Родился 18 апреля 1943 года в Новосибирской области. В 1967 году окончил Новосибирский государственный университет. По специальности экономист-математик. Доктор технических наук, профессор.

Вся жизнь Бориса Григорьевича связана с Сибирским энергетическим институтом. С инженера, научного сотрудника вырос до заведующего отделом заместителя директора института. Он разрабатывал научные основы региональной экономической политики, концепции и альтернативные сценарии развития энергетики страны, Сибири и Дальнего Востока. За участие в подготовке обосновывающих материалов к энергетической программе СССР награжден медалью "За трудовую доблесть". Ученым опубликовано свыше 150 работ, в том числе 10 монографий, часть из них в соавторстве.

В числе его наиболее значимых работ: руководство от российской стороны российско-монгольским проектом "Комплексная программа научно-технического прогресса МНР до 2005 года". В 1993 1995 годах Санеев разрабатывал российско-японский проект "Комплексный план развития энергетики Восточной Сибири и Дальнего Востока". В последнее время принимает участие в разработке ряда федеральных и региональных энергетических программ.