- В качестве биомаркера рака яичника, предстательной железы и Т-клеточной лимфомы кожи используют мультиплексный сигнал масс-спектрометрии плазмы крови, одновременно характеризующий множественные белки плазмы крови - протеомный штрих-код. Принятие диагностического решения осуществляют методами многомерной статистики.
- Протеомный штрих-код плазмы крови, регистрируемый посредством MALDI(SELDI)-TOF-масс-спектрометрии, на тестируемых выборках обеспечивает диагностику пациентов с раком яичника и раком предстательной железы с точностью свыше 90%.
- Отличия протеомных масс-спектрометрических профилей плазмы крови при раке яичника и раке простаты реализуются преимущественно за счет различных изоформ сывороточного амилоида А острой фазы (SAA) и транстиретина (TTR).
- В случае Т-клеточной лимфомы кожи мультиплексный анализ цитокинов в плазме крови обеспечивает точность дифференциальной диагностики лимфомы от псориаза свыше 80%, в основном, в связи с концентрацией нового биомаркера данной опухоли -хемокина с мотивом C-X-C 10 (CXC10).
2.Moshkovskii S.A., Serebryakova M.V., KuteykinTeplyakov K.B., Tikhonova O.V., Goufman E.I., Zgoda V.G., Taranets I.N., Makarov O.V., Archakov A.I. Ovarian cancer marker of 11.7 kDa detected by proteomics is a serum amyloid A1. // Proteomics. 2005. V.5(14) p. 3790-3797.
3. Власова M.A., Мошковский С.А., Сафарова M.P., Макаров О.В., Арчаков А.И.Молекулярная диагностика рака яичника с использованием протеомных технологий //Биомедицинская химия. 2005. Т. 51(4). С. 367-383.
4. Власова М.А., Мошковский С.А. Молекулярные взаимодействия сывороточного амилоидаА острой фазы: возможное участие в патогенезе злокачественных опухолей // Биохимия.2006. Т.71(10) С.1301-1311.
4a. Vlasova M.A., Moshkovskii S.A. Molecular interactions of acute phase serum amyloid A: possible involvement in carcinogenesis. // Biochemistry (Mosc). 2006. V.71(10). P.10511059.
5. Гоуфман Е.И., Мошковский С.А., Тихонова О.В., Лохов П.Г., Згода В.Г., СеребряковаМ.В., Торопыгин И.Ю., Власова М.А., Сафарова М.Р., Макаров О.В., Арчаков А.И.Протеомное исследование термостабильной фракции сыворотки пациентов с различнымиопухолями с применением двумерного электрофореза. // Биохимия. 2006. Т. 71(4). C.445-463.
5a. Goufman E.I., Moshkovskii S.A., Tikhonova O.V., Lokhov P.G., Zgoda V.G., Serebryakova M.V., Toropygin I.Y., Vlasova M.A., Safarova M.R., Makarov O.V., Archakov A.I. Two-dimensional electrophoretic proteome study of serum thermostable fraction from patients with various tumor conditions. Biochemistry (Mosc). 2006. V.71(4). P.354-360.
6.Moshkovskii S.A., Vlasova M.A., Pyatnitskiy M.A., Tikhonova O.V., Safarova M.R., Makarov O.V., Archakov A.I. Acute phase serum amyloid A in ovarian cancer as an important component of proteome diagnostic profiling. Proteomics Clin. Appl. 2007. V.1(1). P.107-117.
7.Зиганшин Р.Х., Алексеев Д.Г., Арапиди Г.П., Иванов В.Т., Мошковский С.А., Говорун В.М. Протеомное профилирование сыворотки для диагностики рака яичника с использованием технологии магнитных гранул ClinProt и MALDI-TOF-масс-спектрометрии // Биомедицинская химия. 2008. Т.53(4). С.408-419.
8.Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Петрак Ж., Мошковский С.А., Арчаков А.И. Выявление дифференциально экспрессирующихся белков с использованием автоматического мета-анализа протеомных публикаций. // Биомедицинская химия. 2009. Т. 55(1). С. 514.
9.Пахарукова Н.А., Пастушкова Л.Х., Трифонова О.П., Пятницкий М.А., Власова М.А., Никитин И.П., Мошковский С.А., Николаев Е.Н., Ларина И.М. Оптимизация метода профилирования сыворотки крови здорового человека. // Физиология человека. 2009. Т.35(3). С.101-107.
10.Ulukaya E., Yilmaz Y., Moshkovskii S., Karpova M., Pyatnitskiy M., Atug O., Dolar E. Proteomic analysis of serum in patients with nonalcoholic steatohepatitis using matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. // Scand. J. Gastroenterol. 2009. V. 44(12) P. 1471-1476.
11.Karpova M.A., Moshkovskii S.A., Toropygin I.Y., Archakov A.I. Cancer-specific MALDI-TOF profiles of blood serum and plasma: biological meaning and perspectives. // J. Proteomics. 2010. V.73(3). P.537-551.
12.Pyatnitskiy M., Karpova M., Moshkovskii S., Lisitsa A., Archakov A. Clustering mass spectral peaks increases recognition accuracy and stability of SVM-based feature selection // J. Proteomics Bioinform. 2010. V.3. P. 48-54.
13.Trifonova O., Larina I., Grigoriev A,. Lisitsa A., Moshkovskii S., Archakov A. Application of 2DE for studying the variation of blood proteome. // Expert Rev. Proteomics. 2010. V. 7(3). P. 431-438.
14.Piruzian E., Bruskin S., Ishkin A., Abdeev R., Moshkovskii S., Melnik S., Nikolsky Y., Nikolskaya T. Integrated network analysis of transcriptomic and proteomic data in psoriasis. // BMC Syst. Biol. 2010 V.4. P.41.
15.Агрон И.А., Автономов Д.М., Кононихин А.С., Попов И.А., Мошковский С.А., Николаев Е.Н. База данных по точным массово-временным меткам для хромато-масс-спектрометрического анализа протеома мочи. // Биохимия. 2010. Т.75(4). С.598-605.
15a. Agron I.A., Avtonomov D.M., Kononikhin A.S., Popov I.A., Moshkovskii S.A., Nikolaev E.N. Accurate mass tag retention time database for urine proteome analysis by chromatography-mass spectrometry. // Biochemistry (Mosc). 2010. V.75(5). P.636-641.
16.Lisitsa A.V., Petushkova N.A., Thiele H., Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Karuzina I.I., Chernobrovkin A.L., Skipenko O.G., Archakov A.I. Application of slicing of one-dimensional gels with subsequent slice-by-slice mass spectrometry for the proteomic profiling of human liver cytochromes P450. // J. Proteome Res. 2010. V.9(1). P. 95-103.
17.Пахарукова Н.А., Пастушкова Л.Х., Трифонова О.П., Мошковский С.А., Ларина И.М. Вариабельность низкомолекулярного субпротеома сыворотки крови здорового человека в обычных условиях жизнедеятельности // Физиология человека. 2011. Т. 37(2). С. 7785.
18.Агрон И.А., Автономов Д.М., Кононихин А.С., Попов И.А., Мельник С.А., Мошковский С.А., Николаев Е.Н. Комбинация подходов точной массово-временной метки и мечения изотопом кислорода 18O для количественного анализа протеома мочи человека // Труды МФТИ. 2011. Т.3(3). С.310.
19.Пятницкий М.А., Лисица А.В., Мошковский С.А., Арноцкая Н.Е., Ахмедов Б.Б., Заридзе Д.Г., Полоцкий Б.Е., Шевченко В.Е. Выявление дифференциальных признаков плоскоклеточного рака легкого с помощью масс-спектрометрического профилирования плазмы крови // Масс-спектрометрия. 2011. Т. 8(2). С. 99-105.
19a. Pyatnitskii M.A., Lisitsa A.V., Moshkovskii S.A., Arnotskaya N.E., Akhmedov B.B., Zaridze D.G., Polotskii B.E., Shevchenko V.E. Differential diagnostics of squamous cell lung carcinoma by means of the mass spectrometry profiling of blood plasma. // Journal of Analytical Chemistry. 2011. V. 66(14) P. 1369-1375.
20.Moshkovskii S.A., Sokolova E.E., Brattseva E.V., Karpova M.A., Pyatnitskiy M.A., Kubanova A.A., Archakov A.I. Proteome and cytokine serum profiling to diagnose a mycosis fungoides. // Proteomics Clin. Appl. 2011. V. 5(78). P. 432-439.
21.Мошковский С.А. Почему клетки злокачественных опухолей продуцируют сыворочный амилоид А острой фазы? // Биохимия. 2012. Т. 77(4). C.433-436.
21a. Moshkovskii S.A. Why do cancer cells produce serum amyloid A acute phase protein? // Biochemistry (Moscow). 2012. V. 77(4). P. 339-341.
Материалы трудов конференций
22.Moshkovskii S.A., Serebryakova M.V., Kuteykin-Teplyakov K.B., Tikhonova O.V., Goufman E.I., Makarov O.V., Archakov A.I. Ovarian cancer marker of 11.7 kDa detected by proteomics is a serum amyloid A1 // Abstr. 2nd International Conference "Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine". Moscow, Russia. 2004. P. 2.10.
23.Moshkovskii S., Serebryakova M., Taranets I., Makarov O., Archakov A. “Ovarian cancer marker of 11.7 kDa detected by proteomics is a serum amyloid A1” // Abstr. HUPO 3th Annual World Congress. Beijing, China. Molecular & Cellular Proteomics. 2004. V.3(10) (Supplement). P. S222.
24.Moshkovskii S., Vlasova M., Safarova M., Makarov O., Archakov A. “Serum amyloid A as ovarian cancer biomarker” // Abstr. HUPO 4th Annual World Congress. Munich, Germany. Molecular & Cellular Proteomics. 2005. V. 4(8) (Supplement 1). P. S122.
25.Власова М. А., Мошковский С. А., Арчаков А. И. Комбинирование данных масс-спектров SELDI и концентрации СА125 для диагностики рака яичника // Мат. докл. Международной школы-конференции молодых ученых «Системная биология и биоинженерия». Москва. 2005. С.18.
26.Moshkovskii S.A., Vlasova M. A., Pyatnitskiy M. A., Archakov A.I. Acute phase serum amyloid A in ovarian cancer as an important component of proteome diagnostic profile. // Abstr. 3rd International Conference “Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine”. Novosibirsk, Russia. 2006. P.64.
27.Moshkovskii S.A., Vlasova M.A., Pyatnitskiy M.A., Archakov A.I. Serum amyloid A and tranthyretin forms constitute discriminatory SELDI profile for ovarian cancer. // Abstr. HUPO 5th Annual World Congress. Long Beach, CA, USA. Molecular & Cellular Proteomics. 2006. V.5(10) (Supplement). P.S143.
28.Пятницкий М.А., Мошковский С.А. Кластеризация пиков масс-спектров как способ снижения размерности // Мат. докл 3-ей Международной школы-конференции молодых ученых «Масс-спектрометрия в химической физике, биофизике и экологии». Звенигород. 2007. С.82.
29.Мошковский С.А. Масс-спектрометрия в диагностической протеомике // Мат. докл 3-ей Международной школы-конференции молодых ученых «Масс-спектрометрия в химической физике, биофизике и экологии». Звенигород. 2007. С. 142.
30.Харыбин О.Н., Згода В.Г., Кононихин А.С., Мошковский С.А., Попов И.А., Николаев Е.Н. Исследование белкового состава мочи человека // Мат. докл 3-ей Международной школы-конференции молодых ученых «Масс-спектрометрия в химической физике, биофизике и экологии». Звенигород. 2007. С. 158.
31.Moshkovskii S., Pyatnitskiy M., Archakov A. Analysis of Peak Intensity Correlations to Maximize Biological Meaning of Proteome Diagnostic Mass Spectra // Abstr. HUPO 6th Annual World Congress. Seoul, Korea. 2007. P. 150.
32.Moshkovskii S.A, Pyatnitsky M.A., Archakov A.I. Analysis of peak intensity correlations to maximize biological meaning of proteome diagnostic mass-spectra // Abstr. 4th International Symposium on Computational Methods In Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Moscow, Russia. 2007. P.29.
33.Мошковский С.А., Власова М.А., Арчаков А.И. Протеомное профилирование плазмы крови посредством MALDI-TOF-масс-спектрометрии в диагностике злокачественных опухолей // Мат. докл. IV Съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Новосибирск. 2008. С.286.
34.Moshkovskii S.A., Vlasova M.A., Toropygin I.Y., Pyatnitsky M.A., Archakov A.I. Plasma proteome profiling by MALDI-TOF-mass-spectrometry for cancer diagnostics // Abstr. 4th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanobiotechnologies for Medicine". Moscow-Nizhny Novgorod-Moscow, Russia. 2008. P.17.
35.Moshkovskii S., Vlasova M., Pyatnitskiy M., Toropygin I., Archakov A. Analysis of peak intensity correlations to improve diagnostic accuracy and maximize biological meaning of mass-spectral diagnostics of ovarian and prostate cancer // Abstr. HUPO 7th Annual World Congress. Amsterdam, Nederlands. 2008. P-TUE-165. P.111.
36.Ponomarenko E., Lisitsa A., Petrak J., Moshkovskii S., Archakov A. Automated meta-analysis confirms the hit-parade of repeatedly identified proteins // Abstr. HUPO 7th Annual World Congress. Amsterdam, Nederlands. 2008. P-TUE-172. P.111.
37.Andreewski T.V., Zgoda V.G., Kurbatov L.K., Kopylov A.T., Moshkovskii S.A., and Archakov A.I. Possible Reasons of Ambiguity in Expression Study by Microarray and Ion Trap Proteomics. // Abstr. HUPO 8th Annual World Congress. Toronto, Canada. 2009. P.66.
38.Nikolaev E.N., Popov I.A., Kononikhin A.S., Agron I.A., Avtonomov D.M., Moshkovskii S.A., Larina I.M., Zamulaeva I.A., Masselon C., Archakov A.I. Accurate mass tag retention time data base for urine proteome. // Abstr. HUPO 8th Annual World Congress. Toronto, Canada. 2009. P.72.
39.Melnik A., Zgoda V.G., Moshkovskii S.A., Kopylov A.T., Ponomarenko E.A., Fomchenkova E.Y., Archakov A.I. Proteomics of Mouse Liver Microsomes: Performance of Different Protein Separation Workflows for LC-MS/MS. // Abstr. HUPO 8th Annual World Congress. Toronto, Canada. 2009. P.76.
40.Moshkovskii S.A., Zgoda V.G., Melnik S.A., Chernobrovkin A.L., Andreewski T.V., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Gene-Centric View to the Proteins of 18th Chromosome Identified in Blood Plasma: Potential Biomarkers. // Abstr. HUPO 8th Annual World Congress. Toronto, Canada. 2009. P.86.
41.Moshkovskii S.A., Karpova M.A., Toropygin I.Y., Archakov A.I. Proteome bar-code for cancer diagnostic: the state-of-the-art and prospects // Abstr. 5th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanobiotechnologies for Medicine". Saint-Petersburg, Russia. 2010. P.58.
42.Moshkovskii S.A. Mass-spectrometry-based plasma proteome barcode to discriminate the prostate cancer samples // Abstr. HUPO 9th Annual World Congress. Sydney, Australia. 2010. P.86.
43.Белоусов П.В., Копылов А.Т., Твардовский А.А., Мельник С.А., Ким Я.С., Ланщаков К.В., Ванушко В.Э., Мошковский С.А., Купраш Д.В., Недоспасов С.А. Иммунопротеомный анализ аутоантигенного репертуара папиллярного рака щитовидной железы: идентификация кандидатных дифференциально-диагностических объектов // Мат. докл. 1-ой международной научно-практической конференции молодых ученых «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва. 2010. С.38.
44.Мошковский С.А., Карпова М.А., Соколова Е.Е., Арчаков А.И. Масс-спектрометрические профили плазмы крови для диагностики злокачественных опухолей: настоящее и перспективы // Мат. докл. 1-ой международной научно-практической конференции молодых ученых «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва. 2010. С.52.
45.Николаев Е.Н., Попов И.А., Кононихин А.С., Мошковский С.А., Агрон И.А., Автономов Д.М. Масс-спектрометрия в протеомных исследованиях. Протеом мочи // Мат. докл. 1-ой международной научно-практической конференции молодых ученых «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва. 2010. С. 53.
46.Трифонова О.П., Пахарукова Н.А., Пастушкова Л.Х., Лисица А.В., Мошковский С.А., Ларина И.М. Анализ межиндивидуальной вариабельности протеома крови здорового человека // Мат. докл. 1-ой международной научно-практической конференции молодых ученых «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва. 2010. С. 57.
47.Шишкин С.С., Ковалев Л.И., Ковалева М.А., Иванов А.В., Лисицкая К.В., Еремина Л.С., Садыхов Э.Г., Торопыгин И.Ю., Мошковский С.А. Протеомные технологии и поиск новых маркеров для диагностики рака простаты // Мат. докл. 1-ой международной научно-практической конференции молодых ученых «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва. 2010. С. 61.
48.Moshkovskii S.A., Ponomarenko E.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Automated text mining to search disease–related protein encoded b human 18-th chromosome and its comparison to the biocuration data. // Abstr. Taiwan-Russia Research Cooperation Symposium “New mass spectrometry methods in proteomics”. Kaosiung, Taiwan. 2011. P. 27.
49. Ponomarenko E.A., Zgoda V.G., Ivanov A.S., Moshkovskii S.A., Lisitsa A.V., Archakov A.I. Progress in Proteome of 18th Chromosome (Russian part of HPP) // Abstr. Taiwan-Russia Research Cooperation Symposium “New mass spectrometry methods in proteomics” Kaosiung, Taiwan. 2011. P. 43.