Мотовилов К.Я. возглавляет СибНИПТИП с 1999 года. По его инициативе открыты новые направления по актуальным проблемам хранения и переработки сельскохозяйственной продукции. Для выполнения поставленной цели им были решены следующие проблемы: открыта аспирантура по трем специальностям: технология мясных, молочных, рыбных продуктов и холодильных производств; процессы и аппараты пищевых производств и экологии; сформирована аналитическая база и аккредитован испытательный центр по качеству и безопасности пищевых продуктов; создан и аккредитован орган по сертификации систем менеджмента качества по международным стандартам ИСО серии 9000; получена лицензия на проведение проектных работ; создан научно-образовательно-производственный комплекс «Сибагростандарт».
Мотовиловым К.Я. создана научная школа, под его руководством подготовлено 18 кандидатов и докторов наук. В настоящее время он является научным консультантом 5 докторантов и 6 аспирантов и соискателей. Совместно со своими учениками им проведены глубокие исследования по различным направлениям аграрной науки: производству, переработке и хранению сельскохозяйственной продукции и получению экологически безопасных продуктов питания. По результатам научных исследований им опубликовано более 300 работ, в т.ч. два учебника с грифом Министерства науки и образования, 9 книг, получено 7 патентов и авторских свидетельств,6 положительных решений, издано 9 рекомендаций производству, одобренных научно-техническими советами.
Под его руководством впервые в России разработана и запатентована в 2006 году высокоэффективная ресурсосберегающая технология и созданы технические средства по переработке зерна ржи и пшеницы на кормовые сахаропродукты (патент №2285725) Проведено внедрение технологии в одном из лучших хозяйств России АОЗТ «Племзавод Ирмень». Разработанная технология, не имеющая аналогов в мире, повышает продуктивность животных, улучшает качество продукции, сокращает затраты на производство кормовых сахаров в 2,5-2,8 раза по сравнению с аналогичным продуктом, полученным из корнеклубнеплодов. Кроме того, технология позволяет круглогодично перерабатывать зерно ржи и пшеницы на легкоусвояемые углеводы для кормовых целей независимо от времени года .
Большая работа проводится К.Я. Мотовиловым по разработке и внедрению в Сибири систем менеджмента качества и сертификации предприятий по международным стандартам. В связи с вступлением в ВТО данная проблема весьма актуальна. Для этого им в Новосибирском аграрном университете была открыта специальность «Стандартизация и сертификация в молочной, мясной и рыбной промышленности»,затем в 1998 году создана кафедра, которой он руководит по настоящее время. Мотовилов К.Я. ведет большую общественную работу, он является членом редакционной коллегии журнала «Сибирский вестник», членом диссертационного совета. Им создан проблемный совет при СО РАСХН по вопросам хранения и переработки, куда вошли ученые трех академий и педагоги ведущих вузов Сибири. Проводимая Мотовиловым К.Я. научно-организационная работа способствует ускорению реализации достижений науки в производство, выполнении продовольственной программы России и программы «Здоровое питание».
Под руководством Мотовилова К.Я. подготовлено 18 кандидатов и докторов наук.
Общее количество опубликованных работ - 302.
Название опубликованных учебников с грифом министерства образования:
1. «Экспертиза кормов и кормовых добавок» (2 издание), 2007. - 336 с.
2. «Экспертиза мяса птицы, яиц и продуктов из переработки», 2005.-216 с.
3. Книга «Животноводство на подворье и в личном крестьянском фермерском хозяйстве», 2007. - 348 с.