Выпускник гуманитарного факультета Новосибирского государственного университета 1979 г. После окончания аспирантуры НГУ в 1983 г. защитил диссертацию кандидата исторических наук. В 1985 г. прошел годичную научную стажировку в Германии. С 1989 по 1992 гг. обучался в очной докторантуре Уральского государственного университета, в 1993 г. защитил докторскую диссертацию, в том же году ему было присвоено ученое звание профессора.

Работал ассистентом, старшим преподавателем, доцентом кафедры истории, а с 1987 г. по настоящее время является заведующим кафедрой истории Отечества Новосибирского государственного архитектурно- строительного университета.

В 2002 г. Ю.И. Казанцев избран действительным членом Сибирской академии политических наук, а в 2003 г. – членом-корреспондентом Академии высшей школы.