- Базовые контекстные характеристики нуклеотидных последовательностей 5´- НТП мРНК генов эукариот эволюционно адаптированы для эффективного взаимодействия с аппаратом трансляции.
- Эффективность распознавания стартового кодона трансляции может модулироваться факультативными сигналами, к которым относятся элементы стабильной вторичной структуры РНК и определенные комбинации нуклеотидов в позициях 5´-контекста сайта инициации трансляции и аминокислотных остатков во второй позиции соответствующих полипептидов.
- Эукариотический сигнал инициации трансляции с высокой частотой содержит альтернативные стартовые кодоны. Альтернативная инициация трансляции вносит значительный вклад в протеом эукариотических клеток.
2.Kochetov A.V., Ischenko I.V., Vorobiev D.G., Kel A.E., Babenko V.N., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. Eukaryotic mRNAs encoding abundant and scarce proteins are statistically dissimilar in many structural features. FEBS Lett. 1998. 440. 351-355.
3.Кочетов А.В., Пилюгин М.В., Колпаков Ф.А., Бабенко В.Н., Колчанов Н.А., Шумный В.К. 5’-НТП мРНК генов растений: контекст стартового кодона трансляции. Цитол. генет. 1999. 33. 3-9.
4.Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. Prediction of eukaryotic mRNA translational properties. Bioinformatics. 1999.15.704-712
5.Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Kel A.E., Kondrakhin Ju.V., Frolov A.S., Kolpakov F.A., Goryachkovskaya T.N., Kel O.V., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.V., Vorobiev D.V., Lavryushev S.V., Ponomarenko Yu.V., Kochetov A.V., Kolesov G.N., Podkolodny N.L., Milanesi L., Wingender E., Heinemeyer T., Solovyev V., Overton G.C Genexpress 1.0: an WWW-oriented intergartor for the databases and computer systems for studying the eukaryotic gene expression. Bioinformatics. 1999. 15. 669-686.
6.Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Фролов А.С., Кочетов А.В., Колпаков Ф.А., Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л. Электронная библиотека знаний для аннотации геномной ДНК. Электронные библиотеки. 1999. 2. 3.
7.Rogozin I.B., Kochetov A.V., Kondrashov F.A., Koonin E.V., Milanezi L. Presence of ATG triplets in 5’ untranslated regions of eukaryotic cDNAs correlates with a “weak” context of the start codon. Bioinformatics. 2001. 17. 890-900.
8.Кочетов А.В., Григорович Д.А., Титов И.И., Воробьев Д.Г., Сырник О.А., Вишневский О.В., Sarai A., Колчанов Н.А. Компьютерная система mRNA-FAST (mRNA: Function, Activity, STructure). Мол. биол. 2001. 35. 1039-1047.
9.Кочетов А.В., Сырник О.А., Рогозин И.Б., Глазко Г.В., Комарова М.Л., Шумный В.К. Контекстная организация 5’-нетранслируемых районов генов высших растений. Мол. биол. 2002. 36. 649-656.
10.Кочетов А.В., Sarai A., Воробьев Д.Г., Колчанов Н.А. Контекстная организация функциональных районов генов с высоким уровнем экспрессии у дрожжей. Мол. биол. 2002. 36. 1026-1034.
11.Кочетов А.В., Омельянчук Н.А., Игнатьева Е.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. Биоинформатика и трансгенез: создание организмов с новыми свойствами // Экол генет. 2003. 1. 67-74
12.Kochetov A.V., Pichueva A.G., Kondrakhin Yu.V., Titov S.E., Kolchanov N.A. The contextual features of higher plant mRNA 5’-untranslated regions as related to the translation initiation mechanisms. Biophysics (Moscow). 2003 48 Suppl. 1 76-80.
13.Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Sarai A. Interrelations between the efficiency of translation start site and other sequence features of yeast mRNAs. Mol. Genet. Genomics. 2003. 270. 5. 442-447.
14.Kochetov A.V., Sarai A. Translational polymorphism as a potential source of plant proteins variety in Arabidopsis thaliana. Bioinformatics. 2004. 20. 445-447.
15.Pichueva A.G., Kochetov A.V., Milanesi L., Kondrakhin Yu.V., Kolchanov N.A. Correlations between sequence features of yeast genes functional regions and the level of expression. In: Bioinf. Genome Regulation & Structure. Ed. By N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 125-132.
16.Matushkin Yu.G., Likhoshvai V.A., Kochetov A.V. Local secondary structure may be a critical characteristic influencing translation of unicellular organisms mRNA. In: Bioinf. Genome Regulation & Structure. Ed. By N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 103-114.
17.Vishnevsky O.V., Avdeeva I.V., Kochetov A.V. Study of the specific contextual features of translation initiation and termination sites in Saccharomyces cerevisiae // In: Bioinf. Genome Regulation & Structure. Ed. By N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 213-222.
18.Kochetov A.V. AUG codons at the beginning of protein coding sequences are frequent in eukaryotic mRNAs with a suboptimal start codon context. Bioinformatics. 2005. 21. 837-840.
19.Kochetov A.V., Sarai A., Rogozin I.B., Shumny V.K., Kolchanov N.A. The role of alternative translation start sites in generation of human protein diversity. Mol. Genet. Genomics 2005. 273. 491-496.
20.Волкова О.А., Кочетов А.В., Титов С.Е., Колчанов Н.А. Потенциальные открытые рамки считывания в 5’-нетранслируемых районах эукариотических мРНК. Биофизика. 2006. 51. 615-621.
21.Волкова О.А., Титов С.Е., Кочетов А.В. Взаимосвязь контекстной организации сигнала инициации трансляции и аминокислотной последовательности на N-конце белков эукариот. Биофизика. 2006. 51(7) 11-17.
22.Кочетов А.В. Альтернативные сайты инициации трансляции и их вклад в протеом эукариотических клеток. Мол. биол. 2006. 40. 788-795.
23.Kochetov A.V. Alternative coding potential of mammalian mRNAs. In: New Messenger RNA Research Communications. (Ed. Lee B. Kwang) Nova Science Publishers, Inc., 2007, Chapter 13, 191-201. (ISBN 978-1-60021-488-2)
24.Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site. BMC Bioinformatics 2007, 8:318
25.Kochetov A.V., Ahmad S., Ivanisenko V., Volkova O.A., Kolchanov N.A., Sarai A. uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs. FEBS Lett. 2008. 582. 1293-1297.
26.Kochetov A.V. Alternative translation and hidden coding potential of eukaryotic mRNAs. BioEssays. 2008. 30. 683-691.
27.Volkova O.A., Kochetov A.V. Interrelations between the nucleotide context of human start AUG codon, N-end amino acids of the encoded protein and initiation of translation. J. Biomol. Struct. Dynam. 2010. 27. 611-618.
28.Singh H., Andrabi M., Kahali B., Ghosh T.C., Miziguchi K., Kochetov A.V., Ahmad S. On nucleotide solvent accessibility in RNA structure. Gene. 2010. 463. 41-48.
29.Bazykin G.A., Kochetov A.V. Alternative translation start sites are conserved in eukaryotic genomes. Nucleic Acids Res. 2011. 39. 567-577.
30.Kochetov A.V., Volkova O.A., Poliakov A., Dubchak I., Rogozin I.B. Tandem termination signal in plant mRNA. Gene. 2011. 481. 1-6.
31.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений: база данных трансляционных энхансеров. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2012. 16. 520-526.
32.Ventoso I., Kochetov A., Montaner D., Dopazo J., Santoyo J. Extensive translatome remodeling during ER stress response in mammalian cells. PLoS One. 2012. 7(5). e35915
33.Kochetov A.V., Merkulova T.I., Merkulov V.M. Possible link between the synthesis of GR alpha isoforms and eIF2 alpha phosphorylated state. Medical Hypotheses. 2012. 79(6):709-12
34.Kochetov A.V., Prayaga P.D., Volkova O.A., Sankararamakrishnan R. Hidden coding potential of eukaryotic genomes: non-AUG started ORFs. J Biomol Struct Dyn. 2013; 31(1):103-14.