Сфера научных интересов - общая экономическая теория, теория смешанной экономики и экономическая социодинамика, экономика социального сектора, теория публичных благ, мериторика, теоретическая и прикладная экономика культуры, экономика и социология искусства.

А.Я. Рубинштейн - один из создателей "Экономической социодинамики".

Бюро отделения экономики Российской академии наук в ходе обсуждения одноименной монографии, изданной в 2000 году в соавторстве с Р.С.Гринбергом, пришло к выводу, что предложенная концепция открывает принципиально новое направление в экономической теории.

В 2005 году монография "Экономическая социодинамика" вышла в Германии и США в издательстве Шпрингер (на английском языке).

А.Я. Рубинштейн является также автором оригинальных экономических теорий социального сектора и культурной деятельности, широко представленных в фундаментальных трудах, а также ответственным редактором и основным автором первого в России учебника "Экономика культуры" (2005 г.).

Работы А.Я.Рубинштейна опубликованы в Великобритании, ФРГ, Голландии, США.

А.Я. Рубинштейн - член Европейской ассоциации исследовательских центров культуры, действительный член Международной ассоциации экономики культуры ACEI, член президиума европейского исследовательского института культуры и искусств "ERICArts".

В качестве приглашенного профессора читал лекции в Йельском и Нью-Йоркском университетах (США), в Хериот-Ват университете (Шотландия), в Гамбургской высшей школе искусств (Германия).

А.Я. Рубинштейн - заведующий кафедрой экономики исполнительских искусств в Школе-студии (ВУЗ) при МХАТ им. А.П. Чехова, профессор Московской школы экономики МГУ.