Научная тема: «РАЗРАБОТКА И ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ ПОЛНОГЕНОМНОГО АНАЛИЗА ГЕНЕТИЧЕСКИХ АССОЦИАЦИЙ СЛОЖНЫХ ПРИЗНАКОВ»
Специальность: 03.02.07
Год: 2010
Отрасль науки: Биологические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:
1. Полногеномный анализ ассоциаций, проводимый с использованием разработанных нами алгоритмов и пакетов программ, является мощным и воспроизводимым методом идентификации эффектов распространенных аллелей.

2. Молодые генетически изолированные популяции являются лучшим ресурсом для выявления и изучения как распространенных, так и редких аллелей, влияющих на изучаемые сложные признаки.

3. Геномный профиль холестерина является наилучшим геномным предиктором дислипидемии, ишемической болезни сердца и атеросклероза.

4. Разработанный нами метод GRAMMAR-GC является статистически мощным и вычислительно эффективным методом полногеномного анализа ассоциации в выборках особей, связанных родством.

5. Локус JAZF1 помимо участия в контроле диабета второго типа, рака простаты и системной красной волчанки также принимает участие в детерминации роста.

Список опубликованных работ
1. АКСЕНОВИЧ, Т. И., Г. Р. СВИЩЕВА и Ю. С. АУЛЬЧЕНКО, 2000 Картирование генов, детерминирующих количественные признаки животных: метод разложения дисперсий. Генетика 36: 986–993.

2.АУЛЬЧЕНКО, Ю. С. и Т. И. АКСЕНОВИЧ, 2006 Методологические подходы и стратегии картирования генов, контролирующих комплексные признаки человека. Вестник ВОГиС 10: 189-202.

3.ТИМОФЕЕВА, О. А., М. Л. ФИЛИПЕНКО, Ю. С., АУЛЬЧЕНКО, Е. А. ВОРОНИНА, А. Б., МАСЛЕННИКОВ и Н. П. МЕРТВЕЦОВ, 1999 Анализ распределения аллелей тетрануклеотидного повтора в интроне 6 гена липопротеинлипазы среди населения г. Новосибирска. Генетика 35: 862-864.

4.AMIN, N., C. M. VAN DUIJN and Y. S. AULCHENKO, 2007 A genomic background based method for association analysis in related individuals. PLoS ONE 2: e1274.

5.AULCHENKO, Y. S., T. I. AXENOVICH, I. MACKAY and C. M. VAN DUIJN, 2003 miLD and booLD programs for calculation and analysis of corrected linkage disequilibrium. Ann Hum Genet 67: 372-375.

6.AULCHENKO, Y. S., D. J. DE KONING and C. HALEY, 2007a Genomewide rapid association using mixed model and regression: a fast and simple method for genomewide pedigree-based quantitative trait loci association analysis. Genetics 177: 577-585.

7.AULCHENKO, Y. S., P. HEUTINK, I. MACKAY, A. M. BERTOLI-AVELLA, J. PULLEN et al., 2004 Linkage disequilibrium in young genetically isolated Dutch population. Eur J Hum Genet 12: 527-534.

8.AULCHENKO, Y. S., I. A. HOPPENBROUWERS, S. V. RAMAGOPALAN, L. BROER, N. JAFARI et al., 2008 Genetic variation in the KIF1B locus influences susceptibility to multiple sclerosis. Nat Genet 40: 1402-1403.

9.AULCHENKO, Y. S., S. RIPATTI, I. LINDQVIST, D. BOOMSMA, I. M. HEID et al., 2009a Loci influencing lipid levels and coronary heart disease risk in 16 European population cohorts. Nat Genet 41: 47-55.

10.AULCHENKO, Y. S., S. RIPKE, A. ISAACS and C. M. VAN DUIJN, 2007b GenABEL: an R library for genome-wide association analysis. Bioinformatics 23: 1294-1296.

11.AULCHENKO, Y. S., M. V. STRUCHALIN, N. M. BELONOGOVA, T. I. AXENOVICH, M. N. WEEDON et al., 2009b Predicting human height by Victorian and genomic methods. Eur J Hum Genet 17: 1070-1075.

12.AXENOVICH, T. I., I. V. ZORKOLTSEVA, N. M. BELONOGOVA, M. V. STRUCHALIN, A. V. KIRICHENKO et al., 2009 Linkage analysis of adult height in a large pedigree from a Dutch genetically isolated population. Hum Genet 126: 457-471.

13.BELONOGOVA, N. M., T. I. AXENOVICH and Y. S. AULCHENKO, 2009 A powerful genome-wide feasible approach to detect parent-of-origin effects in studies of quantitative traits. Eur J Hum Genet.

14.ESTRADA, K., M. KRAWCZAK, S. SCHREIBER, K. VAN DUIJN, L. STOLK et al., 2009 A genome-wide association study of northwestern Europeans involves the C-type natriuretic peptide signaling pathway in the etiology of human height variation. Hum Mol Genet 18: 3516-3524.

15.HEARD-COSTA, N. L., M. C. ZILLIKENS, K. L. MONDA, A. JOHANSSON, T. B. HARRIS et al., 2009 NRXN3 is a novel locus for waist circumference: a genome-wide association study from the CHARGE Consortium. PLoS Genet 5: e1000539.

16.HICKS, A. A., P. P. PRAMSTALLER, A. JOHANSSON, V. VITART, I. RUDAN et al., 2009 Genetic determinants of circulating sphingolipid concentrations in European populations. PLoS Genet 5: e1000672.

17.HOPPENBROUWERS, I. A., Y. S. AULCHENKO, A. C. JANSSENS, S. V. RAMAGOPALAN, L. BROER et al., 2009 Replication of CD58 and CLEC16A as genome-wide significant risk genes for multiple sclerosis. J Hum Genet 54: 676-680.

18.IKRAM, M. A., S. SESHADRI, J. C. BIS, M. FORNAGE, A. L. DESTEFANO et al., 2009 Genomewide association studies of stroke. N Engl J Med 360: 1718-1728.

19.JANSSENS, A. C., Y. S. AULCHENKO, S. ELEFANTE, G. J. BORSBOOM, E. W. STEYERBERG et al., 2006 Predictive testing for complex diseases using multiple genes: fact or fiction? Genet Med 8: 395-400.

20.JOHANSSON, A., F. MARRONI, C. HAYWARD, C. S. FRANKLIN, A. V. KIRICHENKO et al., 2009a Common variants in the JAZF1 gene associated with height identified by linkage and genome-wide association analysis. Hum Mol Genet 18: 373-380.

21.JOHANSSON, A., F. MARRONI, C. HAYWARD, C. S. FRANKLIN, A. V. KIRICHENKO et al., 2009b Linkage and Genome-wide Association Analysis of Obesity-related Phenotypes: Association of Weight With the MGAT1 Gene. Obesity (Silver Spring).

22.KAYSER, M., F. LIU, A. C. JANSSENS, F. RIVADENEIRA, O. LAO et al., 2008 Three genome-wide association studies and a linkage analysis identify HERC2 as a human iris color gene. Am J Hum Genet 82: 411-423.

23.KOLLERITS, B., S. COASSIN, N. D. BECKMANN, A. TEUMER, S. KIECHL et al., 2009 Genetic evidence for a role of adiponutrin in the metabolism of apolipoprotein B-containing lipoproteins. Hum Mol Genet 18: 4669-4676.

24.KOLZ, M., T. JOHNSON, S. SANNA, A. TEUMER, V. VITART et al., 2009 Meta-analysis of 28,141 individuals identifies common variants within five new loci that influence uric acid concentrations. PLoS Genet 5: e1000504.

25.KOTTGEN, A., N. L. GLAZER, A. DEHGHAN, S. J. HWANG, R. KATZ et al., 2009 Multiple loci associated with indices of renal function and chronic kidney disease. Nat Genet.

26.LAM, A. C., M. SCHOUTEN, Y. S. AULCHENKO, C. S. HALEY and D. J. DE KONING, 2007 Rapid and robust association mapping of expression quantitative trait loci. BMC Proc 1 Suppl 1: S144.

27.LEVY, D., G. B. EHRET, K. RICE, G. C. VERWOERT, L. J. LAUNER et al., 2009 Genome-wide association study of blood pressure and hypertension. Nat Genet.

28.LINDGREN, C. M., I. M. HEID, J. C. RANDALL, C. LAMINA, V. STEINTHORSDOTTIR et al., 2009 Genome-wide association scan meta-analysis identifies three Loci influencing adiposity and fat distribution. PLoS Genet 5: e1000508.

29.PARDO, L. M., I. MACKAY, B. OOSTRA, C. M. VAN DUIJN and Y. S. AULCHENKO, 2005 The effect of genetic drift in a young genetically isolated population. Ann Hum Genet 69: 288-295.

30.PATTARO, C., Y. S. AULCHENKO, A. ISAACS, V. VITART, C. HAYWARD et al., 2009 Genome-wide linkage analysis of serum creatinine in three isolated European populations. Kidney Int 76: 297-306.

31.PROKOPENKO, I., C. LANGENBERG, J. C. FLOREZ, R. SAXENA, N. SORANZO et al., 2009 Variants in MTNR1B influence fasting glucose levels. Nat Genet 41: 77-81.

32.RICHARDS, J. B., F. K. KAVVOURA, F. RIVADENEIRA, U. STYRKARSDOTTIR, K. ESTRADA et al., 2009 Collaborative meta-analysis: associations of 150 candidate genes with osteoporosis and osteoporotic fracture. Ann Intern Med 151: 528-537.

33.RIVADENEIRA, F., U. STYRKARSDOTTIR, K. ESTRADA, B. V. HALLDORSSON, Y. H. HSU et al., 2009 Twenty bone-mineral-density loci identified by large-scale meta-analysis of genome-wide association studies. Nat Genet 41: 1199-1206.

34.SERVICE, S., J. DEYOUNG, M. KARAYIORGOU, J. L. ROOS, H. PRETORIOUS et al., 2006 Magnitude and distribution of linkage disequilibrium in population isolates and implications for genome-wide association studies. Nat Genet 38: 556-560.

35.VAN DIEMEN, C. C., D. S. POSTMA, Y. S. AULCHENKO, P. J. SNIJDERS, B. A. OOSTRA et al., 2009 Novel strategy to identify genetic risk factors for COPD severity: a genetic isolate. Eur Respir J.

36.VASAN, R. S., N. L. GLAZER, J. F. FELIX, W. LIEB, P. S. WILD et al., 2009 Genetic variants associated with cardiac structure and function: a meta-analysis and replication of genome-wide association data. JAMA 302: 168-178.

37.VINK, J. M., A. B. SMIT, E. J. DE GEUS, P. SULLIVAN, G. WILLEMSEN et al., 2009 Genome-wide association study of smoking initiation and current smoking. Am J Hum Genet 84: 367-379.