной монооксигеназной системе взаимодействие цитохрома CYP2B с АФК приводит к химической модификации трех из четырех остатков цистеина цитохрома и образованию белковых агрегатов. Данные модификации являются сигналом для протеаз, ответственных за деградацию белков надсемейства.
- Катаболизм CYP2В в модельных дрожжевых системах включает протеасомный либо вакуольный (лизосомный) пути протеолитической деградации. В дрожжах, дефицитных по вакуольным (лизосомным) ферментам скорость деградации CYP2B значительно снижается. При внесении мутаций в первичную структуру CYP2B скорость его деградации значительно увеличивалась за счет вовлечения протеасомных ферментов в этот процесс.
2.Згода В.Г., Карузина И.И., Арчаков А.И. Самоинактивация цитохрома Р-450 2В4 в ходе каталитического цикла в монооксигеназной реконструированной системе // Вопросы медицинской химии. 1997. Т. 43(4). C.217-225.
3.Арчаков А.И., Згода В.Г., Карузина И.И. Окислительная модификация цитохрома Р450 и других макромолекул в процессе их обновления // Вопросы медицинской химии. 1998. Т. 44, №1. C.3-27.
4.Archakov A.I., Lisitsa A.V., Zgoda V.G., Ivanova M.S., Koymans L. Clusterization of P450 superfamily using the objective pair alignment method and the UPGMA program // Journal of Molecular Modeling . 1998. V. 4, №7. P.234-238
5.Karuzina I.I., Zgoda V.G., Kuznetsova G.P., Samenkova N.F., Archakov A.I. Heme and apoprotein modification of cytochrome P450 2B4 during its oxidative inactivation in monooxygenase reconstituted system // Free Radic Biol Med. 1999. V. 26(5-6). P.620-632.
6.Zgoda V.G., Arison B., Mkrtchian S., Ingelman-Sundberg M., Correia M.A. Hemin-mediated restoration of allylisopropylacetamide-inactivated CYP2B1: a role for glutathione and GRP94 in the heme–protein assembly // Arch Biochem Biophys – 2002. V. 408(1). P.58-68.
7.Archakov A.I., Karuzina I.I., Petushkova N.A., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. Production of carbon monoxide by cytochrome P450 during iron-dependent lipid peroxidation // Toxicol In Vitro. 2002. V.16(1). P.1-10.
8.Murray B.P., Zgoda V.G., Correia M.A. Native CYP2C11: heterologous expression in Saccharomyces cerevisiae reveals a role for vacuolar proteases rather than the proteasome system in the degradation of this endoplasmic reticulum protein // Mol Pharmacol. 2002. V. 61(5). P.1146-1153.
9.Xue L., Zgoda V.G., Arison B., Correia M.A. Structure-function relationships of rat liver CYP3A9 to its human liver orthologs: site-directed active site mutagenesis to a progesterone dihydroxylase // Arch Biochem Biophys. 2003. V. 409(1). P.113-126.
10.Арчаков А.И., Канаева И.П., Петушкова Н.А., Згода В.Г., Лисица А.В., Карузина И.И. Создание протеомных карт белков микросом клеток печени и лимфоцитов крови мышей с целью разработки новых диагностических тестов // Аллергия, астма и клиническая иммунология. 2003. Т. 7, №9. C.179-181.
11.Хаитов Р.М, Алексеев Л.П., Арчаков А.И., Говорун В.М., Згода В.Г., Топтыгин А.Ю., Тихонова О.В., Хаитов М.Р., Ульянова Л.И. Протеомный анализ иммунокомпетентных клеток человека. Протеомный анализ активированных Т-лимфоцитов человека // Иммунология. 2003. Т. 24, №5. C.276-281.
12.Шавкунов А.С., Лазарев В.Н., Згода В.Г., Говорун В.М., Леви П., Янссен П., Арчаков А.И. Экспрессия гена цитохрома CYP51 Mycobacterium tuberculosis в Escherichia coli // Биомедицинская химия. 2003. Т. 49, №2. C.145-152.
41
13. Канаева И.П., Петушкова Н.А., Лохов П.Г., Згода В.Г., Карузина И.И., Лисица А.В., Арчаков А.И. Исследование микросом клеток печени мыши методами протеомного анализа // Биомедицинская химия. 2004. Т.50, №4. C.367-375.
14.Петушкова Н.А., Канаева И.П., Шереметьева Г.Ф., Згода В.Г., Лохов П.Г., Лисица А.В., Карузина И.И.,Арчаков А.И. Использование протеомных технологий для выявления и идентификации цитохромов Р450 микросом клеток печени человека // Физиология и патология иммунной системы. 2005. Т. 9, №5. C.11-17.
15.Liao M., Zgoda V.G., Murray B.P., Correia M.A. Vacuolar degradation of rat liver CYP2B1 in Saccharomyces cerevisiae: further validation of the yeast model and structural implications for the degradation of mammalian endoplasmic reticulum P450 proteins // Mol Pharmacol. 2005. V. 67(5). P.1460-1469.
16.Kanaeva I.P., Petushkova N.A., Lisitsa A.V., Lokhov P.G., Zgoda V.G., Karuzina I.I., Archakov A.I. Proteomic and biochemical analysis of the mouse liver microsomes // Toxicol In Vitro. 2005. V. 19(6). P.805-812.
17.Petushkova N.A., Kanaeva I.P., Lisitsa A.V., Sheremetyeva G.F., Zgoda V.G., Samenkova N.F., Karuzina I.I., Archakov A.I. Characterization of human liver cytochromes P450 by combining the biochemical and proteomic approaches // Toxicol In Vitro. 2006. V.20(6). P.966-974.
18.Zgoda V., Tikhonova O., Viglinskaya A., Serebriakova M., Lisitsa A., Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level // Proteomics – 2006. V. 6(16). P.4662-4670.
19.Filatov A.V., Krotov G.I., Zgoda V.G., Volkov Y. Fluorescent immunoprecipitation analysis of cell surface proteins: a methodology compatible with mass-spectrometry // J Immunol Methods. 2007. V. 319(1-2). P.21-33.
20.Archakov A.I., Ivanov Y.D., Lisitsa A.V., Zgoda V.G. AFM fishing nanotechnology is the way to reverse the Avogadro number in proteomics // Proteomics. 2007. V. 7(1). P.4-9.
21.Петушкова Н.А., Лисица А.В., Карузина И.И., Згода В.Г., Шереметьева Г.Ф., Саменкова Н.Ф., Никитин И.П., Сахарова Т.А., Копылов А.Т., Арчаков А.И. Идентификация цитохромов Р450 микросом клеток печени человека с помощью масс-спектрометрии // Биомедицинская химия. 2007. Т. 53, №4. C.400-411.
22.Крутикова М.П., Кротов Г.И., Згода В.Г., Филатов A.B. Изучение липидных рафтов методом гельфильтрации с предварительным окрашиванием флуоресцентно-меченными антителами // Биологические мембраны. 2007. Т. 24, №4. C.323-332.
23.Кротов Г.И., Крутикова М.П., Згода В.Г., Филатов А.В. Профилирование белков рецепторного комплекса молекулы CD4 // Биохимия. 2007. Т.72, №11. C.1216-1224.
24.Копылов А.Т., Згода В.Г. Количественные методы в протеомике // Биомедицинская химия. 2007. Т.53, №6. C.613-643.
25.Archakov A., Ivanov Y., Lisitsa A., Zgoda V. Biospecific irreversible fishing coupled with atomic force microscopy for detection of extremely low-abundant proteins // Proteomics. 2009. V. 9(5). P.1326-1343.
26.Лисица А.В., Петушкова Н.А., Никитин И.П., Згода В.Г., Карузина И.И., Мошковский С.А., Ларина О.В., Скипенко О.Г., Полищук Л.О., Тиле Г., Арчаков А.И. Одномерное протеомное картирование цитохромов Р450 печени человека // Биохимия. 2009. Т.74, №2. C.153-161.
27.Crumeyrolle-Arias M., Buneeva O., Zgoda V., Kopylov A., Cardona A., Tournaire M.C., Pozdnev V., Glover V., Medvedev A. Isatin binding proteins in rat brain: in situ imaging, quantitative characterization of specific [3H]isatin binding, and proteomic profiling // J Neurosci Res. 2009. V. 87(12). P.2763-2772.
28.Копылов А.Т., Згода В.Г., Арчаков А.И. Количественный масс-спектрометрический анализ содержания белков в биологических пробах без использования изотопных меток // Биомедицинская химия. 2009. Т.55, №2. C.125-139.
29.Иванов Ю.Д., Иванов А.В., Кайшева А.Л., Згода В.Г., Усанов С.А., Уа Уи Бон Г., Арчаков А.И. Продуктивные и непродуктивные комплексы в цитохром P450-содержащих системах // Биомедицинская химия. 2009. Т.55, №3. C.310-330.
30.Zgoda V.G., Moshkovskii S.A., Ponomarenko E.A., Andreewski T.V., Kopylov A.T., Tikhonova O.V., Melnik S.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Proteomics of mouse liver microsomes: performance of different protein separation workflows for LC-MS/MS // Proteomics. 2009. V. 9(16). P.4102-4105.
31.Lisitsa A.V., Petushkova N.A., Thiele H., Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Karuzina I.I., Chernobrovkin A.L., Skipenko O.G., Archakov A.I. Application of slicing of one-dimensional gels with subsequent slice-by-slice mass spectrometry for the proteomic profiling of human liver cytochromes P450 // J Proteome Res. 2010. V. 9(1). P.95-103.
32.Buneeva O., Gnedenko O., Zgoda V., Kopylov A., Glover V., Ivanov A., Medvedev A., Archakov A. Isatin-binding proteins of rat and mouse brain: proteomic identification and optical biosensor validation // Proteomics. 2010. V. 10(1). P.23-37.
33.Кайшева А.Л., Иванов Ю.Д., Згода В.Г., Французов П.А., Плешакова Т.О., Крохин Н.В., Зиборов В.С., Арчаков А.И. Визуализация и идентификация вирусных частиц гепатита с при помощи атомно-силовой микроскопии, сопряженной сMS/MS анализом // Биомедицинская химия. 2010. Т.56, №1. C. 26-39.
34.Иванов А.В., Копылов А.Т., Згода В.Г., Торопыгин И.Ю., Хряпова Е.В., Иванов Ю.Д. Масс-спектрометрическая идентификация сайтов взаимодействия цитохрома P450 2в4 с NADPH:цитохром р450 редуктазой // Биомедицинская химия. 2010. Т.56, №1. C.40-54.
35.Иванов А.С., Згода В.Г., Арчаков А.И. Технологии белковой интерактомики // Биоорганическая химия. 2011. Т.37, №1. C.8-21.
36.Москалева Н.Е., Згода В.Г., Арчаков А.И. Масс-спектрометрическое определение содержания цитохромов Р450 и их ферментативной активности // Биоорганическая химия. 2011. Т.37, №2. C.149-164.
37.Medvedev A., Kopylov A., Buneeva O., Zgoda V., Archakov A. Affinity-based proteomic profiling: problems and achievements // Proteomics. 2012. V.12(4-5). P. 621-637.
38.Тананова О.Н., Арианова Е.А., Гмошинский И.В., Аксенов И.В., Згода В.Г., Хотимченко С.А. Влияние наночастиц диоксида титана на белковый профиль микросом печени крыс // Вопросы питания. 2012. Т.81, №2. C.18-22.
39.Buneeva O.A., Medvedeva M.V., Kopylov A.T., Zgoda V.G., Medvedev A.E. Use of biotinylated ubiquitin for analysis of rat brain mitochondrial proteome and interactome // Int J Mol Sci. 2012. V. 13(9). P.11593-11609.
40.Бунеева О.А., Копылов А.Т., Тихонова О.В., Згода В.Г., Медведев А.Е., Арчаков А.И. Влияние аффинного сорбента на протеомное профилирование изатинсвязывающих белков мозга мыши // Биохимия. 2012. Т.77, №11. C.1326-1338.
41.Archakov A., Zgoda V., Kopylov A., Naryzhny S., Chernobrovkin A., Ponomarenko E., Lisitsa A. Chromosome-centric approach to overcoming bottlenecks in the Human Proteome Project // Expert Rev Proteomics. 2012. V. 9(6). P.667-676.
42.Федченко В.И., Бунеева О.А., Копылов А.Т., Калошин А.А., Аксенова Л.Н., Згода В.Г., Медведев А.Е. Масс спектрометрическая детекция мономерной реналазы в моче человека // Биомедицинская химия. 2012. Т.58, №5. C.599-607.
43.Москалева Н.Е., Згода В.Г. Современные методы анализа цитохромов P450 // Биомедицинская химия. 2012. Т.58, №6. C.617-634.
44.Ivanov Y.D., Bukharina N.S., Frantsuzov P.A., Pleshakova T.O., Kanashenko S.L., Medvedeva N.V., Argentova V.V., Zgoda V.G., Munro A.W., Archakov A.I. AFM study of cytochrome CYP102A1 oligomeric state // Soft Matter. 2012. V.8. Р.4602-4608.
45.Zgoda V.G., Kopylov A.T., Tikhonova O.V., Moisa A.A., Pyndyk N.V., Farafonova T.E., Novikova S.E., Lisitsa A.V., Ponomarenko E.A., Poverennaya E.V., Radko S.P., Khmeleva S.A., Kurbatov L.K., Filimonov A.D., Bogolyubova N.A., Ilgisonis E.V., Chernobrovkin A.L., Ivanov A.S., Medvedev A.E., Mezentsev Y.V., Moshkovskii S.A., Naryzhny S.N., Ilina E.N., Kostrjukova E.S., Alexeev D.G., Tyakht A.V., Govorun V.M., Archakov A.I. Chromosome 18 transcriptome profiling and targeted proteome mapping in depleted plasma, liver tissue and HepG2 cells // J Proteome Res. 2013. V.12(1). P.123-134.
46.Kopylov A.T., Zgoda V.G., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Combined use of irreversible binding and MRM technology for low- and ultralow copy-number protein detection and quantitation // Proteomics. 2013. V.13(5). P.727-742.
Материалы трудов конференций
47.Zgoda V., Tikhonova O., Lisitsa A., Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. //In: Abstr. HUPO 5rd annual world congress.-Long Beach, California.-2006.-P.145.
48.Zgoda V., Tikhonova O., Lisitsa A., Archakov A. Proteomic profiles of induced hepatotoxicity at the subcellular level. //In: Abstr. 3rd International conference “Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnologies for medicine”.-Novosibirsk.-2006.-P.65.
49.Згода В.Г. Протеомика индуцированный гепатотоксичности на субклеточном уровне. Клиническая лабораторная диагностика. 2007. № 9. С. 3b-3
50.Zgoda V., Tikhonova O., Kopylov A., Kurbatov L., Archakov A. Gene Expression And Proteomic Profiling Of Induced Hepatotoxicity In Mice // HUPO 7th Annual World Congress. 16-20.08.2008, Amsterdam, Netherlands. P264.
51.Kopylov A., Zgoda V., Archakov A. Label-Free Absolute Quantitative Analysis In Mass Spectrometry // HUPO 7th Annual World Congress.16-20.08.2008, Amsterdam, Netherlands. P297.
52.Лисица А.В., Арчаков А.И., Иванов Ю.Д., Згода В.Г. Путь к обратному числу Авогадро в протеомике // Конференция «Химическая биология – Фундаментальные проблемы бионанотехнологии». 10-14.06.2009 Новосибирск. С.36.
53.Zgoda V.G., Kurbatov L., Andrievski T., Kopylov A., Melnik S.A., Yourasova O., Archakov A.I. Transcriptome and proteome profiling of high- and medium copied proteins of Chr-18 // HUPO 8th Annual World Congress. 26-30.09.2009, Toronto, Canada – A104.
54.Andrievski T., Zgoda V.G., Kurbatov L., Kopylov A., Moshkovskii S.A., Archakov A.I. Possible reasons of ambiguity in expression study by microarray and ion trap proteomics // HUPO 8th Annual World Congress – 26-30.09.2009, Toronto, Canada – C514.
55.Archakov A.I., Ivanov Yu., Zgoda V.G. AFM/MS irreversible fishing technology for detection of low- and extra-low copied proteins // HUPO 8th Annual World Congress. 26-30.09.2009, Toronto, Canada. N102.
56.Melnik S.A., Zgoda V.G., Moshkovskii S.A., Kopylov A., Ponomarenko E.A., Fomchenkova E., Archakov A.I. Proteomics of Mouse Liver Microsomes: Performance of Different Protein Separation Workflows for LC-MS/MS // HUPO 8th Annual World Congress. 26-30.09.2009, Toronto, Canada. O103.
57.Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Melnik S.A., Chernobrovkin A.L., Andrievski T.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Gene-Centric View to the Proteins of 18th Chromosome Identified in Blood Plasma: Potential Biomarkers // HUPO 8th Annual World Congress. 26-30.09.2009, Toronto, Canada. S403.
58.Zgoda V., Kopylov A. Multidimensional System Biology of Leukemia HL60 Cell Differentiation // HUPO 9th Annual World Congress. 19-23.09.2010, Sydney, Australia. Р.188.
59.Chernobrovkin A.L., Lisitsa A.V., Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Archakov A.I. Knowledge-Based Refinement in Mass-Spectrometric Identification of Proteins // HUPO 9th Annual World Congress. 19-23.09.2010, Sydney, Australia. Р.268.
60.Рыбина А.В., Андреевский Т., Згода В.Г., Курбатов Л.К. Сравнение результатов протеомного и транскриптомного анализа и определение корреляции между ними // ИВТН-2010. С.9.
61.Kopylov A., Zgoda V., Archakov A. Combination of irreversible binding and MRM for low- and ultra-low copied proteins detection and quantitation // HUPO 10th Annual World Congress. 03-07.09.2011, Geneva, Switzerland. P.1012.
62.Chernobrovkin A., Zgoda V., Lisitsa A., Archakov A. Increasing sequence coverage for the proteins identified by data-dependent LCMS/MS recruiting high-resolution massspectra from regular LC-MS runs // HUPO 10th Annual World Congress. 03-07.09.2011, Geneva, Switzerland. P.1143.
63.Chernobrovkin A.L., Zgoda V.G., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Comprehensive analysis of unidentified LC-MS features for investigating proteins diversity in high-throughput proteomics experiments // 12th annual conference in Bioinformatics. 11-14.06.2012, Stockholm, Sweden. Р.35.
64.Tikhonova O., Zgoda V., Kurbatov L., Novikova S., Archakov A. Multidimensional Systems Biology of Leukemia HL60 Cell Differentiation // HUPO 11th Annual World Congress. 09-14.09.2012, Boston, Massachusetts, USA. Р.175.
65.Kopylov A., Zgoda V., Boiko A., Moisa A., Archakov A. Strategy of Peptide N-termini Derivatization by Compound with High Proton Affinity // HUPO 11th Annual World Congress. 09-14.09.2012, Boston, Massachusetts, USA. Р.226.
66.Zgoda V., Moskaleva N. Mass Spectrometric Determination of the Concentration and Enzyme Activity of Cytochromes P450 // HUPO 11th Annual World Congress. 09-14.09.2012, Boston, Massachusetts, USA. Р.269.
67.Archakov A., Zgoda V., Kopylov A. Proteome of 18th Chromosome in Plasms, Liver Cells and HepG2 Cells Investigated by SRM/MRM // HUPO 11th Annual World Congress. 09-14.09.2012, Boston, Massachusetts, USA. Р.288.
68.Archakov A., Lisitsa A., Kopylov A., Zgoda V. Transcriptoproteome of Chr 18: Recent State C-HPP // Proteomic Forum 2013 – 17-21.03.2012, Berlin, Germany. PH032.
69.Арчаков А.И., Згода В.Г., Лисица А.В., Мошковский С.А., Чернобровкин А.Л. Способ повышения точности определения последовательности аминокислотных остатков биополимера на основе данных масс-спектрометрического анализа, вычислительная система // Патент на изобретение RUS 2408011 от 30.01.2009 г.