- На основе охарактеризованных в работе новых термолизинподобных и химотрипсин-подобных ферментов, их клонированных генов и экспрессионных систем создана экспериментальная модель для исследования молекулярных механизмов функционирования протеаз.
- Консервативный элемент субстратсвязывающего центра гутамилэндопептидаз - остаток His213 не является основным элементом распознавания заряда субстрата ферментами группы и, по-видимому, для каждой эволюционной ветви Glu-специфичных про-теаз характерна своя система компенсации заряда.
- Идентифицирована новая группа термолизинподобных протеаз с короткими N-концевыми пропептидами. Изучена структурная организация представителей группы. Установлена пространственная структура предшественника протеализина - первая структура предшественника пептидазы семейства M4 и первая структура протеазы с коротким пропептидом. Показано, что протеазы группы протеализина могут определять инвазию клеток эукариот бактериями.
- Разработан прототип ферментного препарата для улучшения качества мясного сырья в пищевой промышленности.
1.Демидюк И.В., Звонкова Е.Н., Носовская Е.А., Швец В.И. Вариант очистки генноинже-нерной металлопротеиназы Bacillus amyloliquefaciens. // Биотехнология. 1994. № 11-12. С. 13-15.
2.Демидюк И.В., Носовская Е.А., Цаплина И.А., Каравайко Г.И., Костров С.В. Выделение и характеристика сериновой протеиназы из Thermoactinomyces species, относящейся к группе Glu,Аsp-специфичных ферментов. // Биохимия. 1997. Т. 62. № 2. С. 202-207.
3.Rebrikov D.V., Akimkina T.V., Shevelev A.B., Demidyuk I.V., Bushueva A.M., Kostrov S.V., Chestukhina G.G., Stepanov V.M. B. intermedius glutamyl endopeptidase. Molecular cloning and nucleotide sequence of the structural gene. // J. Protein Chem. 1999. V. 18. № 1. P. 21-7.
4.Zabolotskaya M.V., Demidyuk I.V., Akimkina T.V., Kostrov S.V. A novel neutral protease from Thermoactinomyces sp. 27a: sequencing of the gene, purifcation, and characterization of the enzyme. // Protein J. 2004. V. 23. № 7. P. 483-492.
5.Титов Е.И., Митасева Л.Ф., Машенцева Н.Г., Костров С.В., Демидюк И.В. Изменение аминокислотного состава мясного сырья. // Пищевая пром. 2004. № 11. С. 82-83.
6.Demidyuk I.V., Kalashnikov A.E., Gromova T.Yu., Gasanov E.V., Safna D.R., Zabolot-skaya M.V., Rudenskaya G.N., Kostrov S.V. Cloning, sequencing, expression, and characterization of protealysin, a novel neutral proteinase from Ser. proteamaculans representing a new group of thermolysin-like proteases with short N-terminal region of precursor. // Protein Expr. Purif. 2006. V. 47. № 2. P. 551-561.
7.Михайлова А.Г., Лихарева В.В., Хайруллин Р.Ф., Лубенец Н.Л., Румш Л.Д., Демидюк И.В., Костров С.В. Новая психрофильная трипсиноподобная протеиназа из Ser. proteamacu-lans. // Биохимия. 2006. Т. 71. № 5. С. 697–706.
8.Sharipova M.R., Shagimardanova E.I., Chastukhina I.B., Shamsutdinov T.R., Balaban N.P., Mardanova A.M., Rudenskaya G.N., Demidyuk I.V., Kostrov S.V. The expression of Bacillus intermedius glutamyl endopeptidase gene in Bacillus subtilis recombinant strains. // Mol. Biol. Rep. 2007. V. 34. № 2. P. 79-87.
9.Гасанов Е.В., Романова Д.В., Громова Т.Ю., Демидюк И.В. Эффект делеции 3´-некодиру-ющей области гена глутамилэндопептидазы B. intermedius на продукцию активного белка клетками B. subtilis. // Мол. ген. микробиол. вирусол. 2007. № 2. С. 31-32.
10.Sharipova M., Balaban N., Kayumov A., Kirillova Y., Mardanova A., Gabdrakhmanova L., Leshchinskaya I., Rudenskaya G., Akimkina T., Safna D., Demidyuk I., Kostrov S. The expression of the serine proteinase gene of Bacillus intermedius in Bacillus subtilis. // Microbiol. Res. 2008. V. 163. № 1. Р. 39-50.
11.Можина Н.В., Бурмистрова О.А., Пупов Д.В., Руденская Г.Н., Дунаевский Я.Е., Демидюк И.В., Костров С.В. Выделение и свойства цистеиновой протеиназы Ser. pro-teamaculans 94. // Биоорг. химия. 2008. Т. 34. № 3. С. 303-309.
12.Demidyuk I.V., Gasanov E.V., Safna D.R., Kostrov S.V. Structural organization of precursors of thermolysin-like proteinases. // Protein J. 2008. V. 27. № 6. P. 343-354.
13.Громова Т.Ю., Демидюк И.В., Костров С.В., Сосфенов Н.И., Мелик-Адамян В.Р., Куранова И.П. Кpисталлизация и предварительные рентгеновские исследования кристаллов предшественника пептидазы семейства M4 – протеализина. // Кристаллография. 2008. Т. 53. № 5. С. 840-842.
14.Велишаева Н.С., Гасанов Е.В., Громова Т.Ю., Демидюк И.В. Влияние модификации сайта процессинга глутамилэндопептидазы Bacillus intermedius на продукцию активного фермента клетками Bacillus subtilis. // Биоорг. химия. 2008. Т. 34, № 6. С. 786-791.
15.Gasanov E.V., Demidyuk I.V., Shubin A.V., Kozlovskiy V.I., Leonova O.G., Kostrov S.V. Hetero- and auto-activation of recombinant glutamyl endopeptidase from B. intermedius. // Protein Eng. Des. Sel. 2008. V. 21. № 11. P. 653-658.
16.Gromova T.Yu., Demidyuk I.V., Kozlovskiy V.I., Kuranova I.P., Kostrov S.V. Processing of protealysin precursor. // Biochimie. 2009. V. 91. № 5. P. 639-645.
17.Цаплина О.А., Ефремова Т.Н., Кевер Л.В., Комиссарчик Я.Ю., Демидюк И.В., Костров С.В., Хайтлина С.Ю. Выявление актиназной активности протеализина. // Биохимия. 2009. Т. 74. № 6. С. 797–804.
18.Хайруллин Р.Ф., Михайлова А.Г., Себякина Т.Ю., Лубенец Н.Л., Зиганшин Р.Х., Демидюк И.В., Громова Т.Ю., Костров С.В., Румш Л.Д. Олигопептидаза B из Ser. pro-teomaculans. I. Определение первичной структуры, выделение и очистка природного и рекомбинантного фермента. // Биохимия. 2009. Т. 74. № 10. С. 1427–1437.
19.Demidyuk I.V., Gromova T.Yu., Polyakov K.M., Melik-Adamyan W.R., Kuranova I.P., Kostrov S.V. Crystal structure of protealysin precursor: insights into propeptide function. // J. Biol. Chem. 2010. V. 285. № 3. P. 2003-2013.
20.Sabirova A.R., Rudakova N.L., Balaban N.P., Ilyinskaya O.N., Demidyuk I.V., Kostrov S.V., Rudenskaya G.N., Sharipova M.R. A novel secreted metzincin metalloproteinase from B. inter-medius. // FEBS Lett. 2010. V. 584. № 21. P. 4419-4425.
21.Михайлова А.Г., Хайруллин Р.Ф., Демидюк И.В., Громова Т.Ю., Костров С.В., Румш Л.Д. Олигопептидаза B из Ser. proteamaculans. II. Энзиматическая характеристика – субстратный анализ, влияние ионов кальция, рH- и температурная зависимость. // Биохимия. 2011. Т. 76. № 4. С. 590-602.
22.Bozhokina E.S., Tsaplina O.A., Efremova T.N., Kever L.V., Demidyuk I.V., Kostrov S.V., Adam T., Komissarchik Ya.Yu., Khaitlina S.Yu. Bacterial invasion of eukaryotic cells can be mediated by actin-hydrolyzing metalloproteases grimelysin and protealysin. // Cell Biol. Int. 2011. V. 35. № 2. P. 111-118.
23.Safna D., Rafeva L., Demidyuk I., Gasanov E., Chestukhina G., Kostrov S. Involvement of propeptides in formation of catalytically active metalloproteinase from Thermoactinomyces sp. // Protein Pept. Lett. 2011. V. 18. № 11. P. 1119-1125.
24.Klykov S.P., Kurakov V.V., Vilkov V.B., Demidyuk I.V., Gromova T.Yu., Skladnev D.A. A cell population structuring model to estimate recombinant strain growth in a closed system for subsequent search of the mode to increase protein accumulation during protealysin producer cultivation. // Biofabrication. 2011. V. 3. № 4. P. 045006.
25.Tsaplina O., Efremova T., Demidyuk I., Khaitlina S. F-actin is a substrate for protealysin, a me-talloprotease of invasive Ser. proteamaculans. // FEBS J. 2012. V. 279. № 2. P. 264-274.
Обзоры
26.Демидюк И.В., Костров С.В. Особенности функциональной организации глутамилэндо-пептидаз. // Мол. биология. 1999. Т. 33. № 1. С. 100-105.
27.Демидюк И.В., Заболотская М.В., Велишаева Н.С., Сафина Д.Р., Костров С.В. Прозависимый фолдинг микробных протеолитических ферментов. // Мол. ген. микро-биол. вирусол. 2003. № 4. С. 11-15.
28.Демидюк И.В., Сафина Д.Р., Заболотская М.В., Костров С.В. Молекулярные механизмы стабилизации протеолитических ферментов. Модель термолизинподобных микробных металлопротеиназ. // Биоорг. химия. 2003. Т. 29. № 5. С. 418-426.
29.Демидюк И.В., Костров С.В. Организация и функционирование белковых молекул. Модель протеолитических ферментов. / В книге: Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 2. Отв. редактор Е.Д. Свердлов. // M.: Наука, 2004. С. 125-163.
30.Demidyuk I.V., Shubin A.V., Gasanov E.V., Kostrov S.V. Propeptides as modulators of functional activity of proteases. // Biomolecular Concepts. 2010. V. 1. № 3-4. P. 305-322.
Патент
31. Костров С.В., Демидюк И.В. Способ хроматографического выделения и очистки белка. Патент РФ № 2322505, приоритет от 30.06.2006.