1.Алексеев А.И., Скрынников Р.Г. Рецензия на книгу: Steindorff L. Метопа in Altrussland. Untersuchungen zu den Formen christlicher Totensorge // Quellen und Studien zur Geschichte des ostlischen Europa. B. 38. Stuttgart, 1994. 294 s, (Поминание в Древней Руси: Исследование форм христианской заботы о мертвых. Штутгарт, 1994. 294 с.) // «Отечественная история», 1997, № 2. - С. 201 - 203. – 0,3 п.л.
2.Алексеев А.И. О начале государственного поминания правящих династий Рюриковичей (XIV – XV вв.) // «Древнейшие государства Восточной Европы». 2005. Рюриковичи и Российская государственность. М., 2008. С. 426 – 435. – 1 п.л.
3.Алексеев А.И. Заметки о сочинениях киевского митрополита Спиридона // Древняя Русь. Вопросы медиевистики. 3 (37) Сентябрь, 2009. С. 6 – 7. – 0,2 п.л.
4.Алексеев А.И. Вторая Международная научная конференция «Верховная власть, элита и общество в России XIV – первой половины XIX века (Российская монархия в контексте европейских и азиатских монархий и империй)» // Древняя Русь. Вопросы медиевистики. 4(38) Декабрь, 2009. С. 124 – 126. – 0,2 п.л.
5.Алексеев А.И. «Спиридон рекомый, Савва глаголемый» (заметки о сочинениях Киевского митрополита Спиридона) // Древняя Русь. Вопросы медиевистики. № 3 (41) 2010.Юбилейный выпуск. С. 5 – 16. – 1,25 п.л.
6.Алексеев А.И. Русские монастыри и практика общественного дисциплинирования в России до начала Петровских реформ // «Уральский исторический вестник». № 3 (32), 2011.С. 50 – 54. – 0,5 п.л.
7.Алексеев А.И. Послания архиепископа Геннадия как исторический источник // «Новгородский исторический сборник». СПб., 2011. С. 128 – 150. – 2 п.л.
8.Алексеев А.И. О редакциях сочинения против стригольников, приписываемого патриарху Антонию или Стефану Пермскому // Древняя Русь. Вопросы медиевистики. 3 (37) Сентябрь, 2011. С. 6 – 7. – 0,2 п.л.
Монографии
1.Алексеев А.И. Под знаком конца времен. Очерки русской религиозности. СПб., 2002. «Алетейя». 350 стр. 22 п. л.
2.Алексеев А.И. Сочинения Иосифа Волоцкого в контексте полемики 1480 – 1510-х гг. СПб., 2010. Издательство Российская национальная библиотека. 390 с. 24,5 п. л.
Статьи в журналах и сборниках:
1.Алексеев А.И. Иосифлянство и нестяжательство в свете поминальной практики XV в.// Первые Димитриевские чтения. СПб., 1996.- С. 78 - 91. - 1,3 п.л.
2.Алексеев А.И. Заметки о пересмотре эсхатологической концепции на Руси в конце XV в. // Средневековое православие от прихода до патриархата. Волгоград, 1997.- С. 111 - 125. - 1,4 п.л.
3.Алексеев А.И. Складывание поминальной практики на Руси XIV-XV вв.// «Сих же память пребывает на веки» (мемориальный аспект в культуре русского православия). Материалы докладов и сообщений международной научной конференции. СПб., 1997.- С.5- 10. - 0,5 п.л.
4.Алексеев А.И. К изучению вкладных книг Кирилло-Белозерского монастыря // Там же .С. 69 - 86. - 1,8 п.л.
5.Алексеев А.И. Доктрина неотчуждаемости церковных имуществ в системе каноничного права на Руси конца XV – первой половины XVI вв. // Псковская Судная грамота и российская правовая традиция. Материалы научной конференции 27-28 октября 1997 г. – Псков: Изд. Центра «Возрождение», 1997.- С. 44 - 48. - 0,5 п.л.
6.Алексеев А.И. «Наказание к отрекшимся мира» Иллариона Великого – памятник литературы «нестяжателей» // Духовное, историческое и культурное наследие Кирилло-Белозерского монастыря. К 600-летию основания. СПб., 1998.- С. 18 – 33. - 1,5 п.л.
7.Алексеев А.И. Сюжет «змея мытарств» в композиции русских икон « Страшного суда» // Церковная археология. Вып. 4, СПб.. 1998.- С. 13 - 17. – 0,5 п.л.
8.Алексеев А.И. «Трифоновский» сборник как источник для изучения русской религиозности конца XIV-XV вв. // Средневековое православие от прихода до патриарха. Вып. 2, СПб., 1998.- С. 129 - 145. - 1,7 п.л.
9.Алексеев А.И. Установление «общей памяти» при митрополите Макарии. Исторический экскурс: церковное поминовение умерших «напрасною» смертью // Макарьевские чтения. Вып. VI. Канонизация святых на Руси. Можайск, 1998.- С. 102 - 122. - 2 п.л.
10.Алексеев А.И. «Слово о исходе души» Кирилла Философа // Опыты по источниковедению. Древнерусская книжность: археография, палеография, ко дикология. Вып. 2. СПб., 1999.- С. 8 -18. 1 п.л.
11.Алексеев А.И. Церковные и монастырские синодики-помянники в собраниях Отдела рукописей Российской национальной библиотеки // Рукописные собрания церковного происхождения в библиотеках и музеях России. Сборник докладов конференции 17 - 21 ноября 1998 г. М., 1999.- С. 102 - 108. - 0,7 п.л.
12.Алексеев А.И. Исследовательская парадигма “Вызов-и-Ответ” в изучении русской эсхатологии (на материале четьих сборников XV в.) // Историческая психология и ментальность. СПб., 1999. С. 43 – 48. – 0,5 п.л.
13.Алексеев А.И. Образ земного рая в системе средневекового богословия // Русская религиозность: проблемы изучения. СПб., 2000. С.48 - 61. - 1,4 п.л.
14.Алексеев А.И. «Слово к отрекшимся мира» Илариона Великого в контексте полемики о монастырском «стяжании» XVI в. // Опыты по источниковедению. Древнерусская книжность: археография, палеография, кодикология. Вып. 3. СПб., 2000. С. 16 – 24. – 0,8 п.л.
15.Алексеев А.И. Ересь стригольников: вольнодумцы или колдуны? (этимологический аспект) // Исследования по русской истории. Сборник статей в честь 65-летия проф. И.Я.Фроянова. C.- Петербург - Ижевск, 2001. С. 184 – 195. - 1,1 п.л.
16.Алексеев А.И. Ересь стригольников в ряду еретических движений средневековья (этимологический аспект) // Место России в Евразии. The Place of Russia in Eurasia. Budapest, 2001. С. 80 – 85. – 0,5 п.л.
17.Алексеев А.И. Грамота великой княгини Марии Ярославны в Кирилло-Белозерский монастырь (эсхатологический контекст) // Источниковедение и историография в мире гуманитарного знания. Доклады и тезисы XIV научной конференции. Москва, 18 – 19 апреля 2002 г. М., С. 82 – 84. – 0,2 п.л.
18.Алексеев А.И. Власть и общество Древней Руси в отношении к колдовству и ереси XI – XV вв. (казни посредством сожжения) // Российская государственность: история и современность. СПб., 2003. С. 44 – 56. – 1,1 п.л.
19.Алексеев А.И. Иван III и монастырское землевладение в эпоху Судебника 1497 года // Мир православия. Волгоград, 2004. С. 191 – 213. – 1,2 п.л.
20.Алексеев А.И. О некоторых параллелях в религиозных представлениях между Западной Европой и Россией эпохи средневековья // Конфессионализация в западной и восточной Европе в раннее Новое время. С-Петербург, 2004. С. 118 – 133. – 1,5 п.л.
21.Алексеев А.И. К изучению ереси стригольников // Древняя Русь. № 4 (18), 2004, декабрь. С. 22 – 34. – 1,5 п.л.
22.Алексеев А.И. К изучению «Власфимии» // Восточная Европа в древности и средневековье. Проблемы источниковедения. Ч. II. М., 2005. С. 169 – 172. – 0,3 п.л.
23.Алексеев А.И. Заметки о «Трифоновском сборнике» // Древняя Русь. № 3 (21) 2005. С. 6 – 7. – 0.2 п.л.
24.Алексеев А.И. «Власфимия» // Православная энциклопедия. Т. IX. М., 2005. С. 116 – 117. – 0,1 п.л.
25.Алексеев А.И. A few notes about the strigol’niki heresy // Cahiers du Monde Russe. 2005. Janvier – juin. 46/1 – 2. P. 285 – 296. – 1,1 п.л.
26.Алексеев А.И. Заметки о религиозности Ивана III // Исследования по русской истории. К 80-летию профессора Ю.Г.Алексеева. М., СПб., 2006. С. 187 – 201. – 1,5 п.л.
27.Алексеев А.И. Эсхатологические переживания в Западной Европе и на Руси в IX – XV вв. (Синхронно протекавшие процессы или типологическое сходство?) // Исследования по русской истории и культуре. Сборник статей к 70-летию профессора И.Я.Фроянова. М.,2006.С. 237 – 263. – 2,5 п.л.
28.Алексеев А.И. К изучению творческой истории «Просветителя» Иосифа Волоцкого // Древняя Русь. 3 (29) Сентябрь, 2007. С. 6 – 8. – 0,2 п.л.
29.Алексеев А.И. К изучению трактата «Власфимия» // Древнерусские и греческие рукописи Российской национальной библиотеки. Материалы Международной научной конференции 14 – 16 июня 2005 г. «История в рукописях – рукописи в истории» СПб.,2007.С. 30 – 42. – 1,1 п.л.
30.Алексеев А.И. О Симонии, Псковских спорах XV в. и «Трифоновском сборнике» // Труды кафедры истории России с древнейших времен. Т. II. СПб., 2007. С. 242 – 265. – 2 п.л.
31.Алексеев А.И. К изучению творческой истории «Книги на еретиков» Иосифа Волоцкого // Древняя Русь. 1 (31) Март, 2008. С. 5 – 15; Продолжение: Древняя Русь. 2 (32) Июнь, 2008. С. 60 – 71. – 2,5 п.л.
32.Алексеев А.И. О «Просветителе» и посланиях Иосифа Волоцкого // Вестник церковной истории. 2 / (10) 2008. С. 121 - 220. – 5,5 п.л.
33.Алексеев А.И. Когда началась полемика «иосифлян» и «нестяжателей»? // Нил Сорский в культуре и книжности Древней Руси. Материалы международной научной конференции IV Загребинские чтения 12 мая 2008 г. СПб., 2008. С. 29 – 40. – 1 п.л.
34.Алексеев А.И. Жидовствующие // Православная энциклопедия. Т. XIX. М., 2008. С. 185 – 194. – 2,5 п.л.
35.Алексеев А.И. Дискредитация соправителя: Иван III, Дмитрий-внук и ересь жидовствующих // Материалы Второй Международной научной конференции «Верховная власть, элита и общество в России XIV – первой половины XIX века (Российская монархия в контексте европейских и азиатских монархий и империй)» М., 2009. С. 14 – 15. – 0,1 п.л.
36.Алексеев А.И. Зосима // Православная энциклопедия. Т. XX. М., 2009. С. 355 – 360. – 1 п.л.
37.Алексеев А.И. О первенстве Пространной редакции «Просветителя» Иосифа Волоцкого // Religion und Integration im Moskauer Russland. Konzepte, Potentiale und Grenzen 14 – 17 Jahrhundert / Herausgegeben von Ludwig Steindorff. Forschungen zur osteuropaischen Geschichte. Herausgegeben vom Osteuropa-Institut der Freien Universitat Berlin von Holm Sundhaussen und Gertrud Pickhan. B. 76. Wiesbaden, 2010. S. 297 – 320. – 2,5 п.л.
38.Алексеев А.И. Иосиф (Санин), прп. // Православная энциклопедия. Т. XXV. М., 2010. С. 559 – 577. – 2 п.л.
39.Алексеев А.И. Полемическая литература XV в. и ересь «жидовствующих»: к постановке проблемы // Евреи и христиане в православных обществах Восточной Европы / под ред. М.В. Дмитриева. М., 2011. С. 47 – 73. – 3 п.л.
40.Алексеев А.И. Иосифляне // Православная энциклопедия. Т. XXVI. М., 2011. С. 78 – 85. 1,5 п.л.
41.Алексеев А.И. Иосифов Волоколамский (Волоцкий) в честь Успения пресвятой Богородицы монастырь // Православная энциклопедия. Т. XXVI. М., 2011. С. 91 – 108, 108 – 112. – 3,5 п.л.