- Фактор теплового шока (HSF) взаимодействует с промотором гена HSС82 независимо от других промотор-специфических факторов и предотвращает репрессию транскрипции, вызванную присодинением нуклеосом.
- Кооперативное взаимодействие нескольких молекул фактора теплового шока с промотором обусловливает высокий уровень индукции транскрипции с промотора гена HSP82.
- Активационный домен фактора теплового шока необходим для динамичной перестройки хроматина при индукции транскрипции, вызванной тепловым шоком.
- Потенциальный механизм удаления нуклеосом с промоторов генов теплового шока включает в себя непосредственное взаимодействие между гистонами и активационными доменами фактора теплового шока, приводящее к дестабилизации промоторных нуклеосом.
- Предложена модель дестабилизации нуклеосом на основе взаимодействия активационных доменов HSF с октамерами гистонов, которая позволяет разрешить парадокс эффективного взаимодействия высоко консервативных гистонов и низко консервативных активационных доменов HSF, приводящего к активации транскрипции.
- Инактивация энзиматической активности комплекса SWI/SNF приводит к полному прекращению перестроек хроматина на промоторе HSP12 и замедляет удаление октамера гистонов нуклеосом на промоторах генов HSP82 и SSA4.
- Белковый комплекс RSC принимает участие и является критическим фактором для перестройки структуры хроматина в области промоторов генов теплового шока, а также необходим для привлечения РНК полимеразы II, обеспечивающей транскрипцию этих генов.
2.T Y. Liu, S. Ye and A. M. Erkine. Analysis of Saccharomyces cerevisiae genome for the distributions of stress-response elements potentially affecting gene expression by transcriptional interference. In Silico Biology, 2009, 9, 0030.
3.T. Y. Erkina, M. V. Lavrova, A. M. Erkine. Alternative ways of stress regulation in cells of S. cerevisiae: transcription activators Msn2 and Msn4. Cell and Tissue Biology, 2009, 51:121-129.
4.T. Y. Erkina, P. A. Tschetter, A. M. Erkine. Different requirement of SWI/SNF complex for the robust nucleosome displacement at promoters of HSF and Msn2/4 regulated heat shock genes. Mol. Cell. Biol., 2008, 28:1207-1217.
5.A. M. Erkina, A. M. Erkine. Displacement of histones at promoters of yeast heat shock genes is differentially associated with histone H3 acetylation. Mol. Cell. Biol., 2006, 26:7587-600. Summary figure used as a cover art for MCB v.26(20).
6.H. Singh, A. M. Erkine, S. B. Kremer, H. M. Duttweiler, D. A. Davis, J. Iqbal, R. R. Gross, D. S. Gross. A functional module of yeast mediator that governs the dynamic range of heat-shock gene expression. Genetics, 2006, 172:2169-84.
7.A. M. Erkine. Activation domains of gene-specific transcription factors: are histones among their targets? Biochem. Cell Biol., 2004, 82: 453-459. Summary figure used as a cover art for the issue 4 of the journal.
8.A. M. Erkine and D. S. Gross. Dynamic chromatin remodeling triggered by natural and synthetic activation domains. J. Biol. Chem., 2003, 278: 7755-64.
9.C. B. Bourgeois-Venturi, A. M. Erkine and D. S. Gross. Cell Cycle-Dependent Binding of Yeast Heat Shock Factor to Nucleosomes. Mol. Cell. Biol., 2000, 20: 6435-6448.
10.D. C. Raitt, A. L. Johnson, A. M. Erkine, K. Makino, B. Morgan, D. S. Gross, L. H. Johnston. The Skn7 response regulator of Saccharomyces cerevisiae interacts with Hsf1 in vivo and is required for the induction of heat shock genes by oxidative stress. Mol. Biol. Cell, 2000, 11: 2335-2347.
11.A. M. Erkine, S. F. Magrogan, E. A. Sekinger, D. S. Gross. Cooperative binding of heat shock factor to the yeast HSP82 promoter in vivo and in vitro. Mol. Cell. Biol., 1999, 19: 1627-1639.
12.Y. Lee, W. M. Wong, D. Gayer, A. M. Erkine, R. N. Nazar. In vivo analyses of upstream promoter sequence elements in the 5S rRNA gene from Saccharomyces cerevisiae. J. Mol. Biol., 1997, 269: 676-683.
13.A. M. Erkine, C. C. Adams, T. Diken, D. S. Gross. Heat shock factor gains access to the yeast HSC82 promoter independently of other sequence-specific factors and antagonizes nucleosomal repression of basal and induced transcription. Mol. Cell. Biol., 1996, 16: 7004-7017.
14.A. M. Erkine, C. C. Adams, M. Gao, D. S. Gross. Multiple protein-DNA interactions over the yeast HSC82 heat shock gene promoter. Nucleic Acids Res., 1995, 23: 1822-1829.
15.A. M. Erkine, C.Szent-Gyorgyi, S. F. Simmons, D. S. Gross. The upstream sequences of the HSP82 and HSC82 genes of Saccharomyces cerevisiae: regulatory elements and nucleosome positioning motifs. Yeast, 1995, 11: 573-580.
16.Y. Lee, A. M. Erkine, D. I. Van Ryk, R. N. Nazar. In vivo analyses of the internal control region in the 5S rRNA gene from Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res., 1995, 23: 634-640.
17.M. A. Karymov, A. A. Kruchinin, Yu. A. Tarantov, I. A. Balova, L. A. Remisova, N. G. Sukhodolov, A. I. Yanklovich, A. M. Erkine *(Yorkin). Legmuir-Blodgett film based membrane for a DNA-probe biosensor. Sensors and Actuators B., 1992, 6: 208-210.
18.А. М. Еркин. Характеристика фибрилл хроматина, иммобилизованных на поликатионной поверхности. Биохимия, 1992, 57: 312-316.
19.А. М. Еркин. Экранированность гистонов Н1, Н5 и ДНК в наднуклеосомной структуре эритроцитарного хроматина. Ленинградский государственный университет. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. 1987.
20.А. М. Еркин. Хроматин на мембране: исследование доступности гистона H5 для антител в наднуклеосомной структуре хроматина. Молекулярная биология. 1987. 21: 688-695.
21.А. М. Еркин, Л. Г. Водовьянова, А. А. Липская, А. В. Козлов. Особенности ограниченного трипсинолиза гистона H5 в растворе и составе с хроматина различным уровнем компактизации. Биохимия, 1987, 52: 396-404.
22.А. М. Еркин. Экранированность ДНК от действия ДНКазы I в наднуклеосомной структуре хромотина. Вестник Ленинградского государственного университета, 1986, 3: 78-83.
23.М.И. Мосевицкий, А. М. Еркин. О специфичности распределения модифицированных форм и подфракций гистонов в хроматине. Доклады АН СССР, 1982, 262: 1510-1513.
24.V. A. Pospelov, A. M. Erkine *(Erkin), A. T. Khachatrian. H1 and H5 histone arrangement in chromatin of pigeon erythrocytes. FEBS Lett., 1981, 128: 315-317.
Публикации в форме тезисов на конференциях
1.A. M. Erkine, T. Y. Erkina. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology. Histone code: Fact or Fiction? “Activator - Histone Interactions: Fact or Fiction?” Utah (USA) January, 2011.
2.T. Y. Erkina, Y. Zou, S. Freeling, A. M. Erkine. Functional interplay between chromatin remodelling complexes RSC, SWI/SNF, and ISWI in regulation of yeast heat shock genes, ABCAM Conference: Chromatin structure and function. Costa Rica. November 2009.
3.A. M. Erkine, T. Y. Erkina. Regulation of chromatin remodeling at heat shock gene promoters by HSF and Msn2/4 activators. “New ideas for an old family: Heat Shock factor at crossroads between stress, epigenetics and development”. Roscoff (France) - September, 2008.
4.T. Y. Erkina, P. A. Tschetter, A. M. Erkine. Different requirements of SWI/SNF complex for the robust nucleosome displacement at promoters of HSF and Msn2/4 regulated heat shock genes. Cold Spring Harbor. September 2007.
5.T. Y. Erkina, A. M. Erkine. Differential mechanisms of nucleosome displacement at yeast heat shock gene promoters. Chromatin and transcription. Dominican Republic, December 2006.
6.T. Y. Erkina, A. M. Erkine. Gene-specific chromatin remodeling at yeast heat sock gene promoters. Chromatin mediated biological decisions. Marburg, Germany, October 2006.
7.T. Y. Erkina and A. M. Erkine. Correlation between the degree of nucleosome displacement and histone H3 acetylation during gene activation. BRIN conference Washington DC, July 2006
8.T. Y. Erkina, A. M. Erkine. Nucleosome displacement at promoters of yeast heat shock genes is proportional to the degree of transient histone H3 acetylation. Chromatin: structure and function. Bahamas, December 2005.
9.A. M. Erkine. Nucleosome displacement at heat shock promoters: direct or indirect recruitment of chromatin remodelers? West Coast Chromatin and Chromosomes Conference, Asilomar, CA, December 2003.
10.A. M. Erkine, D. S. Gross. Heat shock factor-induced nucleosome remodeling in vivo and in vitro. Keystone Symposium: Chromatin Structure and Activity. Santa Fe, NM, March 2003.
11.A. M. Erkine, D. S. Gross. Chromatin remodeling triggered by synthetic activation domains. Keystone Symposium: Chromatin Structure and Activity. Santa Fe, NM, January 2002.
12.A. M. Erkine, D. S. Gross. Probing the function of the yeast HSF activation domain. Keystone Symposium: Chromatin Structure and Function. Durango, CO, February 2000.
13.A. M. Erkine. Cooperative Binding of Yeast HSF to the HSP82 Promoter: Destroying Nucleosomal Block. Twentieth Annual West Coast Chromatin and Chromosomes Conference, Asilomar, CA, December 1998.
14.A. M. Erkine, S. F. Magrogan, D. S. Gross. Cooperative and non-cooperative interactions of heat shock factor at the yeast HSP82 promoter. 17 International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, San Francisco, CA, August 1997.
15.A. M. Erkine, S. F. Magrogan, D. S. Gross. Yeast HSF Exhibits chromatin-specific cooperative binding. FASEB Summer Research Conference on Chromatin and Transcription, Snowmass, CO, July 1997.
16.A. M. Erkine, C. C. Adams, D. S. Gross. HSF gains access to the yeast HSC82 promoter independently of other sequence-specific factors and antagonizes nucleosomal repression of transcription. Gordon Research Conference on Nuclear Proteins, Chromatin Structure & Gene Regulation. Tilton, NH, July 1996.
17.A. M. Erkine and D. S. Gross. Cooperative interactions between HSF trimers and other factors determine the mechanisms of transcriptional regulation in the yeast HSP82 and HSC82 genes. Southeastern Regional Yeast Meeting, Hattiesburg, MS, March 1996.
18.A. M. Erkine and D. S. Gross. Regulatory elements, transcription factors interactions, and promoter chromatin architecture underlie differences in the transcriptional regulation of the yeast HSP82 and HSC82 genes. FASEB Summer Research Conference on Chromatin and Transcription, Snowmass, CO, June 1995.
19.D. S. Gross, T. Diken, and A. M. Erkine. Yeast heat shock factor can bind to nucleosomes and remodel chromatin. FASEB Summer Research Conference on Chromatin and Transcription, Snowmass, CO, June 1995.
20.A. M. Erkine, E. A. Sekinger, D. S. Gross. Consequences of in situ mutations on protein - DNA interactions upstream of the yeast HSP90 genes. Southeastern Regional Yeast Meeting, Hattiesburg, MS, March 1995.
21. D. S. Gross, T. Diken, and A. M. Erkine. Heat shock factor can bind to nucleosomes and remodel chromatin in S. cerevisiae J. Cell. Biochem. 19B, 197. Meeting of the Keystone Symposium on Heat Shock (Stress) Proteins in Biology and Medicine, Santa Fe NM, February 1995.