Автор 78 научных и учебно-методических работ, 1 авторского свидетельства на изобретение и 2 патентов. В 2007 году защитила докторскую диссертацию «Противоишемическая, иммунотропная активность новых производных 5-годроксиникотиновой кислоты и 3-гидроксипиридина и анализ механизма их действия». Под ее руководством защищена кандидатская диссертация. В настоящее время Е.В.Авдеева занимается изучением влияния производных %-ГНК и 3-ГП на формирование гуморального иммунного ответа и развитие гиперчувствительности замедленного типа на эритроциты барана, а также влияние данных соединений на функциональную, кислородозависимую и метаболическую активность нейтрофилов у здоровых крыс в условиях повышенной иммунореактивности при вторичном иммунодефиците.