RAE.RU
Энциклопедия
ИЗВЕСТНЫЕ УЧЕНЫЕ
FAMOUS SCIENTISTS
Биографические данные и фото 17064 выдающихся ученых и специалистов
Логин   Пароль  
Регистрация Забыли пароль?
 

Марданов Андрей Владимирович

Научная тема: « РАСШИФРОВКА СТРУКТУР ГЕНОМОВ КАК ОСНОВА ИЗУЧЕНИЯ ОСОБЕННОСТЕЙ МЕТАБОЛИЗМА, ПУТЕЙ ЭВОЛЮЦИИ И БИОРАЗНООБРАЗИЯ АРХЕЙ »

Научная биография   « Марданов Андрей Владимирович »

Членство в Российской Академии Естествознания

Специальность: 03.01.03

Год: 2013

Отрасль науки: Биологические науки

Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:

  • Впервые определены полные структуры геномов 9 термофильных архей из различных филогенетических групп. Анализ геномов двух архей, Acidolobus saccharovorans и Fervidicoccus fontis, подтвердил, что эти микроорганизмы представляют два новых порядка кренархей (Acidilobales и Fervidicoccales), наряду с тремя ранее известными порядками (Desulfurococcales, Sulfolobales и Thermoproteales). В результате анализа геномных данных охарактеризованы основные пути метаболизма исследуемых архей, механизмы их приобретения и потери на молекулярном уровне.
  • Впервые проведена глубокая количественная характеристика состава сообществ микроорганизмов термальных источников Камчатки с помощью высокопроизводительного пиросеквенирования фрагментов генов 16S рРНК. Полученные результаты значительно расширяют знания о разнообразии микроорганизмов термальных источников. Обнаружены ранее неизвестные группы архей. Определена зависимость состава и разнообразия микробных сообществ от температуры и рН, что дало новую информацию о распространении в природе и вероятной экологической роли отдельных групп архей.
  • Анализ геномов архей выявил ряд особенностей генетических процессов на молекулярном уровне. Обнаружено, что репликация хромосомы A. saccharovorans инициируется с двух ori - сайтов. Один из них расположен вблизи гена, кодирующего архейный инициаторный белок WhiP, гомолог эукариотического белка Cdt1. WhiP гены и ассоциированные с ними ori - сайты присутствуют в геномах Sulfolobales и некоторых представителей Desulfurococcales, но отсутствуют у наиболее эволюционно древней ветви кренархей Thermoproteales, а также у Fervidicoccales. Филогенетический анализ WhiP показал, что «второй» ori-сайт и whiP были приобретены на раннем этапе эволюции кренархей (и впоследствии утрачены в некоторых линиях), а не в результате интеграции вирусов и горизонтального переноса, как это предполагалось ранее.
  • Определение полных структур геномов стало основой работ по микробиологической и биохимической характеристике этих архей, изучению молекулярных механизмов генетических процессов, эволюции архей и структурно-функциональному исследованию белков, представляющих интерес как для исследований в области эволюционной энзимологии, так и для решения биотехнологических задач.

Список опубликованных работ

1. Скрябин К.Г., Марданов А.В. , Кубланов И.В., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. Определение полной нуклеотидной последовательности генома гипертермофильного микроорганизма. // Доклады Академии наук. 2008 Т. 421. С. 204-206.

2. Смагин В.А., Марданов А.В., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. Выделение и характеристика новой термостабильной ДНК-лигазы из архей рода Themococcus. // Прикладная биохимия и микробиология. 2008. Т. 45. С. 523-528.

3. Ravin N.V., Mardanov A.V., Beletsky A.V., Kublanov I.V., Kolganova T.V., Lebedinsky A.V., Chernyh N.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Skryabin K.G. Complete genome sequence of the anaerobic, protein-degrading hyperthermophilic crenarchaeon Desulfurococcus kamchatkensis. // J. Bacteriol. 2009. V. 191. P. 2371-2379.

4. Kublanov I.V., Bidjieva S.Kh., Mardanov A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A. Desulfurococcus kamchatkensis sp. nov., a novel hyperthermophilic protein-degrading archaeon isolated from a Kamchatka hot spring. // Int. J. Syst. Evol. Micr.. 2009. V. 59. P.1743-1747.

5. Mardanov A.V., Ravin N.V., Svetlitchnyi V.A., Beletsky A.V., Miroshnichenko M.L., Bonch-Osmolovskaya E.A., Skryabin K.G. Metabolic versatility and indigenous origin of the archaeon Thermococcus sibiricus, isolated from a Siberian oil reservoir, as revealed by genome analysis. // Appl. Environ. Microbiol.. 2009. V. 75. P. 4580-4588.

6. Stekhanova T.N., Mardanov A.V., Bezsudnova E.Y., Gumerov V.M., Ravin N.V., Skryabin K.G., Popov V.O. Characterization of a thermostable short-chain alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus sibiricus. // Appl. Environ. Microbiol. 2010. V. 76. P. 4096–4098.

7. Lyashenko A.V., Bezsudnova E.Y., Gumerov V.M., Lashkov A.A., Mardanov A.V., Mikhailov A.M., Popov V.O., Ravin N.V., Skryabin K.G., Stekhanova T.N, Kovalchuk M.V. Expression, purification and crystallization of a thermostable short-chain alcohol dehydrogenase from archaeon Thermococcus sibiricus. // Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 2010. V. 66. P. 655-657.

8. Марданов А.В., Гумеров В.М., Белецкий А.В., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. Характеристика биоразнообразия термофильного микробного сообщества методом параллельного пиросеквенирования. // Доклады Академии наук. 2010. Т. 432. С. 544-548.

9. Mardanov A.V., Svetlitchnyi V.A., Beletsky A.V., Prokofeva M.I., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V., Skryabin K.G. The genome sequence of the crenarchaeon Acidilobus saccharovorans supports a new order, Acidilobales, and suggests an important ecological role in terrestrial acidic hot springs. // Appl. Environ. Microbiol. 2010. V. 76. P. 5652–5657.

10. Perevalova A.A., Bidzhieva S.K., Kublanov I.V., Hinrichs K.U., Liu X.L., Mardanov A.V., Lebedinsky A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A. Fervidicoccus fontis gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic thermophilic crenarchaeote from hot springs in Kamchatka, and proposal of Fervidicoccaceae fam. nov. and Fervidicoccales ord. nov. // Int J Syst Evol Microbiol. 2010. V. 60. P. 2082-2088.

11. Gumerov V.M., Mardanov A.V., Beletsky A.V., Prokofeva M.I., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V., Skryabin K.G. Complete genome sequence of “Vulcanisaeta moutnovskia” strain 768-28, a novel member of the hyperthermophilic crenarchaeal genus Vulcanisaeta. // J. Bacteriol. 2011. V. 193. P. 2355-2356.

12. Гумеров В.М., Марданов А.В., Белецкий А.В., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. Молекулярный анализ биоразнообразия микроорганизмов в источнике Заварзина, кальдера Узон, Камчатка // Микробиология. 2011. Т. 80. С. 258-265.

13. Mardanov A.V., Gumerov V.M., Beletsky A.V., Perevalova A.A., Karpov G.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V. Uncultured archaea dominate in the thermal groundwater of Uzon Caldera, Kamchatka. // Extremophiles. 2011. V. 15(3). P. 365-372.

14. Mardanov A.V., Gumerov V.M., Beletsky A.V., Prokofeva M.I., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V., Skryabin K.G. Complete genome sequence of the thermoacidophilic crenarchaeon Thermoproteus uzoniensis 768-20. // J. Bacteriol. 2011. V. 193. P. 3156-3157.

15. Голубев С.С., Кононогов С.А., Кудеяров Ю.А., Марданов А.В., Николаева П.Ю., Равин Н.В., Скрябин К.Г. Метрологическое обеспечение секвенирования молекул ДНК. // Измерительная техника. 2012. Т. 3. С. 64-68.

16. Слуцкая Э.С., Безсуднова Е.Ю., Марданов А.В., Гумеров В.М., Ракитина Т.В., Попов В.О., Липкин В.М. Характеристика новой М42 аминопептидазы из кренархеи Desulfurococcus kamchatkensis. // Доклады Академии наук. 2012. Т. 442. С. 551-554.

17. Гумеров В.М., Марданов А.В., Колосов П.М., Равин Н.В. Выделение и характеристика липазы из термоалкалофильной бактерии Thermosyntropha lipolytica. // Прикладная биохимия и микробиология. 2012. Т. 48. С. 376-382.

18. Слуцкая Э.С., Безсуднова Е.Ю., Марданов А.В., Сафенкова И.В., Клейменов С.Ю., Чеботарева Н.А., Гумеров В.М., Равин Н.В., Скрябин К.Г., Попов В.О. Fe-зависимая супероксиддисмутаза из новой термоацидофильной кренархеи Aсidilobus saccharovorans: от гена до активного фермента. // Биохимия. 2012. Т. 77. С. 1681-1692.

19. Mardanov A.V., Gumerov V.M., Slobodkina G.B., Beletsky A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V., Skryabin K.G. Complete genome sequence of strain 1860, a crenarchaeon of the genus Pyrobaculum able to grow with various electron acceptors. // J. Bacteriol. 2012. V. 194. P. 727-728.

20. Mardanov A.V., Kochetkova T.V., Beletsky A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V., Skryabin K.G. Complete genome sequence of the hyperthermophilic cellulolytic crenarchaeon “Thermogladius cellulolyticus” 1633 // J. Bacteriol. 2012. V. 194. P. 4446-4447.

21. Марданов А.В., Равин Н.В. Роль геномики в исследовании разнообразия и эволюции архей. // Биохимия. 2012. Т. 77. С. 965-980.

Патенты

22. Смагин В.А., Марданов А.В., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. (2010) Термостабильная ДНК-лигаза из археи рода Thermococcus, способ ее получения и нуклеотидная последовательность ДНК, кодирующая эту ДНК-лигазу. Патент РФ № 2405823 от 10.12.2010г.

23. Смагин В.А., Марданов А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В. (2011) Термостабильная ДНК-лигаза из археи рода Acidilobus. Патент РФ № 2413767 от 10.03.2011г.

24. Безсуднова Е.Ю., Бонч-Осмоловская Е.А., Гумеров В.М., Марданов А.В., Попов В.О., Равин Н.В., Скрябин К.Г., Стеханова Т.Н. (2011) Термостабильная алкогольдегидрогеназа из археи Thermococcus sibiricus. Патент РФ № 2413766 от 10.03.2011г.

Избранные материалы конференций

25. Mardanov A.V., Smagin V.A., E.A. Bonch-Osmolovskaya, Ravin N.V. Isolation of new thermostable DNA ligase from the archaeon Thermococcus. Abstracts of the II International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology (BioMicroWorld2007), Seville, Spain. 2007. P. 21.

26. Mardanov, A., Bonch-Osmolovskaya, E., Ravin, N. Molecular analysis of microbial communities from hydrothermal environments of Kamchatka volcanic area in Russia. Abstracts of the workshop on metabolomics and environmental biotechnology, Palma de Mallorca, Spain. 2008. P13.

27. Gumerov V.M., Mardanov A.V., Chernyh N.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V. (2009) Microbial community of high-temperature spring "Burluashy" of Uzon Caldera, Kamchatka peninsula. Abstracts of the 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology BAGECO-10, Uppsala, Sweden. 2010. P.210.

28. Mardanov A.V., Gumerov V.M., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V. (2010) Molecular analysis of microbial communities of hydrothermal environments of Uzon Caldera. Abstracts of the International Workshop "Biodiversity, molecular biology and biogeochemistry of thermophiles", Petropavlovsk-Kamchatsky, Russia. 2010. P. 18.

29. Ravin N.V., Mardanov A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A., Skryabin K.G. Complete genome sequences of ten hyperthermophilic archaea reveal their metabolic capabilities and possible ecological roles. Abstracts of the international conference “Extremophiles 2010”, Azores, Portugal. 2010. P. 185.

30. Mardanov A.V., Gumerov V.M., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V. Microbial diversity of thermal springs of Uzon Caldera, Kamchatka, as revealed by 454 pyrosequencing. Abstracts of the international conference “Extremophiles 2010”, Azores, Portugal. 2010. P. 250.

31. Марданов А.В., Равин Н.В. Расшифровка геномов термофильных архей: фундаментальные и прикладные аспекты. Тезисы I международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине», Москва, Россия. 2010. C. 86.

32. Mardanov A.V., Bonch-Osmolovskaya E.A., Ravin N.V. (2011) Complete genome sequences of new crenarchaeones isolated from hot springs of Kamchatka revealed their metabolic potentials and possible ecological roles. Abstracts of the 11th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology BAGECO-11, Corfu, Greece. 2011. P. 58.

33. Марданов А.В., Кадников В.В., Равин Н.В. Геномика и метагеномика экстремофильных микроорганизмов. Тезисы II международной научно-практической конференции "Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика", Новосибирск, Россия. 2011. C. 64.

34. Mardanov A.V., Kadnikov V.V., Gumerov V.M., Ravin N.V. Advances in genomic and metagenomic studies of extremophilic microoganisms. Abstracts of the Eight international conference on bioinformatics of genome regulation and structure/systems biology (BGRS/SB’12), Новосибирск, Россия. 2012. P. 198.

35. Mardanov A.V., Kadnikov V.V., Ravin N.V. The impact of genomics on research in diversity and evolution of thermophilic microorganisms. Тезисы 3-й Московской международной конференции «Молекулярная филогенетика MolPhy-3», Москва, Россия. 2012. P. 21.

36. Mardanov A.V., Kadnikov V.V., Ravin N.V. Metagenomic analysis of microbial community inhabiting the deep subsurface thermal waters in Western Siberia. Abstracts of the 14th International Symposium on Microbial Ecology - ISME14, Copenhagen, Denmark. 2012. P. 905.

Комментарии:

Если вы считаете, что какое-то сообщение нарушает Правила, оскорбляет Вас как личность, несёт заведомо ложную информацию, и должно быть удалено, сообщите нам по адресу sergey@rae.ru

Ваше имя
Текст комментария
Введите число с изображения

Антиспам защита

При добавлении комментария Вы соглашаетесь с пользовательским соглашением