1. Классификацию внутривидового разнообразия возделываемого вида, сохраняемого ex situ, можно осуществлять при помощи коэффициентов генетической оригинальности образцов по Смирнову, рассчитанными по результатам молекулярного маркирования генома.
2. Используя современные методы функциональной геномики (кДНК-чип технологии), можно идентифицировать спектр генов-кандидатов, определяющих изменчивость хозяйственно-ценных признаков.
3. Желательную с точки зрения селекционной практики повышенную или пониженную экспрессию гена-кандидата в результате цис-регуляторной мутации можно маркировать с помощью полиморфных сайтов в структурной части гена.
4. Используя подход «генетической геномики» с применением микрочипа Affymetrix 22K Barley GeneChip, можно локализовать на генетической карте ячменя более 15% генов, транскрибируемых в конкретной ткани. Одновременно, в рамках того же эксперимента можно картировать регуляторные локусы для 80% транскрибируемых генов.
5. Общегеномное картирование регуляторов экспрессии генов ячменя с помощью Affymetrix позволяет локализовать транс-регуляторные локусы, регулирующих транскрипцию целого кластера генов, среди которых могут оказаться также гены, определяющие важные фенотипические характеристики.1. Potokina E. Gene expression quantitative trait locus analysis of 16,000 barley genes reveals a complex pattern of genome wide transcriptional regulation / E. Potokina, A. Druka, Z. Luo, R. Wise, R.Waugh, M. J. Kearsey // Plant Journal. - 2008. - V.53. – P. 90-101.
2. Потокина Е.К. Внутривидовое разнообразие Vicia faba L. и вопрос о происхождении возделываемых бобов по результатам молекулярного маркирования генома / Е. К. Потокина, С.В. Булынцев, Н. Томоока, Д. Воган // Сельскохозяйственная биология. – 2008. - №.3. – С. 47-58.
3. Potokina E. SFP genotyping from Affymetrix arrays is robust but largely detects cis-acting regulatory genes / Z.W. Luo, E. Potokina, A. Druka, R. Wise, R.Waugh, M.J. Kearsey // Genetics. - 2007. - V.176. – P. 789-800.
4. Потокина Е.К. Современные методы геномного анализа в исследованиях генетики количественных признаков у растений / Е.К. Потокина, Ю.В. Чесноков// Сельскохозяйственная биология. - 2006. - №.3. – С. 3-18.
5. Potokina E. Large-scale analysis of the barley transcriptome based on Expressed Sequence Tags / H.N. Zhang, N. Sreenivasulu, W. Weschke, N. Stein, S. Rudd, V. Radchuk, E. Potokina, U. Scholz, P. Schweizer, U. Zierold, P. Langridge, R.K. Varshney, U. Wobus, A. Graner // Plant Journal. - 2004. - V.40. – P. 276-290.
6. Potokina E. Functional association between malting quality trait components and cDNA array based expression patterns in barley (Hordeum vulgare L.) / E. Potokina, M. Caspers, M. Prasad, R. Kota, H. Zhang, N. Sreenivasulu, M. Wang, A. Graner // Molecular Breeding. - 2004. - V.14. – P. 153-170.
7. Potokina E. AFLP diversity in common vetch (Vicia sativa L.) on the world scale / E. Potokina, F.R. Blattner, T. Alexandrova, K. Bachmann // Theoretical and Applied Genetics. - 2002. - V.105. – P. 58-67.
8. Потокина Е.К. Перекрестник или самоопылитель? Электрофорез запасных белков семян как метод определения способа опыления видов бобовых / Э.Э. Егги, Е.К. Потокина // Ботанический журнал. - 1998. – Т.83.№12. – С. 77-83.
9. Потокина E.К. Особенности опыления однолетних видов рода Vicia (Fabaceae) / E.К. Потокина, Т. Г. Александрова // Ботанический журнал. - 1996. – Т.81. – С. 74-79.
10. Потокина E.К. Коэффициенты генетической оригинальности образцов коллекции вики посевной (Vicia sativa L.) по результатам молекулярного маркирования / E.К. Потокина, Т. Г. Александрова // Генетика. – 2008. - №.11. (в печати).
Статьи в рецензируемых журналах:
11. Potokina E. Expression genetics and haplotype analysis reveal cis regulation of serine carboxypeptidase I (Cxp1), a candidate gene for malting quality in barley (Hordeum vulgare L.) / E. Potokina, M. Prasad, L. Malysheva, M.S. Roder, A. Graner // Functional and Integrative Genomics. - 2006. - V.6.№1. – P.25-35.
12. Potokina E. cDNA array analysis of stress-induced gene expression in barley androgenesis / S.D.F. Maraschin, M. Caspers, E. Potokina, F. Wulfert, A. Graner, H.P. Spaink, M. Wang // Physiologia Plantarum. - 2006. - V.127. №4. – P. 535-550.
13. Potokina E. Der steinige molekulare Weg zu besserem Malz / M. Roder, E. Potokina, L. Malysheva-Otto, I. Matthies, A. Graner //Vorträge Pflanzenzüchtung. - 2006. - V.69. – P. 83-85.
14. Potokina E. Molecular mapping in barley: shifting from the structural to the functional level / A. Graner, T. Thiel, H. Zhang, E. Potokina, M. Prasad, D. Perovich, R. Kota, R.K. Varshney, U. Scholz, I. Grosse, N. Stein //Czech Journal of Genetics and Plant Breeding. - 2005. - V.41.№3. – P. 81-88.
15. Potokina E. A simple hybridization-based strategy for the generation of non-redundant EST collections - a case study in barley (Hordeum vulgare L.) / R.K. Varshney, H.N. Zhang, E. Potokina, N. Stein, P. Langridge, A. Graner // Plant Science. - 2004. - V.167.№3. – P. 629-634.
16. Potokina E. Electrophoretic patterns of seed proteins in the East Asian Vicia species (Leguminosae) and their systematic utility / E. Potokina, Y. Endo, E. Eggi, H. Ohashi // The Journal of Japanese Botany. - 2003. - V.78.№1. – P.29-37.
17. Potokina E. Differential gene expression during seed germination in barley (Hordeum vulgare L.) / E. Potokina, N. Sreenivasulu, L. Altschmied, W. Michalek, A. Graner // Functional and Integrative Genomics. - 2002. - V.2.№1-2. – P. 28-39.
18. Potokina E. Functional Genomics bei Gerste: Vom Erkenntnisgewinn zur züchterischen Nutzung / E. Potokina, M. Caspers, N. Sreenivasulu, M. Wang, L. Altschmied, A. Graner // Vorträge Pflanzenzüchtung. - 2002. - V.173. – P.173-181.
19. Potokina E. Population diversity of the Vicia sativa agg. (Fabaceae) in the flora of the former USSR deduced from RAPD and seed protein analyses / E. Potokina, D. Vaughan, E. Eggi, N. Tomooka // Genetic Resources and Crop Evolution. - 2000. - V.47. – P.171-183.
20. Potokina E. Phylogeny of Vicia subgenus Vicia (Fabaceae) based on analyses of RAPDs and RFLP of PCR-amplified chloroplast genes / E. Potokina, N. Tomooka, D. A. Vaughan, T. Alexandrova, R.Q. Xu // Genetic Resources and Crop Evolution. - 1999. - V.46. – P.149-161.
21. Potokina E. Vicia sativa aggregate (Fabaceae) in the flora of former USSR / E. Potokina // Genetic Resources and Crop Evolution. - 1997. - V.44. – P.199-209.
22. Потокина E.K. Электрофорез запасных белков семян в решении проблем систематики Vicia sativa agg. / E. K. Потокина, Э. Э. Eгги // Труды по прикл. бот., ген. и селекц. - 1991. – Т.139. С.112-123.
Материалы всероссийских и международных конференций
23. Potokina E. Towards the functional basis of malting quality in barley: cis regulation of the Cxp1 gene / E. Potokina, M. Prasad, H. Zhang, D. Perovich, N. Stein, A. Graner // Proceedings of 9th International Symposium on Plant Seeds. – 2004. – P. 53.
24. Potokina E. Malting quality in barley cultivars using genomic approach / M. Caspers, E. Potokina, A. Graner, M. Wang // European Society for Agronomy, VIII ESA Congress. – 2004. – P. 971.
25. Потокина Е.К. Функционально-ассоциативный подход для выявления связи генной экспрессии с изменчивостью фенотипического признака у ячменя (Hordeum vulgare L.). / Е.К. Потокина, М. Касперс, М. Ванг, М. Прасад, Р. Кота, Х. Цанг, А. Гранер // Материалы III Съезда ВОГиС “Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития”. – Москва, 2004. - С. 253.
26. Потокина Е.К. Оптимизация коллекций генетических ресурсов растений с помощью методов ДНК-фингерпринтинга / Е.К. Потокина, Т.Г. Александрова // XII делегатский съезд русского ботанического общества. – 2003. – P. 53.
27. Potokina E. Study of androgenesis induced gene expression in barley by cDNA array approach / S.F. Maraschin, E. Potokina, M. Caspers, A. Graner, H.P. Spaink, M. Wang // Proceedings of XI International Conference of Plant Embryology. – 2003. – P. 41.
28. Potokina E. Malting quality of barley cultivars in terms of gene expression / E. Potokina, M. Caspers, N. Sreenivasulu, M. Wang, A. Sorensen, A. Graner // Proceedings of 6th Gatersleben Research Conference. – 2002. – P. 44.
29. Potokina E. Functional genomics of seed germination in barley / E. Potokina, M. Wolf, N. Sreenivasulu, W. Weschke, W. Michalek, L. Altschmied, A. Graner // Abstracts of the XVIth EUCARPIA Congress, Edinburg, Scotland, 2001. – http://www.eucarpia.org/03publications/ abstractsxvi/ XVI_006.html.
30. Potokina E. Vicia faba L. and related species: genetic diversity and evolution / E. Potokina, D.A. Vaughan, N. Tomooka, S. Bulyntzev // Proceedings of the 7th Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF), Japan International Workshop on Genetic Resources. Part1. Wild Legumes. – 2000. – P. 125-143.
31. Potokina E. Exploration and collection of wild Vicia species in Nagano and Niigata Prefectures, Japan 17th-19th October 1999 / D. Vaughan, N. Tomooka, E. Potokina, N. Maxted, D. Jarvis, M.S. Yoon, A. Kaga, M. Akiba, Y. Tsubokura // Annual report of exploration and introduction of plant genetic resources. - 2000. – V.16. – P. 59-65.
32. Potokina E. Genetic diversity of landraces and local cultivars of common vetch (Vicia sativa L.) in the area of former USSR / E. Potokina, F.R. Blattner, T. Alexandrova, K. Bachmann // Proceedings of 3rd International Crop Science Congress. – 2000. – P. 126.