- Впервые установлена структура новых антимикробных пептидов ареницинов из целомоцитов морского кольчатого червя Arenicola marina, нового антимикробного пептида аурелина из мезоглеи сцифоидной медузы Aurelia aurita, нового дефенсина и новых липид-траспортирующих белков из семян чечевицы Lens culinaris, новых антимикробных пептидов латероцидина и латероцина из штаммов аэробных грам-положительных бактерий Brevibасillus laterosporus, новой двухкомпонентной системы лантибиотиков из термофильных грам-положительных бактерий Bacillus lichenifromis. Впервые определены полные нуклеотидные последовательности кДНК, кодирующих белки-предшественники ареницинов, аурелина, дефенсина и липид-траспортирующих белков чечевицы, лихеницидина и соответствующие им полные аминокислотные последовательности белков-предшественников.
- Впервые сконструированы биотехнологические системы для гетерологичной экспрессии ареницина, аурелина, буфорина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы. Впервые получены штамм-продуценты, позволяющие экспрессировать гибридные белки, содержащие искомые антимикробные пептиды. Впервые разработаны способы получения, методики выделения и очистки рекомбинантных ареницина, аурелина, буфорина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, полностью идентичных природным пептидным антибиотикам по молекулярной массе, аминокислотной последовательности и антимикробной активности.
- Впервые разработаны биотехнологические способы получения аналогов ареницина, аурелина, зервамицина, антиамебина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, меченных стабильными изотопами.
- Впервые проанализированы структурные особенности выделенных антимикробных пептидов и спектр их биологического действия в сравнении с другими представителями этого класса биологически активных веществ. Впервые изучены физико-химические свойства рекомбинантных ареницина, аурелина, дефенсина чечевицы, а также зервамицина, антиамебина и лихеницидина. С использованием полученных данных, предложены модели, описывающие механизмы антимикробной активности ряда исследованных пептидных антибиотиков.
- Полученные сведения обогащают наши знания о защитных пептидах как природных молекулярных факторах врожденного иммунитета и могут стать основой для дальнейших исследований механизмов биологической активности этих веществ, а также могут представлять ценность для исследований в области молекулярной эволюции АМП.
1. Z.O.Shenkarev, S.V.Balandin, K.I.Trunov, A.S.Paramonov, S.V.Sukhanov, L.I.Barsukov, A.S.Arseniev, T.V.Ovchinnikova. Molecular Mechanism of Action of β-Hairpin Antimicrobial Peptide Arenicin: Oligomeric Structure in DPC Micelles and Pore Formation in Planar Lipid Bilayers // Biochemistry (USA). - 2011. - Jun 1. [Epub ahead of print]. DOI: 10.1021/bi200746t
2. E.S.Salnikov, C.Aisenbrey, S.V.Balandin, M.N.Zhmak, T.V.Ovchinnikova, B.Bechinger. Structure and alignment of the membrane-associated antimicrobial peptide arenicin by oriented 15N and 31P solid-state NMR spectroscopy // Biochemisrty (USA). – 2011. - V.50. - P.3784-3795.
3. R.Macháň, M.Hof, T.Chernovets, M.N.Zhmak, T.V.Ovchinnikova, J.Sykora. Formation of arenicin-1 clusters in bilayers and their specific lipid interaction revealed by z-scan FCS // Analytical & Bioanalytical Chemistry. - 2011. – V.399. – P.3547-3554.
4. Novgorodov S.A., Wu B.X., Gudz T.I., Bielwaski J., Ovchinnikova T.V., Hannun Y.A., Obeid L.M. Novel pathway of ceramide production in mitochondria: thioesterase and neutral ceramidase produce ceramide from sphingosine and acyl-COA // J. Biol. Chem. - 2011. – V.
5. Z.O.Shenkarev, E.I.Finkina, E.K.Nurmukhamedova, S.V.Balandin, K.S.Mineev, K.D. Nadezhdin, Z.A.Yakimenko, A.A.Tagaev, Y.V.Temirov, A.S.Arseniev, T.V.Ovchinnikova. Isolation, structure elucidation, and synergistic antibacterial activity of a novel two-component lantibiotic lichenicidin from Bacillus licheniformis VK21 // Biochemistry (USA). – 2010. - V.49. - P.6462-6472.
6. Stavrakoudis A., Tsoulos I.G., Shenkarev Z.O., Ovchinnikova T.V. Molecular dynamics simulation of antimicrobial peptide arenicin-2: β-hairpin stabilization by noncovalent interactions // Biopolymers. – 2009. – V.92. – No.3. – P.143-155.
7. Stegemann C., Kolobov A., Leonova Yu.F., Shamova O., Ovchinnikova T.V., Kokryakov V.N., R.Hoffmann R. Isolation, purification and de novo sequencing of TBD-1, the first beta-defensin isolated from reptiles // Proteomics. – 2009. –V.9. - No.5. - P.1364-1373.
8. A. D. Milov, R. I. Samoilova, A. A. Shubin, E.Yu. Gorbunova, L.G. Mustaeva, Т.V. Ovchinnikova, J. Raap, Yu. D. Tsvetkov. Self-Aggregation and orientation of the ion-Channel forming zervamicin IIA in the membranes of ePC vesicles studied by cw EPR and ESEEM spectroscopy // Appl. Magnetic Reson.- 2009. - V.39. - P.75-84.
9. Шенкарев З.О., Люкманова Е.Н., Соложенкин О.И., Гагнидзе И..Э, Некрасова О.В., Чупин В.В., Тагаев А.А., Якименко З.А., Овчинникова Т.В., Кирпичников В.П., Арсеньев А.С. Липид-белковые нанодиски: возможность применения для ЯМР-исследований мембранных белков и мембрано-активных пептидов // Биохимия. - 2009. - Т.74. - Вып. 7. - С.933-945.
10. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Balandin S.V., Nadezhdin K.D., Paramonov A.S., Kokryakov V.N., Arseniev A.S. Molecular insight into mechanism of antimicrobial action of the β-hairpin peptide arenicin: specific oligomerization in detergent micelles // Biopolymers. – 2008. – V.89. – P.455-464.
11. Finkina E.I., Shramova E.I., Tagaev A.A., Ovchinnikova T.V. A novel defensin from the lentil Lens culinaris seeds // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2008. - V. 371. - No. 4. - P. 860-865.
12. Lyukmanova E.N., Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Sobol A.G., Ovchinnikova T.V., Chupin V.A., Kirpichnikov M.P., Blommers M.J.J., Arseniev A.S. Lipid-protein nanscale bilayers: a versatile medium for NMR investigations of membrane protein and membrane-active-peptides // J. Am. Chem. Soc. – 2008. – V. 130. – P.2140-2141.
13. Дьяченко И.А., Мурашев А.Н., Овчинникова Т.В. Особенности нейротропной активности зервамицинов IIA и IIB // Доклады Академии наук. – 2008. - Т.419. - №.3. - С.403-405.
14. Дьяченко И.А., Мурашев А.Н., Овчинникова Т.В. Исследование нейротоксичности пептаиболов зервамицинов // Токсикологический вестник. – 2008. - Т.3. - С.35-38.
15. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Nadezhdin K.D., Balandin S.V., Zhmak M.N., Kudelina I.A., Finkina E.I., Kokryakov V.N., Arseniev A.S. Recombinant expression, synthesis, purification, and solution structure of arenicin // Biochem. Biophys. Res. Commun. – 2007. - V.360. - No.1. – P.156-162.
16. Овчинникова Т.В., Мурашев А.Н. Антибиотик-пептаибол зарвамицин обладает нейротропной активностью // Доклады Академии наук. – 2007. - Т.414. - №5. - С.707-709.
17. Ovchinnikova T.V., Levitskaya N.G., Voskresenskaya O.G., Yakimenko Z.A., Tagaev A.A., Ovchinnikova A.Yu., Murashev A.N., Kamenskii A.A. Neuroleptic properties of the ion channel-forming peptaibol zervamicin: locomotor activity and behavioral effects // Chemistry and Biodiversity. - 2007. - V.4. – No.6. – P.1374-1387.
18. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Nadezhdin K.D., Bocharov E.V., Kudelina I.A., Skladnev D.A., Tagaev A.A., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Antiamoebin-I in methanol solution: rapid exchange between right-handed and left-handed 310-helical conformations //Chemistry and Biodiversity. - 2007. - V.4. – No.6. – P.1219-1242.
19. Milov A.D., Tsvetkov Yu.D., Gorbunova E.Yu., Mustaeva L.G., Ovchinnikova T.V., Handgraaf J.-W., Raap J. Solvent effects on the secondary structure of the membrane-active zervamicin determined by PELDOR spectroscopy // Chemistry and Biodiversity. - 2007. - V.4. - No.6. - P.1243-1255.
20. Финкина Е.И., Баландин С.В., Серебрякова М.В., Потапенко Н.А., Тагаев А.А., Овчинникова Т.В. Выделение и первичная структура новых липид-транспортирующих белков из пророщенных семян чечевицы (Lens culinaris) // Биохимия. – 2007. - Т.72. - №4. - С.533-543.
21. Берлов М.Н., Кораблёва Е.С., Андреева Ю.А., Овчинникова Т.В., Кокряков В.Н. Лактоферрин из нейтрофилов собаки: выделение, физико-химические и антимикробные свойства // Биохимия. – 2007. – Т.72. - №4. – С.551-559.
22. Ovchinnikova T.V., Balandin S.V., Aleshina G.M., Tagaev A.A., Leonova Y.F., Krasnodembsky E.G., Men’shenin A.V., Kakryakov V.N. Aurelin, a novel antimicrobial peptide from jellyfish Aurelia aurita with structural features of defensins and channel-blocking toxins // Biochem. Biophys. Res. Commun. – 2006. - V.348. - No.2. – P.514-523.
23. Raap J., Hollander J., Ovchinnikova T.V., Swischeva N.V., Skladnev D.A., Kiihne S.. Trans and surface membrane bound zervamicin IIB: 13C-MAOSS-NMR at high spinning speed // J. Biomol. NMR. – 2006. - V.35. - No.4. - P.285-293.
24. Шамова О.В., Орлов Д.С., Овчинникова Т.В., Сал Х.Г., Тверьянович И.А., Попова В.А., Орлов С.Б., Дюбин В.А., Кокряков В.Н. Антимикробные пептиды из лейкоцитов русского осетра (Acipenser guldenstadti) // Фундаментальные исследования. Биологические науки. - 2006. - №1. – С.10-13.
25. Kropacheva T.N., Salnikov E.S., Nguyen H.-H., Reissmann S., Yakimenko Z.A., Tagaev A.A., Ovchinnikova T.V., Raap J. Membrane association and activity of membered peptide antibiotics: zervamicin IIB, ampullosporin A and antioamoebin I // BBA. - 2005. - V.1715. - No.1- P.6-18.
26. Ovchinnikova T.V., Aleshina G.M., Balandin S.V., Krasnosdembskaya A.D., Markelov M.L., Frolova E.I., Leonova Y.F., Tagaev A.A., Krasnodembsky E.G., Kokryakov V.N. Purification and primary structure of two isoforms of arenicin, a novel antimicrobial peptide from marine polychaeta Arenicola marina // FEBS Lett. – 2004. - V. 577. - No.1-2. - P.209-214.
27. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Balashova T.A., Yakimenko Z.A., Baru M.B., Mustaeva L.G., Raap J., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. High stability of the hinge region in the membrane-active peptide helix of zervamicin: paramagnetic relaxation enhancement studies // Biochem. Biophys. Res. Commun. – 2004. - V.325. - No.3- P.1099-1105.
28. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Peptaibol zervamicin IIB structure and dynamics refinement from trans-hydrogen bond J couplings // Biophys J. - 2004. - V.86. - No.6. - P. 3687-3699.
29. Мальцева А.Л., Алешина Г.М., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В., Краснодембский Е.Г. Новые антимикробные пептиды из целомоцитов Asterias rubens // Вестник СпбГУ. – 2004. – Сер.3. – Вып.4. – С.98-103.
30. З.О.Шенкарев, А.С.Парамонов, Т.А.Балашова, Т.В.Овчинникова, А.С.Арсеньев. Высокая стабильность шарнирного региона в спиральном каналообразующем антибиотике зервамицине IIB в растворе метанола по данным парамагнитного усиления ЯМР релаксации // Успехи современного естествознания. – 2004. - т.2.- №6.- С. 62-63.
31. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Yakimenko Z.A., Svishcheva N.V., Tagaev A.A., Skladnev D.A., Arseniev A.S. Biosynthetic Uniform 13C,15N-Labelling of Zervamicin IIB. Complete 13C and 15N NMR Assignment // Journal of Peptide Science. – 2003. - V.9. - No.11-12. - P.817-826.
32. Zolotarev Y.A., Dadayan A.K., Borisov Y.A., Dorokhova E.M., Kozik V.S., Vtyurin N.N., Bocharov E.V., Ziganshin R.N., Lunina N.A., Kostrov S.V., Ovchinnikova T.V., Myasoedov N.F. The effect of three-dimensional structure on the solid state isotope exchange of hydrogen in polypeptides with spillover hydrogen // Bioorg. Chem. (USA). – 2003. - V.31. - No.6. - P.453-463.
33. Milov A.D., Tsvetkov Yu.D, Gorbunova E.Yu., Mustaeva L.G., Ovchinnikova T.V., Raap J. Self-aggregation of spin-labelled zervamicin IIA in the solvents of low polarity studies by PELDOR spectroscopy // Biopolymers. – 2002. - V.64. - No.6. - P.328-336.
34. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Efremov R.G., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Raap J., Arseniev A.S. Spacial structure of zervamicin IIB bound to DPC micelles. Implication for voltage-gating // Biophys. J. – 2002. - V.82. - No.2. - P.762-771.
35. Крачковский С.А., Соболь А.Г., Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Якименко З.А., Азизбекян Р.Р., Кузнецова Н.И, Шамшина Т.Н., Арсеньев А.С. Выделение, биологические свойства и пространственная структура антибиотика лолоатина А // Биоорганическая химия. - 2002. - Т.28. - № 4. - С.298-302.
36. Складнев Д.А., Рогожкина Е.А., Кондакова Е.В., Швец В.И., Свищева Н.В., Якименко З.А., Шенкарев З.О., Овчинникова Т.В., Раап Я. Получение изотопно модифицированного 13C +15N пептидного антибиотика зервамицина IIB // Биотехнология. – 2002. - Т.5. - С.33-41.
37. Bechinger B., Skladnev D.A., Ogrel A., Li X., Rogozhkina E.V., Ovchinnikova T.V., O’Neil J.D., Raap J. 15N and 31P solid-state NMR investigation on the orientation of zervamicin IIB and alamethicin in phosphatidylcholine membranes // Biochemistry (USA). – 2001. - V.40. - No.31. - P.9428-9437.
38. Korshnev D.M., Bocharov E.V., Zhuravlyova A.V., Orekhov V.Y., Ovchinnikova T.V., Billeter M., Arseniev A.S. Backbone dynamics of the channel-forming antibiotic zervamicin IIB studied by 15N NMR relaxation // FEBS Letters. – 2001. - V.495. – No.1-2. - P.52-55.
39. Краснодембская А.Д., Алёшина Г.М., Лодыгин П.А., Овчинникова Т.В., Краснодембский Е.Г., Кокряков В,Н. Новые антимикробные пептиды из целомоцитов пескожила Arenicola marina (Polychaeta, Annelida) // Вестник СпбГУ. – 2001. – Сер.3. – Вып.4. - №27. – С.104-108.
40. Меньшенин А.В., Алёшина Г.М., Леонова Л.E., Краснодембский Е.Г., Овчинникова Т.В., Кокряков В.Н. Дефенсиноподобные пептиды сцифоидной медузы Aurelia aurita // Вестник СПбГУ. – 2001. – Сер.3. – Вып.4. - №27. – С.99-103.
41. Balashova T.A., Shenkarev Z.O., Tagaev A.A., Ovchinnikova T.V., Raap J., Arseniev A.S. NMR structure of the channel-former zervamicin IIB in isotropic solvents // FEBS Letters. - 2000.- V.466. - P.333-336.
42. В.В.Кухтина, К.Вайзе, А.В.Осипов, В.Г.Старков, М.И.Титов, С.Е.Есипов, Т.В.Овчинникова, В.И.Цетлин, Ю.Н.Уткин. MALDI-масс-спектрометрия для идентиикации белков в яде змей // Биоорганическая химия.- 2000. - Т. 26.- №11. - С. 803-807.
43. Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Свищева Н.В., Якименко З.А., Сазыкин Ю.О. Структурно-функциональное изучение семейства антибиотиков зервамицинов из Emericellopsis salmosynnemata // Биомедицинские технологии.- 1999.- Т.11. – С.10-13.
44. Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Мартынова Н.Ю., Рысс И.С., Сазыкин Ю.О., Быков В.А. Выделение антибиотика-каналообразователя зервамицина из гриба Emericellopsis salmosynnemata // Биомедицинские технологии.- 1998.- Т.8. – С.78-80.
45. Зайцева Л.Г., Зайцев В.Г., Фенюк Б.А., Павлов П.Ф., Виленская Н.Д., Овчинникова Т.В., Плежников К.А,, Гришин Е.В., Гринкевич В.А. Исследование белкового состава ядов некоторых вимдов тропических муравьёв и их влияние на Н+-АТPазу митохондрий // Биоорганическая химия. – 1995. – Т.21. - С. 563-370.
Обзор
46. Липкин В.М., Овчинникова Т.В.. Новейшие результаты в биоорганической химии и биотехнологии // Вестник Российской академии наук, 2010, т.80, №4, с. 356-360.
Патенты
47. Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК pET-KSI-Buf2, кодирующая гибридный белок, содержащий антимикробный пептид буфорин-2, штамм Escherichia coli BL21(DE3)/pET-KSI-Buf2 - продуцент указанного белка и способ получения антимикробного пептида буфорина-2 // Заявка на патент РФ №2007130536/13(033273) от 09.08.2007, патент RU 2 347 811, дата публикации патента 27.02.2009.
48. Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Баландин С.В., Нурмухамедова Э.К., Тагаев А.А., Темиров Ю.В., Финкина Е.И., Шенкарев З.О., Якименко З.А. Пептид LanA1, выделенный из бактерии Bacillus licheniformis VK21, обладающий антимикробным действием // Заявка на патент РФ №2009139393 (входящий № 055834) от 27.10.2009. Решение о выдаче патента от 16.08.2010г.
49. Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Баландин С.В., Нурмухамедова Э.К., Тагаев А.А., Темиров Ю.В., Финкина Е.И., Шенкарев З.О., Якименко З.А. Пептид LanA2, выделенный из бактерии Bacillus licheniformis VK21, обладающий антимикробным действием // Заявка на патент РФ №2009139394 (входящий № 055835) от 27.10.2009. Решение о выдаче патента от 12.08.2010 г.
50. Овчинникова Т.В., Финкина Е.И., Баландин С.В. Плазмидный вектор pE-Lc-LTP, штамм бактерии Escherichia coli для экспрессии липид-транспортирующих белков чечевицы Lens culinaris и способ получения указанных белков // Заявка на патент РФ №2009129838 (041521) от 04.08.2009. Патент RU 2415940 C1, дата публикации патента 10.04.2011
51. Баландин С.В., Финкина Е.И., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Плазмидный вектор pE-Trx-Aur, штамм Escherichia coli для экспрессии антимикробного пептида аурелина и способ получения указанного пептида // Заявка на патент РФ №2009143085 от 24.11.2009, решение ФИПС о выдаче патента от 13.10.2010. Патент RU 2412999 от 27.02.2011.
52. Aзизбекян Р.Р., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Рубин А.Б., Кузнецова Н.И., Тагаев А.А., Шенкарев З.О., Погосян С.И., Кузин А.И., Трунов К.И., Якименко З.А. Пептидный антибиотик бактериального происхождения латероцин, подавляющий развитие микроскопических водорослей // Заявка на патент РФ №2010113715 (019317) от 08.04.2010 г.
53. Баландин С.В., Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК pE-Trx-Lc-def, штамм Escherichia coli для экспрессии антимикробного пептида дефенсина чечевицы Lens culinaris и способ получения указанного пептида // Заявка на патент № 2010154169 от 30.12.2010г.
54. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК pE-His8-TrxL-Ar2, кодирующая гибридный белок, содержащий антимикробный пептид ареницин морского кольчатого червя Arenicola marina, и штамм Escherichia coli BL21(DE3)/pE-His8-TrxL-Ar2 - продуцент гибридного белка, содержащего ареницин // Патент на изобретение № 2316590. Приоритет изобретения 16 июня 2006 г. Заявка на патент РФ №2006121112 (022922) от 16 июня 2006г. Решение о выдаче патента от 02 июля 2007г. Зарегистрировано в Государственном реесте изобретений РФ 10 февраля 2008 г.
55. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Способ получения антимикробного пептида ареницина // Патент на изобретение № 2316595. Приоритет изобретения 16 июня 2006 г. Заявка на патент РФ №2006121111 (022921) от 16 июня 2006 г. Решение о выдаче патента 12 июля 2007 г. Зарегистрировано в Государственном реесте изобретений РФ 10 февраля 2008 г.
56. Овчинникова Т.В., Алешина Г.М., Баландин С.В., Маркелов М.Л., Краснодембская А.Д., Кокряков В.Н. Пептиды ареницины, выделенные из морского кольчатого червя Arenicola marina, обладающие антимикробным действием. // Патент на изобретение № 2261866. Заявка №2004103808. Приоритет изобретения 10 февраля 2004 г. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10 октября 2005 г.
57. Азизбекян Р.Р., Овчинникова Т.В., Шамшина Т.Н., Тагаев А.А., Смирнова Т.А., Якименко З.А., Кузнецова Н.И., Арсеньев А.С., Кузин А.И., Соболь А.Г., Орлова М.В. Циклодекапептидный антибиотик широкого спектра антагонистического действия латероцидин. Штамм бактерий Brevibacillus laterosporus, обладающий широким спектром антагонистического действия, – продуцент антибиотика латероцидина // Патент на изобретение №2229520. Заявка № 2002129351. Приоритет изобретения 05 ноября 2002 г. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 27 мая 2004 г.
Избранные тезисы докладов на международных конференциях.
58. Z.O.Shenkarev, S.V.Balandin, K.I.Trunov, A.S.Paramonov, S.V.Sukhanov, L.I.Barsukov, A.S.Arseniev, T.V.Ovchinnikova. Oligomeric structure in DPC micelles and pore formation in planar lipid bilayers give the insight into molecular mechanism of antimicrobial action of beta-hairpin peptide arenicin // Abstracts of the 36th FEBS CONGRESS Biochemistry for Tomorrow’s Medicine. - Torino, Italy. – 2011. - P.124.
59. Т.В. Овчинникова. Эндогенные антимикробные пептиды как молекулярные факторы врожденного иммунитета и прототипы лекарственных средств нового поколения // Труды VI Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». - Москва. - 2011.- Т.1. - С.122-123.
60. П.В.Пантелеев, С.В.Баландин, Т.В.Овчинникова. Получение 15N-меченного рекомбинантного антимикробного пептида аурелина // Тезисы докладов ХXIII зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. - 2011. – C.156.
61. K.I. Trunov, Z.O. Shenkarev, A.S. Paramonov, P.V. Baurin, S.V. Balandin, T.V. Ovchinnikova, A.S. Arseniev. Spatial Structure and Backbone Dynamics of Asymmetric Dimer of β-Hairpin Antimicrobial Peptide Arenicin-2 in Membrane Mimicking Environment // EUROMAR 2010, Abstracts of the Magnetic Resonance Conference, Florence, Italy.- 2010. – P.407.
62. Т.В. Овчинникова Разработка лекарственных средств нового поколения на основе природных антимикробных пептидов - молекулярных факторов врожденного иммунитета // Тезисы докладов V Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». Москва. - 2009. – Т.1. - С.185-187.
63. E.N. Lyukmanova, Z.O. Shenkarev, O.V. Nekrasova, T.V. Ovchinnikova,
A.S. Arseniev. Lipid-protein nanodiscs: possible application in high-resolution NMR investigations of membrane proteins and membrane-active peptides // EUROMAR 2009: Abstracts of the Magnetic Resonance Conference. Goteborg, Sweden.- 2009. - P.50.
64. Мельникова Д.Н., Финкина Е.И., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Гетерологическая экспрессия липид-транспортирующего белка чечевицы в клетках E. coli // Тезисы Международной научной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященная 75-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова. Москва. – 2009. – Т.2. – С.137-140.
65. Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Исследование антимикробных пептидов беспозвоночных. // Тезисы докладов ХX зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. - 2008. - С.19.
66. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Структурно-функциональная характеристика PR-белков из проращенных семян чечевицы Lens culinaris // Тезисы докладов Международной научно-практической конференции «Биотехнология. Вода и пищевые продукты». Москва. - 2008. - С.227.
67. Shenkarev Z.O., Nadezhdin K.D., Lyukmanova E.N., Ovchinnikova T.V., Skjeldal L., Arseniev A.S. The –hairpin containing membrane-active antimicrobial peptides: from spatial structure in membrane-mimicking media to mechanisms of action // Abstracts of the 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference “Biochemistry of Cell Regulation”. Athens. – Greece. – 2008. - P. 175.
68. Lyukmanova E.N., Shenkarev Z.O., Ovchinnikova T.V., Chupin V.V., Blommers M.J., Arseniev A.S. Reconstiuted high density lipoprotein particles: a promising medium for high-resolution NMR investigations of membrane proteins and membrane-active peptides. Abstracts of the 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference “Biochemistry of Cell Regulation”. Athens. – Greece. – 2008. - P. 171.
69. Шенкарев З.О., Парамонов А.С., Надеждин Д.Е., Гагнидзе И.Э., Юрченко Ю.Ю., Люкманова Е.Н., Овчинникова Т.B., Арсеньев А.С. Структура и динамика каналообразующего пептидного антибиотика антиамебина I в различных мембрано-моделирующих средах // Тезисы докладов XV международной конференции «Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии». Симпозиум «Достижения современной биоорганической химии и перспективы их применения». Гурзуф. – Украина. - 2007.- С.306-308.
70. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Nadezhdin K.D., Gagnidze I.E., Yurchenko Y.Y., Lyukmanova E.N., Bocharov E.V., Balashova T.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S.. Structure and dynamics of channel forming peptide antibiotic antiamoebin I in several membrane mimicking media // Abstracts of the International symposium «Nuclear magnetic resonance in condensed matter». The 4th meeting “NMR in life sciences”. - Saint-Petersburg. - 2007.- P.118.
71. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Выделение и первичная структура нового дефенсина из проращенных семян чечевицы Lens culinaris // Тезисы докладов IV Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития. – Москва. - 2007. - С.308.
72. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Новые антимикробные пептиды морских беспозвоночных // Тезисы докладов международной конференции по физико-химической биологии, посвященной 70-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова. – Москва. – 2004. – С.31.
73. Шенкарев З.О., Парамонов А.С., Балашова Т.А., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С. Высокая стабильность шарнирного региона в спиральном каналообразующем антибиотике зервамицине IIB в растворе метанола по данным парамагнитного усиления ЯМР релаксации // Тезисы трудов XII международной конференции по новым информационным технологиям в медицине и экологии. Гурзуф. – Украина. – 2004. Успехи современного естествознания. - 2004. - Т.2. - №6. - С. 62-63.
74. Баршунина Е.В., Якименко З.А., Складнев Д.А., Овчинникова Т.В. Получение 15N-меченого пептидного антибиотика антиамёбина I // Тезисы докладов XV зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. – 2003. – С.21.
75. Z.O.Shenkarev, T.A.Balashova, T.V.Ovchinnikova, A.S.Arseniev. Structure and dynamics of peptide ion channel zervamicin IIB in membrane mimic media // Abstracts of the XI International Conference on New Information Technology in Medicine, Biology, Pharmacology, and Ecology. – Gurzuf. – Ukraine. – 2003. -P.36.
76. Ovchinnikova T.V., Yakimenko Z.A., Swischeva N.V., Skladnev D.A., Raap J. Stable isotope labelling of the peptaibol antibiotics zervamicin IIB and antiamoebin I // Proceedings of the workshop “Peptaibols: Biosynthesis, Structural Diversity and Mode of Action”. – Jena, Germany. – 2002. – P.35.
77. Raap J., Milov A.D., Tsvetkov Yu.D., Ovchinnikova T.V., Formaggio F., Crisma M., Toniolo C. Pecularities of trichogin GA IV bound to the gram-positive bacterial cell // Proceedings of the workshop “Peptaibols: Biosynthesis, Structural Diversity and Mode of Action”. – Jena, Germany. – 2002. – P.25.
78. Ovchinnikova T.V., Baru M.B, Gorbunova E.Yu., Vazhenina I.V., Mustaeva L.G., Miroshnikov A.I., Raap J. Total Solid Phase Synthesis of the Biologically Active Peptaibol Antibiotic Zervamicin // Proceedings of the 18th International Congress of Biochemistry and Molecular Biology. - Birmingham, UK. – 2000. - P.195.
79. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Yakimenko Z.A, Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. NMR Structure of the Channel-Former Zervamicin IIB in Isotropic Solvents and DPC Micelles: Possible Mechanism of the Voltage Activation // Abstracts of the Open Russian-Swedish Conference “NMR in Protein-Protein and Protein-DNA Recognition”. – Moscow. - 2000. - P.36.
80. Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Мартынова Н.Ю., Сазыкин Ю.О. Исследование зервамицинов – антибиотиков группы пептаиболов // Материалы международной конференции «Фармацевическая биоэтика». - Москва. – 1997. – С. 66-67.
Избранные тезисы докладов на российских конференциях
81. Нурмухамедова Э.К., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Определение нуклеотидной последовательности и гетерологичная экспрессия генов предшественника лантибиотика LanA1 и модифицирующего его фермента LanM1 из штамма Bacillus licheniformis VK21 // Тезисы докладов ХXII зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. - 2010. - С.110.
82. Е.А.Корнева, Г.М. Алёшина, С.В.Перекрест, В.Н. Кокряков, С.В. Баландин, Е.И. Финкина, А.А. Тагаев, Т.В.Овчинникова. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе пептидных антибиотиков животного происхождения. Тезисы итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2009 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы». Москва. – 2009. - C.42-43.
83. Мельникова Д.Н., Финкина Е.И., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Получение рекомбинантного липид-транспортирующего белка чечевицы обыкновенной Lens culinaris // Тезисы докладов ХXI зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. - 2009. - С.66.
84. Овчинникова Т.В., Кокряков В.Н. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе природных пептидных антибиотиков - молекулярных факторов врожденного иммунитета // Тезисы докладов симпозиума «Результаты фундаментальных и прикладных исследований для создания новых лекарственных средств».- Москва. – 2008. – C. 147-148.
85. Меньшенин А.В., Алёшина Г.М., Кокряков В.Н., Корнева Е.А., Баландин С.В., Финкина Е.И., Якименко ЗА., Тагаев А.А., Овчинникова Т.В. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе пептидных антибиотиков животного происхождения // Тезисы итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2008 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы». Москва. – 2008. - С.126-127.
86. Овчинникова Т.В., Баландин С.В., Тагаев А.А., Финкина Е.И., Шенкарев З.О., Якименко З.А. Создание лекарственных средств нового поколения на основе природных антимикробных пептидов // Тезисы докладов на конференции по научным направлениям Программы фундаментальных исследований РАН «Фундаментальные науки – медицине». Москва. – 2008. - С.158-159.
87. Надеждин К.Д., Шенкарёв З.О., Баландин С.В., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С. Исследование пространственной структуры и механизмов специфической олигомеризации –структурного антимикробного пептида ареницина-2 // Труды 50-й научной конференции МФТИ. Часть IV «Молекулярная и биологическая физика». Москва-Долгопрудный. - 2007. - C.240-241.
88. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Новый дефенсин из семян чечевицы Lens culinary // Тезисы докладов III Российского симпозиума «Белки и пептиды». – Пущино. - 2007. - С.20.
89. Баландин С.В., Надеждин К.Д., Шенкарев З.О., Кокряков В.Н., Арсеньев А.С., Овчинникова Т.В. Гетерологичная экспрессия и исследование пространственной структуры новых антимикробных пептидов ареницинов // Тезисы докладов XIX зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии". – Москва. - 2007. - С.23.
90. Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Получение рекомбинантных антимикробных пептидов морских беспозвоночных // Тезисы докладов ХVIII зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. - 2006. - С.29.
91. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Новый антимикробный пептид аурелин из сцифоидной медузы Aurelia aurita: определение полной последовательности кДНК, кодирующей препроаурелин, и гетерологичная экспрессия в E.coli // Тезисы докладов VIII чтений, посвященных памяти академика Ю.А. Овчинникова. - Москва-Пущино. - 2006. - С.59.
92. Финкина Е.И., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Новый дефенсиноподобный белок из семян чечевицы обыкновенной Lens culinaris // Тезисы докладов ХVIII зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». – Москва. – 2006. - С.53.
93. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Структурные исследования новых антимикробных пептидов животного происхождения // Тезисы докладов XVII зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии". – Москва. - 2005. – С.31-32.
94. Кокряков В.Н., Алешина Г.М., Шамова О.В., Овчинникова Т.В. Антибиотические пептиды как эффекторные и регуляторные факторы врожденного иммунитета // Тезисы докладов объединенного иммунологического форума. – Екатеринбург. – 2004. - Russian Journal of Immunology. - 2004. - V.9 – Suppl.1. - P.73.
95. Алешина Г.М., Мальцева А.Л., Краснодембский Е.Г., Овчинникова Т.В. Антибиотические факторы морской звезды Asterias rubens // Тезисы докладов объединенного иммунологического форума. – Екатеринбург. – 2004. - Russian Journal of Immunology. - 2004. - V.9 – Suppl.1. - P.71.
96. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Выделение белково-пептидных антибиотиков из семян чечевицы Ervum lens // Тезисы докладов XVI зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. – 2004. - С.43.
97. Дьяченко И.А., Коршунов В.А., Мурашев А.Н., Свищева Н.В., Якименко З.А., Овчинникова Т.В. Исследование нейротропной активности антибиотика-пептаибола зервамицина // Тезисы трудов научной конференции ФИБХ РАН. – Пущино. – 2004. – С.7.
98. Якименко З.А., Свищева Н.В., Складнев Д.А., Овчинникова Т.В. Выделение 13C,15N-меченого антибиотика зервамицина IIB, полученного биотехнологическим методом // Тезисы докладов III съезда биохимического общества. – Санкт-Петербург. – 2002. – С.562-563.
99. Овчинникова Т.В., Алёшина Г.М., Потапенко Н.А., Леонова Ю.Ф., Меньшенин А.В., Кокряков В.Н. Новый пептидный антибиотик из сцифоидной медузы Aurelia aurita // Тезисы докладов III съезда биохимического общества. – Санкт-Петербург. – 2002. – С.556.
100. Якименко З.А., Свищева Н.В., Тагаев А.А., Овчинникова Т.В. Структурно-функциональное исследование антибиотиков-пептаиболов зервамицинов из гриба Emericellopsis salmosynnemata” // Тезисы трудов школы-конференции «Горизонты физико-химической биологии». - Пущино. - 2000. - С.111-112.
101. Горбунова Е.Ю., Бару М.Б., Важенина И.В., Мустаева Л.Г., Раап Я., Мирошников А.И., Овчинникова Т.В. Синтез биологически активных [D-Iva4] и [L-Iva4] зервамицинов IIB // Тезисы трудов отчетной конференции ФИБХ РАН. – Пущино. – 1999. – С.12-13.