- Теоретическое обоснование комбинированного квантово-классического метода для расчета энергетических профилей, с помощью которого установлено, что в клетке с хирально модифицированными калиевыми каналами с природной первичной структурой будут нарушены многие биологические процессы, обусловленные функционированием калиевых ионных каналов. Появление остатков iAsp в калий-избирательных каналах и остатков D-Asp в КШ-центре связывания NMDA-рецептора, обусловленное посттрансляционными неферментативными модификациями аминокислотных остатков, приводит к нарушению структуры и функциональных характеристик каналов.
- Разработанный и теоретически обоснованный нами метод энергетического выравнивания структур каналов, с помощью которого были построены D-аминокислотные модельные каналы с природными функциональными характеристиками и модифицированной аминокислотной последовательностью из 10 D-аминокислот: Gly, Ala, Ser, Cys, Asp, Asn, Lys, His, Phe, Pro.
1.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Механизм местной анестезии: ориен-тационные эффекты на дальних расстояниях // Биофизика, 2000, Т.45, №6, с. 1066-1071.
2.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Поляризационные взаимодействия в системе анестетик-биомембрана: активность производных ацетанилида // Журнал физической химии, 2001, Т.75, №10, с. 1716-1720.
3.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Анализ количественных соотноше¬ний структура - анестезирующая активность ацетанилидов с применением регрессионных и квантовохимических методов // Химико-фармацевтический журнал, 2001, Т.35, №6, с. 54-56.
4.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н. Влияние базиса на точность оценки дипольного момента молекулы ацетани-лида // Журнал структурной химии, 2001, Т.42, №6, с. 1222-1225.
5.Дмитриев А.В., Исаева Г.А., Исаев П.П., Барышников В.Г., Ласточкин А.В. Уровни энергии и волновые функции иона в грамицидиновых каналах // Биофизика, 2002, Т.47, №5, с. 864-868.
6.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Взаимодействие местных анестети¬ков с модельными ионными каналами // Биофизика, 2002, Т.47, №3, с. 506¬511.
7.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Моделирование поляризационных взаимодействий в системе спирт - биомембрана // Известия вузов. Сер. Хи¬мия и хим. технология, 2003, Т.46, №6, с. 101-103.
8.Дмитриев А.В., Твердислов В.А. О методах расчета распределения потенциа¬ла в белковых порах // Биофизика, 2004, Т.49, №3, с. 506-510.
9.Дмитриев А.В., Марков И.В., Барышников В.Г., Твердислов В.А. Об исполь-зовании приближенных силовых полей для расчета распределения электро-статического потенциала мембранных каналов // Журнал структурной химии,
2005, Т.46, №5, с. 624-628.
10.Дмитриев А.В., Исаев П.П., Твердислов В.А. Разделение дальних и ближних взаимодействий в расчетах распределения энергии ионов в мембранных каналах // Журнал структурной химии, 2006, Т.47, №2, с. 255-259.
11.Дмитриев А.В., Марков И.В., Барышников В.Г., Твердислов В.А. Распреде¬ление энергии и ионная избирательность бактериального калиевого канала // Биофизика, 2006, Т.51, №4, с. 624-629.
12.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Влияние вязкости растворителя на молекулярную динамику грамицидинового канала // Известия вузов. Серия Химия и химическая технология, 2006, Т.49, №9, с. 40-42.
13.Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Моделирование ионной изби-рательности потенциал-зависимого калиевого канала // Технологии живых систем, 2006, Т.3, №4, с. 39-42.
14.Дмитриев А.В., Твердислов В.А. Моделирование последовательности кодо-нов белок-кодирующей области калиевого канала зеркальной клетки // Тех¬нологии живых систем, 2006, Т.3, №5, с. 39-41.
15.Дмитриев А.В., Исаев П.П., Твердислов В.А. Влияние изомеризации амино-кислотных остатков на структуру аквапорина // Журнал структурной химии, 2006, Т.47, №3, с. 578-580.
16.Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Рацемизация бактериального калиевого канала и хиральная безопасность биосферы // Технологии живых систем, 2006, Т.3, №1, с. 5-8.
17.Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Структура и ионная избира-тельность открытого потенциал-зависимого калиевого канала // Журнал структурной химии, 2007, Т.48, №1, с. 143-145.
18.Коротина А.С., Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Изменение структуры аквапорина в результате биологического старения организма // Известия вузов. Сер. Химия и хим. технология, 2007, Т.50, №5, с. 128-129.
19.Коротина А.С., Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Применение смешанных энергетических профилей ионов в расчетах токовых характери¬стик калиевого мембранного канала // Известия вузов. Сер. Химия и хим. технология, 2007, Т.50, №6, с. 115-116.
20.Коротина А.С., Дмитриев А.В., Твердислов В.А. Моделирование лигандов нативного и хирально модифицированного МШ-центра связывания NMDA-рецептора // Биомедицинская химия, 2008, Т.50, №4, с. 415-416.
Статьи в других журналах, изданиях и тематических сборниках
21.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Математическое моделирование межмолекулярных взаимодействий в системе анестетик-биомембрана // Вестник КГУ им. Н.А. Некрасова, 2000, Т.2, №2, с. 50-55.
22.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Николаевский В.А., Исаев П.П. Дескрипторы молекулярной формы в исследованиях местноанестезирующей активности производных фенилпропиофенона // Прикладные информационные аспекты медицины, 2000, Т.3, №2, с. 46-50.
23.Дмитриев А.В., Исаев В.П., Исаева Г.А., Казак Е.В. Молекулярное моделиро¬вание ионных потоков через функциональную мембрану // Вестник КГУ им. Н.А. Некрасова, 2002, №2, с. 8-13.
24.Дмитриев А.В., Исаева Г.А., Исаев П.П., Лузянин С.Е. Исследование ионных потоков через границу раздела раствор/мембрана // Конденсированные среды и межфазные границы, 2002, Т.5, №3, с. 35-40.
25.Dmitriev A.V., Baryshnikov V.G., Markov I.V., Tverdislov V.A. Band and point statistical estimation of channelforming polypeptides potential / Progress in Chemometrics Research. 2005. USA, NY: Nova Science Publishers, P.30-45.
26.Дмитриев А.В., Твердислов В.А. О возможности существования и структур¬ных особенностях зеркального антипода природной клетки // Препринт фи¬зического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, № 6/2005. Москва, 2005. 50 с.
27.Дмитриев А.В., Исаев П.П. Физическое объяснение водной проницаемости аквапорина AP1 // Вестник КГУ им. Н.А. Некрасова, 2005, Т.5, №4, с. 17-20.
28.Дмитриев А.В., Исаев П.П. Представление молекулы мембранного канала в системе координат с поворотной осью симметрии // Вестник КГУ им. Н.А. Некрасова, 2005, Т.5, №7, с. 4-7.
29.Твердислов В.А., Яковенко Л.В., Дмитриев А.В., Жаворонков А.А., Твердислова И.Л. Происхождение предшественников живой клетки. О двух фундаментальных асимметриях - ионной и хиральной / Проблемы регуляции в биологических системах. Биофизические аспекты / Под общей ред. А.Б. Рубина. Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2007. с. 259-291.
В материалах конференций
30.Дмитриев А.В., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н., Ткаченко К.Н., Исаева Г.А., Исаев П.П. Механизм местной анестезии: модельные взаимодействия в сис¬теме анестетик-мелиттин // Труды молодых ученых России: Сборник мате¬риалов 3-го Всероссийского медицинского конгресса. Ижевск: Изд-во Экс¬пертиза, 2000. с. 16-18.
31.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н. Ма-тематическое моделирование электростатических взаимодействий в системе анестетик-биомембрана // Математика. Образование. Экология. Гендерные проблемы: Тезисы докладов Международной конференции. Воронеж: Изд-во
ВГУ, 2000, с. 54-55.
32.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н., Ткаченко К.Н. Математическое моделирование взаимодействий местных ане¬стетиков с грамицидиновыми каналами биомембраны // Физика и радиоэлек¬троника в медицине и экологии: Тезисы докладов 4-я Международной науч¬но-технической конференции. Владимир: Изд-во Ин-та оценки природ. ре¬сурсов, 2000, с. 47-52.
33.Дмитриев А.В., Исаева Г.А., Исаев П.П. Математическое моделирование межмолекулярных взаимодействий в системе анестетик-биомембрана // Био-химическая физика на рубеже столетий: Тезисы докладов международной конференции. Москва: Изд-во Института биохимфизики РАН, 2000. с. 42.
34.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н. Влияние внешней среды на равновесную геометрию грамицидинового канала // Математика. Компьютер. Образование: Тезисы докладов 8-й Международ¬ной конференции. Москва: Изд-во Прогресс-Традиция, 2001. с. 285.
35.Дмитриев А.В., Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н., Исаева Г.А., Исаев П.П. Влияние внешней среды на структурируемость HHSH-конформера грамици¬дина А // Молекулярная физика неравновесных систем: Материалы 3-й Все¬российской научной конференции. Иваново: Изд-во ИГХТУ, 2001. с. 52-56.
36.Дмитриев А.В., Исаева Г.А., Исаев П.П., Слукина Ю.Л. Квантово-механическая модель движения иона в грамицидиновом канале мембраны // Компьютерное обеспечение химических исследований: Тезисы докладов Международного симпозиума. Москва: Изд-во ИОХ РАН, 2001. с. 49-50.
37.Зайнутдинов А.В., Рожков А.Н., Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Исаев П.П. Моделирование равновесной геометрии аминокислот во внешнем электростатическом поле // Компьютерное обеспечение химических исследований: Тезисы докладов Международного симпозиума. Москва: Изд-во ИОХ РАН, 2001. с.
59-60.
38.Dmitriev A., Isaeva G., Isaev P. Analysis of residuals: statistical method in QSAR studies // Abstracts of the 7th Scandinavian Symposium on Chemometrics. 2001, V.3, p. 20-22.
39.Исаева Г.А., Дмитриев А.В., Казак Е.В., Кузьминова Р.В., Исаев П.П. Мате-матическое моделирование физиологического отклика в системе анестетик-мембрана // XVIII Съезд физиологического общества им. И.П. Павлова: Тези¬сы докладов. Казань: Изд-во КГМУ, 2001. c. 104-105.
40.Лузянин С.Е., Дмитриев А.В., Исаева Г.А., Исаев П.П. Теоретическое и экс-периментальное исследование ионных потоков через мембрану // Биология -наука 21-го века: Тезисы докладов 6-й Пущинской конференции молодых ученых. - Пущино: Изд-во ПНЦ, 2002. с. 32.
41.Дмитриев А.В., Барышников В.Г., Лузянин С.Е. О конфигурациях электростатического поля в ионных каналах мембран // Биохимическая физика: тези¬сы докладов 2-й ежегодной молодежной конференции ИБХФ-ВУЗы. Москва: Изд-во ИБХФ РАН, 2002. с. 4.
42.Дмитриев А.В., Барышников В.Г. О движении ионов в порообразующих бел¬ковых молекулах // Молекулярное моделирование: тезисы докладов 3-й Все¬российской конференции. - Москва: Изд-во ГЕОКХИ РАН, 2003. с. 9-10.
43.Мелихов Н.Д., Шмелев Р.В., Дмитриев А.В., Барышников В.Г. О распределе¬нии молекулярного электростатического потенциала в полости порообра-зующих белков // Молекулярное моделирование: тезисы докладов 3-й Все¬российской конференции. - Москва: Изд-во ГЕОКХИ РАН, 2003. с. 94-95.
44.Исаева Г.А., Исаев В.П., Дмитриев А.В. Квантовохимическое исследование проводимости ионных каналов биологических мембран // Молекулярная био¬логия, химия и физика гетерогенных систем: Материалы 7-й Международной конференции, Москва-Плес. 2003. Иваново: Изд-во ЮНОНА, 2003. с. 49-54.
45.Дмитриев А.В., Барышников В.Г., Марков И.В., Твердислов В.А. О меха¬низмах ионной избирательности калиевого канала // 3-й Съезд биофизиков России: тезисы докладов. Воронеж: Изд-во ВГУ, 2004. с. 209-210.
46.Исаева Г.А., Шмелев Р.В., Исаев П.П., Дмитриев А.В., Лапшина Н.П. Моде-лирование биологической активности местноанестезирующих и антиаритми¬ческих препаратов // 3-й Съезд биофизиков России: тезисы докладов. Воро¬неж: Изд-во ВГУ, 2004. с. 525-526.
47.Дмитриев А.В., Марков И.В., Твердислов В.А. Моделирование третичной структуры функционально эквивалентных изомеров трансмембранных бел¬ков // 4-я Всероссийская конференция "Молекулярное моделирование": тези¬сы докладов. Москва, 2005. с. 35-37.
48.Марков И.В., Дмитриев А.В. Разделение дальних и ближних взаимодействий в расчетах распределения энергии в аксиально-симметричных мембранных каналах // Международная конференция «Ломоносов-2005»: тезисы докладов. Москва, 2005. с. 40-41.
49.Марков И.В., Дмитриев А.В. Предсказание первичной и третичной структуры D-изомеров модельных белков функционально эквивалентных природным мембранным белкам // Международная конференция «Ломоносов-2005»: тезисы докладов. Москва, 2005. с. 42-44.