Мирошников Константин Анатольевич

1. Впервые определены  и аннотированы в GenBank полные последовательности ДНК геномов бактериофагов P.aeruginosa  PB1 (NC_011810), SN (NC_011756), 14-1 (NC_011703), LMA2 (NC_011166), LBL3 (NC_011165) (глава I.1), YuA (NC_010116) (гл. I.2), φPMG1 (NC_016765.1) (гл. I.3). По представлению коллектива с участием автора международная комиссия по таксономии вирусов (ICTV) приняла обоснование таксономических видов РВ1- и YuA- подобных бактериофагов;
2. Впервые определены белковые составы (структурные протеомы) φKZ-подобных (гл. II.1), PB1-подобных (гл. II.2) и YuA-подобных (гл. II.3) бактериофагов. Разработаны рекомбинантные системы синтеза, выделения и очистки ряда белков литических бактериофагов P.aeruginosa, в том числе и с помощью оптимизированного белково-инженерного подхода посредством конструирования химерных белков с пептидил-пролилизомеразным доменом SlyD;
3. Впервые проведены сравнительные протеомные исследования нескольких групп бактериофагов, с помощью криоэлектронной микроскопии построены пространственные модели капсидов бактериофагов SN (гл. II.2.1), YuA (гл. II.3.1) и ранее известного фага KMV(гл. II.4). Иммуноэлектронномикроскопически показана локализация в вирусной частице структурных белков φKZgp131, SNgp22 и SNgp29, YuAgp57 и YuAgp63, KMVgp47;
4. В рекомбинантном виде получен закодированный в геноме φKZ-подобного бактериофага EL первый обнаруженный вирусный шаперонин ELgp146, с помощью крио-ЭМ реконструкции построены модели его конформационных состояний, предложена схема его функционирования (гл.III.1);
5. Рентгеноструктурным анализом впервые определены кристаллические структуры пептидогликан-лизирующего фермента бактериофага φKZ (gp144, разрешение 2,3Å, PDB:3BKV_A, гл.III.2), С-концевого фрагмента хвостовой фибриллы бактериофага φKZ (gp131, разрешение 1,9Å, PDB:4GBF_A, гл.III.3), центрального шипа бактериофага SN (gp43, разрешение 1,8Å, YP_002418849.1, гл.III.4);
6. Автором впервые разработана ПЦР-тестовая система определения таксономической принадлежности бактериофагов P.aeruginosa в контексте возможности использования фагов в терапевтических препаратах (гл.IV).

1.Мирошников К.А., Чертков О.В., Назаров П.А., Месянжинов В.В. Пептидогликанлизирующие ферменты бактериофагов как потенциальные противобактериальные препараты. Успехи биологической химии. 2006. Т.46. C.65-96

Экспериментальные статьи:

2.Sycheva L.V., Shneider M.M., Sykilinda N.N., Ivanova M.A., Miroshnikov K.A., Leiman P.G. Crystal structure and location of gp131 in the bacteriophage phiKZ virion (2012) Virology., V.434, p.257-265

3.Molugu S.K., Hildenbrand Z.L., Tafoya D., Herrera N., Morgan D., Sherman M., He L., Kurochkina L.P, Mesyanzhinov V.V., Miroshnikov K.A., Bernal R.A. Unique bacteriophage encoded chaperonin has evolved a novel protein folding mechanism (2013) Life Science (in press)

4.Крылов С.В., Плетенева Е.А., Буркальцева М.В., Шабурова О.В., Мирошников К.А., Лавинь Р., Корнелиссен А., Крылов В.Н. Нестабильность генома фагов вида EL Pseudomonas aeruginosa: Исследование мутантов, проявляющих вирулентность. (2011) Генетика.Т. 47. № 2. С. 183-189

5.Chuprov-Netochin R.N., Amarantov S.V., Shneider M.M., Sykilinda N.N., Filchikov M.V., Ivanova M.A., Mesyanzhinov V.V., Miroshnikov K.A. Peptidyl-prolyl isomerase SLyD controls the recombinant folding of bacteriophage T4 long tail fibers (2011) Biopharmaceutical J., V. 3.№1, p.30-36

6.Чертков О.В., Чупров-Неточин Р.Н., Легоцкий С.В., Сыкилинда Н.Н., Шнейдер М.М., Иванова М.А., Плетенева Е.А., Шабурова О.В., Буркальцева М.Б., Кострюкова Е.С., Лазарев В.Н., Клячко Н.Л., Мирошников К.А. Свойства пептидогликанлизирующего фермента бактериофага φPMG1 Pseudomonas aeruginosa (2011) Биоорганическая химия. Т.37, № 6, С. 1–8

7.Крылов В.Н., Мирошников К.А., Крылов С.В., Вейко В.П., Плетенева Е.А., Шабурова О.В., Буркальцева М.В. Межвидовая миграция и эволюция бактериофагов рода φKZ – цель и критерии поиска новых φKZ-подобных бактериофагов. Генетика. 2010. Т. 46. № 2. С. 159-167.

8.Плетенева Е.А., Крылов С.В., Шабурова О.В., Буркальцева М.В., Мирошников К.А., Крылов В.Н. Псевдолизогения бактерий Pseudomonas aeruginosa, инфицированных φKZ-подобными фагами Генетика. 2010. Т. 46. № 1. С. 26-32.

9.Фильчиков М.В., Осмаков Д.И., Логовская Л.В., Сыкилинда Н.Н., Кадыков В.А., Курочкина Л.П., Месянжинов В.В., Бернал Р.А., Мирошников К.А. Пространственная реконструкция капсида и идентификация поверхностных белков бактериофага SN Pseudomonas aeruginosa электронно-микроскопическими методами. Биоорганическая химия. 2009. Т. 35. № 6. С. 808-815.

10.Шабурова О.В., Крылов С.В., Вейко В.П., Плетенeва Е.А., Буркальцева М.В., Мирошников К.А., Корнелиссен А., Лавинь P., Сыкилинда Н.Н., Кадыков В.А., Месянжинов В.В., Волкарт Г., Крылов В.Н. Поиск факторов разрушения бактериальных биофильмов: Сравнение свойств группы бактериофагов Pseudomonas putida и специфичности их продуктов, образующих ореол. Генетика. 2009. Т. 45. № 2. С. 185-195.

11.Lecoutere E., Ceyssens P.J., Miroshnikov K.A., Mesyanzhinov V.V., Krylov V.N., Noben J.P., Robben J., Hertveldt K., Volckaert G., Lavigne R. Identification and comparative analysis of the structural proteomes of φKZ and EL, two giant Pseudomonas aeruginosa bacteriophages. Proteomics. 2009 V. 9.№.11. р.3215-3219.

12.Ceyssens P.J., Miroshnikov K., Mattheus W., Krylov V., Robben J., Noben J.P., Vanderschraeghe S., Sykilinda N., Kropinski A.M., Volckaert G., Mesyanzhinov V., Lavigne R. Comparative analysis of the widespread and conserved PB1-like viruses infecting Pseudomonas aeruginosa. Environ Microbiol. 2009. V.11. №.11. р.2874-2883.

13.Briers Y., Volckaert G., Lavigne R., Miroshnikov K., Chertkov O., Nekrasov A., Mesyanzhinov V. The structural peptidoglycan hydrolase gp181 of bacteriophage φKZ. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2008. V. 374. № 4. p. 747-751.

14.Плетенева Е.А., Шабурова О.В., Сыкилинда Н.Н., Мирошников К.А., Кадыков В.А., Крылов С.В., Месянжинов В.В., Крылов В.Н. Изучение разнообразия в группе фагов вида РВ1 (Myoviridae) Pseudomonas aeruginosa и их поведение на адсорбционно-устойчивых мутантах бактерий. Генетика. 2008. Т. 44. № 2. С. 185-194.

15.Ceyssens P.J., Mesyanzhinov V., Sykilinda N., Briers Y., Roucourt B., Lavigne R., Robben J., Domashin A., Miroshnikov K., Volckaert G., Hertveldt K.The genome and structural proteome of YuA, a new Pseudomonas aeruginosa phage resembling M6. J Bacteriol. 2008. V.190. №4. Р.1429-1435.

16.Fokine A, Miroshnikov K.A., Shneider M.M., Mesyanzhinov V.V., Rossmann M.G. Structure of the bacteriophage φKZ lytic transglycosylase gp144. J. Biol. Chem. 2008 V. 283.№ 11. Р.7242-7250.

17.Мирошников К.А., Файзуллина Н.М., Сыкилинда Н.Н., Месянжинов В.В. Свойства эндолитической трансгликозилазы бактериофага φKZ Pseudomonas aeruginosa, кодируемой геном 144. Биохимия. 2006. Т. 71. № 3. С. 379-385.