- Структура и динамика водной флоры четырех регионов Центрального федерального округа и ботанико-географическое районирование этой территории по гидрофильной компоненте.
- Влияние антропогенной трансформации местообитаний на современное флористическое районирование изученной территории сопоставимо с влиянием на него геоморфологического и геологического строения.
- Алгоритм анализа региональных и парциальных флор.
1. Красная книга Московской области / отв. ред. В. А. Зубакин и В. Н. Тихомиров. — М.: Аргус: Изд-во Рус. университет, 1998. — 560 с. (личное участие 5%).
2. Щербаков А. В. Атлас флоры водоемов Тульской области / А. В. Щербаков. — М.: Изд-во Рус. университет, 1999. — 45 с.
3. Красная книга Рязанской области. Редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды грибов и растений Рязанской области / под ред. М. В. Казаковой. — Рязань: Узорочье, 2002. — 263 с. (личное участие 7%).
4. Флора Средней России: Аннотированная библиография. Первое дополнение / И. А. Губанов, И. М. Калиниченко, А. В. Щербаков. — М.: Изд-во Центра охраны дикой природы, 2002. — 60 с. (личное участие 30%).
5. Сосудистые растения национального парка «Орловское Полесье» / В. И. Радыгина, А. В. Щербаков, С. В. Полевова, Л. Л. Киселева, О. М. Пригоряну; под ред. В. С. Новикова и А. Г. Еленевского. — М.: Изд. Комис. РАН по сохранению биоразнообразия и ИПЭЭ РАН, 2003. — 91 с. — [Флора и фауна национальных парков; Вып. 3]. (личное участие 70%).
6. Флора Средней России: Аннотированная библиография. Второе дополнение / И. М. Калиниченко, В. С. Новиков, А. В. Щербаков. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2006. — 78 с. (личное участие 30%).
7. Маевский П. Ф. Флора средней полосы европейской части России. — 10-е изд. / Л. В. Аверьянов, К. И. Александрова… А. В. Щербаков, О. В. Юрцева; ред. кол. А. Г. Еленевский и др. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2006. — 600 с. (личное участие 5%).
8. Флора Москвы / Т. И. Варлыгина, Б. Н. Головкин, К. В. Киселева, С. Р. Майоров, Э. П. Немченко, В. С. Новиков, А. Н. Швецов, А. В. Щербаков; под общ. ред. проф. В. С. Новикова. — М.: Голден-Би, 2007. — 512 с. (личное участие 10%).
9. Шереметьева И. С. Конспект флоры сосудистых растений Тульской области / И. С. Шереметьева, Л. В. Хорун, А. В. Щербаков; под ред. проф. В. С. Новикова. — М.: Изд. Бот. сада Моск. ун-та; Тула: Гриф и К, 2008. — 274 с. (личное участие 30%).
10. Красная книга Московской области / отв. ред. Т. И. Варлыгина, В. А. Зубакин, Н. А. Соболев. — 2-е изд., доп. и перераб. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2008. — 827 с. (личное участие 5%).
11. Щербаков А. В. Сосудистая водная флора Орловской области / А. В. Щербаков; под ред. доц. Н. Ю. Хлызовой. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2010. — 92 с.
12. Красная книга Тульской области: растения и грибы: официальное издание / Администрация Тульской области; Центр охраны дикой природы; под ред. А. В. Щербакова. — Тула: Гриф и К, 2010. — 393 с. (личное участие 25%).
13. Определитель сосудистых растений Тамбовской области / А. П. Сухоруков, С. А. Баландин, В. А. Агафонов…, А. В. Щербаков, О. В. Юрцева; под ред. А. П. Сухорукова. — Тула: Гриф и К, 2010. — 349 с. (личное участие 5%).
14. Флора Средней России: Аннотированная библиография. Третье дополнение / И. М. Калиниченко, В. С. Новиков, А. В. Щербаков. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2011. — 136 с. (личное участие 30%).
Статьи в рецензируемых изданиях из списка ВАК
15. Киселева К. В., Новиков В. С., Октябрева Н. Б., Щербаков А. В. О новых находках редких видов растений в пределах Окско-Клязьминского междуречья // Бюл. МОИП. Отд. биол. — 1981. — Т. 86, вып. 6. — С. 132—136.
16. Тихомиров В. Н., Щербаков А. В., Денисова Л. В. Основные источники по флоре заповедников Советского Союза // Там же. — 1985. — Т. 90, вып. 5. — С. 119—136.
17. Щербаков А. В. Lemna gibba L. в Московской области // Там же. — 1987. — Т. 92, вып. 3. — С. 90—92.
18. Щербаков А. В., Шереметьева И. С. О некоторых новых и редких видах флоры водоемов Тульской области // Там же. — 1991. — Т. 96, вып. 5. — С. 77—81.
19. Шереметьева И. С., Щербаков А. В., Шереметьев П. Б. Новые и редкие виды флоры Тульской области // Там же. — 1992. — Т. 97, вып. 3. — С. 111—117.
20. Щербаков А. В. Классификации жизненных форм и анализ информации по региональным флорам водоемов // Там же. — 1994. — Т. 99, вып. 2. — С. 70—75.
21. Щербаков А. В., Тихомиров В. Н. Сбор и первичная обработка информации при изучении региональных флор водоемов // Там же. — Т. 99, вып. 3. — С. 111—116.
22. Щербаков А. В., Тихомиров В. Н. Трудности анализа региональных флор водоемов и пути их преодоления // Там же. — 1994. — Т. 99, вып. 4. — С. 83—87.
23. Алещенко Г. М., Букварева Е. Н., Щербаков А. В. Использование экспертных оценок для анализа территории по критериям биоразнообразия // Успехи соврем. биол. — 1995. — Т. 115, вып. 6. — С. 645—654.
24. Хорун Л. В., Шереметьева И. С., Щербаков А. В. Некоторые новые данные о распространении адвентивных растений в Тульской области // Бюл. МОИП. Отд. биол. — 1995. — Т. 100, вып. 5. — С. 90—93.
25. Щербаков А. В., Шмытов А. А. Находки новых и редких сосудистых растений флоры водоемов Калужской области // Там же. — 1998. — Т. 103, вып. 3. — С. 59.
26. Щербаков А. В., Полевова С. В. Флористические находки на северо-западе Орловской области // Там же. — 1999. — Т. 104, вып. 2. — С. 55—57.
27. Майоров С. Р., Силаева Т. Б., Щербаков А. В. Новые данные к флоре водоемов Мордовии // Там же. — 2000. — Т. 105, вып. 6. — С. 65—66.
28. Щербаков А. В., Майоров С. Р. О находках новых и редких видов сосудистых растений в Орловской области // Там же. — 2001. — Т. 106, вып. 2. — С. 72—75.
29. Щербаков А. В. Л. И. Лисицына, В. Г. Папченков. Флора водоемов России: Определитель сосудистых растений. М., Наука, 2000. [Рецензия] // Там же. — Т. 106, вып. 3. — С. 73—74.
30. Казакова М. В., Щербаков А. В. Флористические находки в Рязанской области // Там же. — 2002. — Т. 107, вып. 2. — С. 49—53.
31. Щербаков А. В., Полевова С. В. Находки новых и редких видов сосудистых растений на северо-западе Орловской области // Там же. — С. 54—55.
32. Шмытов А. А., Щербаков А. В., Купцов С. В. Ceratophyllum sub¬mersum L. в Нечерноземной России // Там же. — 2003. — Т. 108, вып. 3. — С. 87—88.
33. Щербаков А. В. Флористические находки в Московской области // Там же. — С. 88—89.
34. Щербаков А. В., Полевова С. В., Захарова Е. А. Флористические находки на северо-западе Орловской области // Там же. — С. 89—90.
35. Папченков В. Г., Щербаков А. В. Состоялась школа по гидроботанике // Там же. — 2004. — Т. 109, вып. 2. — С. 96.
36. Щербаков А. В., Девятов А. Г., Барзионова Т. В. Находки редких видов водных сосудистых растений на востоке Рязанской области // Там же. — Т. 109, вып. 3. — С. 77—78.
37. Калиниченко И. М., Майоров С. Р., Мартынов А. С., Новиков В. С., Щербаков А. В. Библиографическая база данных по флоре Средней России в Интернете // Бот. журн. — 2005. — Т. 90, № 3. — С. 469—470.
38. Щербаков А. В. Флористические находки в Рязанской области // Бюл. МОИП. Отд. биол. — 2006. — Т. 111, вып. 3. — С. 61—63.
39. Папченков В. Г., Щербаков А. В., Лапиров А. Г. VI Всероссийская школа-конференция по водным макрофитам // Там же. — 2007. — Т. 112, вып. 2. — С. 84—85.
40. Швецов А. Н., Щербаков А. В., Крылов А. В. Phragmites altis¬simus Mabille (Gramineae) в бассейне Верхней Оки // Там же. — 2007. — Т. 112, вып. 3. — С. 67—68.
41. Щербаков А. В., Чаадаева Н. Н. Новые виды Орловской флоры // Там же. — С. 73.
42. Еленевский А. Г., Радыгина В. И., Киселева Л. Л., Парахина Е. А., Щербаков А. В. Дополнения и поправки к «Флоре…» П. Ф. Маевского (2006) по Орловской области // Там же. — 2007. — Т. 112, вып. 6. — С. 61—62.
43. Казакова М. В., Щербаков А. В. Дополнения и поправки к «Флоре…» П. Ф. Маевского (2006) по Рязанской области // Там же. — С. 62.
44. Шереметьева И. С., Хорун Л. В., Щербаков А. В. Дополнения и поправки к «Флоре…» П. Ф. Маевского (2006) по Тульской области // Там же. — С. 64.
45. Киселева Л. Л., Пригоряну О. М., Хлызова Н. Ю., Чаадаева Н. Н., Щербаков А. В. Новинки орловской флоры по материалам 2007 года // Там же. — 2008. — Т. 113, вып. 3. — С. 72—73.
46. Щербаков А. В., Хлызова Н. Ю., Варгот Е. В. Potamogeton nodosus Poir. (Potamogetonaceae) в Средней России // Там же. — 2008. — Т. 113, вып. 6. — С. 62—64.
47. Киселева Л. Л., Сотников А. В., Хлызова Н. Ю., Хорун Л. В., Чаадаева Н. Н., Щербаков А. В. Интересные флористические находки в Орловской области в 2008 году // Там же. — 2009. — Т. 114, вып. 3. — С. 52—53.
48. Мокиевская Н. В., Щербаков А. В. [Рецензия] Красная книга Российской Федерации // Там же. — 2009. — Т. 114, вып. 5. — С. 87—88.
Учебно-методические пособия
49. Программы спецкурсов кафедры морфлогии и систематики высших растений. — М.: Изд-во «КМК», 2001. — 49 с. (личное участие 10%).
50. Программы спецкурсов кафедры морфлогии и систематики высших растений. — 2-е изд. — М.: Изд-во «КМК», 2010. — 78 с. (личное участие 10%).
51. Папченков В. Г. Основные гидроботанические понятия и сопутствующие им термины: Проект / В. Г. Папченков, А. В. Щербаков, А. Г. Лапиров. — Рязань: Сервис, 2003. — 20 с. (личное участие 40%).
52. Щербаков А. В. Полевое изучение флоры и гербаризация растений / А. В. Щербаков, С. Р. Майоров; под ред. А. К. Тимонина. — М.: Изд. каф. высших растений Биол. ф-та МГУ, 2006. — 84 с. [Летняя учебная практика по ботанике; Ч. 1]. (личное участие 60%).
53. Щербаков А. В. Инвентаризация флоры и основы гербарного дела: Методические рекомендации / А. В. Щербаков, С. Р. Майо¬ров; под ред. проф. В. С. Новикова. — М.: Товарищество науч. изд. КМК, 2006. — 50 с. (личное участие 60%).
Статьи в прочих изданиях
Щербаков А. В. Конспект флоры водоемов Московской области // Флористич. исслед. в Моск. обл. — М., 1990. — С. 106—120.
Щербаков А. В. К вопросу об оценке типов ареалов видов в связи с задачами сравнительной флористики // Материалы Конф., посвящ. 120-летию со дня рождения И. И. Спрыгина, 24—26 мая 1993 г. — Пенза, 1998. — С. 59—61.
Щербаков А. В., Полевова С. В., Решетникова Н. М. К динамике изучения флоры особо охраняемой природной территории // Ист. и развитие идей П. П. Семенова-Тян-Шанского в соврем. науке и практике школьного образования: Материалы Всерос. науч.-практ. конф., посвящ. 175-летию со дня рождения П. П. Семенова-Тян-Шанского. — Липецк, 2002. — Т. 2. Зоол., ботаника, экол. — С. 208—209.
Щербаков А. В. Изучение и анализ региональных флор водоемов // Гидроботаника: методология, методы: Материалы школы по гидроботанике (п. Борок, 8—12 апреля 2003 г.). — Рыбинск, 2003. — С. 56—69.
Щербаков А. В. Ограничения на использование методов сравнительной флористики при анализе региональных и местных флор // Вопросы общей ботаники: традиции и перспективы: Материалы Междунар. науч. конф., посвящ. 200-летию Казан. бот. школы (23—27 янв. 2006 г.). — Казань, 2006. — Ч. 2. — С. 197—198.
Щербаков А. В. Оценка изученности природных флор регионов Центрального федерального округа // Там же. — С. 183—187.
Щербаков А. В. Что такое «водное ядро флоры» и зачем нужен этот термин? // Материалы VI Всероссийской школы-конф. по водным макрофитам «Гидроботаника 2005» (пос. Борок, 11—16 окт. 2005 г.). — Рыбинск, 2006. — С. 25—26.
Щербаков А. В. Региональная водная флора как модельный объект для флористического анализа // Там же. — С. 34—48.
Щербаков А. В. К проблеме выбора счетных единиц в сравнительной флористике // Совр. сост., пробл. и перспективы регион. бот. исследований: Материалы Междунар. науч. конф., посвящ. 90-летию Воронеж. гос. ун-та и 50-летию Воронеж. отд-ния Рус. Бот. о-ва. — Воронеж, 2008. — С. 333—336.
Щербаков А. В. Влияние изученности адвентивной флоры на систематический спектр // Биоразнообразие: проблемы и перспективы сохранения: Материалы Междунар. науч. конф., посвящ. 135-летию со дня рождения И. И. Спрыгина, 13—16 мая 2008 г. — Пенза, 2008. — Ч. 1. — С. 351—353.
Щербаков А. В. [Водные растения] // Флора средней полосы России / К. В. Киселева, С. Р. Майоров, В. С. Новиков; под ред. проф. В. С. Новикова. — М., 2010. 3. — С. 20, 27—28, 39—48, 111—114, 233—236, 338—339, 354—356, 359—361, 396—397, 458—459, 478.
Щербаков А. В. Проблемы сравнительно-флористического анализа: выборки, счетные единицы, адвентивные виды // Тр. Рязан. отд-ния Рус. бот. о-ва. — Рязань, 2010. — Вып. 2. Ч. 2: Сравнительная флористика: материалы Всерос. школы-семинара по сравнительной флористике, посвящ. 100-летию «Окской флоры» А. Ф. Флерова / под ред. О. Г. Барановой. — С. 68—73.
Щербаков А. В., Майоров С. Р., Мартиросян Е. В. Адвентивные Lemnaceae Московской области // Материалы I (VII) Международной конференции по водным макрофитам «Гидроботаника 2010» (пос. Борок, 9—13 окт. 2010 г.). — Ярославль, 2010. — С. 338—340.
Щербаков А. В. Об отечественной специфике использования классификации жизненных форм Х. Раункиера при анализе флор // Биол. типы Христена Раункиера и современная ботаника: материалы Всерос. науч. конф. «Биоморфологические чтения к 150-летию со дня рождения Х. Раункиера». — Киров, 2010. — С. 112—115.
(Всего 61 статья).
Тезисы докладов и препринты
Щербаков А. В. Об изученности флоры водоемов Средней России // Тез. докл. II Всесоюз. конф. по высш. водным и прибрежно-вод¬ным растениям. — Борок, 1988. — С. 61—62.
Щербаков А. В. Типы местообитаний и проблемы анализа материалов по региональным флорам водоемов // Тез. докл. конф. «Флора Центральной России». — М., 1995. — С. 27—29.
Щербаков А. В., Даушкевич С. С., Даушкевич Ю. В. Использование высшей водной растительности как индикатора загрязнений водотоков Московской области // Тез. докл. IV Всерос. конф. по водным растениям. — Борок, 1995. — С. 84—85.
Щербаков А. В. Малые реки и озера — «плакорные» гидроэкотопы // Экосистемы малых рек: биоразнообразие, экология, охрана: Тез. докл. Всерос. конф., 16—19 ноября 2004 г. — Борок, 2004. — С. 102—103.
Щербаков А. В.. Высшая водная растительность водоемов города Пущина и его окрестностей / А. В. Щербаков, Н. М. Мингазова. — Пущино, 1988. — 18 с. — (Препр./ АН СССР, Науч. центр. биол. исслед.; Моск. гос. ун-т, биол. ф-т, лаб. экол. и охраны природы каф. высш. растений).