В. А. Малинников родился 14 августа 1947 в Днепропетровске Украинской ССР. В 1972 закончил физический факультет Московского государственного университета имени Ломоносова. Малинников опубликовал 150 научных трудов по дистанционному зондированию Земли, теории и методам тематической обработки аэрокосмической информации. С 1982 кандидат физико-математических наук. C 1999 доктор технических наук. С 1985 доцент кафедры физики, с 2000 профессор кафедры прикладной экологии.

Награды и премии: знак «Ударник одиннадцатой пятилетки» 1986

медаль «В память 850-летия Москвы» 1997.

звание «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации» 1999.

звание «Почетный геодезист» 2003

премия Правительства РФ за разработку и внедрения методов аэрокосмического мониторинга природной среды 2003

премия имени Ломоносова за разработку методов и технологий космического мониторинга природного комплекса Севера для выработки управленческих решений в области охраны окружающей среды и рационального природопользования северных территорий России. Выдана постановлением администрации Архангельской области и мэра Архангельска в 2006.

В Московском государственном университете геодезии и картографии работает с 1973. В 1987—1989 исполнял обязанности заведующего кафедрой физики. В 1989—2007 декан факультета прикладной космонавтики. C 1992 заведующий кафедрой прикладной экологии. С 2002 председатель диссертационного совета по защите докторских и кандидатских диссертаций.

В 2007 году избран на должность ректора Московского государственного университета геодезии и картографии.