Научная тема: «ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМОВ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ ВИЧ-1 К ИНГИБИТОРАМ ОБРАТНОЙ ТРАНСКРИПТАЗЫ»
Специальность: 03.01.03
Год: 2012
Отрасль науки: Биологические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:
  • Новый ПЦР анализ позволяет определять количество копий специфической цепи ДНК ВИЧ-1, реплицирующегося в культуре клеток и первичных лимфоцитах человека.
  • Скорость синтеза «минус»-цепи вирусной ДНК ex vivo составляет 68-70 нуклеотидов в минуту, перенос «минус»-цепи ДНК - 4 минуты, инициации синтеза «плюс»-цепи ДНК на полипуриновом тракте - 9 минут, и перенос «плюс»-цепи ДНК - 26 минут.
  • Инициация синтеза «плюс»-цепи ДНК ВИЧ-1 осуществляется на множественных сайтах.
  • Ингибиторы обратной транскриптазы ВИЧ-1 замедляют синтез «минус»-цепи ДНК.
  • Созданные нами новые тесты на культуре клеток позволяют определять частоту смены матрицы и частоту мутирования обратной транскриптазы ВИЧ-1.
  • Замедление полимеризации как путем воздействий химическими соединениями, так и при мутации определенных участков фермента, участвующих в связывании с субстратом, приводит к увеличению частоты смены матрицы; снижение активности РНКазы снижает частоту смены матрицы.
  • Мутации в захватывающем праймер участке РНКазы ВИЧ-1 не меняют частоту мутирования за исключением позиции Q475A (увеличение частоты мутирования в 2 раза), в то время как четыре аминокислотные замены (S557A, A558V, Q559L и Y586F) в обратной транскриптазе другого ретровируса - вируса лейкемии мыши (MLV), увеличивают частоту мутирования от 2.1 до 5.4 раз.
  • Мутации каталитически важных аминокислотных остатков РНКазы, а также захватывающего праймер участка РНКазы существенно снижают чувствительность вируса к ингибиторам обратной транскриптазы; сочетание этих мутаций с классическими лекарственно-устойчивыми мутациями ТАМ полимеразного домена приводит к кооперативному эффекту в увеличении лекарственной устойчивости к NRTI.
  • Мутации коннектора обратной транскриптазы селектируются в ответ на лечение NRTI и NNRTI и усиливают лекарственную устойчивость.
  • Мутации коннектора отвечают за различия в уровне лекарственной устойчивости референс-формы вируса подтипа В и CRF01AE.
  • Мутации коннектора обратной транскриптазы обуславливают перекрестную устойчивость к разным классам ингибиторов обратной транскриптазы.
  • Молекулярный механизм лекарственной устойчивости к нуклеозидным и ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы, обусловленный мутациями С-концевого района обратной транскриптазы, отражает важную роль в лекарственной устойчивости ВИЧ-1 баланса между деградацией РНК-матрицы и NRTI-фосфоролизом/NNRTI-диссоциацией.
Список опубликованных работ
1.Г.Н. Николенко, А.Т. Котелкин, С.Ф. Орешкова, А.А. Ильичев. Механизмы лекарственной устойчивости ВИЧ-1 к нуклеозидным и ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы.// Мол. Биология. 2011; 45(1):108-26.

2.R. B. Lengruber, K.A. Delviks-Frankenberry, G. N. Nikolenko, J. Baumann, A. F. Santos, V. K. Pathak, and M. A. Soares. Phenotypic characterization of drug resistance-associated mutations in HIV-1 RT connection and RNase H domains and their correlation with thymidine analogue mutations. // J. Antimicrob. Chemotherapy. 2011. 66(4): 702-8.

3.G.N. Nikolenko, K. A. Delviks-Frankenberry, and V.K. Pathak. A Novel Molecular Mechanism of Dual Resistance to Nucleoside and Nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors. // J.Virol. 2010. 84(10), p. 5238–49.

4.K. A. Delviks-Frankenberry, G. N. Nikolenko, and V. K. Pathak. The “Connection” Between HIV Drug Resistance and RNase H.// Viruses. 2010. 2(7). p. 1476–1503.

5.K.A. Delviks-Frankenberry, G. N. Nikolenko, F. Maldarelli, S. Hase, Y. Takebe, and V. K. Pathak. Subtype-specific differences in the HIV-1 reverse transcriptase connection subdomain of CRF01_AE are associated with higher AZT resistance.// J.Virol. 2009. 83(17). p. 8502-13.

6.G.N. Nikolenko, K.A. Delviks-Frankenberry, and V.K. Pathak. A Novel Molecular Mechanism of Dual Resistance to Nucleoside and Nonnucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors.// Antiviral Therapy 2009;14: S123.

7.K.A. Delviks-Frankenberry, G.N. Nikolenko, F. Maldarelli, S. Hase, Y. Takebe, and V.K. Pathak. Subtype-Specific Amino Acid Polymorphisms in the HIV-1 Reverse Transcriptase Connection Subdomain of CRF01_AE are Associated with Higher 3’-Azido-3’-Deoxythymidine Resistance.// Antiviral Therapy 2009;14: S124.

8.K. A. Delviks-Frankenberry*, G. N. Nikolenko*, P.L. Boyer, S.H. Hughes, J.M. Coffin, A. Jere, and V. K. Pathak. HIV-1 reverse transcriptase connection domain mutations reduce template RNA degradation and enhance NRTI excision.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105(31), p.10943-8 * K.A.D-F. and G.N.N. share co-authorship of this paper.

9.G. N. Nikolenko, K. A. Delviks-Frankenberry , A.Jere, and V. K. Pathak. Mutations in the reverse transcriptase connection and RNAse H domains exhibit dual resistance to nucleoside and non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors. // Antiviral Therapy 2008;13: A55.

10.G. N. Nikolenko, K. A. Delviks-Frankenberry, P.L. Boyer, S.H. Hughes, J.M. Coffin, A. Jere, and V. K. Pathak. HIV-1 reverse transcriptase connection domain mutations reduce template RNA degradation and enhance NRTI excision. // Antiviral Therapy 2008;13: A60.

11.G. N. Nikolenko*, K.A. Delviks-Frankenberry*, S. Palmer, F. Maldarelli, M. J. Fivash Jr., J.M. Coffin, and V. K. Pathak. Mutations in the connection domain of HIV-1 reverse transcriptase increase 3’-azido-3’-deoxythymidine resistance.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007. 104(1). P. 317-322. *G.N.N. and K.A.D-F. share co-authorship of this paper.

12.K. A. Delviks-Frankenberry, G. N. Nikolenko, R. Barr, and V. K. Pathak. Probing the Mechanism by Which Connection Domain Mutations Enhance AZT Resistance: Mutational Analysis of the RNase H Primer Grip. // Antiviral Therapy 2007;12: S125.

13.K. A. Delviks-Frankenberry, G. N. Nikolenko, R. Barr, and V. K. Pathak. Mutations in human immunodeficiency virus type-1 RNase H primer grip enhance 3’-azido-3’-deoxythymidine resistance.// J. Virol. 2007. v.81 (13). P.6837-45.

14.D.C. Thomas, Y.A.Voronin, G. N. Nikolenko, J. Chen, W. S. Hu, and V. K. Pathak. Determination of the ex vivo rates of HIV-1 reverse transcription using novel strand-specific amplification (SSA) analysis.// J. Virol. 2007. v.81 (9). P.4798-807.

15.G. N. Nikolenko, K. A. Frankenberry, S. Palmer, F. Maldarelli, J.W Mellors, J.M. Coffin, and V. K. Pathak. The HIV-1 reverse transcriptase connection domain from treatment-experienced patients contributes to AZT resistance.// Antiviral Therapy 2006; 11:S142.

16.G. N. Nikolenko, S. Palmer, F. Maldarelli, J.W Mellors, J.M. Coffin, and V. K. Pathak. Mechanism for nucleoside analog-mediated abrogation of HIV-1 replication: balance between RNase H activity and nucleotide excision. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005. V. 102 (6). P. 2093-2098.

17.J.L. Mbisa, G.N. Nikolenko, and V.K. Pathak. Mutations in the RNase H primer grip domain of murine leukemia virus reverse transcriptase decrease efficiency and accuracy of plus-strand DNA transfer.// J Virol. 2005. V. 79 (1). P. 419-427.

18.G. N. Nikolenko, K. A. Frankenberry, S. Palmer, F. Maldarelli, J.W Mellors, J.M. Coffin, and V. K. Pathak. RNase H domains obtained from treatment-experienced patients increase resistance to AZT. // Antiviral Therapy 2005; 10:S89.

19.G. N. Nikolenko, S. Palmer, F. Maldarelli, J.W Mellors, J.M. Coffin, and V. K. Pathak. Mutations in HIV-1 RNase H domain confer high-level resistance to nucleoside reverse transcriptase inhibitors and provide novel insights into the mechanism of nucleotide excision-mediated drug resistance. // Antiviral Therapy 2004; 9:S26.

20.G N. Nikolenko, E.S. Svarovskaia, K. A. Delviks, and V. K. Pathak. Antiretroviral drug resistance mutations in human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase increase template-switching frequency.// J. Virol. 2004. V. 78 (16) p. 8761-8770.