Основное научное направление: педагогика высшей школы, внедрение компетентностного подхода в образовательный процесс при подготовке учителей биологии в вузе, адаптационная физиология.

Область научных интересов: Исследование проблем профессиональной подготовки и формирования комплекса компетенций у будущих учителей биологии в вузе педагогической направленности; исследование физиологических механизмов адаптации организма человека и животных.

В 1998 году защитила кандидатскую диссертацию по теме «Фармакологические свойства родиолы линейнолистной». В 2017 году защитила докторскую диссертацию по теме «Теоретические основы формирования специальных компетенций учителей биологии в педагогическом вузе».

Автор более 90 печатных работ,

А.К. Чалданбаева имеет Патент на изобретение (№ 731 от 30.11. 2004 г.) – Средство с актопротекторным и антигипокическим действием «МАРИТОН».

В 2015 году подготовлено учебное пособие «Практикум по анатомии морфологии растений», которому был присвоен гриф Министерства образования и науки Кыргызской Республики.

Принимала участие в составлении Типовой программы по физиологии человека и животных для вузов Кыргызской Республики. Является автором методических рекомендаций по «Биологии растений» (2003 г.), по «Токсикологии и санитарно-гигиеническим основам применения пестицидов» (2000 г.), методических указаний с рабочей тетрадью к лабораторно-практическим занятиям по «Экологии и защите растений», «Методам экологических исследований» (2006 г.), учебных пособий «Дикорастущие лекарственные растения Кыргызстана и их применение» (2004 г.), учебно-методического комплекса и пособий по «Физиологии сердца и кровообращения» (2005 г.), «Физиологии человека и животных» (2011 г.), «Физиологии возбудимых систем» (2012 г.).

За лучшую научно-исследовательскую работу среди молодых ученых Кыргызской Республики награждена Дипломом I – степени по Президентской образовательной программе «Кадры XXI века» (2000 г.), является «Отличником образования Кыргызской Республики» (2005 г.).

Регулярно повышала свою квалификацию, посещая семинары республиканского и международного масштабов «Проведение самооценки вуза и написание отчета по самооценке» в рамках проекта Фонда «Сорос-Кыргызстан» (20014 г.), «Модернизация содержания высшего образования и системы гарантии качества» совместно с EdNet (2014 г.).

Автор, руководитель и исполнитель научно-технических проектов, финансируемых Фондом «Сорос-Кыргызстан» (2000 - 2002 гг.), Агентством по международному сотрудничеству «USAID» (2010 - 2011 гг.), Министерством образования и науки Кыргызской Республики (2002 – 2010 гг.).