- Оперон РМ-системы BstF5I из Bacillus stearothermophilus F5 содержит четыре однонаправленных и расположенных друг за другом гена ДНК- метилтрансфераз М1.BstF5I, М2.BstF5I, М3.BstF5I и М4.BstF5I и ген эндонуклеазы рестрикции R.BstF5I, ориентированный навстречу. РМ-система с четырьмя генами ДНК-метилтрансфераз, узнающих один и тот же сайт, описана впервые.
- Оперон РМ-системы FauI из Flavobacterium aquatile состоит из однонаправленных генов контрольного белка, первой ДНК-метилтрансферазы M1.FauI, эндонуклеазы рестрикции и второй ДНК-метилазы M2.FauI. Такое необычное строение оперона с наличием гена контрольного белка перед геном метилазы и расположением гена рестриктазы между генами метилаз обнаружено впервые.
- Система рестрикции-модификации SfaNI из Streptococcus faecalis ND547 состоит из однонаправленных генов ДНК-метилтрансферазы и эндонуклеазы рестрикции.
- ДНК-метилтрансферазы М1.BstF5I, М2.BstF5I, М3.BstF5I и М4.BstF5I являются N6-аденин-ДНК-метилтрансферазами, при этом М2.BstF5I и М3.BstF5I относятся к альфа типу, М1.BstF5I принадлежит бета типу, а М4.BstF5I имеет первичную структуру дельта типа.
- Субстратная специфичность клонированных М1.BstF5I, М2.BstF5I, М3.BstF5I, М4.BstF5I имеет следующие отличия:
- М1.BstF5I и М3.BstF5I узнают и модифицируют верхнюю цепь сайта 5´-GGATG-3´, тогда как М2.BstF5I и М4.BstF5I метилируют нижнюю цепь этого сайта;
- М1.BstF5I, М2.BstF5I, М4.BstF5I метилируют только установленный сайт узнавания, тогда как М3.BstF5I модифицирует также сайт 5´-GGATC-3´ с kcat в 20 раз меньше.
- Ферменты М1.BstF5I и М4.BstF5I предпочтительно модифицируют полуметилированный дуплекс и, вероятно, участвуют в пострепликативном метилировании вновь образованной ДНК.
- Коэффициент специфичности (kcat/Km ДНК) большинства ДНК-метилтрансфераз, узнающих палиндромные сайты, более чем в 100 раз превышает значение этого параметра у ферментов IIS типа.
1.Degtyarev S.Kh., Netesova N.A., Abdurashitov M.A., Shevchenko A.V. Primary structure and strand specificity of BstF5I DNA-methyltransferase recognizing GGATG // Gene. 1997. V.187. P. 217-219.
2.Абдурашитов М.А., Нетесова Н.А., Голикова Л.Н., Гуторов В.В., Белавин
П.А., Дегтярев С.Х. Вторая ДНК-метилтрансфераза из системы рестрикции-модификации BstF5I гомологична С-концевым доменам FokI и StsI // Мол. биол. 2000. Т.34. N1. С.87-94.
3.Голикова Л.Н., Нетесова Н.А., Гуторов В.В., Белавин П.А., Абдурашитов
М.А., Гончар Д.А., Дегтярев С.Х. Множественность сайт-специфических ДНК-метилтрансфераз системы рестрикции-модификации BstF5I из Bacillus stearothermophilus F5 // Мол. биол. 2000. Т.34. N3. С.443-447.
4.Нетесова Н.А., Голикова Л.Н., Овечкина Л.Г., Евдокимов А.А., Малыгин
Э.Г., Гололобова Н.С., Гончар Д.А., Дегтярев C.Х. Сравнительное изучение свойств ДНК-метилтрансфераз M.BstF5I-1 и M.BstF5I-3 системы рестрикции-модификации BstF5I // Мол. биол. 2002. Т.36. N1. С.136-143.
5.Голикова Л.Н., Гуторов В.В., Евдокимов А.А., Щелкунов С.Н., Гончар Д.А., Охапкина С.С., Дегтярев С.Х., Нетесова Н.А. M.BstF5I-4 – четвертая ДНК-метилтрансфераза системы рестрикции-модификации BstF5I из Bacillus stearothermophilus F5» // Биоорган. химия. 2002. Т.28. N1. С. 84-86.
6.Чернухин В.А., Голикова Л.Н, Гончар Д.А., Абдурашитов М.А., Каширина Ю.Г., Нетесова НА., Дегтярев С.Х. ДНК-метилтрансферазы M.BstF5I-2 и M.BstF5I-4 системы рестрикции-модификации BstF5I из Bacillus stearothermophilus F5 // Биохимия. 2003.Т.68.N9.C.1183-1192.
7.Чернухин В.А., Кузнецов В.В., Гончар Д.А., Каширина Ю.Г., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Субстратная специфичность и биохимические свойства ДНК-метилтрансферазы М3.BstF5I из системы рестрикции– модификации BstF5I // Биохимия. 2010. Т.75. N1. С.78-87.
8.Degtyarev S.Kh., Netesova N.A., Chizikov V.E., Abdurashitiv M.A. Cloning and characterization of the gene encoding M-FauI DNA-methyltransferase // Biol. Chem. 1998.V. 379. P.567-568.
9.Абдурашитов М.А., Охапкина С.С., Нетесова Н.А., Голикова Л.Н., Гончар Д.А., Дегтярев С.Х. Уникальная система рестрикции-модификации FauI, клонирование, сравнительный анализ структуры белков // Мол. биол. 2003.Т.37. N4. С.619-624.
10.Дегтярев С.Х., Речкунова Н.И., Нетесова Н.А., Чижиков В.Е., Малыгин Э.Г., Кочкин А.В., Михайлов В.В., Рассказов В.А. Установление специфичности энонуклеазы рестрикции VneI // Биоорган. химия. 1987. Т.13. N3. С.422-423.
11.Охапкина С.С., Нетесова Н.А., Голикова Л.Н., Серегина Е.В., Сосновцев С.В., Абдурашитов М.А., Дегтярев С.Х. Сравнительный анализ гомологичных систем рестрикции-модификации SfeI и LlaBI // Мол. биол. 2002. Т.36. N3. С.432-437.
12.Томилова Ю.Э., Абдурашитов М.А., Голикова Л.Н., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Клонирование, установление первичной структуры и сравнительный анализ ДНК-метилтрансфераз из систем рестрикции-модификации SfaNI и Bst191 // Мол. биол. 2004. Т.38. N6. С.997-1004.
13.Евдокимов А.А., Зиновьев В.В., Кузнецов В.В., Нетесова Н.А., Малыгин Э.Г. Конструирование олигонуклеотидных ингибиторов ДНК-метилтрансферазы I человека // Мол. биол. 2009. Т.43.N3. С.455-463.
14.Томилова Ю.Э., Кузнецов В.В., Абдурашитов М.А., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Рекомбинантная ДНК-метилтрансфераза M1.Bst19I из Bacillus stearothermophilus 19: получение, свойства и сравнительный анализ аминокислотной последовательности // Мол. биол. 2010. Т.44. N4. С.688-698.
15.Тарасова М.В., Кузнецов В.В., Нетесова Н.А., Гончар Д.А., Дегтярев С.Х. Рекомбинантная ДНК-метилтрансфераза из Bacillus psychrodurans AC: получение и изучение свойств // Биохимия. 2010. Т.75. N12. С.1712 – 1719.
Тезисы конференций
1.Degtyarev S.Kh., Netesova N.A. Abdurashitov M.A. Primary structure and strand specificity of BstF5I DNA-methyltransferase recognizing GGATG // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 1996. Р. 47.
2.Netesova N.A., Abdurashitov M.A., Degtyarev S.Kh. Two BstF5I-methyltransferases recognize and modify different strand DNA sequence GGATG // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 1997. Р. 136.
3.Degtyarev S.Kh., Netesova N.A. Cloning and characterization of the gene
encoding FauI DNA-methyltransferase from Flavobacterium aquatile // 4 New England Biolabs Workshop on Biological DNA Modification. Insbruc. 1997. Р. 153-154.
4.Netesova N.A, Degtyarev S.Kh., Golikova L.N., Gutorov V.V., Belavin P.A. Second DNA-methyltransferase from BstF5I restriction-modification system is homologous to C-domain of FokI methylase // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 1999. Р.89.
5.Degtyarev S.Kh., Netesova N.A., Golikova L.N., Gutorov V.V., Belavin P.A. Multiplicity of genes for DNA-methyltransferases in BstF5I restriction-modification system // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 2000. Р. 46.
6.Netesova N.A Degtyarev S.Kh., Abdurashitov M.A. Unique structure of FauI R-M system from Flavobacterium aquatile; Restriction endonuclease gene is located between genes of DNA methyltransferases // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 2000. Р. 42.
7.Degtyarev S. Kh., Netesova N.A., Golikova L.N. Cascad of four genes for DNA-methyltransferases in BstF5I restriction-modification system // FASEB Summer Research Conferences. Vermont, USA. 2001. P. 33.
8.Абдурашитов М.А., Охапкина С.С., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Уникальная система рестрикции-модификации FauI, клонирование и анализ структуры оперона // 3-й съезд биохимического общества. Санкт-Петербург, 2002. С.600-601.
9.Абдурашитов М.А., Охапкина С.С., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Сравнительный анализ гомологичных систем рестрикции-модификации SfeI и LlaBI // 3-й съезд биохимического общества. Санкт-Петербург, 2002. С. 601-602.
10. Чернухин В.А., Кузнецов В.В., Гончар Д.А., Каширина Ю.Г., Нетесова Н.А., Дегтярев С.Х. Изучение субстратной специфичности и биохимических свойств ДНК-метилтрансферазы BstF5I-3 из системы рестрикции-модификации BstF5I // 4-й съезд биохимиков. Новосибирск, 2008. С. 154.