В четырех первых главах диссертации построены математические модели из разных предметных областей. Все четыре модели выступают в качестве иллюстрации развиваемого подхода к методу математического моделирования. Это выражается в том, что каждая из моделей должна быть адекватна перечисленному выше перечню общих целей, а также ряду специфических целей, характерных для конкретной предметной области.
2.Плохотников К.Э. Метод и искусство математического моделирования: курс лекций. — М.: Флинта, 2012. 518с. — ISBN 978-5-9765-1541-3.
3.Плохотников К.Э. Математическое моделирование и вычислительный эксперимент. Методология и практика. Научная конференция “Ломоносовские чтения”. Секция физики. 18-25 апреля 2003 г. Сборник расширенных тезисов докладов.  М.: Физический факультет МГУ, 2003. С.27  29.
4.Плохотников К.Э. Математическое моделирование и вычислительный эксперимент: методология и практика// Интеллектуальные системы. 2009. Т.13. Вып.1-4. С.5 — 32.
5.Плохотников К.Э. Модель роста одномерной ткани// Биофизика. 1982. Т.27. Вып.4. С.689 — 693.
6.Плохотников К.Э. Морфогенез клеточных пластов/ Математическая биология развития. — М.: Наука, 1982. С.155 — 159.
7.Плохотников К.Э. Коллектор некогерентной распределенной в пространстве электромагнитной энергии// Математическое моделирование. 2009. Т.21, №12. С.35 — 46.
8.Plokhotnikov K.E. Collector of Noncoherent Electromagnetic Energy Distributed in Space// Mathematical Models and Computer Simulations. 2010. Vol.2, No.4. P.504 — 513.
9.Плохотников К.Э. Как возможен конечный кристалл при нулевой температуре (энергетико-геометрический аспект)?// ДАН СССР. 1991. Т.320, №4. С.877 — 881.
10.Плохотников К.Э. Термогеометрическая динамика конечного кристаллического образца// ДАН. 1992. Т.326, №6. С.994 — 998.
11.Плохотников К.Э. (обзор) Термогеометрическая динамика конечного кристаллического образца// Математическое моделирование. 1993. Т.5, №3. С.3 — 31.
12.Plokhotnikov K.E. Mathematical Modeling of Thermal Restructuring of the Platinum Surface// Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Математика, информатика, физика. 2011, №3, с.69 — 75.
13.Плохотников К.Э. (монография) Математическое моделирование. Экзистенциальный аспект. — М.: Изд-во МГУ, 1993. 224с.
14.Плохотников К.Э. К вопросу о моделировании турбулентного движения. — Препринт ИПМ АН СССР, №7. — М., 1980. 26с.
15.Плохотников К.Э. Модель турбулентности, изотропной и однородной по моменту импульса квазипары. — Препринт ИПМ АН СССР, №8. — М., 1980. 29с.
16.Плохотников К.Э. Многомасштабная модель турбулентности. — Препринт ИПМ АН СССР, №64. — М., 1980. 27с.
17.Плохотников К.Э. Об одной математической модели турбулентного движения жидкости// Тр. Гидрометцентра СССР. Вып.248. — Л.: Гидрометеоиздат, 1982. С.52 — 66.
18.Плохотников К.Э. Об одной математической модели турбулентного движения жидкости// Тр. Гидрометцентра СССР. Вып.273. — Л.: Гидрометеоиздат, 1986. С.15 — 48.
19.Плохотников К.Э. Об одной математической модели турбулентного движения жидкости// Математическое моделирование. Современные проблемы математической физики и вычислительной математики. — М.: Наука, 1989. С.270 — 284.
20.Плохотников К.Э. Об одной математической модели турбулентного движения жидкости// ДАН СССР. 1988. Т.301, №4. С.805 — 809.
21.Plokhotnikov K.E. Numerical Description of the Fluid Pipe Motion with Multiscale Turbulence Model// Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Математика, информатика, физика. 2011. №4. С.107 — 112.
22.Плохотников К.Э. Общая циркуляция атмосферы: синтез дискретного подхода и лагранжевого способа описания сплошной среды// Изв. АН СССР. Сер. Физика атмосферы и океана. 1985. Т.21, №10. С.1110 — 1111.
23.Плохотников К.Э. Математическая модель, объединяющая дискретные представления и лагранжев способ в описании сплошной среды// ДАН СССР. 1987. Т.294, №1. С.75 — 79.
24.Плохотников К.Э. Общая циркуляция атмосферы: синтез дискретного подхода и лагранжевого способа описания сплошной среды. Деп. в ВИНИТИ 3.06.1985, №3827-85. 31с.
25.Плохотников К.Э. Исследование движения атмосферы в терминах ансамбля воздушных масс// Тр. Гидрометцентра СССР. Вып.273. — Л.: Гидрометеоиздат, 1986. С.49 — 79.
26.Плохотников К.Э. Общая циркуляция атмосферы: синтез дискретного подхода и лагранжевого способа описания сплошной среды// Тр. Гидрометцентра СССР. Вып.286. — Л.: Гидрометеоиздат, 1987. С.64 — 84.
27.Плохотников К.Э. Программный комплекс MORPHOGENESIS для моделирования элементов морфогенеза; Программный комплекс COLLECTOR для математического моделирования коллектора электромагнитной энергии; Программный комплекс CRYSTAL, позволяющий моделировать термическую реконструкцию поверхности ряда металлов; Программный комплекс TURBULENCE для моделирования движения турбулентной жидкости в трубе с помощью многомасштабной модели турбулентности// Хроники Объединенного Фонда Электронных Ресурсов “Наука и Образование”, №02(33) февраль 2012, с.10 — 11.